Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  123  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
38901946--38902084
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72
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1.55
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0
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0
0
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2.0
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1.9
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1.94
38961276--38961574
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104
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1.9
30
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3
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2.2
21
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22
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2.9
21
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0
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26
36
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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1.74
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25
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1
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0
0
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18
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20
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28
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2.3
16
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28
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17
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24
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1.88
39073167--39073333
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4.6
35
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210
35
24
9
30
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
222
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5
17
1.02
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76
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1.01
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37
1.30
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3
30
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41
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0
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2
4
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1.36
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26
1.9
25
91
4
80
57
20
0
22
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39102541--39102592
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2.0
26
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70
44
0
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51
1.19
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9.3
3
100
0
56
32
0
0
67
0.91
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26
2.8
25
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7
71
75
3
19
1
1.04
39109439--39109551
39
2.8
39
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163
31
15
17
35
1.91
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2.1
15
93
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54
6
0
38
1.26
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2.2
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0
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1.21
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0
0
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2
0
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0
0
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2.0
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2
0
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1.09
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2
0
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1.09
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0
11
27
1.30
39111342--39111387
20
2.3
19
85
14
58
26
4
2
67
1.21
39111343--39111387
22
2.2
20
88
8
63
26
4
2
66
1.22
39114396--39114461
28
2.3
27
84
10
78
36
1
0
62
1.05
39114414--39114447
16
2.1
16
94
0
59
32
0
0
67
0.91
39114396--39114472
27
2.7
29
82
9
88
35
2
0
62
1.09
39114472--39114519
20
2.5
20
90
6
73
25
2
2
70
1.09
39114453--39114518
28
2.3
29
78
17
75
24
3
1
71
1.09
39116772--39116833
13
4.7
13
83
2
79
37
19
4
38
1.73
39135962--39135991
3
10.0
3
100
0
60
0
33
0
66
0.92
39136907--39136953
7
6.7
7
100
0
94
29
55
0
14
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39146739--39146781
23
1.9
22
90
4
68
32
0
6
60
1.23
39146819--39146893
30
2.5
30
81
10
82
34
1
6
57
1.33
39146865--39146937
24
2.8
25
72
15
69
30
1
9
58
1.38
39146977--39147013
19
1.9
19
94
0
65
32
13
2
51
1.55
39147080--39147115
9
4.0
9
85
0
54
38
0
2
58
1.13
39147079--39147121
20
2.0
20
86
8
59
39
0
2
58
1.11
39163726--39163760
16
2.2
16
90
5
54
40
2
0
57
1.14
39165051--39165085
18
1.9
18
100
0
70
22
5
0
71
1.07
39165063--39165136
27
2.8
25
91
6
112
32
4
0
63
1.13
39165063--39165144
26
3.1
26
92
3
146
35
3
0
60
1.14
39167247--39167377
34
3.9
34
69
10
97
44
16
11
28
1.82
39169951--39170006
28
2.0
28
96
0
103
26
21
16
35
1.94
39173244--39173308
32
2.1
30
88
5
94
56
13
3
26
1.52
39173339--39173381
22
2.0
22
81
9
52
58
9
11
20
1.61
39196340--39196487
6
23.7
6
73
10
73
20
9
13
56
1.65
39196376--39196493
42
2.8
41
80
14
125
22
8
11
56
1.62
39196370--39196505
18
6.9
18
70
21
76
22
8
13
56
1.63
39196543--39196663
48
2.5
48
90
0
179
25
11
15
47
1.79
39196622--39196787
89
1.9
89
87
3
246
30
12
14
43
1.82
39197002--39197051
15
3.3
15
82
0
64
18
10
34
38
1.84
39198776--39198839
28
2.4
26
73
12
67
31
7
7
53
1.58
39198780--39198838
27
2.2
27
81
6
66
28
6
8
55
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39201775--39201843
21
3.4
21
69
15
63
55
8
1
34
1.40
39201807--39201865
30
2.0
30
83
6
75
57
8
0
33
1.29
39202270--39202325
21
2.7
21
83
5
69
41
37
12
8
1.74
39202327--39202399
21
3.5
21
79
7
94
27
41
10
20
1.86
39202318--39202415
42
2.3
42
94
0
169
29
38
11
20
1.87
39202318--39202415
21
4.7
21
67
17
69
29
38
11
20
1.87
39203443--39203514
3
24.3
3
90
2
92
2
34
0
62
1.10
39210536--39210718
99
1.8
99
87
2
269
32
8
10
47
1.69
39210623--39210791
72
2.3
72
83
1
221
33
8
13
44
1.74
39215670--39215731
29
2.3
26
78
13
63
32
3
3
61
1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279