genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82909517--82909551	11	3.3	11	92	4	54	37	0	0	62	0.95
82909902--82909931	11	2.6	12	89	10	53	46	0	16	36	1.47
82917086--82917200	60	1.9	60	82	3	142	40	4	12	42	1.62
82918682--82918855	86	2.0	86	97	0	330	43	9	12	35	1.74
82918549--82919202	219	3.0	219	91	3	989	40	14	13	32	1.84
82920354--82920560	53	3.8	53	75	3	189	38	17	23	20	1.93
82929566--82929725	26	6.2	26	90	0	257	34	7	22	35	1.82
82929566--82929725	52	3.1	52	95	0	284	34	7	22	35	1.82
82937032--82937139	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82938625--82938677	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
82941782--82941829	22	2.2	22	92	0	78	25	20	33	20	1.97
82944225--82944311	45	1.9	45	83	4	113	41	14	19	24	1.89
82944242--82944365	45	2.8	45	85	2	151	41	14	19	24	1.88
82944354--82944502	46	3.3	45	73	6	122	43	13	22	20	1.86
82946406--82946430	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
82959260--82959295	13	2.8	13	95	4	65	33	22	13	30	1.93
82960831--82960871	18	2.3	19	79	12	50	39	9	9	41	1.71
82960858--82960907	18	2.8	18	76	11	57	30	16	10	44	1.80
82961460--82961492	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
82962105--82962142	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
82962105--82962147	21	2.2	19	87	8	59	0	25	0	74	0.82
82962563--82962609	25	2.0	25	84	12	64	38	14	2	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82968101--82968161	20	3.0	20	85	0	77	8	24	22	44	1.80
82970520--82970783	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
82978535--82978796	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
83013270--83013402	62	2.2	62	86	2	189	21	31	19	27	1.97
83021197--83021390	96	2.0	96	89	0	298	36	17	34	12	1.88
83024808--83024950	72	2.0	69	81	9	164	22	20	9	46	1.80
83034798--83034822	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
83036828--83036852	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
83036969--83037007	19	2.0	20	85	14	55	51	0	7	41	1.31
83038961--83039120	26	6.2	26	96	0	293	31	7	25	35	1.84
83040610--83040659	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
83042395--83042442	25	2.0	24	83	4	60	18	25	14	41	1.88
83045235--83045282	21	2.3	21	85	7	62	22	29	29	18	1.98
83048113--83048205	26	3.6	26	76	0	87	30	11	31	26	1.92
83052772--83052812	6	6.8	6	94	0	73	31	34	2	31	1.71
83056995--83057064	35	2.0	35	94	0	122	34	17	14	34	1.90
83065174--83065240	19	3.5	20	68	13	50	28	1	13	56	1.46
83065356--83065383	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
83066561--83066605	22	2.0	22	86	0	63	37	20	15	26	1.92
83068152--83068221	36	1.9	36	97	0	131	28	5	37	28	1.80
83071054--83071128	37	2.0	37	97	0	141	41	16	8	34	1.77
83074325--83074387	22	2.8	22	79	13	67	25	22	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83074325--83074429	45	2.3	45	83	4	131	28	21	17	32	1.96
83075462--83075503	12	3.7	12	81	12	61	26	45	23	4	1.73
83090675--83090717	21	2.0	22	86	9	61	6	9	32	51	1.61
83091247--83091280	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
83091283--83091322	18	2.2	18	86	8	55	67	15	0	17	1.23
83091402--83091463	30	2.1	30	87	0	88	61	9	1	27	1.37
83091857--83091908	18	2.7	19	88	5	70	53	3	7	34	1.48
83091929--83091973	15	3.3	14	82	14	58	44	2	0	53	1.13
83092040--83092081	20	2.1	20	86	8	59	73	0	26	0	0.83
83092041--83092083	22	2.0	21	82	13	52	72	0	27	0	0.85
83092764--83092820	16	3.3	16	73	22	53	38	1	7	52	1.39
83096914--83097331	48	8.7	48	76	13	360	27	18	28	25	1.98
83096907--83097336	96	4.5	96	81	6	444	26	18	28	25	1.98
83096906--83097336	144	3.0	144	83	5	500	26	18	28	25	1.98
83112776--83113004	49	4.7	49	80	5	255	26	17	25	30	1.98
83112777--83113004	99	2.3	100	82	5	268	26	17	25	30	1.98
83112774--83113063	148	2.0	147	85	8	401	27	17	26	28	1.98
83118633--83118672	16	2.4	16	88	12	55	32	0	20	47	1.50
83119103--83119267	43	3.9	43	81	3	190	29	16	22	32	1.96
83123560--83123589	12	2.5	12	94	0	51	6	10	50	33	1.62
83135511--83135535	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
83137129--83137215	42	2.1	42	100	0	174	39	20	6	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83138136--83138161	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
83139697--83139741	20	2.2	20	96	0	81	13	22	4	60	1.51
83140764--83140805	21	2.0	21	100	0	84	42	28	4	23	1.74
83161119--83161150	15	2.2	14	94	5	55	37	0	31	31	1.58
83162875--83162926	24	2.2	24	82	6	61	19	17	15	48	1.82
83164258--83164294	18	2.1	18	90	10	58	45	16	13	24	1.83
83170279--83170354	35	2.2	35	100	0	152	19	19	22	38	1.94
83173592--83173637	24	1.9	24	82	8	58	45	30	10	13	1.77
83175799--83176115	127	2.5	127	88	1	465	26	14	20	38	1.91
83186600--83187030	133	3.2	132	81	4	348	31	17	22	27	1.97
83186688--83186941	44	5.7	44	74	7	219	29	20	22	27	1.98
83186673--83187036	135	2.7	133	86	1	505	31	18	21	27	1.97
83186687--83187019	44	7.5	43	72	12	201	29	19	21	28	1.98
83190393--83190487	23	4.1	23	76	12	79	35	20	16	27	1.94
83190785--83190849	23	2.8	23	83	4	69	35	16	18	29	1.93
83191257--83191309	21	2.5	21	100	0	106	20	28	22	28	1.99
83195956--83196063	43	2.5	42	80	10	103	30	27	16	25	1.97
83199028--83199080	15	3.5	15	71	2	52	60	0	1	37	1.08
83199009--83199082	36	2.1	36	82	14	91	58	0	1	40	1.07
83199253--83199332	27	3.0	26	76	7	70	32	2	3	61	1.27
83199886--83199923	20	1.9	20	88	0	58	68	7	0	23	1.16
83199993--83200043	20	2.6	19	84	9	59	27	5	19	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83205972--83206084	51	2.1	54	81	10	137	20	18	17	43	1.88
83212383--83212420	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
83212778--83212824	6	7.8	6	85	0	67	21	19	12	46	1.82
83212778--83212823	12	3.8	12	94	0	74	21	19	10	47	1.80
83212946--83213012	18	3.7	18	81	0	80	34	14	17	32	1.91
83212942--83213012	36	1.9	37	88	2	108	36	15	16	30	1.90
83212953--83213029	18	4.3	18	79	0	64	35	14	15	35	1.88
83214866--83214901	18	2.0	18	88	0	54	47	2	8	41	1.48
83223482--83223522	13	3.0	14	83	13	50	24	0	2	73	0.96
83225169--83225304	16	8.7	16	68	20	67	61	2	2	33	1.23
83225199--83225253	21	2.6	21	77	13	58	61	0	5	32	1.19
83225866--83225930	13	4.9	14	75	9	55	9	58	21	10	1.59
83225866--83225930	20	3.2	20	95	0	112	9	58	21	10	1.59
83226673--83226881	117	1.8	114	90	8	345	24	6	15	52	1.67
83227170--83227886	44	16.3	44	87	2	958	27	27	14	30	1.95
83239930--83239984	21	2.6	21	77	13	58	61	0	5	32	1.19
83253887--83253924	19	2.0	20	85	15	53	34	5	5	55	1.45
83253908--83253970	30	2.1	30	84	0	81	26	3	12	57	1.51
83257184--83257240	21	2.6	23	78	10	66	36	17	1	43	1.60
83257177--83257240	11	5.9	11	72	3	58	40	17	1	40	1.59
83257244--83257275	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
83257245--83257277	14	2.3	15	89	5	50	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83264052--83264558	126	4.0	126	90	1	784	27	21	17	33	1.96
83266972--83267017	24	1.9	24	95	0	83	43	13	17	26	1.85
83274336--83274382	24	1.9	25	83	12	62	59	8	8	23	1.54
83276894--83276947	26	2.1	26	100	0	108	14	0	29	55	1.40
83289453--83289519	33	2.0	33	100	0	134	19	29	20	29	1.97
83292753--83292818	21	3.1	21	76	4	62	25	1	24	48	1.60
83310604--83310728	65	1.9	65	98	0	241	20	20	25	32	1.97
83315927--83316192	28	9.5	28	94	1	428	33	28	12	25	1.92
83338979--83339021	23	1.9	22	86	13	61	51	4	2	41	1.35
83341167--83341217	26	2.0	26	88	3	77	62	1	0	35	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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