genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16054838--16055006	47	3.6	47	90	0	257	27	23	13	35	1.93
16057377--16057416	17	2.5	17	88	8	57	47	27	0	25	1.52
16060215--16060397	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
16060251--16060432	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
16072191--16072402	40	5.3	40	87	4	243	25	21	28	25	1.99
16072138--16072402	80	3.3	80	81	6	272	25	21	27	25	1.99
16074065--16074163	50	2.0	49	92	4	155	23	19	13	43	1.85
16075043--16075113	35	2.0	35	91	5	117	28	18	11	42	1.84
16076232--16076369	40	3.5	40	91	3	208	23	28	23	23	1.99
16083496--16083666	40	4.3	40	94	0	281	26	26	21	24	1.99
16085287--16085371	38	2.2	38	87	0	116	21	23	27	28	1.99
16085387--16085468	43	1.9	43	92	0	137	13	25	32	28	1.93
16087415--16087449	11	2.9	12	91	8	54	45	0	5	48	1.26
16089227--16089598	47	7.9	45	78	9	243	28	18	29	23	1.98
16089231--16089592	96	3.8	93	77	11	303	28	18	29	24	1.98
16089850--16089905	27	2.1	27	100	0	112	21	17	17	42	1.89
16091536--16091671	48	2.8	48	85	0	182	26	17	26	29	1.98
16091575--16091760	48	4.2	42	68	16	106	25	16	26	30	1.97
16107832--16107923	45	2.0	45	91	0	148	28	14	15	42	1.85
16112139--16112323	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
16112140--16112323	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
16112140--16112346	79	2.6	79	81	8	199	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16119096--16119245	72	2.1	72	94	2	266	35	15	27	22	1.94
16119725--16119850	63	2.0	63	96	0	234	27	26	14	31	1.95
16120966--16121133	84	2.0	84	94	0	291	27	23	21	27	1.99
16124767--16124844	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
16124797--16125124	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	30	1.95
16132958--16133219	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
16134159--16134844	342	2.0	343	95	0	1223	34	15	21	28	1.94
16140615--16140658	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
16146440--16146485	21	2.3	20	81	7	58	47	15	6	30	1.70
16149437--16149484	25	1.9	25	86	0	69	33	20	16	29	1.95
16149510--16149558	20	2.5	20	87	12	68	38	6	20	34	1.77
16149513--16149575	29	2.2	29	85	5	83	39	7	19	33	1.80
16149626--16149760	26	5.3	26	85	6	172	28	21	22	28	1.99
16149626--16149760	52	2.7	52	90	5	206	28	21	22	28	1.99
16151758--16151798	18	2.4	17	83	4	55	14	24	41	19	1.89
16152600--16152635	19	1.9	19	88	5	56	36	25	5	33	1.79
16157089--16157232	40	3.6	40	82	6	166	28	14	22	34	1.94
16162475--16162659	40	4.7	40	82	6	216	24	28	22	24	2.00
16162475--16162659	79	2.3	80	82	7	216	24	28	22	24	2.00
16166678--16166790	27	4.2	27	84	7	140	15	23	23	38	1.92
16166678--16166790	54	2.1	54	88	3	165	15	23	23	38	1.92
16174401--16174512	27	4.1	27	81	3	127	14	23	22	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16174401--16174512	54	2.1	54	86	3	154	14	23	22	40	1.90
16181222--16181344	64	1.9	64	100	0	246	28	19	25	26	1.99
16181363--16181484	46	2.7	45	86	5	167	27	14	30	27	1.95
16184786--16184891	43	2.5	42	84	7	126	30	26	17	25	1.98
16184797--16184891	42	2.2	43	85	5	122	31	25	16	26	1.97
16186990--16187020	16	1.9	16	93	0	53	38	22	22	16	1.92
16195195--16195222	14	2.0	14	100	0	56	14	35	28	21	1.92
16195451--16195525	10	7.1	11	71	7	57	37	13	16	33	1.87
16195451--16195508	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
16196815--16196890	29	2.6	28	83	4	98	30	14	25	30	1.95
16197991--16198031	17	2.4	17	91	0	64	39	21	12	26	1.89
16207164--16207197	17	1.9	18	88	5	52	64	0	35	0	0.94
16207296--16207401	24	4.4	24	89	1	149	19	38	4	36	1.73
16213539--16213624	32	2.6	33	76	9	86	30	24	18	26	1.98
16213883--16213923	22	1.9	21	90	5	64	51	19	14	14	1.77
16213935--16213987	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
16215243--16215319	24	3.2	24	90	0	127	19	37	5	37	1.74
16218122--16218186	34	1.9	34	90	0	103	26	21	21	30	1.98
16219900--16220048	37	4.1	37	89	1	210	25	32	19	22	1.98
16220254--16220568	47	6.7	47	91	0	495	26	29	12	31	1.93
16220253--16220568	141	2.2	141	95	0	569	25	29	12	31	1.93
16221950--16222134	40	4.7	40	81	6	216	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16221952--16222132	79	2.3	80	81	8	208	27	27	20	24	1.99
16229748--16230503	206	3.7	205	89	3	1101	29	20	18	31	1.97
16234589--16234703	40	2.9	40	81	10	119	23	20	29	26	1.98
16234589--16234714	39	3.2	38	80	11	130	23	20	30	25	1.99
16234470--16234957	243	2.0	243	100	0	976	27	14	27	30	1.95
16234832--16235014	39	4.6	39	83	8	210	24	21	29	25	1.99
16234828--16235012	79	2.3	78	84	5	230	25	21	28	24	1.99
16243007--16243043	19	1.9	19	94	0	65	29	13	37	18	1.90
16243122--16243255	29	4.7	27	77	7	115	26	14	32	26	1.94
16249432--16249462	16	1.9	16	93	0	53	48	35	9	6	1.62
16250820--16250856	19	1.9	19	88	0	56	24	18	43	13	1.86
16250934--16251019	28	3.0	28	81	10	95	27	12	31	27	1.93
16250934--16251033	29	3.5	29	80	9	107	29	13	30	28	1.94
16251144--16251180	19	1.9	19	88	0	56	32	18	35	13	1.90
16251269--16251344	28	2.8	28	88	8	95	30	15	28	25	1.96
16250713--16251341	324	1.9	323	91	1	1019	27	15	31	25	1.95
16251278--16251344	28	2.4	28	92	0	107	32	14	26	25	1.95
16255157--16255244	44	2.0	44	93	0	149	29	9	28	32	1.88
16259539--16259714	46	3.8	46	79	12	198	30	29	19	20	1.97
16259547--16259717	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
16273234--16273437	53	3.8	54	77	1	203	38	19	22	20	1.93
16275071--16275159	28	3.2	28	80	9	94	33	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16275209--16275325	28	4.2	28	88	6	168	35	21	22	21	1.96
16276806--16276876	35	2.0	35	86	0	97	15	35	14	35	1.88
16279905--16279992	28	3.2	27	88	6	124	35	21	22	20	1.96
16282556--16282621	30	2.2	29	81	10	71	36	3	3	57	1.29
16282613--16282721	29	3.9	29	68	20	79	32	4	0	62	1.22
16282684--16282726	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
16297433--16297483	26	2.0	26	88	3	77	33	21	15	29	1.94
16303456--16303565	55	2.0	55	90	0	175	39	14	14	31	1.86
16316703--16316848	37	3.9	37	95	0	256	26	30	19	23	1.98
16316994--16317130	50	2.8	49	85	6	206	31	26	6	35	1.82
16317100--16317293	47	4.1	47	88	0	262	27	28	10	34	1.89
16317193--16317264	22	3.1	22	64	24	58	23	26	13	36	1.93
16320588--16321424	40	20.9	40	98	0	1586	27	27	20	24	1.99
16321554--16321650	48	2.0	48	97	0	185	35	28	2	34	1.69
16321565--16321639	23	3.2	23	63	20	55	34	26	2	36	1.71
16331733--16331876	46	3.1	46	68	21	113	29	27	19	22	1.98
16334428--16334599	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
16334421--16334596	46	3.8	45	79	12	198	29	28	20	21	1.98
16335611--16335728	59	2.0	59	100	0	236	33	20	8	37	1.83
16339838--16339965	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
16339838--16339965	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
16345104--16345129	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16351747--16351847	40	2.5	40	87	3	150	27	27	20	23	1.99
16351828--16351903	40	1.9	40	94	0	134	26	25	21	27	1.99
16353404--16353429	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
16358979--16359059	37	2.2	38	88	2	119	22	17	12	48	1.80
16363546--16363721	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
16363543--16363714	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
16369696--16369890	39	5.0	39	91	0	302	22	22	29	25	1.99
16376628--16376815	49	3.8	49	99	0	367	29	8	31	30	1.87
16376933--16377011	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
16377879--16378182	150	2.0	150	98	0	581	29	18	19	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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