genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73355242--73355413	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
73355235--73355410	46	3.8	46	78	14	200	30	29	19	20	1.97
73362295--73362473	46	3.9	46	97	0	331	29	28	21	20	1.98
73365270--73365308	20	1.9	20	84	5	51	53	5	0	41	1.23
73376089--73376139	18	2.8	19	76	8	61	39	19	19	21	1.93
73379550--73379629	27	3.0	27	84	0	106	26	20	16	37	1.93
73379569--73379665	27	3.6	27	76	10	74	24	17	18	39	1.92
73379663--73379760	27	3.6	27	85	0	133	36	11	17	34	1.85
73385063--73385145	41	2.0	41	95	0	148	36	27	10	25	1.89
73396808--73396845	18	2.1	19	85	5	51	21	2	18	57	1.52
73397804--73397877	36	2.1	36	97	0	139	33	21	18	25	1.96
73400238--73400358	32	3.8	32	85	2	154	30	24	17	27	1.97
73405214--73405301	27	3.3	26	81	9	88	42	23	5	28	1.77
73405282--73405553	27	10.1	27	85	3	341	29	21	8	40	1.82
73405282--73405553	81	3.4	81	92	1	411	29	21	8	40	1.82
73406118--73406168	6	8.3	6	77	12	50	19	21	13	45	1.85
73406110--73406168	31	1.9	31	92	0	100	18	22	13	45	1.84
73408202--73408365	27	6.1	27	88	0	202	29	22	7	40	1.82
73408202--73408365	54	3.0	54	86	0	229	29	22	7	40	1.82
73408181--73408356	81	2.2	81	80	0	190	32	21	6	39	1.79
73408602--73408653	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73408870--73408948	6	12.8	6	77	15	81	17	18	15	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73408870--73408948	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
73415699--73415744	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
73415696--73415744	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
73415969--73415993	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
73417698--73417798	51	2.0	51	98	0	193	7	16	11	63	1.50
73421736--73421878	40	3.6	39	88	3	205	21	27	23	27	1.99
73430384--73430409	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
73431867--73431910	14	3.2	14	78	18	56	70	11	11	6	1.33
73438322--73438459	50	2.7	50	81	1	168	26	18	27	27	1.98
73452093--73452152	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
73452099--73452146	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
73453451--73453506	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
73456745--73456802	29	2.0	29	93	0	98	43	29	0	27	1.55
73456751--73456798	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
73458333--73458377	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
73458664--73458830	83	2.0	83	95	0	298	36	19	16	27	1.93
73459437--73459496	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
73459443--73459490	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
73460273--73460443	43	4.0	43	77	8	161	29	23	16	29	1.97
73462964--73463081	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
73463705--73463759	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
73465377--73465526	50	3.0	49	90	3	230	28	5	10	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73465377--73465526	49	3.0	50	93	1	241	28	5	10	56	1.54
73465553--73465600	19	2.7	18	81	9	55	35	12	4	47	1.60
73467032--73467119	36	2.4	36	96	0	158	39	12	29	18	1.87
73467755--73467820	18	3.7	16	82	15	69	69	1	19	9	1.23
73468897--73469025	55	2.3	55	86	0	186	22	34	22	20	1.96
73469790--73470203	47	8.8	47	76	10	312	25	29	18	27	1.98
73469790--73470203	94	4.4	95	80	9	440	25	29	18	27	1.98
73469790--73470204	141	2.9	139	76	8	401	25	29	18	26	1.98
73473321--73473367	20	2.4	20	85	3	69	23	25	14	36	1.93
73473332--73473365	10	3.4	10	83	0	50	17	26	17	38	1.92
73477220--73477318	10	9.8	10	74	20	64	76	6	3	14	1.09
73477231--73477283	18	2.9	18	81	13	56	79	5	3	11	1.03
73477248--73477319	19	3.5	21	83	9	78	73	6	4	15	1.20
73477269--73477316	10	4.7	10	92	5	78	75	6	2	16	1.11
73483059--73483112	27	2.0	26	82	3	63	33	7	14	44	1.73
73484337--73484365	10	2.9	10	100	0	58	72	10	0	17	1.11
73486435--73486477	14	3.0	14	78	15	52	72	4	18	4	1.20
73493554--73493601	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
73493548--73493591	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
73493548--73493607	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
73494584--73494628	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
73495685--73495759	6	12.5	6	91	0	114	13	49	2	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73501872--73501905	14	2.2	16	85	15	54	52	17	0	29	1.45
73503584--73503612	13	2.2	13	100	0	58	62	10	0	27	1.28
73503836--73503875	21	1.9	21	94	0	71	40	17	22	20	1.92
73506769--73506877	28	3.9	28	85	1	130	36	20	23	19	1.95
73507953--73507985	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
73508526--73508580	28	2.0	28	92	0	92	27	30	14	27	1.95
73512229--73512400	46	3.7	45	75	13	161	23	19	27	30	1.98
73512224--73512394	93	1.8	93	88	0	261	23	19	26	30	1.98
73525558--73525728	93	1.8	93	87	0	252	22	19	28	29	1.98
73530822--73530937	28	4.2	28	86	2	155	36	20	25	18	1.95
73532012--73532044	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
73537653--73537697	15	3.0	15	78	12	56	64	17	8	8	1.47
73539915--73539977	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
73542334--73542468	50	2.7	49	83	7	175	28	25	20	25	1.99
73552628--73552666	12	3.6	11	87	12	55	82	5	5	7	0.96
73552637--73552666	12	2.5	12	100	0	60	80	6	6	6	1.04
73553939--73554004	33	2.0	33	96	0	123	22	22	18	36	1.95
73561757--73561785	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
73561860--73561941	41	2.0	41	97	0	155	28	15	24	31	1.96
73563081--73563113	16	1.9	18	88	11	52	15	3	21	60	1.48
73564347--73564384	20	1.9	20	88	0	58	36	34	10	18	1.85
73566505--73566546	20	2.0	21	82	13	52	16	14	14	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73566925--73566966	22	1.9	22	85	9	59	33	14	21	30	1.93
73573230--73573326	30	3.2	30	73	2	97	29	25	14	29	1.95
73577071--73577248	27	6.6	27	84	3	205	30	27	14	27	1.95
73577092--73577247	82	1.9	81	88	3	233	30	27	14	27	1.95
73584114--73584167	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
73584114--73584187	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
73584114--73584178	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
73586335--73586456	57	2.2	56	79	7	131	29	32	12	25	1.92
73586335--73586456	28	4.3	28	80	5	113	29	32	12	25	1.92
73586653--73586685	16	2.1	16	94	0	57	15	24	18	42	1.88
73590784--73590828	19	2.3	20	84	7	65	26	31	13	28	1.94
73591591--73591687	30	3.2	30	71	8	90	27	15	29	26	1.96
73593052--73593120	30	2.3	30	82	5	86	10	21	1	66	1.29
73593189--73593245	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
73593189--73593245	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
73593189--73593256	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
73597577--73597629	20	2.7	20	75	0	61	18	28	20	32	1.97
73603029--73603076	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
73603023--73603066	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
73603023--73603082	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
73605047--73605158	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
73605050--73605156	54	2.0	54	88	3	162	17	24	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73612710--73612821	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
73612710--73612821	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
73619186--73619223	9	4.2	9	89	0	58	65	0	26	7	1.19
73625760--73625808	20	2.5	19	83	6	53	36	36	6	20	1.78
73628474--73628565	43	2.2	43	94	2	159	48	16	13	21	1.79
73635722--73635765	14	3.2	14	83	6	63	50	13	0	36	1.42
73635719--73635938	70	3.2	70	68	20	215	45	16	8	30	1.76
73635673--73635949	139	2.0	139	98	0	536	45	16	7	30	1.76
73635861--73635904	14	3.2	14	77	6	54	50	15	0	34	1.45
73638077--73638344	40	6.7	40	92	0	412	23	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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