genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33149140--33149188	22	2.3	21	89	3	71	63	0	2	34	1.06
33149153--33149226	21	3.6	21	74	22	68	62	4	1	32	1.22
33149824--33149871	16	3.0	16	90	0	69	52	0	47	0	1.00
33152239--33152291	15	3.4	16	74	7	56	66	0	1	32	1.03
33152245--33152292	24	2.0	24	84	8	62	68	0	2	29	1.01
33155231--33155296	20	3.3	20	65	23	57	15	13	16	54	1.71
33155222--33155302	40	2.0	40	100	0	162	14	14	17	53	1.74
33162736--33162777	10	4.1	10	79	14	50	11	0	7	80	0.88
33162893--33162935	19	2.2	19	87	8	59	58	2	0	39	1.11
33163557--33163614	27	2.2	26	81	9	64	55	0	5	39	1.22
33166078--33166142	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
33167223--33167265	22	2.0	22	90	0	68	30	11	9	48	1.71
33172034--33172121	47	1.9	46	86	9	126	45	11	1	42	1.47
33175700--33175763	29	2.2	28	78	13	67	18	12	10	57	1.63
33176041--33176080	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
33176026--33176092	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
33176020--33176096	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
33190810--33190835	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
33192071--33192156	41	2.1	41	95	0	154	50	9	15	25	1.73
33192093--33192154	21	3.0	21	65	11	56	53	8	14	24	1.68
33195098--33195131	16	2.1	16	89	10	52	55	8	11	23	1.63
33195461--33195508	21	2.5	20	86	10	64	54	4	10	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33198137--33198171	18	1.9	18	88	0	52	40	17	8	34	1.80
33198078--33198178	36	2.8	36	80	0	112	36	15	11	35	1.85
33199669--33199701	13	2.3	15	90	10	52	54	0	0	45	0.99
33200556--33200722	44	3.8	44	79	7	160	31	25	14	28	1.95
33200467--33200722	133	1.9	133	81	7	306	30	23	16	30	1.96
33201336--33201816	35	13.3	35	73	7	309	38	16	21	23	1.93
33201333--33201678	37	9.5	37	74	11	234	37	15	22	23	1.93
33201336--33201707	145	2.6	143	79	5	401	37	16	22	23	1.93
33201650--33201780	36	3.7	36	76	9	106	38	18	18	24	1.92
33201336--33201785	73	6.2	72	79	1	355	37	16	22	23	1.93
33205414--33205633	110	2.0	110	94	0	386	29	20	14	36	1.91
33205721--33205767	21	2.2	21	88	0	67	51	19	0	29	1.47
33206442--33206545	52	2.0	52	100	0	208	36	15	15	32	1.89
33206801--33207486	140	5.0	139	78	8	704	31	20	19	28	1.97
33206932--33207190	126	2.0	127	82	3	317	33	20	18	27	1.96
33206801--33207336	267	2.0	266	81	3	621	30	20	20	28	1.97
33220717--33220838	48	2.5	49	82	7	142	24	25	19	30	1.98
33222262--33222304	17	2.5	17	100	0	86	4	34	37	23	1.76
33222389--33222466	41	1.9	42	84	10	108	19	33	24	23	1.97
33222708--33222755	23	2.0	24	96	4	89	37	8	4	50	1.52
33223766--33223819	26	2.3	24	79	17	60	37	1	1	59	1.19
33225606--33225674	3	23.0	3	84	0	93	59	0	7	33	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33226734--33226779	11	4.2	12	78	18	55	2	0	32	65	1.05
33226735--33226778	21	2.1	21	95	0	79	2	0	34	63	1.07
33227779--33227888	41	2.6	41	82	5	123	35	20	21	21	1.96
33227810--33228070	41	6.4	41	84	0	290	34	23	21	21	1.97
33227810--33228070	123	2.1	123	83	1	335	34	23	21	21	1.97
33228235--33228286	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
33228339--33228465	7	17.9	7	69	9	51	23	0	37	38	1.61
33229750--33229809	17	3.7	16	79	20	63	63	0	1	35	1.05
33230296--33230386	19	4.9	19	84	8	125	37	14	10	37	1.81
33230308--33230378	35	2.0	36	91	2	117	36	14	11	38	1.81
33230308--33230394	36	2.5	35	85	9	97	36	13	11	37	1.81
33231835--33231873	7	5.4	7	96	3	69	84	0	0	15	0.62
33231840--33231904	16	4.2	16	90	3	62	73	6	0	20	1.03
33231860--33231904	8	5.6	8	97	0	81	66	8	0	24	1.20
33231808--33231904	24	4.2	24	77	12	87	70	6	1	22	1.16
33231938--33231983	23	2.0	24	82	4	58	63	8	2	26	1.35
33232077--33232175	41	2.4	42	72	5	103	40	9	22	28	1.84
33237315--33237351	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
33237795--33238391	23	26.0	23	77	9	468	31	5	23	38	1.78
33237791--33238389	69	8.7	68	79	7	552	32	5	23	38	1.78
33239139--33239246	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
33244028--33244074	17	2.8	17	80	6	51	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33244037--33244091	17	3.3	17	72	10	51	36	0	3	60	1.15
33244034--33244097	33	1.9	34	87	9	96	39	0	4	56	1.20
33246762--33246825	30	2.1	30	85	5	85	34	14	23	28	1.93
33247848--33247886	14	2.7	14	84	4	51	41	0	5	53	1.23
33247967--33248009	15	2.9	15	89	0	68	60	0	4	34	1.17
33251608--33251632	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
33252215--33252257	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
33254104--33254570	125	3.7	125	92	2	715	28	15	16	39	1.89
33254631--33254756	34	3.7	33	80	7	128	39	17	0	42	1.49
33254834--33254872	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
33255068--33255128	29	2.1	29	82	11	72	34	18	14	32	1.91
33258174--33258210	17	2.1	18	95	5	67	54	37	8	0	1.30
33259563--33259759	10	20.4	9	68	13	83	29	4	4	61	1.32
33259569--33259657	37	2.4	36	74	17	85	31	2	3	62	1.23
33260640--33260672	18	1.9	18	88	11	52	54	18	0	27	1.44
33261436--33261468	14	2.3	15	85	15	52	0	30	0	69	0.88
33261436--33261501	19	3.3	20	80	15	75	0	27	1	71	0.95
33263009--33263041	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
33265757--33265807	10	5.0	10	74	11	50	1	31	0	66	1.03
33277151--33277194	20	2.4	18	79	17	54	54	11	0	34	1.36
33285645--33285697	13	4.1	13	85	0	79	41	15	9	33	1.79
33287903--33287940	19	2.2	17	82	17	51	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33292276--33292315	14	2.7	15	88	7	64	57	2	10	30	1.45
33292423--33292454	14	2.3	14	94	0	55	84	0	3	12	0.74
33293216--33293257	17	2.4	18	76	11	52	73	4	9	11	1.22
33293977--33294074	51	1.9	51	87	0	142	32	15	14	37	1.87
33293939--33294469	44	11.9	44	73	7	315	29	20	15	34	1.94
33294092--33294408	173	1.8	171	81	1	391	30	21	15	33	1.94
33294298--33294469	89	1.9	89	81	3	204	28	20	17	33	1.96
33294019--33294451	217	2.0	218	88	2	656	30	20	15	34	1.93
33296742--33296836	27	3.6	25	75	13	82	41	20	20	18	1.91
33296761--33296852	27	3.4	27	77	7	96	36	22	21	18	1.95
33300412--33300485	24	3.1	24	90	0	112	21	40	5	32	1.76
33305722--33305752	15	2.0	16	93	6	55	25	9	19	45	1.81
33307114--33307151	20	1.9	20	94	0	67	71	2	5	21	1.19
33323382--33323427	21	2.2	21	84	7	58	39	28	2	30	1.69
33326302--33326352	21	2.5	20	75	9	50	66	7	0	25	1.18
33333421--33333531	45	2.5	44	91	5	170	42	18	18	21	1.89
33335084--33335122	20	2.0	20	90	10	62	51	5	0	43	1.24
33339898--33339937	20	2.0	20	85	4	55	65	12	22	0	1.26
33341224--33341264	21	1.9	22	85	5	57	34	9	0	56	1.32
33341271--33341318	18	2.6	17	84	12	60	35	12	2	50	1.52
33345422--33345465	19	2.3	19	88	4	61	29	22	4	43	1.73
33353075--33353667	51	12.8	46	70	15	298	32	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353446--33353659	44	4.7	44	73	13	198	28	18	25	28	1.98
33353073--33353665	137	4.3	137	85	2	684	32	17	21	28	1.96
33353214--33353665	96	4.8	95	71	16	291	31	17	22	28	1.96
33359978--33360018	17	2.3	18	80	16	50	41	2	0	56	1.13
33359968--33360025	28	2.0	30	83	12	77	41	1	0	56	1.09
33368393--33368417	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
33369000--33369054	19	3.1	18	75	15	60	60	0	3	36	1.15
33372485--33372516	9	3.6	9	95	0	55	90	0	6	3	0.53
33372801--33372832	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
33378280--33378322	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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