genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57643019--57643095	8	10.0	8	72	13	72	81	1	14	2	0.86
57643017--57643084	23	3.2	21	86	12	86	82	1	13	2	0.86
57643019--57643095	31	2.5	31	81	10	77	81	1	14	2	0.86
57643042--57643092	23	2.2	22	89	6	75	84	0	13	1	0.71
57643042--57643094	17	3.2	16	87	10	72	84	0	13	1	0.69
57644018--57644305	87	3.4	87	84	5	344	31	25	21	21	1.98
57644430--57645144	207	3.5	206	91	0	1072	29	17	22	29	1.97
57644769--57644943	87	2.0	88	82	7	214	30	17	21	30	1.96
57645550--57645672	18	6.8	18	74	17	78	36	12	14	36	1.84
57645549--57645672	19	6.8	19	81	10	161	37	12	14	36	1.83
57645557--57645672	35	3.2	35	88	3	169	37	12	13	36	1.84
57648705--57648791	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
57652365--57652427	31	2.0	31	96	0	117	15	23	22	38	1.93
57653346--57653390	23	2.0	23	87	8	67	42	15	4	37	1.67
57653346--57653402	21	2.7	23	84	10	68	40	17	5	36	1.72
57653382--57653434	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
57653547--57653586	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
57656809--57656886	22	3.2	24	78	10	70	70	2	0	26	1.00
57656839--57656894	22	2.7	21	83	8	69	71	3	0	25	1.02
57656941--57656988	20	2.4	20	76	16	55	58	0	0	41	0.98
57662173--57662207	3	11.7	3	87	0	52	28	2	2	65	1.21
57663312--57663520	104	2.0	104	99	0	409	24	16	16	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57666068--57666177	55	2.0	55	98	0	211	32	15	30	20	1.94
57675236--57675643	39	9.9	40	73	13	233	30	21	20	27	1.98
57675234--57675542	124	2.5	124	96	0	566	30	22	20	27	1.98
57675319--57675671	167	2.1	165	92	2	582	29	22	20	28	1.98
57685756--57685794	20	2.0	19	95	5	69	41	0	0	58	0.98
57685756--57685792	11	3.5	11	85	10	51	40	0	0	59	0.97
57687687--57687840	75	2.1	75	100	0	308	26	14	21	37	1.92
57695940--57696051	37	3.1	34	69	22	93	31	4	1	62	1.25
57696011--57696068	21	2.9	21	84	5	75	31	0	3	65	1.09
57696343--57696414	28	2.5	29	86	4	101	34	11	5	48	1.62
57700079--57700205	35	3.6	35	83	0	128	30	11	25	33	1.90
57706218--57706257	20	2.0	20	100	0	80	50	5	5	40	1.46
57708997--57709104	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
57714596--57714648	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
57716135--57716242	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
57718076--57718133	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
57718761--57718817	5	11.2	5	98	1	105	57	0	0	42	0.98
57721768--57721969	53	3.8	51	76	13	185	32	15	24	26	1.96
57727150--57727197	25	1.9	26	83	8	64	43	0	16	39	1.48
57727812--57727864	26	2.0	26	81	0	61	47	11	9	32	1.71
57732771--57732837	26	2.7	24	75	22	66	59	0	2	37	1.13
57736471--57736621	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57743990--57744140	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
57746545--57746585	20	2.0	20	100	0	82	31	0	29	39	1.57
57747287--57747319	12	2.6	13	85	9	50	30	3	0	66	1.06
57747448--57747479	16	2.0	16	100	0	64	37	18	0	43	1.51
57749742--57749783	22	2.0	22	90	4	68	19	7	0	73	1.05
57754210--57754436	76	3.0	76	99	0	445	39	19	14	26	1.90
57755639--57755684	18	2.5	18	83	16	51	45	0	2	52	1.13
57759762--57759797	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
57766756--57766796	21	2.0	21	100	0	82	29	7	14	48	1.71
57771425--57771460	18	2.1	18	89	5	56	52	8	2	36	1.46
57783286--57783340	5	10.8	5	88	3	74	81	5	0	12	0.84
57784289--57784377	44	2.0	44	97	0	169	24	19	11	44	1.83
57784598--57784627	15	2.0	15	100	0	60	73	6	0	20	1.05
57786597--57786794	46	4.3	46	88	1	272	20	22	15	41	1.89
57786758--57786822	28	2.2	29	86	8	96	23	21	15	40	1.91
57786725--57786869	74	1.9	75	88	1	220	22	22	14	40	1.90
57786674--57786915	121	2.0	120	90	0	376	21	22	14	41	1.89
57786642--57786949	167	1.8	166	91	0	508	22	23	13	40	1.90
57786794--57786950	46	3.4	46	86	1	215	22	24	13	39	1.90
57807337--57807366	14	2.1	14	100	0	60	20	30	6	43	1.77
57811391--57811415	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
57815262--57815297	17	2.1	17	89	0	54	38	11	0	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57829964--57830069	52	2.0	52	98	0	203	48	16	14	20	1.81
57830145--57830195	25	2.0	25	100	0	102	31	7	15	45	1.75
57844750--57844798	23	2.1	23	100	0	98	28	12	26	32	1.92
57845102--57845179	38	2.0	39	82	2	95	64	8	1	25	1.31
57845202--57845246	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
57847799--57847942	22	6.4	21	70	16	74	36	47	0	14	1.49
57847798--57847857	31	1.9	31	93	0	102	35	45	1	18	1.60
57847856--57847892	13	2.8	13	95	0	65	43	43	0	13	1.44
57847870--57847936	35	1.9	35	100	0	134	38	50	0	10	1.37
57847830--57847927	48	2.0	48	88	3	144	38	45	1	14	1.51
57847896--57847942	13	3.9	13	76	23	50	36	51	0	12	1.40
57848262--57848344	3	27.3	3	70	20	50	30	4	1	63	1.22
57848266--57848348	18	4.4	18	78	13	78	31	4	1	62	1.23
57848677--57848706	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
57852354--57852422	30	2.3	31	80	7	79	30	8	20	40	1.82
57856107--57856193	43	2.0	43	95	0	156	44	20	6	27	1.77
57856546--57856574	6	4.8	6	100	0	58	0	34	17	48	1.47
57856546--57856581	18	2.0	18	88	0	54	2	36	16	44	1.63
57857510--57857539	14	2.1	14	93	0	51	46	0	26	26	1.53
57860340--57860405	33	2.0	33	93	0	114	16	25	12	45	1.82
57868502--57868560	29	2.0	29	96	0	109	23	47	0	28	1.52
57871935--57871969	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57873000--57873034	17	2.1	17	89	10	54	40	0	2	57	1.14
57873386--57873426	20	2.0	20	95	0	73	46	9	17	26	1.79
57882474--57882506	17	2.0	17	94	5	59	33	0	0	66	0.92
57885549--57885592	20	2.1	21	84	12	56	63	6	0	29	1.20
57887163--57887214	22	2.4	22	74	6	52	36	15	15	32	1.89
57896082--57896120	11	3.5	11	82	0	51	69	7	2	20	1.26
57897809--57897869	30	2.0	30	90	0	95	54	11	6	27	1.61
57897850--57897882	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
57897904--57897934	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
57908615--57908666	27	1.9	27	84	0	68	40	5	13	40	1.68
57915767--57915941	86	2.0	86	93	0	296	42	13	24	20	1.87
57915979--57916044	32	2.1	32	100	0	132	48	9	12	30	1.71
57938343--57938397	18	3.2	17	75	10	58	23	0	7	69	1.14
57939264--57939361	48	2.0	48	100	0	196	28	8	11	52	1.66
57942022--57942093	36	2.0	36	91	0	117	27	47	0	25	1.52
57944557--57944594	15	2.5	15	86	0	58	39	18	18	23	1.92
57952732--57952811	29	2.8	29	90	0	124	25	12	8	53	1.66
57957885--57957959	39	1.9	39	88	0	114	53	18	9	18	1.71
57960930--57960977	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
57960991--57961083	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
57965442--57965489	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
57974150--57974258	53	2.1	53	91	0	173	39	16	21	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57974827--57974878	27	1.9	27	84	0	68	9	11	1	76	1.09
57978351--57978415	9	7.0	9	75	13	60	61	1	3	33	1.21
57978366--57978423	28	2.1	27	84	9	73	58	0	5	36	1.20
57978351--57978415	19	3.5	18	75	12	60	61	1	3	33	1.21
57979377--57979437	23	2.7	22	74	20	54	26	6	3	63	1.34
57979442--57979478	15	2.5	15	86	0	56	29	5	0	64	1.15
57982105--57982159	11	5.1	10	80	10	56	65	1	0	32	1.03
57982115--57982198	28	3.3	26	70	25	63	55	4	0	39	1.21
57982762--57982888	52	2.5	48	76	17	116	31	10	3	55	1.49
57982793--57982872	25	3.2	24	74	15	63	32	11	1	55	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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