genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3085306--3085394	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
3085419--3085458	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
3091187--3091217	13	2.3	14	94	5	55	12	0	0	87	0.55
3093000--3093026	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
3101518--3101727	55	3.9	54	80	6	246	34	18	24	22	1.96
3101525--3101727	108	1.9	110	87	4	304	33	18	24	23	1.97
3101681--3101774	49	1.9	49	86	0	134	36	17	25	21	1.94
3101965--3101995	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
3102412--3102621	55	3.9	54	80	6	246	34	18	24	22	1.96
3102419--3102621	108	1.9	110	87	4	304	33	18	24	23	1.97
3102575--3102668	49	1.9	49	86	0	134	36	17	25	21	1.94
3102859--3102889	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
3101449--3103235	894	2.0	894	99	0	3565	34	13	22	30	1.92
3106102--3106302	46	4.4	46	89	1	260	41	15	21	20	1.89
3110701--3110872	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
3110693--3110868	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
3113259--3113347	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
3113259--3113341	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
3113270--3113347	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
3116263--3116392	46	2.8	48	79	13	155	30	29	20	20	1.98
3116268--3116411	46	3.1	44	75	15	132	29	29	20	21	1.98
3121384--3121529	22	6.3	23	74	14	113	36	18	20	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3121376--3121514	45	3.1	45	79	7	138	38	17	21	22	1.94
3121448--3121535	24	3.6	24	79	10	90	38	19	19	22	1.93
3127509--3127548	16	2.4	17	87	4	55	60	22	10	7	1.54
3131998--3132058	32	1.9	32	86	0	86	27	19	34	18	1.95
3139853--3139895	21	2.0	21	100	0	86	9	27	4	58	1.49
3140730--3140814	36	2.4	36	98	2	163	49	2	7	41	1.43
3145437--3145481	23	2.0	23	82	8	56	44	0	4	51	1.21
3151133--3151173	22	1.9	22	90	5	66	65	9	9	14	1.46
3153482--3153556	29	2.6	28	77	12	71	58	0	4	37	1.17
3153482--3153548	29	2.3	29	82	10	75	56	0	2	40	1.14
3153894--3153927	17	1.9	18	94	5	61	29	5	2	61	1.34
3153902--3153977	20	3.7	19	73	18	64	28	2	2	65	1.19
3153870--3154031	9	17.0	9	71	17	96	31	1	3	63	1.20
3154780--3154808	14	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
3158762--3158791	16	1.9	16	93	6	53	53	10	0	36	1.35
3160165--3160195	13	2.4	13	94	0	53	32	3	0	64	1.09
3161729--3161780	20	2.6	20	93	0	86	11	25	36	26	1.90
3163558--3163795	49	4.9	49	94	1	388	22	19	28	29	1.98
3169565--3169596	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
3170034--3170872	419	2.0	419	100	0	1678	23	21	18	35	1.95
3171455--3171572	29	4.2	29	76	7	109	28	14	30	26	1.95
3174945--3174995	22	2.3	22	89	0	75	17	37	1	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3176984--3177064	24	3.4	24	100	0	162	50	3	0	45	1.19
3189027--3189100	13	5.6	14	64	23	52	40	25	5	28	1.77
3189034--3189172	26	5.3	26	98	0	242	36	25	5	32	1.78
3193918--3193953	10	3.6	10	92	7	56	72	11	0	16	1.12
3199682--3199710	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
3200524--3200687	42	3.9	42	84	6	197	31	14	22	31	1.94
3200524--3200687	85	1.9	84	82	6	206	31	14	22	31	1.94
3204183--3204298	40	3.0	40	78	5	121	34	20	20	24	1.97
3204353--3204596	41	6.0	41	94	0	407	18	23	28	29	1.98
3209191--3209281	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
3209526--3209556	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
3209554--3209758	42	4.8	43	86	7	260	21	18	32	27	1.97
3211208--3211232	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
3212026--3212225	99	2.0	99	99	0	391	33	23	22	21	1.97
3226267--3226324	25	2.3	25	84	0	80	36	20	22	20	1.95
3229309--3229376	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
3229203--3229524	173	1.9	173	92	1	538	31	24	14	30	1.94
3229477--3229555	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
3234364--3234476	57	2.0	57	98	0	217	30	20	23	24	1.98
3240407--3240474	34	2.0	34	85	0	91	29	16	20	33	1.94
3258026--3258123	45	2.2	45	83	1	124	30	26	15	27	1.96
3260910--3260996	43	2.1	41	82	8	104	32	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3262000--3262041	20	2.1	20	100	0	84	33	19	4	42	1.72
3268395--3268450	27	2.1	27	82	0	67	23	23	23	30	1.99
3269016--3269127	49	2.3	49	83	4	129	23	18	16	41	1.89
3271830--3271951	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
3271802--3272100	47	6.3	47	89	3	406	26	30	10	32	1.89
3274101--3274449	85	4.1	85	99	0	680	25	26	9	38	1.86
3278389--3278432	14	3.2	14	93	3	72	50	9	6	34	1.61
3288126--3288437	40	7.8	40	82	3	369	26	28	21	23	1.99
3288126--3288437	80	3.9	80	91	0	455	26	28	21	23	1.99
3288106--3288436	120	2.8	121	86	2	418	27	28	21	22	1.99
3291423--3291513	35	2.6	35	79	6	96	29	9	17	42	1.82
3293581--3293614	15	2.3	15	89	0	50	44	2	20	32	1.67
3299639--3299743	54	1.9	54	90	0	165	30	13	17	39	1.88
3301732--3301798	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
3302756--3302857	47	2.2	46	85	1	132	26	21	17	34	1.96
3302769--3302857	46	1.9	47	88	2	135	26	19	19	34	1.95
3305914--3306085	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	22	1.99
3305906--3306081	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	22	1.99
3307851--3308559	353	2.0	353	89	1	1089	32	20	10	36	1.87
3310104--3310142	19	2.1	19	85	0	51	33	5	0	61	1.18
3322699--3322756	18	3.3	18	72	18	68	34	18	6	39	1.78
3322688--3322757	34	2.1	34	100	0	140	34	17	5	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3334002--3334220	40	5.5	40	83	5	214	27	27	21	23	1.99
3334036--3334219	40	4.6	40	87	5	228	28	27	21	21	1.99
3334036--3334219	81	2.3	80	85	3	235	28	27	21	21	1.99
3341423--3341522	52	1.9	51	86	8	132	35	24	14	26	1.93
3344555--3344608	29	2.0	28	82	13	69	25	3	29	40	1.73
3354561--3354737	40	4.4	40	80	4	207	23	22	27	26	1.99
3354561--3354737	80	2.2	79	86	6	241	23	22	27	26	1.99
3354965--3355006	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
3362755--3362824	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
3362755--3362852	28	3.5	28	88	2	126	30	28	14	26	1.95
3368701--3368802	28	3.7	27	82	11	125	25	34	14	25	1.94
3369016--3369058	8	5.4	8	82	0	50	9	20	23	46	1.79
3369016--3369053	16	2.4	16	95	0	67	7	23	23	44	1.79
3373405--3373584	71	2.6	69	79	5	209	42	18	11	27	1.84
3381874--3382024	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
3387108--3387161	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
3387166--3387280	54	2.1	54	87	1	160	24	18	17	40	1.91
3387162--3387279	27	4.4	27	82	0	128	24	16	18	39	1.91
3392644--3392695	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
3393640--3393732	47	2.0	47	95	0	168	33	20	6	39	1.78
3394569--3394746	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
3394590--3394745	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3402018--3402131	42	2.7	43	86	1	140	18	20	30	30	1.96
3402018--3402139	43	2.9	43	86	1	147	19	18	31	30	1.96
3405567--3406591	40	25.6	40	99	0	1987	28	20	29	22	1.98
3408149--3408173	13	1.9	13	100	0	50	24	16	32	28	1.96
3419781--3419862	34	2.4	34	85	4	103	25	23	24	26	2.00
3428851--3428897	22	2.1	22	96	0	85	23	40	4	31	1.74
3429135--3429255	41	3.1	41	65	18	123	18	17	8	56	1.65
3429131--3429273	74	1.9	74	98	0	277	18	16	9	56	1.65
3429151--3429267	38	3.1	38	67	18	118	17	16	11	54	1.70
3436512--3437373	39	22.1	39	99	0	1661	23	30	25	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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