genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11931919--11931944	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
11935331--11935359	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
11937868--11938355	244	2.0	244	99	0	967	39	15	20	24	1.91
11941154--11941222	29	2.4	30	78	11	81	44	31	0	23	1.53
11941155--11941205	21	2.4	20	75	18	50	45	29	0	25	1.54
11942190--11942443	115	2.2	116	81	5	286	31	20	16	31	1.94
11943748--11943985	26	9.2	26	94	0	404	32	7	24	35	1.83
11946252--11946365	55	2.1	56	93	1	194	54	20	10	14	1.70
11949484--11949589	53	2.0	53	98	0	203	29	24	21	24	1.99
11954757--11954785	14	2.0	15	93	6	51	34	6	20	37	1.80
11956139--11956170	13	2.5	13	94	0	55	34	18	15	31	1.93
11957261--11957404	60	2.4	59	80	8	157	27	25	20	27	1.99
11961107--11961190	40	2.1	40	81	0	96	34	16	23	25	1.95
11962057--11962144	14	6.3	14	72	5	52	47	20	2	29	1.62
11962057--11962117	21	2.9	21	75	7	70	47	19	1	31	1.59
11962056--11962188	21	6.0	21	69	11	63	46	21	2	29	1.63
11962245--11962302	21	2.7	21	89	2	80	51	25	0	22	1.48
11962658--11962689	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
11962790--11963148	188	1.9	187	84	5	483	35	19	16	28	1.94
11965916--11965951	2	18.0	2	88	0	54	50	0	0	50	1.00
11966881--11966927	22	2.1	23	96	4	87	42	0	8	48	1.33
11966925--11966979	15	3.7	15	75	22	62	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11966934--11966978	14	3.1	14	75	6	54	46	0	0	53	1.00
11966923--11966989	29	2.3	29	89	7	100	44	0	0	55	0.99
11967259--11967488	9	26.7	9	79	11	241	44	21	0	33	1.53
11975901--11976643	371	2.0	371	100	0	1486	32	7	12	48	1.68
11977980--11978035	3	18.7	3	88	0	85	67	5	0	26	1.11
11978102--11978144	3	14.3	3	85	0	50	62	0	4	32	1.15
11978776--11979732	177	5.4	177	95	0	1583	27	23	18	30	1.98
11979389--11979630	44	5.5	44	65	20	112	27	22	19	30	1.98
11983173--11983356	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
11983173--11983356	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
11988531--11988578	25	1.9	25	91	0	78	35	25	12	27	1.92
11988617--11988673	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
11988615--11988677	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
11988615--11988685	20	3.5	20	92	0	115	35	14	19	30	1.91
11988731--11988825	24	4.0	24	89	6	140	29	22	22	26	1.99
11988732--11988804	23	3.1	23	96	2	128	30	21	20	27	1.98
11988732--11988825	47	2.0	48	89	6	147	28	22	22	26	1.99
11989018--11989081	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
11993187--11993239	21	2.5	21	84	0	79	32	24	26	16	1.97
11993198--11993247	21	2.3	21	93	6	82	34	28	26	12	1.92
11993173--11993259	21	4.0	23	76	10	74	36	25	21	16	1.94
11994699--11994734	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12000383--12000429	22	2.2	22	88	3	69	38	6	8	46	1.60
12004239--12004273	17	2.1	17	89	10	54	37	5	0	57	1.23
12008850--12008952	37	2.8	37	85	8	149	34	15	22	27	1.94
12015427--12015560	44	3.0	43	80	8	153	34	19	19	26	1.96
12015574--12015711	44	3.1	43	74	7	134	30	18	18	32	1.95
12015573--12015687	43	2.6	44	79	4	126	31	20	19	29	1.97
12024312--12024358	16	2.9	16	75	12	51	21	12	0	65	1.25
12024345--12024370	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
12029790--12030358	47	11.7	47	92	4	868	31	27	7	33	1.84
12030137--12030347	108	1.9	108	93	4	363	31	28	6	33	1.83
12040953--12040996	18	2.4	19	85	7	56	34	0	2	63	1.07
12045530--12045560	16	1.9	16	93	0	53	32	19	0	48	1.49
12045527--12045566	20	2.0	20	85	0	53	35	20	0	45	1.51
12045742--12045996	55	4.8	54	79	10	219	21	23	17	37	1.94
12045789--12045987	108	1.8	110	89	4	314	23	23	17	36	1.95
12049941--12049998	26	2.3	25	80	11	64	44	0	0	55	0.99
12049981--12050017	18	2.0	20	89	10	60	40	0	2	56	1.13
12054325--12054392	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
12055547--12055594	21	2.3	21	78	7	53	54	2	10	33	1.46
12055594--12055629	17	2.1	17	90	10	56	41	0	16	41	1.48
12057435--12057612	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
12057436--12057591	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12057432--12057612	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
12065528--12065705	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
12065529--12065684	82	1.9	81	88	3	233	27	15	27	29	1.96
12065525--12065705	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
12065610--12065716	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
12066915--12067057	72	2.0	72	98	0	277	39	13	20	26	1.90
12085351--12085429	28	2.7	29	72	16	83	45	0	0	54	0.99
12085344--12085440	48	1.9	52	80	19	118	46	0	2	51	1.12
12098692--12098941	93	2.6	95	78	8	251	24	29	18	27	1.98
12098666--12098989	49	6.8	47	70	11	194	24	30	18	26	1.98
12098721--12098990	142	1.9	142	82	6	341	24	30	18	27	1.98
12101814--12101845	15	2.1	15	100	0	64	28	6	40	25	1.79
12102632--12102668	19	1.9	19	100	0	74	13	10	37	37	1.80
12105441--12105583	71	2.0	71	89	2	216	27	20	20	31	1.97
12113376--12113406	13	2.4	13	100	0	62	41	35	6	16	1.74
12115321--12115394	31	2.4	31	97	0	139	31	12	13	43	1.81
12115369--12115501	50	2.6	52	83	3	180	33	15	12	39	1.85
12117743--12117837	44	2.1	45	90	1	147	36	28	13	21	1.91
12121897--12122041	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
12129557--12129700	71	2.0	71	91	2	236	25	20	27	26	1.99
12134689--12134799	56	2.0	56	96	0	204	45	12	30	11	1.78
12135032--12135214	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12135033--12135216	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
12135085--12135251	79	2.1	79	84	6	214	25	21	27	25	1.99
12145097--12145436	119	2.9	119	82	3	405	35	15	22	25	1.94
12145204--12145414	61	3.5	61	71	15	179	36	15	23	24	1.94
12145366--12145434	29	2.4	29	78	9	70	33	17	26	23	1.96
12146693--12146768	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
12149122--12149266	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
12159058--12159158	43	2.4	42	83	3	114	34	24	16	23	1.95
12159004--12159168	43	3.9	43	74	7	106	34	25	15	24	1.95
12162666--12162717	24	2.0	27	85	14	74	34	5	13	46	1.67
12165941--12166020	29	2.8	29	86	5	110	33	8	25	32	1.86
12172634--12172701	28	2.4	28	95	0	118	23	16	35	25	1.95
12172634--12172724	28	3.2	28	85	3	94	27	16	31	24	1.96
12173039--12173430	27	14.7	27	80	5	363	40	19	9	30	1.84
12173039--12173403	80	4.6	79	81	6	353	39	19	9	30	1.84
12173039--12173430	53	7.3	54	83	4	406	40	19	9	30	1.84
12173929--12173956	11	2.5	11	100	0	56	28	0	17	53	1.44
12176291--12176351	28	2.2	28	90	0	95	19	18	37	24	1.94
12176667--12177004	27	12.7	27	81	6	361	39	18	9	31	1.83
12176666--12176977	79	3.9	79	88	2	428	39	18	10	32	1.84
12176667--12177004	81	4.2	80	86	3	430	39	18	9	31	1.83
12181210--12181387	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12181231--12181386	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12189575--12189619	23	1.9	24	82	13	58	35	6	22	35	1.80
12194619--12194673	28	2.0	28	100	0	110	21	10	14	52	1.72
12208526--12208688	46	3.5	46	70	19	131	29	28	19	22	1.98
12208571--12208733	47	3.5	47	73	11	172	31	28	18	22	1.97
12208526--12208789	93	2.8	93	90	1	404	30	28	18	22	1.98
12208618--12208782	46	3.6	46	71	14	158	33	27	16	22	1.96
12212854--12212887	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
12214060--12214151	24	3.8	24	79	0	103	21	14	26	38	1.91
12222441--12222532	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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