genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365062--2365108	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
2365065--2365113	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
2365327--2365410	3	28.3	3	75	17	63	65	1	3	29	1.17
2365327--2365414	25	3.5	26	71	23	80	65	1	3	29	1.16
2371398--2371455	28	2.1	28	100	0	116	25	15	20	37	1.92
2375536--2375580	3	15.0	3	92	0	72	68	0	28	2	1.01
2379624--2379675	20	2.5	21	78	12	63	48	11	5	34	1.63
2382522--2382581	25	2.4	25	80	0	75	33	20	21	25	1.97
2388754--2388796	21	2.1	20	83	12	52	32	6	11	48	1.66
2392584--2392622	17	2.3	17	90	0	60	35	7	12	43	1.72
2398003--2398182	49	3.7	49	77	5	177	22	27	21	27	1.99
2398246--2398367	46	2.7	44	83	11	142	25	27	15	31	1.96
2404328--2404377	24	2.1	23	81	3	55	28	16	10	46	1.78
2410544--2410597	19	2.9	18	79	17	58	59	3	1	35	1.26
2410544--2410599	18	3.1	18	78	19	62	60	3	1	33	1.24
2414459--2414551	28	3.1	28	62	14	69	47	8	4	39	1.54
2414472--2414568	29	3.2	29	64	13	79	55	7	3	34	1.43
2414444--2414568	61	2.0	61	96	0	232	52	7	3	36	1.45
2418635--2418672	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
2418728--2418799	29	2.5	29	97	0	135	33	23	13	29	1.93
2428596--2428775	46	3.9	46	86	2	227	21	22	13	42	1.88
2428705--2428774	21	3.1	21	67	21	61	25	22	10	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432530--2432570	19	2.2	19	100	0	82	29	14	19	36	1.92
2440638--2440681	19	2.3	19	88	4	61	34	11	4	50	1.59
2442031--2442091	32	1.9	32	93	0	104	52	18	3	26	1.60
2442031--2442104	32	2.5	30	85	10	91	52	18	2	25	1.59
2444313--2444366	22	2.5	22	96	0	99	27	9	18	44	1.80
2453415--2453807	178	2.2	177	86	3	547	27	25	17	29	1.97
2455062--2455221	55	2.9	55	78	12	175	12	29	17	40	1.86
2466159--2466191	11	3.1	11	91	4	50	72	21	0	6	1.05
2477821--2477909	43	2.0	44	85	8	119	31	7	20	40	1.81
2478405--2478446	21	1.9	23	85	9	61	59	14	0	26	1.35
2483182--2483289	26	4.2	26	93	0	189	33	7	24	35	1.83
2488049--2488138	45	2.0	45	97	0	171	32	2	12	53	1.50
2492078--2492131	20	2.7	20	78	16	58	44	20	1	33	1.62
2493728--2493800	5	14.4	5	97	2	137	58	0	1	39	1.06
2493978--2494029	20	2.6	20	78	9	61	44	25	0	30	1.54
2499174--2499612	29	15.1	29	84	3	461	37	13	26	22	1.92
2502435--2503068	44	14.0	44	71	8	335	28	21	17	31	1.96
2502441--2502880	89	5.0	88	78	7	379	28	21	17	32	1.96
2502438--2502880	177	2.5	177	82	3	516	28	21	17	32	1.96
2502441--2502884	133	3.3	132	76	7	389	28	22	17	32	1.96
2508528--2508599	24	2.9	25	73	20	62	56	5	6	30	1.48
2524241--2524281	22	2.0	20	85	9	55	58	9	2	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524429--2524481	24	2.2	24	83	12	65	64	9	0	26	1.24
2525344--2525397	26	2.0	27	96	3	101	25	3	11	59	1.48
2526719--2526746	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
2526503--2526890	89	4.4	87	84	6	480	32	21	18	27	1.96
2526827--2526969	75	1.9	75	92	0	241	29	23	16	30	1.97
2526824--2526986	75	2.2	75	86	2	238	33	21	17	28	1.96
2526646--2527438	250	3.3	243	80	10	839	33	21	16	28	1.95
2527068--2527591	73	7.0	73	80	6	534	33	21	17	27	1.96
2527068--2527532	147	3.2	146	80	9	530	34	21	16	27	1.95
2552991--2553031	22	2.0	20	85	9	55	58	9	2	29	1.43
2553179--2553231	24	2.2	24	83	12	65	62	9	1	26	1.36
2559255--2559308	3	18.0	3	81	7	65	64	3	3	27	1.27
2559306--2559338	4	8.2	4	100	0	66	51	0	24	24	1.48
2571327--2571359	10	3.5	10	88	12	52	30	0	0	69	0.88
2573108--2573137	11	2.7	11	94	0	51	63	3	20	13	1.43
2578869--2578922	14	3.8	13	79	13	54	31	3	3	61	1.31
2578869--2578922	21	2.5	20	82	8	54	31	3	3	61	1.31
2578861--2578930	28	2.5	29	79	6	81	31	8	2	57	1.44
2578887--2578930	21	2.1	21	82	0	52	31	4	4	59	1.38
2579465--2579523	28	2.1	28	100	0	118	27	37	22	13	1.91
2588742--2588849	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
2595695--2595804	26	4.2	26	97	0	202	37	25	4	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597511--2597614	55	1.9	55	97	0	199	26	3	18	50	1.63
2597511--2597645	55	2.5	55	86	4	157	26	3	20	49	1.65
2598397--2598429	12	2.8	12	95	4	59	0	24	51	24	1.48
2600999--2601051	26	2.0	26	96	0	97	37	7	30	24	1.83
2602727--2605299	429	6.0	429	98	0	5029	32	13	22	31	1.93
2606507--2606569	31	2.1	30	82	11	76	38	0	26	34	1.57
2607127--2607257	47	2.8	47	87	2	174	23	14	25	36	1.93
2608588--2608871	48	5.9	48	80	1	309	26	27	17	28	1.98
2608590--2608871	96	2.9	96	89	1	440	26	27	17	28	1.98
2611480--2611530	26	2.0	26	92	0	84	17	23	23	35	1.95
2615330--2615362	17	2.0	17	88	5	50	0	3	21	75	0.93
2631141--2631483	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
2631415--2631492	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2642910--2642981	23	3.2	23	64	18	60	25	11	15	48	1.77
2642916--2642986	22	3.2	22	64	18	56	23	9	18	47	1.78
2642910--2642999	45	2.0	45	97	0	171	25	10	17	46	1.79
2647637--2647692	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
2649972--2650134	47	3.5	47	77	14	201	24	18	26	30	1.98
2650015--2650190	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.99
2649972--2650183	93	2.3	93	93	0	361	24	19	27	28	1.99
2654285--2654394	42	2.6	41	73	18	109	29	20	22	27	1.99
2654927--2654971	23	2.0	22	86	4	63	11	2	33	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2657573--2657851	144	1.9	143	97	0	522	28	24	14	32	1.94
2659248--2659305	3	19.3	3	77	13	57	32	0	1	65	1.03
2659248--2659300	15	3.5	15	80	14	63	32	0	1	66	1.03
2659592--2659632	16	2.5	17	84	8	57	75	0	21	2	0.92
2660059--2660094	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
2660279--2660345	20	3.5	20	69	19	61	41	1	14	41	1.55
2660290--2660350	17	3.1	21	66	22	60	40	1	19	37	1.62
2660276--2660350	37	2.0	37	97	0	141	41	1	16	41	1.56
2660619--2660668	21	2.3	22	82	6	57	16	22	26	36	1.94
2667949--2668056	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
2677925--2678008	43	2.0	43	92	0	141	28	30	17	22	1.97
2683867--2684521	132	4.9	132	77	7	474	35	18	18	27	1.94
2683887--2684485	266	2.3	267	78	5	597	35	18	18	27	1.95
2687471--2688459	221	4.5	221	88	1	1466	22	32	16	27	1.96
2687471--2688459	44	22.4	44	87	1	1377	22	32	16	27	1.96
2689680--2689756	5	15.4	5	75	18	72	1	20	0	77	0.83
2689680--2689764	9	9.5	8	80	14	71	1	20	0	78	0.81
2689685--2689767	15	5.7	15	78	18	95	1	19	0	79	0.80
2692314--2692355	19	2.2	19	87	8	59	38	11	26	23	1.90
2693913--2694511	266	2.3	267	78	6	590	35	19	18	27	1.95
2693892--2694547	132	5.0	133	76	9	468	35	18	18	27	1.95
2697555--2697582	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698974--2699025	18	3.2	17	70	30	51	40	0	3	55	1.18
2709410--2709542	21	6.3	21	81	1	124	48	16	21	13	1.80
2709410--2709542	42	3.2	42	80	2	142	48	16	21	13	1.80
2730438--2730474	17	2.2	17	90	0	56	21	10	21	45	1.82
2733196--2733225	15	1.9	16	93	6	53	16	6	0	76	0.99
2735490--2735550	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
2735801--2735861	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
2735386--2736006	311	2.0	311	100	0	1242	29	21	8	39	1.83
2738624--2738709	43	2.0	43	82	8	104	26	17	27	27	1.98
2743480--2743640	40	4.0	40	90	2	252	31	21	20	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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