genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8860157--8860349	64	3.0	64	100	0	386	31	7	26	34	1.85
8862105--8863226	48	23.4	48	98	0	2019	36	8	26	29	1.85
8863399--8863501	37	2.8	37	93	0	179	24	20	31	24	1.98
8864783--8865017	40	5.9	40	91	1	339	22	22	28	25	1.99
8866671--8866863	64	3.0	64	100	0	386	31	7	26	34	1.85
8868618--8869547	48	19.4	48	98	0	1752	37	8	25	29	1.85
8869720--8869822	37	2.8	37	93	0	179	25	20	30	24	1.99
8872558--8872593	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
8874412--8874442	6	5.0	6	92	7	53	16	0	0	83	0.64
8882998--8883041	5	9.0	5	80	14	56	61	0	0	38	0.96
8886657--8886690	16	2.2	15	89	5	50	26	0	0	73	0.83
8892022--8892060	19	2.1	19	100	0	78	23	5	20	51	1.67
8898410--8898635	40	5.7	40	88	4	289	25	22	26	25	2.00
8903495--8904176	47	14.4	47	96	1	1231	27	30	8	33	1.86
8911456--8911680	40	5.7	40	85	5	262	26	21	26	25	2.00
8911456--8911686	119	1.9	120	81	7	274	26	21	26	24	1.99
8911463--8911680	79	2.7	80	80	9	257	27	21	26	25	1.99
8911509--8911713	79	2.6	79	82	6	211	27	20	26	25	1.99
8918054--8918140	43	2.0	42	93	4	156	35	11	31	20	1.88
8927817--8927888	37	1.9	37	91	0	117	27	26	19	26	1.99
8928056--8928410	48	7.4	48	98	0	674	30	26	6	36	1.81
8939176--8939266	28	3.2	27	77	11	94	31	30	16	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8939489--8939795	40	7.7	40	85	0	407	27	28	19	23	1.99
8939473--8939793	80	4.0	80	88	0	462	28	28	19	23	1.98
8941303--8942269	48	20.1	48	98	0	1853	31	27	6	35	1.81
8942558--8942629	36	2.0	36	100	0	144	36	13	11	38	1.81
8953384--8953561	28	6.4	28	89	2	243	32	28	12	25	1.93
8953384--8953536	83	1.8	83	90	2	245	32	28	13	26	1.93
8959697--8959939	100	2.4	98	80	3	272	24	18	26	30	1.98
8959694--8959939	49	4.9	50	79	2	271	24	17	26	30	1.97
8963166--8963205	21	1.9	21	100	0	80	27	10	30	32	1.89
8964902--8964955	26	2.1	26	100	0	108	42	11	14	31	1.81
8969202--8969259	27	2.1	27	90	0	89	36	18	17	27	1.94
8970522--8970558	19	1.9	19	89	10	58	64	13	16	5	1.45
8977575--8977799	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
8977731--8977808	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
8986540--8986600	27	2.3	27	91	0	95	29	16	22	31	1.96
8998916--8998980	22	3.0	21	78	13	69	33	23	23	20	1.97
8999123--8999243	41	3.0	41	87	7	174	28	28	22	20	1.99
8999501--8999852	27	13.0	27	74	7	178	30	8	19	42	1.81
8999509--8999853	54	6.4	55	76	7	217	29	7	19	42	1.79
8999483--8999870	81	4.8	81	74	8	279	30	8	19	41	1.82
8999808--8999869	26	2.3	26	88	2	88	30	6	20	41	1.78
8999866--8999942	27	2.9	27	86	0	100	27	19	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9006615--9006657	22	2.0	22	81	9	52	9	20	0	69	1.15
9007896--9008000	27	3.9	27	82	7	124	16	23	21	38	1.93
9007896--9008007	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93
9014337--9014379	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
9015613--9015723	27	4.1	26	81	7	123	15	24	22	37	1.93
9015613--9015723	54	2.1	53	84	6	143	15	24	22	37	1.93
9021421--9021452	14	2.2	15	94	5	57	43	12	15	28	1.83
9027330--9027478	43	3.5	41	81	11	158	25	17	25	31	1.97
9028168--9028217	23	2.3	22	86	6	66	14	2	26	58	1.47
9032909--9032965	30	1.9	30	85	0	78	42	12	10	35	1.77
9033843--9033875	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9042056--9042084	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
9047561--9047599	6	6.5	6	96	0	69	15	2	0	82	0.79
9047566--9047606	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
9047924--9048042	59	2.0	59	96	0	220	22	16	11	48	1.79
9050585--9050613	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
9052145--9052378	31	7.5	31	88	0	360	29	24	17	28	1.97
9052146--9052374	62	3.7	62	99	0	449	29	24	17	27	1.97
9052609--9052664	25	2.3	25	90	3	87	21	25	23	30	1.99
9052695--9052725	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
9053477--9053552	27	2.8	27	92	4	118	23	25	19	31	1.98
9053709--9053913	81	2.5	81	84	3	252	27	8	21	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9053594--9053913	27	11.8	27	76	6	218	30	8	19	40	1.82
9053623--9054008	27	14.2	27	77	10	117	32	8	20	38	1.82
9053879--9054011	54	2.5	54	86	0	176	39	8	20	31	1.82
9053905--9054027	27	4.6	27	88	0	174	41	8	20	30	1.81
9053895--9054073	81	2.2	81	76	0	187	36	7	21	33	1.83
9059378--9059497	48	2.5	48	83	2	145	27	21	15	35	1.93
9063728--9063847	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
9071930--9071971	13	3.3	13	83	16	61	30	0	2	66	1.04
9071864--9071952	16	5.1	16	69	22	63	33	2	1	62	1.15
9071855--9072119	30	8.8	30	67	17	88	32	4	1	60	1.29
9071979--9072033	28	2.0	28	85	7	76	38	5	3	52	1.42
9072042--9072109	20	3.9	17	80	16	61	30	4	1	63	1.23
9072054--9072112	18	3.4	17	76	21	59	28	5	1	64	1.24
9075702--9075890	68	2.8	68	78	4	193	26	20	14	39	1.90
9098365--9098407	21	2.0	21	100	0	86	39	4	9	46	1.57
9102501--9102603	42	2.5	42	85	4	129	31	26	15	27	1.96
9108646--9108695	15	3.3	15	82	2	64	24	8	4	64	1.38
9108987--9109023	16	2.2	16	90	4	56	45	0	0	54	1.00
9108992--9109032	15	2.7	15	85	10	57	51	2	0	46	1.14
9108983--9109024	17	2.4	18	84	11	61	42	0	0	57	0.99
9109553--9109626	34	2.1	35	90	7	116	27	13	6	52	1.65
9110122--9110242	61	2.0	61	93	0	206	49	25	4	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9110651--9111119	207	2.2	210	87	3	685	39	11	5	43	1.65
9116505--9116553	22	2.2	22	96	0	89	30	14	28	26	1.95
9116905--9116934	11	2.7	11	89	0	51	66	6	0	26	1.16
9139301--9139399	28	3.5	29	82	12	116	30	28	14	27	1.95
9157893--9158158	46	5.7	46	72	16	226	30	28	19	21	1.97
9157898--9158166	93	2.9	93	91	3	416	29	28	18	22	1.98
9162870--9162996	64	2.0	64	100	0	254	38	9	18	33	1.83
9164175--9164336	70	2.3	70	98	0	315	31	12	25	29	1.93
9169939--9170182	55	4.5	54	83	4	278	35	18	23	22	1.95
9169994--9170217	108	2.1	110	80	6	251	37	16	23	22	1.93
9174188--9174374	50	3.9	49	74	11	181	27	17	29	24	1.97
9179863--9180121	120	2.2	120	83	6	312	25	21	27	25	1.99
9179863--9180088	40	5.7	40	90	4	314	24	21	27	26	1.99
9202752--9202929	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
9202753--9202908	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9202749--9202929	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
9209329--9209407	41	1.9	41	97	0	149	26	12	26	34	1.92
9217278--9217318	19	2.2	19	90	0	64	17	36	29	17	1.92
9217286--9217327	19	2.2	19	86	0	57	19	30	28	21	1.97
9218343--9218428	43	2.0	43	86	4	120	19	22	4	53	1.63
9221976--9222016	19	2.2	19	91	4	66	34	14	0	51	1.43
9225750--9225855	53	2.0	53	96	0	194	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9228349--9228382	16	2.2	16	89	5	52	26	2	14	55	1.53
9230447--9230504	24	2.5	24	75	13	66	18	20	17	43	1.89
9235205--9235281	28	2.8	28	90	2	120	50	1	12	35	1.49
9235203--9235369	28	5.6	28	76	15	115	43	0	14	41	1.50
9235255--9235354	33	3.0	34	88	5	161	45	0	13	42	1.43
9235432--9235841	126	3.2	123	81	8	459	39	16	16	28	1.89
9235733--9235941	110	1.9	109	84	1	274	38	18	15	27	1.91
9237119--9237175	25	2.3	24	82	11	62	66	1	1	29	1.12
9245930--9246027	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
9245958--9246040	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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