genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14133458--14133615	65	2.4	67	77	9	155	32	15	24	27	1.96
14133357--14133621	101	2.6	102	78	7	249	32	15	24	27	1.95
14138728--14138775	7	6.9	7	88	6	71	72	2	0	25	0.95
14145949--14145991	21	2.0	21	86	0	59	32	30	13	23	1.93
14146995--14147081	3	29.7	3	76	9	54	4	29	1	64	1.21
14147558--14147611	21	2.6	21	75	0	63	29	0	1	68	1.00
14149355--14149413	30	1.9	32	83	13	79	52	8	1	37	1.42
14150268--14150298	13	2.4	13	94	0	53	41	12	19	25	1.87
14158056--14158162	35	3.1	35	94	0	187	33	18	25	22	1.97
14158332--14158420	29	2.8	31	80	19	112	22	14	21	41	1.89
14160263--14160306	5	8.8	5	94	0	79	38	18	0	43	1.50
14160383--14160422	20	2.1	19	95	4	71	60	5	12	22	1.52
14161886--14162152	136	2.0	134	92	1	444	37	8	23	29	1.85
14163211--14163338	32	4.0	32	91	0	211	35	10	9	45	1.70
14164373--14164556	48	3.8	48	80	5	219	29	19	27	23	1.98
14164373--14164559	96	1.9	96	91	2	304	29	18	27	24	1.98
14167755--14167789	9	3.9	9	100	0	70	77	0	0	22	0.78
14168338--14168544	115	1.8	115	91	0	342	39	9	20	30	1.84
14169026--14169055	13	2.3	13	100	0	60	30	0	0	70	0.88
14176192--14176225	18	2.0	17	88	11	52	47	2	5	44	1.42
14177285--14177413	50	2.5	51	88	2	197	34	15	23	26	1.94
14177389--14177537	31	4.8	31	89	0	217	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14177570--14177689	49	2.5	47	80	11	138	25	15	27	30	1.96
14181378--14181575	95	2.1	95	86	0	270	41	21	12	24	1.88
14184247--14184297	20	2.5	20	72	12	59	39	21	3	35	1.72
14197030--14197398	48	7.7	46	77	8	315	26	28	18	26	1.98
14197030--14197409	96	3.9	95	82	4	397	27	28	17	26	1.98
14197030--14197410	144	2.6	146	84	4	468	27	28	17	26	1.98
14207724--14208030	40	7.7	40	93	0	524	21	28	20	29	1.98
14211213--14211477	93	2.8	93	93	2	478	28	29	19	21	1.98
14211207--14211477	46	5.8	50	76	16	285	29	29	19	21	1.98
14217546--14217701	40	3.9	40	87	3	224	24	27	23	24	2.00
14217520--14217697	80	2.2	80	84	4	227	24	27	23	24	2.00
14220589--14220687	50	1.9	52	91	4	166	40	11	15	33	1.82
14229402--14229464	31	2.0	31	87	0	90	22	25	15	36	1.94
14229649--14229778	25	5.2	25	87	10	160	26	23	19	31	1.98
14229650--14229780	26	5.2	26	87	11	168	26	22	19	32	1.97
14229683--14229778	51	1.9	48	93	6	165	28	22	20	28	1.99
14229829--14229895	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
14229829--14229884	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
14230846--14231018	88	2.0	88	98	0	337	38	10	20	30	1.86
14231611--14231786	46	3.8	45	76	11	169	22	19	27	30	1.98
14231607--14231778	93	1.8	93	88	2	265	22	20	28	29	1.98
14236222--14236582	40	9.0	40	96	0	650	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14239480--14239651	48	3.6	48	79	6	181	23	28	16	30	1.97
14244011--14244123	27	4.2	27	85	5	140	15	26	21	36	1.94
14248821--14248910	45	2.0	45	93	0	153	31	23	17	27	1.97
14251953--14252060	54	2.0	53	89	1	162	16	25	22	36	1.94
14251953--14252060	27	4.0	26	88	5	144	16	25	22	36	1.94
14256822--14257107	48	6.0	47	78	9	267	26	29	17	26	1.97
14256819--14257097	96	2.9	93	81	10	305	25	29	17	27	1.97
14256826--14257107	144	2.0	144	85	5	392	26	29	16	26	1.97
14259280--14259438	78	2.1	75	79	10	171	35	7	3	52	1.48
14259306--14259448	76	1.9	77	89	4	227	37	8	2	51	1.47
14259986--14260397	130	3.1	130	86	2	495	25	18	19	35	1.95
14263205--14263254	11	4.5	11	78	14	50	18	16	8	58	1.62
14266767--14266844	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
14266797--14267123	173	1.9	174	92	0	548	30	14	23	31	1.94
14276028--14276108	40	2.0	40	95	0	144	48	9	4	37	1.58
14285703--14285774	13	5.7	13	85	6	103	76	5	6	11	1.15
14285705--14285774	12	5.7	12	88	6	104	77	5	5	11	1.12
14285704--14285774	25	2.8	25	93	0	124	77	5	5	11	1.11
14286651--14286718	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
14286662--14286718	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
14286662--14286718	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
14297886--14298326	217	2.0	218	91	1	706	28	17	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14321476--14321509	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
14321459--14321518	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
14323450--14323531	30	2.8	27	73	14	74	39	3	9	47	1.54
14328441--14328483	18	2.3	18	80	4	50	41	4	0	53	1.21
14330469--14330504	14	2.6	14	86	0	54	44	0	0	55	0.99
14332635--14332711	28	2.8	27	74	12	75	31	6	0	62	1.21
14332754--14332795	19	2.2	20	86	4	59	16	2	9	71	1.23
14332777--14332826	18	2.8	18	82	8	59	18	0	8	74	1.06
14332787--14332831	17	2.7	16	83	10	54	20	0	4	75	0.97
14335521--14335645	62	2.0	62	100	0	250	40	17	4	36	1.71
14336095--14336122	12	2.3	12	100	0	56	46	0	39	14	1.44
14339037--14339076	20	2.0	20	95	0	71	12	25	40	22	1.89
14345137--14345176	19	2.2	18	90	4	62	30	0	2	67	1.04
14345137--14345176	9	4.3	10	78	15	50	30	0	2	67	1.04
14345168--14345224	29	1.9	30	85	3	80	47	7	0	45	1.30
14347246--14347293	5	9.4	5	93	6	71	43	0	0	56	0.99
14347248--14347294	2	26.0	2	80	20	59	44	0	0	55	0.99
14349777--14349817	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
14351407--14351437	6	5.2	6	96	0	53	16	29	19	35	1.93
14351350--14351471	57	2.1	57	87	0	172	20	22	18	38	1.93
14351659--14351849	18	10.6	18	74	12	142	34	10	16	38	1.84
14351647--14351929	36	7.6	36	68	15	148	34	11	15	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14351647--14351942	54	5.4	54	72	12	206	34	11	15	38	1.84
14353993--14354055	5	12.6	5	100	0	126	60	0	0	39	0.97
14354148--14354200	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
14369823--14369858	6	6.0	6	100	0	72	50	0	0	50	1.00
14369981--14370015	18	2.0	18	88	5	54	37	0	5	57	1.23
14370211--14370274	31	2.1	30	88	2	92	53	0	4	42	1.22
14382093--14382133	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
14390008--14390040	16	1.9	18	88	11	52	30	0	18	51	1.46
14406372--14406502	57	2.3	57	86	1	199	34	22	12	29	1.92
14406469--14406598	32	4.1	32	98	0	251	37	19	10	33	1.85
14406533--14406746	90	2.4	90	95	0	383	35	22	10	32	1.88
14406623--14406688	32	2.1	32	91	0	105	39	18	9	33	1.82
14406655--14406965	58	5.5	58	82	5	397	33	23	11	31	1.90
14406831--14406986	50	3.0	49	73	14	134	38	19	8	32	1.83
14406898--14407040	75	1.9	74	95	1	259	32	23	10	33	1.89
14406972--14407148	58	3.1	58	94	0	291	28	23	12	35	1.91
14417315--14417366	16	3.1	17	80	8	61	51	0	1	46	1.12
14417674--14417739	26	2.4	28	80	16	75	33	6	0	60	1.21
14420020--14420089	31	2.3	31	85	5	88	35	10	17	37	1.83
14423969--14424813	422	2.0	422	99	0	1672	42	16	17	23	1.89
14425757--14425836	41	1.9	42	94	2	144	22	15	15	47	1.82
14426429--14426474	21	2.1	23	84	15	62	34	4	0	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14434088--14434147	28	2.2	27	84	3	75	35	18	18	28	1.94
14438627--14438700	22	3.1	22	65	20	58	25	10	2	60	1.43
14438600--14438700	50	2.0	50	100	0	202	25	11	3	58	1.51
14438600--14438683	28	3.2	28	67	19	90	26	11	4	57	1.54
14448197--14448230	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
14449870--14449904	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
14458031--14458065	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
14459705--14459738	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
14461141--14461191	25	2.2	23	83	13	61	66	0	0	33	0.92
14461147--14461223	27	2.8	26	76	5	73	61	1	1	36	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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