genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90663794--90664150	188	1.9	188	99	0	705	35	19	16	28	1.94
90664127--90664162	17	2.1	17	100	0	72	41	0	16	41	1.48
90664890--90664970	38	2.2	38	88	4	121	43	24	9	22	1.83
90665326--90665373	21	2.3	21	82	13	55	2	29	2	66	1.14
90665817--90665907	33	2.8	33	85	5	114	36	3	8	51	1.49
90666013--90666075	32	2.0	32	84	6	83	61	1	3	33	1.21
90673742--90673851	47	2.3	47	81	6	134	36	21	15	26	1.93
90674614--90674642	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
90683819--90683848	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
90688945--90688974	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
90691260--90691301	18	2.4	18	88	4	59	28	2	9	59	1.41
90695477--90695501	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
90695478--90695518	9	4.7	9	82	11	50	19	4	0	75	0.98
90695806--90695862	20	2.9	20	77	12	64	54	0	3	42	1.17
90697040--90697150	44	2.6	43	85	7	136	20	18	28	32	1.96
90712337--90712505	92	1.8	93	93	1	295	27	28	21	21	1.99
90712329--90712508	46	3.9	46	77	8	204	27	28	21	22	1.99
90712671--90712808	68	2.0	67	95	1	249	49	10	2	36	1.53
90719301--90719352	26	2.0	25	82	10	61	23	0	17	59	1.37
90722256--90722316	28	2.2	28	96	0	113	45	4	8	40	1.55
90725186--90725246	27	2.3	27	97	2	115	22	18	18	40	1.91
90726189--90726219	6	5.2	6	96	0	53	32	48	16	3	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90734387--90734431	20	2.2	20	84	11	56	46	0	0	53	1.00
90735013--90735081	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
90735013--90735081	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
90735062--90735152	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
90735317--90735351	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
90735437--90735471	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
90735300--90736042	120	6.2	120	99	0	1441	48	6	1	43	1.38
90739074--90739183	33	3.3	33	81	11	136	31	8	17	42	1.78
90739130--90739334	51	4.0	51	98	1	387	28	7	18	45	1.77
90739401--90739581	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
90746024--90746125	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
90746847--90746884	17	2.3	17	90	4	60	26	0	2	71	1.00
90747025--90747116	34	2.7	34	86	5	114	28	16	8	46	1.76
90747048--90747101	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
90747025--90747104	17	4.6	17	76	13	74	31	16	8	43	1.78
90747047--90747227	38	4.8	38	76	8	158	35	13	9	41	1.77
90747037--90747545	17	28.8	18	66	15	165	34	11	11	42	1.77
90747094--90747227	39	3.5	38	76	8	112	35	12	9	41	1.76
90747209--90747300	37	2.5	35	79	8	103	35	11	11	40	1.79
90747174--90747282	55	1.9	56	83	7	141	40	11	11	35	1.79
90747509--90747615	56	1.9	56	88	5	162	35	12	8	43	1.72
90749250--90749291	22	1.9	22	85	0	57	66	9	7	16	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90751267--90751385	59	2.0	59	98	0	229	31	21	23	23	1.99
90754742--90754771	10	3.0	10	100	0	60	20	10	60	10	1.57
90756960--90756992	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
90759477--90759523	24	1.9	25	86	4	69	38	19	23	19	1.93
90759488--90759605	24	4.8	24	65	14	62	33	21	25	20	1.97
90760232--90760271	19	2.1	19	86	9	55	40	0	17	42	1.49
90760578--90760625	20	2.3	20	89	10	71	45	0	4	50	1.21
90761971--90762382	46	9.0	46	85	2	488	41	14	23	20	1.89
90762662--90762694	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
90763976--90764020	5	8.8	5	81	13	56	44	0	0	55	0.99
90764944--90765036	22	4.1	22	79	8	105	20	23	17	38	1.93
90769993--90770112	60	2.0	60	93	0	204	35	19	12	32	1.89
90772370--90772402	6	5.8	6	96	3	52	18	27	0	54	1.44
90772367--90772407	12	3.7	11	87	9	57	19	21	0	58	1.39
90772393--90772449	20	2.8	20	84	7	71	26	12	0	61	1.31
90772526--90772666	28	5.0	27	74	14	110	24	19	0	55	1.48
90772505--90772666	5	29.6	5	76	15	94	24	19	0	54	1.48
90772607--90772666	12	5.4	11	86	9	77	18	21	0	60	1.37
90772505--90772666	23	7.1	22	72	20	95	24	19	0	54	1.48
90772653--90772797	45	3.1	48	82	9	183	24	13	1	60	1.41
90772653--90772772	23	5.2	23	67	16	79	25	13	1	60	1.43
90772675--90772807	21	5.9	21	68	21	65	24	12	1	61	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90776566--90776615	24	2.1	24	100	0	100	46	8	16	30	1.75
90776758--90776808	26	1.9	27	84	4	68	19	11	13	54	1.69
90777698--90777744	9	5.0	9	76	19	51	80	4	4	10	0.98
90779646--90779691	15	3.1	15	96	0	83	17	8	19	54	1.68
90780435--90780484	24	2.1	24	100	0	100	46	8	16	30	1.75
90789554--90789690	19	6.8	19	68	25	77	26	6	3	63	1.36
90789595--90789662	29	2.3	29	82	5	75	30	7	4	57	1.46
90789621--90789705	9	9.4	9	67	23	54	27	3	3	65	1.25
90789683--90789745	20	3.2	20	80	8	74	30	1	1	66	1.10
90789620--90789766	19	7.9	19	72	17	69	29	3	3	63	1.26
90796526--90796572	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
90797601--90797776	70	2.3	76	80	11	186	37	19	1	42	1.59
90799841--90799889	3	16.7	3	79	12	57	59	2	0	38	1.09
90799845--90799889	16	2.8	16	86	3	63	60	2	0	37	1.09
90799841--90799890	13	3.6	14	80	20	61	58	2	0	40	1.10
90800028--90800084	24	2.4	23	77	13	62	54	3	0	42	1.17
90800328--90800390	12	5.3	12	69	16	51	61	3	0	34	1.12
90802565--90802591	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
90802661--90802838	89	2.0	89	98	0	347	23	20	26	29	1.98
90808032--90808087	21	2.7	20	83	8	67	67	1	3	26	1.16
90811664--90811868	103	2.0	105	83	3	263	29	10	18	41	1.83
90812657--90812718	25	2.5	25	91	0	97	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90813368--90813484	60	1.9	60	82	5	146	46	5	2	46	1.38
90818359--90818392	10	3.4	10	87	0	50	55	0	5	38	1.24
90828811--90828847	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
90828914--90829060	75	1.9	76	94	1	260	48	2	10	38	1.51
90829057--90829115	25	2.5	24	81	13	68	44	5	11	38	1.63
90832394--90832446	26	2.0	26	100	0	106	43	3	3	49	1.38
90832540--90832572	17	2.0	17	88	5	50	48	6	0	45	1.27
90837332--90837378	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
90837894--90837920	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
90846217--90846300	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
90846445--90846519	27	3.0	25	75	19	75	68	5	25	1	1.19
90847409--90847516	40	2.7	39	86	4	144	38	9	16	35	1.81
90850629--90850680	25	2.1	25	88	0	77	34	9	17	38	1.82
90857972--90858025	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
90857967--90858065	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
90858870--90860083	99	12.4	99	96	2	2238	39	16	17	26	1.90
90859727--90860104	188	2.0	187	94	1	668	40	15	16	27	1.89
90860011--90860178	73	2.3	73	86	1	219	36	19	16	27	1.93
90862434--90862618	50	3.7	50	99	0	361	16	32	23	26	1.96
90862713--90862744	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
90862956--90863013	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
90869964--90870212	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90869963--90870212	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
90870307--90870338	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
90870550--90870607	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
90879193--90879233	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
90884559--90884612	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
90884559--90884622	30	2.1	30	94	0	110	18	6	50	25	1.70
90895512--90895539	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
90896959--90896996	20	1.9	20	100	0	76	15	15	26	42	1.87
90898274--90898320	15	3.2	15	78	6	51	65	4	4	25	1.29
90898322--90898358	19	1.9	19	88	0	56	62	0	2	35	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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