genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26156444--26156472	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
26160014--26160046	13	2.5	13	95	0	57	39	0	0	60	0.97
26160673--26160703	15	2.1	15	100	0	62	48	6	25	19	1.72
26161427--26161465	20	2.0	20	89	0	60	51	0	5	43	1.24
26162198--26162268	18	3.7	19	83	14	69	26	4	0	69	1.07
26162198--26162259	18	3.3	18	86	11	72	27	4	0	67	1.10
26162227--26162268	10	4.4	10	79	8	52	28	0	0	71	0.86
26162688--26162748	29	2.1	29	100	0	122	50	3	9	36	1.52
26167381--26167550	46	3.7	44	74	9	153	30	19	26	24	1.98
26173826--26173990	83	2.0	83	98	0	321	27	23	9	40	1.85
26180582--26180646	21	3.2	21	75	20	84	40	20	26	13	1.89
26180564--26180695	39	3.6	38	80	15	161	38	21	25	15	1.92
26180614--26180677	31	2.1	31	93	0	110	42	18	21	17	1.89
26189329--26189921	300	2.0	300	97	0	1132	26	16	25	31	1.97
26202697--26202856	41	3.9	41	78	12	177	21	23	28	26	1.99
26202711--26202878	41	4.1	41	72	14	132	23	20	29	26	1.99
26205451--26205820	43	8.6	43	99	0	731	30	34	25	9	1.88
26205818--26206720	40	22.7	40	97	0	1665	27	24	24	22	2.00
26210274--26210494	40	5.6	40	83	2	250	27	23	22	27	1.99
26218228--26218448	40	5.6	40	82	2	259	26	24	22	26	2.00
26246768--26246794	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
26278464--26278518	20	2.9	18	75	20	58	50	1	7	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26278868--26278973	52	2.0	52	98	0	203	38	14	10	36	1.80
26284701--26284751	26	2.0	26	92	0	84	9	25	0	64	1.24
26287492--26287550	23	2.6	23	94	0	100	18	3	49	28	1.64
26287589--26287658	35	2.0	35	86	5	97	27	20	22	30	1.98
26290928--26291281	46	7.6	46	75	16	345	22	19	28	29	1.98
26290976--26291235	47	5.6	47	77	15	306	22	18	29	30	1.97
26290925--26291282	93	3.8	93	98	0	671	22	19	29	29	1.98
26320731--26320855	44	2.8	43	87	3	169	28	27	18	25	1.98
26327359--26327570	88	2.4	88	87	5	295	26	29	20	24	1.99
26327365--26327570	45	4.7	44	86	4	265	26	29	20	23	1.99
26328834--26329004	56	3.1	56	85	0	209	32	25	15	26	1.95
26328966--26329107	43	3.3	43	87	5	207	31	26	17	23	1.97
26332105--26332223	43	2.7	44	79	13	138	31	28	16	23	1.96
26339457--26339641	40	4.7	40	84	6	234	25	28	22	23	1.99
26339459--26339641	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
26342371--26342414	23	1.9	23	85	0	61	52	6	2	38	1.41
26343474--26343571	33	3.0	31	82	8	108	19	15	10	55	1.68
26343474--26343560	31	2.8	29	81	16	95	19	13	9	57	1.63
26346100--26346133	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
26374472--26374511	20	2.0	20	90	0	62	37	22	27	12	1.90
26376285--26376384	24	4.2	24	90	0	146	35	1	39	25	1.63
26377792--26377902	27	4.1	27	86	5	145	18	23	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26383883--26383941	29	2.0	29	100	0	118	33	6	23	35	1.82
26384154--26384254	24	4.2	24	93	0	166	32	0	40	25	1.63
26386121--26386257	46	3.0	46	90	0	202	25	31	8	34	1.86
26386253--26386378	51	2.6	48	81	9	148	28	30	7	33	1.86
26388574--26388656	43	1.9	43	95	0	148	25	20	2	51	1.59
26389574--26389684	27	4.1	27	86	5	145	16	26	21	36	1.94
26399415--26399453	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
26399891--26399978	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
26400084--26400148	28	2.3	28	86	5	96	30	7	26	35	1.84
26407229--26407267	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
26407708--26407770	28	2.2	29	88	8	94	31	23	22	22	1.98
26407876--26407940	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
26410815--26410877	27	2.3	27	91	0	99	42	15	11	30	1.82
26427983--26428152	47	3.6	47	77	13	149	23	30	18	27	1.98
26427972--26428152	94	1.9	94	86	6	260	23	29	19	27	1.98
26435721--26435774	21	2.6	21	84	0	72	22	24	35	18	1.96
26436852--26436968	46	2.5	46	83	6	148	23	29	18	29	1.98
26437389--26437447	30	2.0	30	93	0	100	25	27	15	32	1.95
26443740--26443895	43	3.6	42	76	12	140	30	26	18	24	1.98
26447629--26447661	17	1.9	17	93	0	57	54	3	0	42	1.15
26452488--26452539	24	2.2	24	100	0	104	15	19	3	61	1.48
26453170--26453198	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26454349--26454382	11	3.1	11	91	0	50	17	20	20	41	1.91
26455118--26455196	40	1.9	42	82	10	101	43	13	21	21	1.87
26462313--26462881	284	2.0	284	97	0	1084	28	16	19	34	1.94
26465609--26465800	40	4.8	40	78	0	204	27	27	20	24	1.99
26465590--26465801	80	2.7	79	87	0	280	27	27	20	24	1.99
26469868--26469976	27	4.1	27	85	5	141	34	23	24	16	1.95
26469868--26469973	54	2.0	53	88	1	158	34	22	25	16	1.95
26471382--26471438	25	2.3	24	90	6	87	21	36	5	36	1.76
26471382--26471445	25	2.6	25	87	5	76	18	40	4	35	1.72
26477687--26477797	27	4.1	27	83	5	136	36	21	24	17	1.94
26477687--26477797	54	2.1	53	87	1	159	36	21	24	17	1.94
26478880--26478930	17	3.0	17	100	0	102	29	17	5	47	1.71
26480199--26480423	40	5.6	39	84	7	290	24	28	24	23	2.00
26480199--26480423	83	2.8	80	89	4	353	24	28	24	23	2.00
26482549--26482612	25	2.6	25	87	5	85	17	42	3	37	1.65
26502664--26502938	137	2.0	137	97	0	514	40	22	17	19	1.91
26505940--26505995	20	2.8	20	91	0	85	35	17	0	46	1.49
26506734--26506800	27	2.6	26	76	19	70	44	4	0	50	1.22
26512468--26512520	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
26514008--26514115	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
26525964--26526037	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
26528534--26528634	32	3.2	32	98	0	193	34	13	8	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26536875--26536950	24	3.0	24	74	14	66	9	18	1	71	1.20
26541448--26541481	10	3.3	10	92	8	59	29	17	17	35	1.93
26541449--26541494	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
26548733--26548844	31	3.6	31	87	4	172	25	25	17	31	1.97
26549052--26549157	25	4.2	25	92	4	121	23	22	22	31	1.99
26549204--26549237	10	3.3	10	92	8	59	29	17	17	35	1.93
26549205--26549250	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
26553422--26553472	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
26556832--26556988	56	2.8	54	81	5	172	28	32	19	19	1.97
26559098--26559122	9	2.8	9	100	0	50	60	12	0	28	1.32
26562195--26562277	42	2.0	42	92	4	141	38	3	18	39	1.68
26562490--26562573	40	2.1	41	88	2	125	27	16	23	32	1.96
26565862--26565947	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
26567273--26567394	25	4.8	25	89	1	172	27	22	23	27	1.99
26572332--26572361	13	2.3	13	100	0	60	56	10	20	13	1.65
26572622--26572748	64	2.0	64	95	0	227	26	11	13	48	1.75
26576189--26576299	40	2.8	39	81	9	118	28	22	15	33	1.94
26576229--26576320	40	2.3	40	96	0	166	27	19	18	34	1.95
26583695--26583783	40	2.2	40	97	0	169	26	19	17	35	1.94
26591796--26591836	21	1.9	22	85	5	57	4	21	0	73	1.02
26595093--26595206	38	3.0	38	79	8	117	43	11	13	31	1.79
26595207--26595231	9	2.8	9	100	0	50	60	12	0	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26595345--26595382	20	1.9	20	88	0	58	36	10	2	50	1.51
26596200--26596237	20	1.9	20	88	0	58	44	2	15	36	1.61
26596199--26596243	20	2.2	20	80	0	54	46	2	15	35	1.58
26601628--26601728	28	3.7	27	84	4	112	41	19	7	30	1.80
26601614--26601744	55	2.4	54	76	8	138	38	19	8	32	1.82
26601533--26601815	27	10.4	27	77	6	169	32	20	8	38	1.82
26601614--26602000	27	14.3	27	75	4	197	36	19	9	33	1.84
26602802--26602868	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
26602918--26603029	52	2.2	50	91	3	188	27	21	24	26	1.99
26602918--26603029	26	4.4	26	85	3	156	27	21	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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