genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78360170--78360230	30	2.1	29	93	3	104	37	24	11	26	1.89
78365680--78365816	37	3.5	39	75	12	120	32	26	15	26	1.95
78367243--78367286	23	1.9	23	85	0	61	29	13	29	27	1.94
78374090--78374216	43	2.9	43	83	8	159	25	18	30	25	1.98
78374138--78374230	43	2.2	43	86	3	125	26	17	31	24	1.97
78386150--78386192	19	2.2	20	91	4	70	32	11	6	48	1.66
78386775--78386856	40	2.1	39	88	6	121	29	10	10	48	1.72
78391128--78391160	16	2.1	16	88	11	50	75	0	12	12	1.04
78391348--78391387	16	2.5	16	100	0	80	55	0	12	32	1.38
78397918--78397964	24	2.0	23	87	4	67	51	21	12	14	1.76
78398108--78398152	23	2.0	23	81	0	54	48	17	15	17	1.81
78400012--78400183	43	4.0	43	70	17	135	25	18	26	30	1.98
78405928--78405957	12	2.5	12	94	0	51	6	20	43	30	1.77
78409637--78409670	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
78409786--78409907	53	2.3	53	88	2	174	19	19	18	42	1.89
78410038--78410089	18	2.8	19	76	5	61	30	7	11	50	1.67
78410036--78410105	18	3.8	18	74	9	52	34	11	10	44	1.74
78410125--78410185	18	3.4	18	76	0	68	40	8	11	39	1.71
78410112--78410194	36	2.3	36	87	0	112	39	7	12	40	1.70
78416231--78416273	4	10.8	4	84	0	59	48	23	2	25	1.62
78416239--78416561	95	3.4	95	100	0	646	42	17	10	29	1.82
78416524--78416571	4	12.0	4	77	0	51	47	20	2	29	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78427738--78427970	122	1.9	122	99	0	457	29	10	18	41	1.84
78428096--78428162	34	2.0	34	100	0	134	16	35	5	41	1.73
78430179--78430252	29	2.6	28	79	10	69	28	6	0	64	1.18
78430201--78430261	15	3.9	16	81	14	65	29	8	0	62	1.24
78430193--78430261	32	2.2	32	82	10	79	30	8	0	60	1.26
78430219--78430264	15	2.9	15	93	6	74	26	8	0	65	1.21
78430404--78430558	3	50.7	3	75	16	124	30	3	1	63	1.23
78438287--78438377	19	4.9	19	86	8	134	35	12	17	35	1.87
78438287--78438384	35	2.7	37	81	12	123	35	11	18	34	1.86
78438338--78438400	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
78443215--78443292	1	78.0	1	74	0	57	85	0	14	0	0.59
78443215--78443290	11	6.9	11	77	10	84	85	0	14	0	0.60
78443229--78443292	7	8.9	7	80	13	76	85	0	14	0	0.59
78443215--78443292	22	3.5	22	87	1	111	85	0	14	0	0.59
78443217--78443278	9	6.7	9	85	12	65	85	0	14	0	0.60
78444202--78444523	44	7.3	44	87	2	450	27	14	29	27	1.95
78444613--78444940	78	4.2	78	92	0	505	32	18	23	25	1.97
78444992--78445191	45	4.5	45	81	2	224	34	14	27	24	1.94
78445011--78445177	89	1.9	89	86	2	237	31	13	28	26	1.94
78446566--78446916	78	4.5	78	92	1	546	31	19	24	24	1.98
78446958--78447083	45	2.8	45	82	1	137	34	12	26	26	1.92
78449261--78449392	46	2.8	46	75	7	115	33	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78449708--78450490	45	17.5	45	74	6	452	32	18	21	27	1.97
78449709--78450392	89	7.7	88	75	7	513	31	18	22	27	1.97
78449799--78450306	134	3.8	133	86	2	678	31	17	23	27	1.97
78449706--78450088	179	2.1	179	89	0	586	31	18	22	26	1.97
78449755--78450408	267	2.4	266	81	5	610	31	18	22	27	1.97
78450383--78450499	46	2.6	45	78	4	110	33	21	18	26	1.97
78451511--78451625	15	8.1	14	69	19	60	25	9	0	64	1.29
78451511--78451581	29	2.5	28	75	22	67	26	7	1	64	1.27
78451566--78451626	21	2.9	22	82	7	81	24	11	0	63	1.27
78451757--78451788	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
78451818--78451855	18	2.1	18	85	9	51	23	5	0	71	1.07
78455576--78455656	32	2.5	32	79	15	96	24	2	18	54	1.56
78457365--78457399	6	5.8	6	93	0	52	48	5	0	45	1.26
78457818--78457856	15	2.6	16	88	8	55	61	0	12	25	1.31
78465626--78465665	3	13.3	3	100	0	80	0	0	32	67	0.91
78466164--78466518	131	2.7	131	85	4	432	33	17	20	28	1.96
78469651--78470002	132	2.7	133	90	2	521	26	24	19	30	1.98
78470075--78470195	64	1.9	64	87	3	181	36	12	19	32	1.89
78470897--78470925	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
78475567--78475646	40	2.0	40	95	0	142	27	15	30	27	1.96
78475567--78475630	20	3.2	20	64	16	51	28	14	29	28	1.95
78480413--78480499	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78482308--78482778	235	2.0	235	100	0	942	20	26	16	36	1.94
78485816--78486021	27	7.7	27	84	0	243	29	13	16	40	1.86
78485816--78486050	81	2.9	80	87	4	303	29	12	17	40	1.86
78485826--78486050	27	8.4	27	82	4	179	29	12	16	40	1.86
78489136--78489205	32	2.2	32	89	5	106	37	22	17	22	1.94
78495385--78495739	47	7.6	46	71	14	219	22	28	21	27	1.99
78495381--78495736	94	3.8	93	77	10	334	22	28	21	27	1.99
78501564--78501625	26	2.5	25	77	12	65	25	22	19	32	1.97
78502995--78503025	8	3.9	8	91	0	53	38	0	22	38	1.54
78504844--78504952	54	2.0	54	98	0	209	26	14	17	41	1.88
78506302--78506367	34	1.9	34	90	0	105	19	13	36	30	1.91
78507600--78507687	29	3.1	29	86	1	133	30	11	25	32	1.91
78509975--78510006	12	2.7	12	100	0	64	31	28	34	6	1.82
78514286--78514459	46	3.8	45	73	14	131	22	29	18	28	1.98
78514286--78514459	94	1.9	92	82	7	217	22	29	18	28	1.98
78519246--78519410	47	3.5	47	88	5	233	29	31	7	31	1.86
78521054--78521204	27	5.6	27	82	4	178	27	15	27	29	1.96
78521055--78521204	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	30	1.96
78522555--78522839	49	5.9	49	94	1	493	29	27	8	34	1.86
78522555--78522839	96	2.9	96	95	1	498	29	27	8	34	1.86
78522555--78522839	145	2.0	146	95	1	509	29	27	8	34	1.86
78532093--78532398	46	6.5	45	75	9	222	23	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78532083--78532401	47	6.8	45	72	13	175	23	30	17	28	1.97
78532093--78532401	94	3.3	93	76	11	260	23	29	17	28	1.97
78543389--78543560	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
78547152--78547201	22	2.3	22	93	6	84	46	22	4	28	1.70
78548630--78548674	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
78550019--78550063	23	1.9	24	90	4	74	11	2	11	75	1.13
78550886--78550946	29	2.1	29	85	8	81	32	3	3	60	1.29
78554819--78554848	7	4.1	7	95	4	51	30	0	0	70	0.88
78554998--78555037	6	7.2	6	83	16	59	0	0	15	85	0.61
78554995--78555035	15	2.8	15	92	3	66	0	0	14	85	0.60
78554996--78555037	21	2.0	21	100	0	84	0	0	14	85	0.59
78555828--78555903	40	1.9	40	86	0	107	38	34	10	17	1.84
78568844--78568911	34	2.0	33	88	2	100	30	20	20	27	1.98
78568844--78568940	34	2.9	34	80	7	90	27	20	22	28	1.99
78573010--78573171	40	3.9	44	73	9	126	29	13	25	31	1.94
78581846--78581876	16	1.9	16	93	0	53	51	12	22	12	1.74
78582092--78582215	29	4.3	29	92	2	198	25	13	30	29	1.94
78591941--78592173	49	4.7	50	81	2	272	25	18	26	28	1.98
78605017--78605235	47	4.7	47	82	7	284	28	26	20	24	1.99
78605010--78605230	93	2.4	93	85	5	295	28	27	19	23	1.98
78605017--78605283	140	1.9	140	93	0	462	28	26	19	24	1.99
78611335--78611512	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78611336--78611491	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78611332--78611512	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78620388--78620426	20	2.0	20	85	10	53	20	30	7	41	1.80
78623451--78623509	29	2.0	29	96	0	109	42	25	16	15	1.88
78633162--78633274	46	2.5	46	79	2	129	33	15	26	23	1.95
78633348--78633399	27	1.9	27	88	0	77	30	25	23	21	1.99
78645600--78645777	66	2.6	67	80	15	172	21	28	16	33	1.95
78647783--78647820	7	5.6	7	96	3	69	10	13	0	76	1.02
78652890--78653120	41	5.7	41	76	2	241	28	27	21	22	1.99
78652890--78653085	81	2.4	81	100	0	392	28	27	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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