genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80678970--80678999	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
80684603--80684681	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
80684800--80685296	47	10.6	47	97	0	895	29	31	8	30	1.87
80689687--80689798	53	2.1	54	89	1	172	41	23	16	18	1.89
80689687--80689798	27	4.2	27	88	2	163	41	23	16	18	1.89
80689708--80689853	27	5.4	27	86	1	107	39	21	18	20	1.92
80689842--80690050	27	7.7	27	73	9	149	26	11	20	42	1.86
80689841--80690028	81	2.3	81	84	4	236	27	11	18	42	1.84
80689842--80690058	54	4.0	54	76	5	179	25	11	20	41	1.86
80690377--80690429	18	2.9	18	82	0	61	18	20	15	45	1.85
80691071--80691136	24	2.6	26	80	4	82	33	15	24	27	1.95
80696367--80696512	48	3.0	48	79	5	172	28	19	23	28	1.98
80699466--80699529	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
80699722--80699816	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
80699743--80699815	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
80699866--80699930	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
80699866--80699919	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
80699967--80700014	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
80702317--80702350	11	3.0	11	91	4	50	50	0	0	50	1.00
80702419--80702462	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
80716487--80716598	27	4.2	26	83	7	127	14	24	24	37	1.92
80716487--80716598	54	2.1	53	86	6	154	14	24	24	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80721646--80721679	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
80727142--80727171	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
80734203--80734233	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80734200--80734239	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
80734472--80734669	108	1.8	110	87	4	303	23	24	17	34	1.96
80734425--80734679	55	4.8	54	78	11	244	21	24	17	35	1.95
80737393--80737426	11	3.1	11	95	0	59	29	0	35	35	1.58
80742461--80742638	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
80742482--80742637	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
80745654--80745701	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
80745749--80745800	25	2.1	25	92	3	88	34	21	19	25	1.96
80745748--80745820	25	3.0	24	80	13	78	30	23	21	24	1.99
80752362--80752409	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
80752457--80752526	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
80752456--80752553	25	4.0	24	82	11	85	27	23	22	26	1.99
80752457--80752551	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
80758757--80758843	22	3.8	22	78	14	95	35	20	21	21	1.96
80758757--80758870	47	2.4	49	80	15	132	35	19	21	23	1.96
80758757--80758938	23	7.6	24	74	9	113	35	20	21	23	1.96
80758776--80758938	73	2.2	73	85	8	240	34	20	21	23	1.96
80764665--80764809	44	3.3	44	79	7	195	26	29	15	28	1.96
80766052--80766127	8	8.5	8	71	25	55	17	1	3	77	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80766066--80766105	11	3.9	11	75	18	50	17	0	7	75	1.03
80766058--80766136	19	4.3	19	78	16	94	17	1	6	74	1.09
80766060--80766136	37	2.1	35	86	11	102	16	1	6	75	1.08
80769267--80769297	12	2.6	12	94	0	53	9	19	19	51	1.74
80769448--80769492	19	2.3	20	85	7	58	44	13	20	22	1.85
80776820--80776886	23	2.9	22	78	13	64	19	11	1	67	1.30
80777807--80777913	26	4.2	26	91	3	164	32	7	23	36	1.83
80779398--80779450	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
80781699--80781746	25	2.0	24	84	15	64	43	2	0	54	1.12
80785320--80785349	14	2.1	15	93	6	53	13	0	3	83	0.77
80796119--80796213	47	2.0	47	89	0	145	26	14	21	37	1.92
80802829--80803048	40	5.6	40	81	6	252	25	26	22	24	2.00
80803779--80803849	35	2.0	35	94	0	124	52	19	2	25	1.60
80810578--80810704	40	3.2	40	86	2	175	23	27	23	25	2.00
80813861--80813960	50	2.0	50	100	0	200	18	22	28	32	1.97
80816631--80816847	46	4.7	46	99	0	425	26	29	23	19	1.98
80830889--80830924	12	3.0	12	83	0	54	86	0	13	0	0.58
80832586--80832650	29	2.2	29	83	5	78	49	10	9	30	1.69
80834056--80834087	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
80834040--80834101	12	5.9	10	75	18	56	27	3	4	64	1.29
80837656--80837766	55	2.0	55	96	0	204	28	18	33	18	1.95
80845540--80845575	1	36.0	1	94	0	63	97	0	2	0	0.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80846824--80847149	44	7.6	43	74	11	249	30	21	21	26	1.98
80846825--80847161	87	3.9	86	77	11	282	30	21	22	26	1.98
80846874--80847149	131	2.2	126	80	9	292	30	21	22	26	1.98
80852367--80852423	28	2.0	28	93	0	96	31	10	29	28	1.90
80853346--80853405	31	2.0	31	87	9	88	61	6	5	26	1.42
80858506--80858815	45	7.0	43	83	9	139	28	27	19	24	1.99
80858596--80858819	45	5.0	45	94	0	385	29	25	21	23	1.99
80859621--80859769	25	6.0	25	92	0	210	48	10	14	26	1.77
80859630--80859719	12	7.2	12	70	7	63	48	8	15	26	1.74
80871227--80871270	21	2.2	20	83	4	52	27	4	4	63	1.33
80871753--80871780	8	3.5	8	100	0	56	60	10	0	28	1.30
80875126--80875172	23	2.0	23	95	0	85	25	8	36	29	1.86
80886501--80886538	19	2.0	20	94	5	69	52	2	23	21	1.59
80887726--80887790	32	2.0	32	100	0	130	33	6	24	35	1.80
80887800--80887833	10	3.5	10	84	8	52	64	0	11	23	1.26
80887796--80887833	19	2.0	19	100	0	76	57	0	15	26	1.38
80889248--80889300	23	2.3	22	75	9	52	30	1	0	67	1.01
80889644--80889697	27	1.9	27	85	14	74	29	1	3	64	1.21
80895285--80895460	96	1.8	96	83	0	235	30	20	14	34	1.93
80895673--80895835	51	3.4	51	68	19	139	29	15	19	35	1.93
80895609--80895880	94	2.9	95	88	1	393	30	19	16	33	1.94
80895391--80895923	44	11.6	44	69	14	238	30	19	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80898276--80898945	335	2.0	335	95	0	1207	26	21	16	35	1.95
80904365--80904418	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
80912211--80912301	28	3.2	28	90	1	128	29	25	26	18	1.98
80912407--80912471	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
80913539--80913571	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
80920061--80920151	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
80920257--80920321	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
80921389--80921421	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
80925563--80926036	159	3.0	156	81	7	487	37	16	12	32	1.87
80926112--80926314	82	2.5	82	95	0	363	28	6	14	49	1.69
80926860--80926961	51	2.0	51	98	0	195	17	18	11	51	1.75
80926909--80927036	66	1.9	68	84	6	172	16	25	7	50	1.71
80927133--80927443	162	1.9	162	87	5	459	19	14	14	51	1.77
80928813--80928864	22	2.4	22	100	0	104	0	9	44	46	1.36
80930179--80930214	13	2.8	13	95	0	63	30	8	19	41	1.81
80934264--80934374	33	3.4	33	79	7	127	33	11	22	32	1.90
80937522--80937689	25	6.7	25	75	2	95	31	19	27	21	1.97
80937572--80937699	50	2.6	49	76	8	132	32	19	28	19	1.96
80946976--80947184	41	5.2	40	84	3	179	25	25	23	24	2.00
80947029--80947184	41	3.8	41	88	4	226	26	25	23	25	2.00
80947029--80947182	81	1.9	82	87	4	231	25	25	24	24	2.00
80953522--80953560	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80953823--80953887	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
80957555--80957619	29	2.2	30	83	8	80	44	10	24	20	1.83
80958290--80958481	40	4.8	40	91	2	226	23	19	27	28	1.99
80966489--80966699	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
80993415--80993485	36	2.0	36	94	0	106	45	11	7	36	1.67
80993974--80994142	39	4.3	39	90	2	250	31	21	25	21	1.98
80993973--80994142	77	2.2	77	89	2	250	31	21	25	21	1.98
81000240--81000292	26	2.0	26	88	0	79	33	26	18	20	1.96
81004188--81004357	39	4.3	39	85	0	232	32	20	25	21	1.97
81011050--81011179	27	4.8	27	83	5	163	24	13	20	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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