genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51118432--51118516	42	2.0	42	95	0	152	32	7	20	40	1.79
51120758--51120829	31	2.2	33	83	9	87	56	11	2	29	1.48
51120776--51120844	33	2.2	31	84	10	86	56	10	4	28	1.51
51120909--51120953	23	2.0	23	86	0	63	35	2	15	46	1.58
51127499--51127526	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
51134481--51134532	19	2.7	19	82	14	54	55	3	1	38	1.29
51134671--51134710	12	3.2	12	82	6	53	40	0	2	57	1.12
51135167--51135210	20	2.2	20	80	11	56	43	0	6	50	1.29
51137388--51137418	3	10.0	3	93	6	53	0	35	0	64	0.94
51138669--51138695	6	4.5	6	100	0	54	18	14	33	33	1.92
51146978--51147017	17	2.4	17	83	4	55	20	0	2	77	0.88
51168094--51168134	21	1.9	22	85	5	57	53	4	2	39	1.35
51168172--51168245	21	3.6	22	75	15	68	63	2	8	25	1.35
51187117--51187182	31	2.1	31	82	0	78	30	3	12	54	1.52
51202626--51202740	58	2.0	57	96	0	203	28	15	22	32	1.95
51207073--51207104	15	2.1	16	94	5	57	78	0	21	0	0.76
51207841--51207886	22	2.1	22	91	0	74	39	4	8	47	1.54
51220016--51220114	23	4.3	23	89	0	144	24	21	25	29	1.99
51223894--51223924	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
51224004--51224034	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
51225909--51225946	18	2.1	19	90	5	60	34	23	0	42	1.55
51226828--51226889	24	2.6	24	80	10	81	16	24	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51226803--51226907	48	2.1	49	78	3	113	20	24	20	33	1.97
51229333--51229391	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
51229346--51229437	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
51229393--51229461	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
51232510--51232605	50	1.9	50	97	0	183	39	7	15	37	1.75
51234370--51234429	31	1.9	32	93	3	104	31	18	23	26	1.97
51234482--51234565	26	3.2	26	67	29	79	30	13	27	28	1.94
51234475--51234577	52	2.0	52	98	0	197	31	12	26	30	1.93
51241587--51241841	55	4.8	53	80	7	236	22	24	16	36	1.94
51241634--51241834	108	1.8	110	89	4	318	23	24	16	34	1.95
51244677--51244745	29	2.3	31	82	7	88	49	2	17	30	1.61
51244677--51244744	30	2.3	30	84	5	84	50	2	17	29	1.61
51246888--51247115	46	5.0	46	91	1	323	40	13	23	22	1.89
51247401--51247433	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
51249848--51249914	29	2.2	31	78	7	75	46	5	20	26	1.74
51254022--51254116	47	2.0	47	95	0	172	36	9	14	38	1.79
51254977--51255060	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
51254981--51255074	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
51255265--51255309	22	2.0	23	95	4	83	17	17	22	42	1.89
51255999--51256083	42	2.0	42	97	0	161	25	8	23	42	1.82
51259823--51259921	46	2.2	45	85	1	126	44	16	20	19	1.87
51259867--51260298	215	2.0	215	100	0	864	33	22	20	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51264436--51264514	4	19.2	4	69	10	52	5	25	5	64	1.35
51264539--51264569	14	2.2	14	94	0	53	22	16	0	61	1.34
51265182--51265214	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
51279061--51279098	17	2.1	19	85	9	53	52	7	0	39	1.31
51279121--51279198	39	2.0	41	85	10	108	60	3	3	32	1.33
51283129--51283154	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
51289354--51289383	15	2.0	15	93	0	51	76	0	3	20	0.92
51289658--51289789	64	2.0	66	91	5	216	41	16	15	26	1.88
51291360--51291474	46	2.5	46	89	0	185	37	11	6	44	1.67
51295002--51295046	16	2.8	16	82	0	63	60	13	0	26	1.34
51299169--51299206	20	1.9	20	88	0	58	42	7	5	44	1.56
51299871--51299922	26	2.0	26	100	0	104	30	26	19	23	1.98
51306112--51306163	25	2.1	25	85	0	68	59	5	3	30	1.39
51307912--51307980	29	2.3	30	80	12	79	49	14	14	21	1.79
51317491--51317530	18	2.2	18	86	13	55	70	0	10	20	1.16
51322042--51322101	21	2.8	21	77	10	68	33	28	23	15	1.94
51322042--51322101	20	2.8	21	82	10	68	33	28	23	15	1.94
51339150--51339257	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
51346540--51346647	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
51353630--51353737	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
51354704--51354744	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92
51354694--51354739	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51354748--51354820	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
51354749--51354791	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
51354755--51354819	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
51359256--51359335	23	3.5	23	91	5	119	13	6	41	38	1.70
51359942--51360342	44	9.1	43	76	4	316	28	26	16	28	1.97
51359942--51360347	132	3.1	132	92	0	659	28	26	16	28	1.97
51372000--51372281	142	2.0	141	98	0	546	42	17	14	25	1.87
51373367--51373528	79	2.0	81	93	6	283	19	30	29	20	1.97
51374302--51374471	88	1.9	87	92	3	288	12	4	40	42	1.62
51374302--51374446	23	6.5	23	79	11	160	13	4	40	40	1.66
51377916--51378761	91	9.3	91	100	0	1692	26	20	17	35	1.95
51381689--51381722	18	1.9	18	88	5	52	55	26	5	11	1.58
51382447--51382601	43	3.6	43	87	0	229	28	32	25	12	1.93
51385994--51386061	16	4.1	16	80	3	64	64	0	13	22	1.27
51386453--51386501	24	2.0	24	88	7	73	61	0	10	28	1.29
51386748--51386788	17	2.4	16	80	11	55	63	0	4	31	1.15
51386858--51386916	27	2.3	26	85	11	77	62	0	11	25	1.29
51388926--51389429	109	4.7	105	79	11	502	35	13	15	34	1.88
51391931--51391959	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
51394664--51394708	22	1.9	22	82	13	54	57	2	0	40	1.11
51396167--51396200	11	3.2	11	87	4	52	35	0	0	64	0.94
51396421--51396461	11	3.7	11	83	0	55	51	9	19	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51396422--51396469	22	2.2	22	85	14	64	54	6	20	18	1.65
51396878--51396920	15	2.8	15	83	13	52	60	0	4	34	1.17
51408874--51409034	60	2.7	60	91	1	252	27	16	40	15	1.89
51415397--51415534	43	3.2	43	69	11	127	25	26	23	24	2.00
51415377--51415683	88	3.5	88	87	0	427	25	26	22	26	2.00
51420028--51420076	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
51421965--51421996	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
51424360--51424394	18	1.9	18	88	11	54	80	2	2	14	0.95
51428044--51428068	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
51430213--51430272	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
51431590--51431628	19	2.1	19	85	4	53	46	15	0	38	1.46
51432138--51432200	31	2.0	31	90	0	99	28	20	0	50	1.48
51432558--51432692	47	2.9	46	91	2	216	22	20	28	28	1.99
51433506--51433544	19	2.1	19	85	4	53	46	15	0	38	1.46
51434054--51434116	31	2.0	31	90	0	99	28	20	0	50	1.48
51434246--51434303	25	2.3	25	90	0	89	43	18	18	18	1.89
51435223--51435255	7	4.7	7	85	14	50	57	3	0	39	1.14
51435240--51435294	29	1.9	28	82	10	67	43	3	3	49	1.37
51445724--51445766	18	2.4	18	84	0	59	55	0	39	4	1.20
51455946--51456008	31	2.0	31	87	6	92	47	9	3	39	1.52
51456122--51456164	19	2.2	20	87	4	61	25	23	0	51	1.49
51458813--51458871	29	2.0	29	93	0	100	28	22	5	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51461686--51462022	35	9.6	35	86	0	431	31	10	24	33	1.90
51464214--51464310	40	2.5	38	77	8	99	16	25	27	29	1.97
51465967--51466006	19	2.0	20	85	4	55	55	0	0	45	0.99
51466669--51466722	27	2.0	28	96	3	101	46	29	0	24	1.53
51472564--51472639	38	2.0	38	100	0	152	52	13	7	26	1.67
51472570--51472631	19	3.3	19	64	8	54	56	11	8	24	1.61
51472670--51472903	122	1.9	123	93	0	407	41	16	14	27	1.87
51472904--51474713	904	2.0	904	100	0	3620	35	17	17	28	1.94
51477841--51477877	18	2.1	18	94	0	65	48	16	13	21	1.80
51500236--51500283	20	2.5	19	80	6	51	45	4	8	41	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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