genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73640959--73641057	50	2.0	50	95	0	180	30	6	24	39	1.79
73641019--73641291	136	2.0	136	100	0	546	35	8	19	35	1.83
73642051--73642177	22	5.3	22	63	23	60	33	7	29	29	1.84
73642035--73642395	47	7.6	47	91	2	501	32	7	29	29	1.85
73642046--73642395	49	7.3	49	91	3	504	33	7	29	29	1.85
73649111--73649260	67	2.2	66	83	8	178	32	17	28	21	1.96
73656154--73656330	45	4.0	44	84	5	196	35	27	14	23	1.93
73656154--73656330	90	2.0	89	83	7	225	35	27	14	23	1.93
73656712--73656742	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
73657256--73657284	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
73668901--73668948	24	2.0	24	91	0	78	27	14	22	35	1.93
73677532--73677704	46	3.7	46	75	15	167	27	27	22	21	1.99
73677537--73677708	93	1.8	93	91	0	281	26	28	22	22	1.99
73681200--73681255	27	2.0	28	89	3	87	39	12	12	35	1.81
73683199--73683377	56	3.2	56	90	0	268	27	10	22	39	1.87
73683197--73683420	112	2.0	112	81	1	261	27	12	22	36	1.91
73692617--73692714	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
73692645--73692727	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
73692617--73692728	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
73698684--73698866	79	2.3	81	83	5	221	25	28	22	23	1.99
73698682--73698866	40	4.7	40	80	7	207	25	29	22	23	1.99
73702037--73702343	153	2.0	153	98	0	587	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73711113--73711302	50	3.8	49	80	6	188	30	26	17	25	1.97
73717433--73717842	47	8.6	47	92	2	640	29	28	8	33	1.87
73717433--73717842	96	4.3	94	93	1	640	29	28	8	33	1.87
73717433--73717842	143	2.9	143	92	2	662	29	28	8	33	1.87
73726016--73726042	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
73734006--73734141	40	3.4	40	90	1	220	27	25	22	25	2.00
73740198--73740418	122	1.8	120	87	1	325	39	11	19	28	1.87
73740480--73740550	20	3.3	20	70	14	61	52	8	25	14	1.69
73740480--73740565	44	2.0	44	88	0	127	54	9	23	12	1.66
73741751--73741789	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
73742319--73742388	34	2.1	34	88	0	104	18	35	4	41	1.70
73743677--73743723	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
73743677--73743743	21	3.3	21	87	4	84	35	10	19	34	1.86
73749782--73749820	20	2.0	20	89	0	60	41	2	12	43	1.56
73751674--73751750	10	7.6	10	85	5	102	37	10	19	32	1.86
73751680--73751750	21	3.4	21	92	1	108	38	11	19	30	1.87
73754495--73754606	43	2.6	43	95	0	197	31	33	25	10	1.90
73754599--73754706	38	2.8	38	82	0	135	31	26	21	20	1.98
73764180--73764348	43	4.0	41	84	6	198	32	24	13	30	1.93
73764221--73764341	42	2.9	41	87	7	163	33	24	14	28	1.94
73764187--73764341	85	1.8	84	84	6	215	32	24	13	29	1.93
73769605--73769683	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73769592--73770500	49	18.7	49	98	0	1704	30	8	30	30	1.87
73770412--73770492	22	3.5	23	66	11	67	30	9	28	30	1.89
73770618--73770696	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
73772550--73772652	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
73772634--73772707	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
73773018--73773333	40	7.9	40	82	2	307	24	21	27	25	1.99
73773018--73773318	80	3.8	80	85	2	347	24	21	27	25	1.99
73776741--73777653	49	18.7	49	99	0	1785	30	8	30	30	1.87
73777771--73777849	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
73796810--73796954	40	3.6	40	85	6	186	25	24	26	24	2.00
73799422--73799490	26	2.7	26	90	0	111	39	21	17	21	1.93
73799452--73799533	27	3.1	27	83	1	85	36	23	21	18	1.95
73802388--73802436	27	1.9	24	84	12	62	22	4	18	55	1.60
73809536--73809690	42	3.6	43	77	11	122	25	25	22	27	2.00
73812644--73812707	33	1.9	33	83	0	83	32	25	21	20	1.97
73812811--73812882	26	2.8	26	77	8	83	43	23	16	16	1.88
73815161--73815193	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
73816058--73816123	33	2.0	34	88	8	100	25	25	22	25	2.00
73825765--73825948	40	4.6	41	80	12	199	25	21	27	25	2.00
73825817--73825981	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
73827884--73828030	75	2.0	75	98	0	285	21	17	25	35	1.95
73834322--73834514	40	4.8	40	81	6	178	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73834322--73834526	80	2.6	79	82	3	234	25	22	26	24	2.00
73837904--73837943	11	3.7	11	83	16	57	42	0	15	42	1.46
73837904--73837942	20	1.9	21	94	5	71	43	0	15	41	1.46
73850709--73850972	121	2.2	122	82	4	331	23	21	28	26	1.99
73850746--73850956	81	2.6	81	85	3	257	24	19	27	28	1.99
73850709--73850972	40	6.6	40	83	4	309	23	21	28	26	1.99
73861107--73861226	47	2.5	47	78	6	134	36	16	20	25	1.94
73861204--73861319	47	2.5	47	95	0	205	36	13	24	25	1.92
73861298--73861444	54	2.7	56	87	3	219	35	17	24	22	1.95
73861306--73861452	55	2.7	54	86	4	206	33	18	25	23	1.97
73869697--73869874	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73869698--73869853	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73869694--73869874	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73872299--73872332	14	2.4	14	90	0	50	2	20	2	73	1.09
73874213--73874257	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
73874269--73874338	22	3.3	22	64	28	60	38	15	11	34	1.84
73874240--73874345	42	2.5	42	98	1	203	40	14	12	33	1.83
73886845--73886984	27	5.2	28	88	5	175	35	23	24	17	1.95
73888604--73888705	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
73890493--73890519	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
73891822--73891855	17	1.9	17	88	5	50	41	11	5	41	1.66
73893931--73893978	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73896824--73896893	8	8.2	8	71	22	54	60	1	1	37	1.15
73896826--73896880	25	2.1	26	90	6	85	60	1	1	36	1.18
73896825--73896890	25	2.5	26	79	16	82	59	1	1	37	1.16
73896825--73896886	18	3.5	18	76	10	65	59	1	1	37	1.17
73906455--73906506	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
73907800--73907841	18	2.2	19	83	8	50	14	7	7	71	1.29
73916041--73916180	26	5.5	26	84	5	173	27	23	20	28	1.99
73916041--73916180	52	2.8	51	87	11	200	27	23	20	28	1.99
73916230--73916315	20	4.3	20	82	11	97	37	20	9	32	1.85
73916247--73916301	11	5.4	10	75	16	51	36	20	9	34	1.84
73916242--73916294	9	5.4	9	79	16	61	37	20	5	35	1.77
73916230--73916315	40	2.1	41	83	14	117	37	20	9	32	1.85
73916242--73916324	20	4.2	20	87	6	118	38	19	7	34	1.79
73918539--73918690	27	5.6	27	89	2	223	30	28	14	26	1.95
73918539--73918690	55	2.8	54	87	2	223	30	28	14	26	1.95
73918539--73918690	82	1.9	82	91	0	250	30	28	14	26	1.95
73919185--73919227	22	2.0	21	82	8	52	25	18	2	53	1.56
73921606--73921751	27	5.4	27	79	6	143	34	16	20	28	1.94
73922462--73922523	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
73922485--73922543	27	2.2	26	82	8	66	25	23	16	33	1.96
73923525--73923721	27	7.3	27	86	4	274	43	20	16	20	1.88
73923525--73923721	80	2.4	81	88	2	290	43	20	16	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73923712--73923903	27	7.1	26	78	7	170	26	12	19	41	1.87
73923714--73923930	54	4.0	54	79	4	197	25	12	18	42	1.86
73923725--73923930	81	2.5	81	85	2	279	24	13	19	42	1.87
73930929--73930963	17	2.1	17	100	0	70	51	14	11	22	1.74
73930954--73930991	13	2.7	14	88	8	51	73	5	18	2	1.14
73931111--73931147	12	3.1	12	88	0	56	59	0	27	13	1.35
73935718--73935754	13	2.7	14	91	4	58	75	2	18	2	1.04
73935718--73935759	13	3.1	13	86	10	57	73	2	21	2	1.06
73935736--73935775	17	2.4	17	87	4	55	70	2	22	5	1.19
73935731--73935774	17	2.9	15	81	15	54	72	2	20	4	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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