genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66072828--66073147	88	3.7	85	83	6	410	28	18	22	30	1.97
66076100--66076312	108	2.0	108	97	0	399	30	10	15	43	1.80
66078762--66078802	20	2.0	20	95	0	73	41	14	2	41	1.59
66078844--66078934	23	4.0	23	68	13	64	34	18	12	35	1.88
66079325--66079374	25	2.0	24	88	3	73	36	20	2	42	1.63
66081748--66081779	14	2.3	14	100	0	64	43	28	6	21	1.77
66083660--66083738	14	5.6	13	74	22	63	25	6	1	67	1.22
66085111--66085218	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
66090857--66090897	10	4.1	10	77	22	50	48	2	9	39	1.49
66090857--66090897	20	2.0	20	86	9	57	48	2	9	39	1.49
66091111--66091149	20	2.0	20	89	0	60	35	2	25	35	1.70
66091566--66091628	20	3.0	21	78	21	69	33	3	4	58	1.35
66092055--66092116	29	2.1	29	85	11	83	19	53	0	27	1.45
66092411--66092482	35	2.1	35	89	0	108	31	6	18	43	1.76
66095045--66095080	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
66095102--66095175	32	2.3	32	81	4	87	41	20	9	28	1.83
66096299--66096458	43	3.7	43	78	2	160	29	30	15	24	1.96
66097088--66097134	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
66100207--66100240	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
66101383--66101490	41	2.6	41	97	0	198	25	30	21	22	1.98
66101463--66101544	41	2.0	40	85	2	110	20	23	21	34	1.97
66105835--66106019	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66105816--66106019	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
66122525--66123110	294	2.0	294	95	0	1048	36	19	9	34	1.85
66123337--66123489	51	3.0	51	92	0	252	33	26	10	29	1.90
66123598--66123736	33	4.2	33	71	9	79	21	44	3	30	1.69
66124704--66124739	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
66126221--66126279	30	1.9	31	86	3	84	27	22	5	45	1.73
66126220--66126289	30	2.3	31	80	7	81	30	20	5	44	1.74
66126705--66126762	30	1.9	30	86	6	82	18	41	0	39	1.51
66128416--66128472	28	2.1	28	96	3	107	50	0	17	31	1.46
66133166--66133214	22	2.2	22	79	13	57	61	10	8	20	1.53
66136476--66136516	15	3.0	14	86	13	59	65	0	2	31	1.05
66136482--66136521	19	2.2	18	86	4	53	65	0	5	30	1.14
66136699--66136750	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
66136720--66136771	21	2.5	20	81	12	59	63	5	0	30	1.18
66144831--66144870	21	2.0	20	85	5	53	47	30	2	20	1.63
66151329--66151373	22	2.0	22	100	0	90	42	8	13	35	1.75
66153857--66154153	33	8.8	35	69	11	129	27	25	16	30	1.97
66153769--66154080	101	3.1	101	86	2	407	25	26	16	31	1.96
66153828--66154132	101	3.0	100	84	5	296	27	25	15	30	1.96
66154420--66154447	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
66158883--66158940	27	2.1	27	100	0	116	37	15	6	39	1.74
66159931--66159992	27	2.3	27	88	0	88	14	22	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66160122--66160258	45	3.1	45	82	7	163	25	17	10	46	1.79
66163360--66163394	14	2.5	14	95	0	61	25	34	22	17	1.96
66175644--66175715	35	2.1	35	83	0	90	27	4	25	43	1.73
66175732--66175815	34	2.4	35	82	13	93	36	1	14	47	1.52
66175843--66175997	85	1.8	83	90	5	249	38	1	19	40	1.60
66175926--66176037	35	3.4	31	75	21	97	34	0	19	44	1.57
66175944--66176019	30	2.5	30	83	8	84	40	1	17	40	1.57
66176088--66176592	126	4.0	126	85	3	617	40	15	16	27	1.89
66176090--66176592	252	2.0	252	85	3	681	40	15	16	27	1.89
66180312--66180458	42	3.3	42	84	8	179	28	25	14	31	1.95
66180365--66180501	49	2.9	48	89	4	188	29	27	13	29	1.94
66180380--66180547	47	3.6	46	86	3	174	29	26	15	28	1.96
66180570--66180688	31	3.8	31	87	5	168	26	30	17	26	1.97
66180664--66180792	50	2.5	51	90	5	199	26	23	15	34	1.94
66183397--66183439	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
66184990--66185076	27	3.2	27	67	14	79	59	4	1	34	1.25
66184968--66185077	54	2.1	53	93	6	188	60	4	0	34	1.24
66188084--66188128	19	2.5	19	82	13	51	28	0	4	66	1.11
66194673--66194704	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
66194674--66194704	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
66196684--66196740	24	2.4	24	79	2	71	52	3	7	36	1.46
66198501--66198533	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66199627--66199735	54	2.0	54	94	0	191	43	18	2	35	1.65
66214213--66214272	30	2.0	30	100	0	120	33	13	20	33	1.91
66228208--66228242	18	1.9	18	100	0	70	37	28	11	22	1.89
66231675--66231716	21	2.0	21	100	0	84	33	14	33	19	1.91
66240827--66241019	91	2.1	91	79	3	219	33	9	13	43	1.77
66242590--66242614	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
66248390--66248443	13	4.2	13	79	13	58	38	9	1	50	1.45
66248403--66248452	26	1.9	26	91	0	82	40	16	0	44	1.47
66248407--66248460	26	2.2	26	83	6	67	42	16	1	38	1.59
66249247--66249292	25	1.9	24	82	8	58	47	2	4	45	1.34
66254998--66255030	10	3.1	11	86	8	50	66	0	0	33	0.92
66255485--66255523	20	2.0	20	94	0	69	53	2	7	35	1.43
66255472--66255528	9	6.4	8	75	20	51	59	3	5	31	1.36
66267659--66267716	27	2.1	27	100	0	116	22	6	13	56	1.61
66268457--66268482	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
66268965--66269646	40	17.1	40	87	0	909	13	16	26	43	1.85
66269927--66269976	20	2.5	20	93	0	82	42	4	14	40	1.64
66272544--66272607	21	3.1	20	75	6	74	35	23	21	18	1.95
66273765--66273803	21	1.9	20	84	5	51	2	30	2	64	1.21
66273830--66273862	14	2.3	15	89	5	50	3	24	0	72	0.98
66273975--66274037	31	2.0	32	84	9	85	42	4	3	49	1.39
66274024--66274059	18	1.9	19	88	5	56	38	8	0	52	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66276614--66276646	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
66284975--66285017	21	2.0	21	82	8	52	27	9	4	58	1.49
66289134--66289186	24	2.3	24	83	6	65	66	3	5	24	1.31
66289151--66289277	24	5.1	23	71	19	87	59	3	6	30	1.37
66289149--66289208	22	2.6	22	86	5	75	61	1	5	31	1.27
66289365--66289419	29	1.9	28	85	3	74	61	0	7	30	1.23
66289568--66289606	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
66296022--66296062	3	13.7	3	94	0	73	0	29	0	70	0.87
66297491--66297542	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
66305885--66307840	977	2.0	978	98	0	3815	31	9	24	34	1.88
66311720--66311765	16	2.9	16	87	9	60	39	4	2	54	1.32
66312626--66312720	20	4.7	20	76	7	93	24	15	26	33	1.95
66318500--66318576	38	2.0	38	97	0	145	23	19	10	46	1.80
66319386--66319642	72	3.6	72	79	3	284	27	23	22	26	2.00
66319386--66319677	72	4.1	72	78	2	264	28	23	21	26	1.99
66320174--66320224	16	3.0	16	77	11	57	54	0	9	35	1.33
66322692--66322716	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
66326286--66326330	21	2.1	21	92	8	74	13	8	42	35	1.75
66331667--66331750	44	1.9	44	87	0	123	38	25	5	30	1.80
66331752--66332130	199	1.9	199	83	3	485	41	13	9	34	1.78
66332119--66332184	35	1.9	35	90	3	107	46	27	6	19	1.73
66332250--66332298	25	2.0	25	100	0	98	51	36	0	12	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66332536--66332624	31	2.9	30	75	12	90	17	26	1	53	1.51
66332551--66332628	31	2.5	32	87	4	113	12	29	1	56	1.45
66333202--66333257	27	2.1	27	96	0	103	42	10	0	46	1.38
66338558--66338590	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
66338766--66338814	22	2.2	22	81	0	62	63	8	8	20	1.48
66339107--66339167	31	1.9	33	83	12	83	55	8	0	36	1.30
66341828--66341875	25	1.9	25	82	0	60	56	4	18	20	1.58
66343625--66343693	21	3.1	21	67	18	59	28	11	27	31	1.92
66343614--66343777	45	3.6	45	82	1	195	34	11	23	31	1.90
66343842--66343986	34	4.3	34	80	6	145	42	16	13	27	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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