Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  190  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62270098--62270192
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0
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0
0
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1.10
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Period
Size
Copy
Number
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Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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23
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1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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2.0
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0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
62499532--62499604
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2.7
27
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62550123--62550180
28
2.0
29
83
3
73
37
1
6
53
1.38
62550338--62550362
13
1.9
13
100
0
50
64
4
0
32
1.12
62559163--62559192
7
4.3
7
95
0
51
16
0
40
43
1.48
62560005--62560076
30
2.4
30
86
9
101
38
13
18
29
1.89
62561291--62561390
44
2.3
44
91
0
155
30
24
15
31
1.95
62561373--62561404
7
4.6
7
96
0
55
18
31
9
40
1.83
62561284--62561492
102
2.0
102
93
0
355
29
22
15
32
1.95
62561335--62561448
58
2.0
58
92
0
192
28
21
14
35
1.93
62561386--62561499
44
2.6
44
94
0
201
29
21
15
33
1.94
62573652--62573795
72
2.0
72
97
0
270
31
22
13
32
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62578038--62578101
15
4.1
15
75
11
56
23
1
45
29
1.62
62579477--62579540
15
4.1
15
75
11
56
23
1
45
29
1.62
62582065--62582242
95
1.9
94
82
5
225
48
10
11
29
1.71
62596878--62596921
21
2.1
21
91
0
70
20
29
20
29
1.98
62602336--62602400
24
2.7
23
79
11
67
61
13
16
7
1.54
62611809--62611840
6
5.3
6
100
0
64
84
0
0
15
0.63
62613628--62613668
20
2.0
20
90
9
66
58
2
2
36
1.24
62616096--62616135
20
2.0
20
85
9
55
2
17
25
55
1.55
62618181--62618218
16
2.4
16
86
4
51
36
2
0
60
1.11
62626739--62626782
14
3.1
14
80
6
52
43
15
6
34
1.74
62629589--62629636
20
2.5
20
78
21
57
27
4
0
68
1.07
62637744--62637769
12
2.2
12
100
0
52
46
15
0
38
1.46
62638147--62638195
5
9.4
5
80
6
53
20
4
4
71
1.19
62642217--62642291
27
2.8
26
76
6
69
36
1
2
60
1.20
62642227--62642281
27
2.0
28
85
3
76
32
1
0
65
1.03
62644575--62644772
99
2.0
99
97
0
378
17
46
14
20
1.83
62646113--62646182
8
9.0
8
70
4
54
35
4
2
57
1.33
62646113--62646184
24
3.1
23
84
9
85
36
4
2
56
1.33
62647333--62647385
23
2.3
23
96
0
97
16
28
18
35
1.93
62647333--62647397
23
2.8
23
90
4
87
18
29
20
32
1.96
62647578--62647630
25
2.1
25
89
0
79
39
9
13
37
1.77
62647578--62647639
25
2.5
25
84
5
63
40
9
14
35
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62647814--62647849
18
2.0
18
100
0
72
38
5
22
33
1.77
62650975--62651000
6
4.3
6
100
0
52
30
0
15
53
1.42
62654073--62654107
5
7.0
5
100
0
70
40
0
0
60
0.97
62679248--62679341
48
2.0
48
83
8
120
23
12
23
40
1.89
62681763--62681856
48
2.0
48
85
8
129
20
12
26
40
1.88
62694325--62694516
41
4.7
38
72
21
115
33
0
12
54
1.38
62694325--62694516
19
9.4
19
70
19
95
33
0
12
54
1.38
62697029--62697081
6
8.8
6
85
0
70
1
37
28
32
1.68
62698703--62698744
16
2.7
15
85
7
57
57
2
2
38
1.25
62698937--62698981
3
15.3
3
90
4
74
0
35
0
64
0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279