genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69985724--69985862	39	3.6	39	90	0	197	43	17	5	33	1.72
69985755--69985819	22	3.2	21	66	20	57	49	20	3	27	1.64
69985774--69985835	17	3.4	17	70	20	52	48	20	1	29	1.59
69987436--69987528	32	2.9	32	98	0	177	52	24	4	18	1.63
69987437--69987522	18	5.2	18	68	21	80	51	25	4	18	1.66
69998983--69999271	125	2.3	125	87	2	427	34	19	18	27	1.95
69999802--69999847	24	1.9	24	86	0	65	39	19	21	19	1.93
70000148--70000426	123	2.2	124	91	1	452	33	19	19	27	1.96
70001020--70001076	7	8.3	7	81	11	73	15	0	38	45	1.47
70001024--70001076	13	3.9	13	80	9	70	15	0	39	45	1.46
70001250--70001534	123	2.3	125	86	4	398	34	19	18	27	1.96
70005868--70005900	14	2.3	15	85	15	52	60	12	0	27	1.32
70007004--70007033	15	2.1	14	93	6	51	76	0	0	23	0.78
70007074--70007131	21	2.6	23	76	20	61	46	0	32	20	1.51
70007076--70007133	11	5.4	10	80	10	62	48	0	31	20	1.50
70007841--70007879	18	2.1	18	85	9	51	41	2	12	43	1.56
70017374--70017408	14	2.4	15	90	4	54	28	0	0	71	0.86
70018199--70018246	19	2.5	20	83	10	64	58	0	6	35	1.23
70019936--70020019	38	2.2	38	86	0	123	34	9	15	40	1.80
70019936--70020039	38	2.7	38	82	2	93	31	11	17	39	1.85
70020166--70020299	43	3.1	43	81	1	133	25	18	20	35	1.95
70020231--70020393	44	3.8	44	76	5	125	24	17	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70021253--70021479	91	2.5	90	81	6	257	34	20	11	34	1.88
70021612--70021637	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
70021827--70021881	28	2.0	28	96	0	101	38	0	3	58	1.16
70021832--70021894	28	2.2	27	86	10	90	38	1	3	57	1.24
70036557--70036604	25	2.0	23	95	0	69	39	12	35	8	1.73
70038006--70038039	4	8.5	4	100	0	68	26	0	26	47	1.53
70049684--70049783	43	2.3	43	82	1	130	26	16	27	31	1.96
70049666--70049782	43	2.8	41	81	3	126	24	15	27	32	1.95
70049945--70049989	21	2.1	21	83	0	54	40	26	20	13	1.89
70054324--70054363	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
70054347--70054386	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
70054332--70054398	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
70054326--70054402	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
70056931--70056984	12	4.4	12	77	13	56	38	0	57	3	1.17
70056927--70056984	18	3.2	18	83	9	73	37	0	58	3	1.15
70056931--70056966	13	2.8	13	91	4	56	36	0	58	5	1.22
70056927--70056985	31	1.9	31	89	6	93	37	0	59	3	1.14
70056956--70056992	18	2.1	18	89	0	56	45	0	54	0	1.00
70061827--70061869	18	2.2	20	84	12	54	32	2	4	60	1.30
70063938--70063998	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
70064143--70064184	15	2.7	16	85	3	59	14	7	14	64	1.48
70064389--70064524	30	4.6	30	78	13	140	42	2	22	31	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70064389--70064524	60	2.3	59	86	5	177	42	2	22	31	1.69
70064737--70065021	80	3.7	74	78	8	250	36	17	15	30	1.91
70064855--70065440	87	7.0	79	72	14	220	37	19	15	27	1.92
70064931--70065338	87	4.7	86	78	7	396	38	19	15	27	1.91
70065264--70065293	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
70064855--70065348	259	1.9	254	85	6	672	37	19	15	28	1.92
70074747--70074807	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
70075264--70075425	26	6.2	26	97	0	297	32	4	25	37	1.76
70076626--70076678	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
70078476--70078518	11	4.0	11	93	3	70	34	0	11	53	1.37
70092992--70093073	26	3.2	26	94	0	146	35	23	7	34	1.82
70096033--70096170	65	2.1	64	81	5	152	27	7	3	61	1.39
70097523--70097555	17	1.9	17	88	11	50	63	0	6	30	1.18
70103533--70103572	3	13.3	3	94	0	71	70	0	30	0	0.88
70105707--70105755	22	2.3	22	89	3	73	42	6	2	48	1.39
70105707--70105764	22	2.7	22	84	7	57	41	6	1	50	1.39
70108182--70108243	30	2.0	31	84	9	83	24	3	8	64	1.36
70110264--70110387	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
70110264--70110498	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
70110349--70110525	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
70117962--70118085	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
70117962--70118196	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70118047--70118223	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
70121457--70122223	182	4.2	183	91	2	1238	35	14	28	21	1.92
70121459--70122223	274	2.8	274	91	1	1257	35	14	28	21	1.92
70121457--70122223	92	8.4	92	92	1	1238	35	14	28	21	1.92
70122163--70122284	61	2.0	60	91	1	199	39	10	26	23	1.87
70122719--70122797	33	2.4	33	91	0	122	26	13	21	37	1.91
70122970--70122994	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
70124451--70124487	14	2.9	12	85	14	56	51	0	8	40	1.32
70126087--70126126	18	2.2	18	91	8	64	32	0	0	67	0.91
70126610--70126665	25	2.1	28	87	12	82	33	3	3	58	1.32
70126620--70126720	25	4.1	23	72	15	71	33	5	3	56	1.42
70126620--70126717	23	4.0	24	73	11	74	34	6	4	55	1.44
70140967--70141117	73	2.1	74	88	1	223	28	15	21	34	1.94
70140976--70141362	160	2.4	159	93	0	659	27	14	20	36	1.92
70141132--70141277	73	2.0	73	87	1	211	28	15	21	34	1.94
70141136--70141567	85	5.6	74	74	11	314	28	16	19	35	1.94
70141378--70141602	80	2.9	76	83	4	256	23	18	19	39	1.92
70143515--70143603	3	30.0	3	74	15	51	34	3	2	59	1.26
70143515--70143554	18	2.2	18	91	8	64	32	0	0	67	0.91
70144009--70144075	20	3.4	19	73	8	62	34	4	4	56	1.39
70144048--70144103	25	2.1	28	87	12	82	33	3	3	58	1.32
70144082--70144141	24	2.6	23	79	10	59	31	6	3	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70144069--70144188	51	2.4	50	77	14	126	35	4	5	55	1.41
70145383--70145418	19	1.9	19	88	5	56	25	38	0	36	1.56
70152328--70152368	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
70155921--70155954	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
70162237--70162268	7	4.6	7	96	0	55	71	9	15	3	1.24
70162871--70162914	8	6.0	8	80	20	60	45	0	0	54	0.99
70162875--70162916	20	2.1	20	100	0	84	38	0	0	61	0.96
70165169--70165202	16	2.1	17	94	5	61	58	0	5	35	1.22
70170971--70170997	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
70178051--70178082	11	2.9	11	90	0	55	34	0	0	65	0.93
70178102--70178161	25	2.7	21	75	22	59	65	6	0	28	1.18
70178266--70178308	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
70179777--70179856	40	2.0	40	100	0	160	17	22	10	50	1.76
70186708--70186837	62	2.1	62	98	0	251	39	6	13	40	1.72
70186978--70187137	32	5.0	32	97	0	302	43	17	1	37	1.57
70187862--70187901	20	2.0	20	85	5	53	52	15	2	30	1.55
70188166--70188239	30	2.4	31	76	15	73	36	9	2	51	1.49
70192993--70193241	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
70192992--70193241	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
70193336--70193367	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
70193579--70193636	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
70202095--70202132	17	2.2	18	90	4	60	84	0	13	2	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70205430--70205473	5	8.8	5	81	18	56	20	0	2	77	0.88
70205430--70205473	14	3.0	14	81	18	54	20	0	2	77	0.88
70207057--70207177	54	2.2	54	94	0	206	28	23	23	24	2.00
70213767--70213837	31	2.3	31	85	0	88	32	2	15	49	1.59
70213792--70213858	31	2.2	31	94	0	116	28	0	17	53	1.44
70220928--70220980	19	2.7	19	79	2	61	64	3	3	28	1.28
70220965--70221054	28	3.1	27	76	16	83	62	4	5	27	1.37
70220946--70221016	20	3.7	20	68	22	53	60	2	2	33	1.26
70221208--70221282	37	2.0	37	85	10	100	33	2	1	62	1.17
70221243--70221372	46	2.8	45	82	6	127	33	1	1	63	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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