genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33720601--33720777	47	3.8	46	75	14	175	30	27	20	22	1.98
33721199--33721258	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
33722929--33722978	25	2.0	25	88	0	73	34	2	28	36	1.69
33724522--33724566	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
33725729--33725794	14	4.9	13	80	9	71	3	18	1	77	0.98
33727214--33727259	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
33728045--33728077	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
33734129--33734241	45	2.5	45	88	2	174	43	17	17	21	1.88
33734129--33734274	45	3.0	51	76	18	159	41	18	18	21	1.91
33734447--33734530	40	2.1	40	84	4	107	42	19	5	32	1.75
33736161--33736197	18	2.1	18	100	0	74	35	21	27	16	1.94
33737463--33737496	15	2.4	14	86	13	52	0	17	5	73	1.01
33742230--33742650	218	1.9	218	92	0	707	38	20	14	26	1.91
33749482--33750226	374	2.0	374	100	0	1490	37	6	19	36	1.77
33751700--33751811	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
33751700--33751811	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
33753265--33753329	24	2.7	24	95	0	112	21	40	6	32	1.78
33759318--33759381	27	2.4	27	84	7	85	43	20	21	14	1.87
33759318--33759427	54	2.0	54	82	6	134	40	21	20	17	1.92
33760859--33760908	24	2.1	24	88	0	73	22	40	4	34	1.72
33762475--33762515	21	2.0	21	90	0	64	36	2	0	60	1.10
33763406--33763442	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33763573--33763609	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
33763339--33763739	167	2.4	169	94	4	720	30	0	17	51	1.49
33763590--33763993	113	3.8	102	79	13	410	30	1	16	51	1.53
33763982--33764013	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
33770827--33770894	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
33770875--33770969	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
33771107--33771161	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
33771292--33771452	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
33772534--33772650	61	2.0	58	93	5	198	47	16	10	26	1.78
33775665--33775703	21	1.9	20	89	5	60	69	5	10	15	1.34
33788114--33788177	30	2.2	30	91	2	103	25	1	14	59	1.44
33789584--33789617	17	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
33789584--33789618	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
33790043--33790076	5	6.6	5	93	6	59	79	0	2	17	0.86
33791735--33791778	23	1.9	23	90	0	70	31	52	2	13	1.53
33791762--33791856	40	2.4	40	81	6	106	35	37	13	12	1.83
33792171--33792250	27	3.3	23	75	14	70	67	26	1	5	1.18
33793103--33793137	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
33801962--33802070	40	2.7	40	89	0	173	34	27	15	22	1.94
33803307--33803383	36	2.2	36	97	2	147	31	20	12	35	1.91
33803790--33804215	189	2.3	189	92	2	716	38	7	9	44	1.65
33813442--33813489	26	1.9	24	87	8	69	27	0	8	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33818991--33819064	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
33820494--33820605	27	4.2	26	81	12	127	16	24	23	36	1.94
33820491--33820605	54	2.1	54	87	3	160	15	24	23	36	1.94
33821836--33821907	35	2.1	35	82	7	85	5	19	2	72	1.17
33823361--33823425	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
33828076--33828118	20	2.2	20	100	0	86	46	16	13	23	1.83
33831905--33831966	30	2.0	31	84	3	81	6	12	4	75	1.15
33831976--33832059	35	2.3	37	79	8	91	46	2	1	50	1.22
33832261--33832312	26	2.0	26	96	0	95	42	17	11	28	1.84
33833164--33833227	10	6.0	11	73	15	55	37	0	1	60	1.06
33833175--33833227	20	2.7	20	79	5	63	35	0	1	62	1.06
33837202--33837237	15	2.4	15	95	0	63	30	16	0	52	1.44
33839066--33839099	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
33839491--33839571	13	6.0	13	77	18	85	9	1	50	38	1.44
33839476--33839569	30	3.3	28	77	19	106	11	1	52	35	1.45
33839836--33840411	44	13.1	43	62	20	160	21	25	20	32	1.97
33839832--33840489	88	7.5	88	86	2	892	21	24	20	32	1.98
33844615--33844660	19	2.4	19	85	7	58	43	15	21	19	1.87
33846603--33846662	26	2.4	25	76	18	63	55	1	11	31	1.46
33847486--33847519	12	2.8	12	100	0	68	8	5	44	41	1.60
33851428--33851472	14	3.2	14	84	9	56	40	2	0	57	1.11
33851856--33851953	32	3.1	31	75	16	94	43	1	9	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33859071--33859135	34	1.9	34	87	0	94	20	27	21	30	1.98
33859398--33859445	23	2.2	21	85	7	60	37	18	8	35	1.81
33859772--33859835	30	2.1	30	85	5	85	28	32	23	15	1.95
33864807--33864845	16	2.4	16	87	8	53	15	0	0	84	0.62
33864819--33864851	8	4.2	8	92	7	59	12	0	0	87	0.53
33864819--33864851	15	2.1	16	94	5	59	12	0	0	87	0.53
33865737--33865821	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
33865735--33865809	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
33867090--33867144	29	1.9	28	82	10	67	3	18	5	72	1.18
33867089--33867135	22	2.1	23	88	4	69	4	21	4	70	1.22
33867099--33867148	12	4.2	12	80	15	50	6	18	4	72	1.22
33892831--33892881	14	3.8	13	78	14	50	19	5	1	72	1.15
33893471--33893500	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
33900330--33900361	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
33900607--33900645	18	2.0	20	85	9	55	64	10	0	25	1.25
33900731--33900792	30	2.1	30	96	0	115	61	11	0	27	1.30
33903135--33904080	473	2.0	473	100	0	1892	24	16	17	41	1.89
33908811--33908867	28	2.0	28	100	0	114	40	24	7	28	1.81
33908819--33908868	16	3.4	16	70	30	56	38	24	10	28	1.87
33911552--33911585	18	1.9	17	88	5	50	35	8	0	55	1.31
33913845--33913932	42	2.1	42	95	0	158	43	18	9	29	1.80
33916676--33916718	16	2.8	15	80	13	52	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33917665--33917732	35	1.9	36	87	3	102	50	0	4	45	1.22
33917870--33917929	30	2.0	30	96	0	111	53	1	10	35	1.44
33917873--33917917	21	2.1	22	83	4	56	55	2	8	33	1.43
33918376--33918517	60	2.3	60	77	9	137	22	16	9	50	1.74
33918975--33919017	22	2.0	21	86	9	59	65	2	4	27	1.25
33923348--33923429	43	1.9	43	100	0	164	46	14	4	34	1.66
33925199--33925245	11	4.2	11	76	15	51	12	31	0	55	1.38
33926075--33926134	30	2.0	30	100	0	120	20	30	3	46	1.66
33926330--33926478	74	2.1	71	94	3	262	30	18	4	46	1.70
33927505--33927548	6	7.2	6	79	5	52	50	13	15	20	1.78
33927505--33927548	18	2.4	19	84	3	63	50	13	15	20	1.78
33927534--33927671	39	3.4	39	82	9	136	40	17	20	21	1.91
33927528--33927671	45	3.3	45	78	11	140	40	16	20	22	1.91
33927619--33927787	57	3.0	57	87	0	248	42	18	18	20	1.89
33927771--33927818	6	8.0	6	90	0	51	43	16	22	16	1.87
33927712--33927878	75	2.2	75	84	0	235	43	18	18	19	1.88
33927772--33927818	18	2.6	18	82	0	67	44	17	21	17	1.86
33927661--33927919	132	2.0	132	89	1	403	41	20	19	18	1.90
33927793--33927931	57	2.4	57	89	0	197	41	19	19	20	1.91
33928204--33928230	10	2.7	10	100	0	54	18	40	11	29	1.85
33928336--33928376	5	8.2	5	94	0	55	34	26	0	39	1.57
33931025--33931058	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33931074--33931098	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33933464--33933567	43	2.4	43	75	0	109	27	25	17	29	1.97
33934549--33934608	27	2.2	28	79	8	70	43	0	5	51	1.23
33935023--33935071	21	2.3	21	82	10	55	59	0	4	36	1.17
33939072--33939186	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
33939097--33939186	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
33939292--33939356	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
33939603--33939634	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
33946912--33947026	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
33946937--33947026	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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