genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3439188--3439224	15	2.4	15	95	4	65	51	0	8	40	1.32
3449830--3450144	39	8.1	39	97	0	585	23	31	25	20	1.98
3451425--3451461	15	2.4	15	95	4	65	51	0	8	40	1.32
3457586--3457644	29	2.0	31	80	12	70	40	0	18	40	1.51
3463483--3463561	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
3463680--3465935	47	48.0	47	98	0	4287	29	29	8	31	1.87
3468840--3468872	17	1.9	17	88	11	50	24	3	24	48	1.65
3478447--3478478	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
3493438--3493476	18	2.2	18	86	9	53	66	0	7	25	1.18
3494210--3494250	17	2.4	17	83	0	55	46	17	17	19	1.85
3495564--3495715	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
3495564--3495715	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
3497483--3497618	57	2.4	57	80	4	141	34	16	19	30	1.93
3497998--3498026	14	2.1	14	100	0	58	34	13	20	31	1.92
3498784--3498882	30	3.3	30	95	0	171	18	20	36	25	1.95
3498825--3498874	15	3.3	15	72	10	57	14	14	38	34	1.85
3502996--3503048	18	2.8	18	75	18	54	64	1	7	26	1.31
3528263--3528320	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
3528500--3528772	47	5.8	46	71	15	177	30	20	26	22	1.98
3545148--3545228	43	1.9	43	85	5	112	23	25	30	19	1.98
3563388--3563649	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
3586788--3586933	40	3.7	40	80	7	154	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3594715--3594978	79	3.3	80	89	4	367	25	22	26	25	2.00
3594715--3594978	119	2.2	121	86	6	362	25	22	26	25	2.00
3594715--3594978	40	6.7	40	84	5	331	25	22	26	25	2.00
3596339--3596380	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
3597473--3597969	47	10.6	47	97	0	913	32	8	29	29	1.87
3598088--3598166	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
3598612--3598758	73	2.0	73	93	0	249	27	19	17	36	1.93
3599450--3599761	40	7.8	40	88	0	471	26	21	25	26	1.99
3604127--3604165	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
3605388--3605509	48	2.5	48	85	0	145	24	27	20	27	1.99
3605427--3605519	48	1.9	48	86	0	132	26	24	19	29	1.98
3611790--3611824	18	1.9	18	88	0	52	5	28	11	54	1.59
3615496--3615521	9	2.9	9	100	0	52	46	19	0	34	1.50
3621829--3621953	49	2.6	49	88	2	171	22	29	20	27	1.99
3623443--3623500	23	2.5	21	76	20	53	58	6	0	34	1.25
3624896--3624970	33	2.3	33	97	0	141	50	22	6	20	1.71
3628601--3628680	37	2.2	37	84	4	108	28	28	17	25	1.97
3628706--3628905	100	2.0	100	99	0	391	30	22	21	26	1.99
3628899--3629046	47	3.1	47	98	0	278	29	30	8	32	1.86
3631264--3631311	20	2.4	20	92	0	78	39	14	16	29	1.88
3646146--3646179	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
3647466--3647540	28	2.7	28	87	0	105	26	32	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3647752--3647787	16	2.2	16	95	0	63	11	22	16	50	1.77
3648044--3648083	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
3657592--3657646	27	2.0	27	96	0	101	49	27	3	20	1.65
3664018--3664134	61	1.9	61	82	0	144	34	15	8	41	1.77
3664461--3664495	18	1.9	18	88	0	52	65	5	0	28	1.15
3672331--3673289	45	21.3	45	97	0	1776	18	19	21	40	1.92
3673318--3673363	18	2.5	18	85	3	56	26	21	8	43	1.81
3686786--3686988	91	2.2	92	84	1	266	31	22	13	33	1.92
3688601--3688695	35	2.7	36	82	6	115	11	18	16	52	1.74
3688601--3688707	35	3.1	35	78	2	108	12	21	16	49	1.78
3693329--3693375	22	2.1	23	88	7	71	40	23	6	29	1.79
3693333--3693381	22	2.3	21	82	3	62	42	18	6	32	1.75
3694748--3694884	60	2.3	59	82	8	152	26	23	19	30	1.98
3699805--3699941	60	2.3	60	86	8	181	26	24	20	28	1.99
3699804--3699905	28	3.5	27	74	19	89	25	27	20	26	1.99
3704227--3704368	73	2.0	72	90	4	223	35	23	6	35	1.80
3704558--3704599	21	2.0	21	85	0	57	38	4	4	52	1.44
3705013--3705085	7	10.3	7	77	2	65	38	38	0	23	1.55
3705105--3705147	21	2.0	21	82	8	52	37	34	2	25	1.69
3705241--3705292	7	7.4	7	82	0	50	48	28	0	23	1.51
3705239--3705292	14	3.9	14	85	0	72	46	31	0	22	1.52
3705625--3705707	40	2.1	40	83	0	103	25	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3705858--3705942	40	2.1	40	84	4	109	23	20	21	35	1.96
3715329--3715409	18	4.5	18	76	6	83	28	3	18	49	1.65
3715329--3715409	36	2.2	36	82	4	101	28	3	18	49	1.65
3728007--3728128	50	2.5	49	82	5	142	26	22	14	36	1.93
3733305--3733422	59	2.0	59	84	1	148	36	22	13	27	1.91
3745733--3745910	28	6.4	28	88	2	225	25	12	28	32	1.93
3752575--3752678	27	3.8	27	79	1	82	24	17	21	37	1.94
3752575--3752651	27	2.9	27	84	0	91	24	14	20	40	1.90
3755046--3755135	42	2.2	42	93	2	164	28	22	31	17	1.97
3756107--3756215	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
3756361--3756545	48	3.8	48	89	4	264	31	25	5	36	1.80
3756361--3756544	98	1.9	98	88	4	284	30	26	5	36	1.80
3756467--3756708	47	5.1	47	86	2	281	26	28	10	34	1.90
3756608--3756679	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
3756630--3756709	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
3764103--3764280	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
3764104--3764259	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
3764100--3764280	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
3764185--3764291	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
3771680--3771985	40	7.7	40	86	4	368	28	25	21	23	1.99
3773973--3774132	40	4.0	40	85	4	189	22	21	25	30	1.99
3773974--3774132	80	2.0	80	85	4	214	22	22	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3776383--3776567	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
3776364--3776567	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
3782856--3783097	47	5.1	47	86	2	281	34	10	28	26	1.90
3782885--3782956	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
3783019--3783203	48	3.8	49	87	7	261	36	5	25	31	1.80
3783020--3783203	98	1.9	96	88	4	280	36	5	26	30	1.80
3783014--3783224	48	4.3	50	81	12	238	34	6	27	31	1.83
3783349--3783456	37	2.9	37	94	0	180	23	18	31	26	1.97
3786834--3786910	27	2.9	27	84	0	91	40	20	14	24	1.90
3790105--3790255	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
3798259--3798328	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
3798259--3798353	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
3805777--3805870	44	2.2	44	81	7	113	32	24	18	24	1.97
3814844--3814911	36	1.9	36	88	5	104	51	1	11	35	1.48
3815391--3815467	30	2.5	31	85	8	79	55	12	12	18	1.68
3822585--3822680	40	2.4	40	80	0	102	25	14	27	33	1.94
3831653--3831796	40	3.6	39	90	2	225	26	27	22	23	1.99
3831630--3831832	40	5.1	41	80	12	194	26	28	21	24	1.99
3833584--3833773	40	4.8	40	89	2	267	26	26	23	24	2.00
3833584--3833773	79	2.4	80	89	2	276	26	26	23	24	2.00
3833572--3833803	40	5.8	40	83	7	231	25	28	21	24	1.99
3841464--3841531	33	2.1	33	94	0	118	22	7	26	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3845998--3846126	63	2.1	61	90	10	199	26	15	9	48	1.75
3847678--3847738	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
3848748--3848905	45	3.5	45	85	1	210	23	15	26	34	1.94
3852221--3852427	46	4.5	48	73	17	147	26	27	17	28	1.97
3852164--3852429	94	2.8	93	73	14	235	25	26	18	28	1.98
3857868--3857910	16	2.7	15	85	3	59	53	25	2	18	1.56
3857876--3857909	8	4.1	8	88	3	50	58	26	0	14	1.36
3859246--3859359	29	4.0	29	82	6	117	27	15	28	28	1.96
3861767--3862042	51	5.5	48	74	9	250	24	18	26	30	1.98
3861766--3862045	100	2.8	100	96	0	506	24	18	26	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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