genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494408--22494728	164	2.0	163	93	0	552	29	10	15	44	1.80
22497415--22497451	7	5.1	7	90	3	56	37	0	18	43	1.51
22514821--22515078	126	2.0	126	89	2	394	28	17	25	27	1.98
22515084--22515168	42	2.0	42	88	0	125	27	5	38	28	1.80
22516620--22516654	16	2.1	17	89	5	54	20	0	2	77	0.90
22523151--22523301	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
22525069--22525243	46	3.8	46	74	11	169	19	18	30	30	1.96
22530280--22530336	30	1.9	30	85	0	78	36	1	8	52	1.43
22532776--22532800	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
22539814--22539898	42	2.0	42	90	4	136	28	3	38	29	1.73
22540756--22540799	15	2.8	16	79	10	54	34	0	2	63	1.07
22553656--22553696	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
22560829--22560926	23	4.3	23	89	2	153	31	25	21	21	1.98
22560836--22560924	45	2.0	45	93	0	151	31	25	22	20	1.98
22563690--22563751	29	2.1	30	82	8	74	1	29	6	62	1.29
22563732--22563772	22	1.9	21	85	5	55	2	19	9	68	1.29
22567686--22568374	346	2.0	346	94	0	1218	30	22	21	25	1.98
22570606--22570737	44	2.9	45	80	4	131	36	12	21	28	1.91
22571557--22571637	41	2.0	41	92	0	135	30	6	20	41	1.77
22573161--22573370	105	2.0	105	89	0	321	35	20	13	31	1.91
22580089--22580147	30	1.9	31	86	3	84	42	3	6	47	1.46
22591352--22591376	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22594682--22594722	21	1.9	21	85	5	55	51	0	4	43	1.23
22598670--22598707	20	1.9	20	84	10	51	57	0	10	31	1.32
22603493--22603527	14	2.5	14	90	0	52	45	0	0	54	0.99
22612664--22612688	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
22617501--22617606	55	1.9	55	90	0	167	30	16	15	37	1.90
22620774--22620827	25	2.1	26	93	3	92	55	3	37	3	1.35
22620884--22620911	6	4.7	6	100	0	56	35	0	64	0	0.94
22621196--22621229	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
22621751--22621784	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
22622226--22622265	18	2.2	18	86	0	53	40	7	2	50	1.44
22629209--22629247	18	2.1	19	85	4	53	53	5	0	41	1.23
22631222--22631263	20	2.0	20	86	13	59	42	19	4	33	1.72
22631216--22631266	19	2.6	19	82	17	61	45	17	5	31	1.72
22637621--22637656	5	7.2	5	96	0	54	5	19	41	33	1.75
22650356--22650496	46	3.1	46	98	0	273	38	15	23	22	1.92
22651084--22651184	39	2.6	39	91	0	157	36	22	26	13	1.92
22651102--22651166	20	3.2	21	72	12	73	40	20	26	13	1.89
22653259--22653669	205	2.0	205	99	0	813	27	13	23	36	1.92
22657159--22657244	42	2.0	42	90	0	136	33	27	11	26	1.91
22658736--22658843	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
22662833--22662874	20	2.1	20	86	0	57	42	4	4	47	1.45
22668923--22668960	20	1.9	20	89	10	60	23	10	0	65	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22684902--22684936	15	2.3	15	95	0	61	48	8	22	20	1.76
22684937--22685015	31	2.6	30	84	6	88	40	8	7	43	1.64
22693583--22693625	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
22693613--22693649	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
22695465--22695493	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
22695516--22695551	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
22696822--22696878	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
22697251--22697334	21	3.8	23	81	9	86	14	22	26	36	1.92
22700688--22701002	46	6.8	46	81	9	363	28	29	20	20	1.98
22700691--22701001	93	3.4	93	83	11	397	28	29	20	20	1.98
22700742--22701005	139	1.9	139	88	3	397	28	29	20	20	1.98
22705525--22705587	32	2.0	31	96	0	108	19	23	26	28	1.97
22705689--22705718	15	2.0	15	100	0	60	20	40	20	20	1.92
22707983--22708248	46	5.8	46	95	0	410	30	28	19	20	1.97
22708804--22709162	27	13.3	27	82	3	159	25	20	17	37	1.94
22708831--22709151	81	4.0	81	92	1	518	24	19	18	37	1.94
22708802--22709153	54	6.5	54	85	2	447	24	20	18	36	1.95
22709172--22709350	27	6.6	27	80	3	146	27	7	21	44	1.78
22709172--22709362	54	3.5	54	75	12	178	27	7	21	42	1.79
22709226--22709375	81	1.9	81	85	2	212	28	6	22	42	1.79
22709343--22709861	27	19.2	27	90	0	759	39	9	23	27	1.85
22712249--22712368	25	4.8	25	92	0	168	25	22	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22712571--22712948	27	14.0	27	81	3	375	25	19	17	37	1.94
22712571--22712948	54	7.0	54	85	0	414	25	19	17	37	1.94
22712573--22712952	81	4.7	81	83	1	431	26	19	17	37	1.93
22712938--22713089	53	2.9	55	77	8	136	31	8	21	38	1.83
22712971--22713142	27	6.4	27	80	6	170	30	8	20	40	1.81
22712938--22713156	54	4.1	54	76	7	185	31	8	21	38	1.84
22713137--22713323	27	6.9	27	91	0	293	40	8	21	29	1.82
22713019--22713323	54	5.6	54	85	2	173	36	8	21	33	1.83
22713019--22713293	81	3.4	80	81	2	219	35	8	21	34	1.83
22714928--22715023	47	2.0	47	88	4	140	35	25	11	28	1.90
22725023--22725053	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
22726536--22726596	23	2.7	23	97	0	113	13	37	11	37	1.80
22726536--22726636	23	4.4	23	82	8	93	15	30	13	39	1.87
22726834--22726858	9	2.8	9	100	0	50	40	12	12	36	1.79
22729012--22729077	27	2.4	27	82	0	96	39	19	21	19	1.93
22731570--22731623	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
22731876--22732167	49	5.9	49	84	4	374	28	17	25	28	1.97
22731882--22732167	148	1.9	149	90	3	452	28	17	25	29	1.97
22735257--22735314	15	3.9	15	76	0	62	10	10	17	62	1.54
22735258--22735314	30	1.9	30	88	0	87	10	10	17	61	1.56
22737626--22737764	42	3.2	43	81	9	158	28	23	18	29	1.98
22737608--22737764	42	3.7	43	79	9	151	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22737608--22737764	86	1.8	85	83	4	208	26	25	20	27	1.99
22745067--22745282	47	4.6	47	88	3	301	26	29	9	34	1.88
22749494--22749539	24	1.9	24	82	8	58	26	17	23	32	1.97
22758394--22758526	45	3.0	45	88	0	185	27	26	22	24	2.00
22763162--22763255	42	2.2	43	84	5	120	28	23	18	29	1.97
22764041--22764150	6	17.8	6	72	15	82	47	11	20	20	1.81
22764041--22764128	37	2.4	37	92	0	140	46	13	20	19	1.83
22764086--22764150	25	2.6	25	82	0	76	47	10	18	23	1.79
22764041--22764150	31	3.5	31	75	14	109	47	11	20	20	1.81
22764268--22764375	27	4.0	26	80	5	117	36	20	22	21	1.96
22764607--22764647	20	2.0	20	95	0	73	39	29	17	14	1.89
22764951--22765159	81	2.6	81	85	0	274	25	17	19	37	1.93
22764937--22765151	27	8.0	27	83	0	241	24	19	19	36	1.94
22765198--22765407	27	7.8	27	84	5	221	30	9	21	39	1.84
22765144--22765324	81	2.2	81	83	3	222	30	6	22	40	1.79
22765199--22765428	80	2.9	80	81	5	234	29	8	21	40	1.83
22765222--22765435	54	4.0	52	79	6	200	30	8	21	39	1.84
22765190--22765436	27	9.2	26	78	11	96	29	8	21	39	1.83
22769001--22769273	49	5.5	49	80	1	339	26	17	26	29	1.98
22768993--22769273	99	2.8	99	97	0	517	26	18	26	28	1.98
22773675--22773757	27	3.1	25	70	17	60	44	21	13	20	1.85
22773688--22773842	27	5.7	27	79	8	147	41	18	14	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22773688--22773842	54	2.9	54	83	0	202	41	18	14	25	1.88
22773689--22773842	81	1.9	81	86	2	220	41	18	14	25	1.88
22791594--22791796	102	2.0	102	98	0	388	38	9	26	25	1.87
22795025--22795208	87	2.1	89	84	9	236	31	17	22	27	1.97
22795293--22795571	87	3.2	87	83	7	402	31	16	19	32	1.94
22795245--22795536	89	3.3	88	83	5	410	32	17	20	29	1.95
22795248--22795571	176	1.8	176	96	0	603	32	16	20	31	1.95
22795664--22795745	41	2.0	41	90	0	128	30	13	20	35	1.91
22795467--22795965	261	1.9	261	88	1	759	33	17	20	29	1.95
22795505--22795965	131	3.5	131	69	14	363	33	17	20	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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