genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  234  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76657124--76657241	54	2.2	54	87	0	173	24	21	18	35	1.95
76669648--76669690	21	2.0	21	95	0	77	67	4	16	11	1.38
76671025--76671252	40	5.7	40	82	5	248	27	22	27	23	1.99
76671025--76671218	80	2.4	80	89	1	291	27	22	27	22	1.99
76679114--76679335	40	5.6	40	86	3	288	27	23	27	22	1.99
76683062--76683218	42	3.7	43	75	9	151	31	21	22	25	1.98
76683059--76683218	85	1.9	86	84	6	218	30	21	22	25	1.99
76686536--76686621	43	2.0	43	86	4	120	23	25	16	34	1.95
76690258--76690312	27	2.0	27	100	0	110	18	10	25	45	1.82
76691928--76691992	32	2.0	32	100	0	130	33	21	18	26	1.96
76698050--76698226	79	2.2	80	87	2	248	38	22	9	29	1.85
76698050--76698285	27	8.8	27	81	8	232	37	22	10	29	1.87
76698051--76698242	106	1.8	106	82	2	251	38	21	9	30	1.85
76698050--76698283	106	2.2	107	79	5	240	37	22	10	29	1.87
76698210--76698335	27	4.7	27	72	11	78	36	23	9	30	1.87
76698319--76698675	27	13.3	27	86	1	457	34	19	21	25	1.96
76699125--76699220	6	15.7	6	77	16	99	17	17	15	48	1.81
76699125--76699211	25	3.5	25	90	4	133	17	18	14	49	1.80
76701171--76701376	27	7.6	27	82	2	225	40	19	7	32	1.79
76701171--76701487	54	5.9	54	79	2	264	39	20	7	32	1.81
76701223--76701446	81	2.8	81	80	5	229	40	20	7	32	1.80
76701192--76701485	27	10.9	27	78	5	204	39	20	7	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76701469--76701852	27	14.3	27	83	1	421	35	18	19	26	1.95
76702121--76702180	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
76702299--76702410	6	18.3	6	76	17	79	20	15	14	50	1.78
76704361--76704677	27	11.7	27	80	1	267	38	21	8	32	1.83
76704659--76705043	27	14.2	27	86	1	484	34	19	21	24	1.96
76705313--76705372	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
76705491--76705603	6	18.3	6	72	18	81	17	15	15	51	1.77
76705494--76705558	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
76705491--76705586	19	5.2	18	76	17	81	17	15	15	51	1.77
76707554--76707732	27	6.6	27	79	2	180	40	20	7	31	1.79
76707547--76707705	54	2.9	54	86	3	221	40	20	6	31	1.79
76707554--76707839	54	5.3	53	78	6	218	38	20	8	31	1.83
76707577--76707791	81	2.7	80	80	2	225	39	20	8	32	1.83
76707554--76707786	27	8.6	27	77	3	164	39	20	8	31	1.83
76707554--76707839	27	10.6	27	72	8	161	38	20	8	31	1.83
76707825--76708262	27	16.3	27	85	1	520	34	18	21	25	1.96
76708531--76708590	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
76708712--76708833	6	19.8	6	77	17	126	18	18	15	47	1.83
76708712--76708833	25	5.0	23	82	10	120	18	18	15	47	1.83
76708731--76708824	37	2.5	37	92	0	161	17	19	15	47	1.82
76708712--76708818	31	3.5	31	80	14	139	17	19	14	47	1.82
76714480--76714587	39	2.8	39	89	0	162	23	19	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76718713--76718741	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
76719905--76720026	56	2.2	56	92	0	199	29	16	22	31	1.96
76719905--76720055	56	2.7	56	86	4	162	27	16	25	30	1.97
76722921--76723010	28	3.2	27	84	7	110	21	24	23	31	1.98
76722921--76723035	55	2.1	56	83	8	146	20	24	21	33	1.97
76728624--76728808	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
76728624--76728780	79	2.0	80	85	6	212	24	22	28	25	2.00
76728677--76728841	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
76733232--76733417	80	2.3	81	83	9	222	27	27	20	24	1.99
76733234--76733417	40	4.6	40	83	7	196	27	27	21	24	1.99
76738172--76738261	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
76738182--76738272	27	3.2	28	82	4	94	23	26	18	31	1.97
76738172--76738286	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
76738592--76738638	23	2.0	23	100	0	94	21	8	38	31	1.83
76739797--76740638	419	2.0	419	100	0	1684	33	26	14	25	1.94
76753141--76753359	79	2.8	81	81	11	240	25	27	21	25	2.00
76753155--76753358	40	5.1	40	78	12	215	24	27	22	25	2.00
76767678--76767980	151	2.0	151	100	0	606	28	15	13	42	1.85
76771451--76771572	61	2.0	61	98	0	235	36	23	21	18	1.94
76772153--76772191	17	2.2	18	86	13	55	20	7	10	61	1.52
76775454--76775492	19	2.1	19	90	0	60	33	23	7	35	1.83
76784334--76784472	69	2.0	69	100	0	278	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76789899--76789927	13	2.2	13	100	0	58	44	6	0	48	1.29
76790550--76790664	61	1.9	61	92	0	194	25	25	21	27	1.99
76792962--76793318	182	2.0	183	98	1	691	34	20	16	28	1.94
76793352--76793535	40	4.7	40	80	11	177	26	25	22	26	2.00
76793352--76793535	79	2.3	82	80	11	197	26	25	22	26	2.00
76797300--76797350	15	2.9	18	75	24	56	7	25	0	66	1.18
76800977--76801008	16	2.1	16	94	5	57	37	18	0	43	1.51
76803671--76803696	10	2.6	10	100	0	52	26	11	23	38	1.89
76805046--76805181	56	2.4	57	86	7	174	27	15	23	33	1.95
76805082--76805210	56	2.3	56	85	5	163	24	16	26	32	1.96
76809289--76809347	29	2.0	29	100	0	118	38	13	23	23	1.91
76809374--76809468	27	3.6	27	72	16	108	44	10	26	18	1.82
76811727--76811763	18	2.1	19	85	10	51	27	16	13	43	1.85
76813014--76813112	28	3.5	28	88	0	144	26	34	15	24	1.94
76819271--76819322	27	1.9	27	84	7	70	28	21	21	28	1.98
76819592--76819681	32	2.8	32	87	0	135	25	15	26	32	1.96
76820619--76820679	30	2.0	30	96	0	113	21	16	27	34	1.95
76820804--76820839	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
76831989--76832201	46	4.7	46	71	17	176	23	17	27	30	1.97
76835873--76835954	29	2.9	29	87	1	112	26	31	17	24	1.97
76842616--76842800	40	4.7	40	80	6	198	25	22	26	25	2.00
76842669--76842833	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76844058--76844294	122	1.9	123	97	0	449	20	16	28	34	1.94
76855483--76855518	17	2.1	17	94	0	63	58	2	5	33	1.36
76859809--76859854	17	2.7	16	80	12	56	8	30	0	60	1.26
76859845--76859908	6	10.5	6	76	3	65	6	21	0	71	1.07
76859795--76859908	18	6.3	19	79	8	85	8	24	0	66	1.20
76860831--76860875	18	2.5	18	88	0	63	22	11	2	64	1.36
76864263--76864308	17	2.7	16	80	12	56	8	30	0	60	1.26
76864299--76864362	6	10.5	6	76	3	65	6	21	0	71	1.07
76864249--76864362	18	6.3	19	79	8	85	8	24	0	66	1.20
76865285--76865329	18	2.5	18	88	0	63	22	11	2	64	1.36
76868717--76868762	17	2.7	16	80	12	56	8	30	0	60	1.26
76868753--76868816	6	10.5	6	76	3	65	6	21	0	71	1.07
76868703--76868816	18	6.3	19	79	8	85	8	24	0	66	1.20
76869739--76869783	18	2.5	18	88	0	63	22	11	2	64	1.36
76873171--76873216	17	2.7	16	80	12	56	8	30	0	60	1.26
76873207--76873270	6	10.5	6	76	3	65	6	21	0	71	1.07
76873157--76873270	18	6.3	19	79	8	85	8	24	0	66	1.20
76874193--76874237	18	2.5	18	88	0	63	22	11	2	64	1.36
76876578--76876711	56	2.4	56	89	0	196	29	13	22	34	1.92
76884005--76884189	40	4.7	40	84	6	216	23	22	27	27	2.00
76884057--76884222	80	2.1	79	83	7	203	25	21	26	27	1.99
76887261--76887783	138	3.8	138	87	1	708	43	6	7	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76887260--76887782	276	1.9	277	88	0	787	43	6	8	41	1.60
76887787--76887932	74	2.0	75	87	4	215	32	11	9	46	1.73
76889764--76889905	50	2.8	51	81	2	187	26	19	25	28	1.98
76892906--76892961	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
76896861--76897005	50	2.9	49	81	9	177	24	19	26	28	1.98
76906422--76906536	18	6.3	18	71	4	88	32	8	18	40	1.81
76909822--76910499	339	2.0	339	98	0	1311	36	19	15	28	1.92
76920989--76921097	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
76921260--76921396	47	3.0	47	91	2	215	25	29	12	32	1.92
76923174--76923228	26	2.2	26	90	3	85	41	16	3	38	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279