genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72064334--72064380	23	2.0	24	84	12	62	38	4	4	53	1.40
72069629--72069660	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
72072033--72072065	7	4.7	7	85	14	50	30	24	15	30	1.95
72072033--72072072	14	2.9	14	84	0	53	30	20	15	35	1.93
72076349--72076419	28	2.5	28	90	4	108	28	12	26	32	1.93
72077174--72077198	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
72077877--72077913	15	2.4	15	90	4	56	18	5	0	75	0.99
72080999--72081042	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
72081414--72081447	16	2.1	16	100	0	68	44	11	0	44	1.40
72090875--72090902	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
72097809--72097869	32	1.9	32	96	3	115	31	9	21	37	1.86
72100625--72100738	45	2.6	45	86	8	146	25	28	22	22	1.99
72100906--72101064	43	3.7	43	90	2	230	34	20	14	30	1.92
72109929--72109956	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
72115195--72115232	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
72118199--72118274	18	4.4	18	86	4	95	36	23	9	30	1.86
72120636--72120704	21	3.3	21	87	2	95	57	7	23	11	1.58
72126105--72126151	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
72129933--72129963	14	2.3	13	94	5	53	51	0	9	38	1.35
72146420--72146597	27	6.6	27	85	3	214	29	27	15	27	1.96
72146441--72146596	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72151799--72151856	28	2.1	28	83	6	73	29	8	25	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72153080--72153116	19	1.9	19	100	0	74	24	5	21	48	1.71
72156167--72156282	42	2.8	42	78	10	112	22	16	31	29	1.96
72157615--72157652	13	2.9	13	100	0	76	31	28	39	0	1.57
72161103--72161322	40	5.6	40	80	5	232	25	22	26	25	2.00
72161103--72161322	80	2.8	80	83	5	261	25	22	26	25	2.00
72162724--72162844	46	2.6	46	92	2	199	21	23	12	42	1.86
72164733--72164765	9	3.8	9	92	4	50	0	24	3	72	0.98
72167589--72167657	22	3.1	23	83	8	90	43	17	21	17	1.88
72168943--72169216	46	6.0	46	96	0	476	22	22	13	41	1.88
72171955--72172032	29	2.6	30	76	15	81	25	5	17	51	1.66
72172122--72172161	19	2.0	21	90	9	66	60	0	0	40	0.97
72172626--72172652	9	3.0	9	100	0	54	88	11	0	0	0.50
72173513--72173538	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
72184492--72184559	21	3.2	21	68	0	55	45	19	19	16	1.85
72184459--72184554	42	2.3	42	88	0	138	42	16	23	16	1.88
72186227--72186269	18	2.4	18	80	0	50	39	6	9	44	1.64
72187215--72187256	18	2.3	19	95	4	77	16	45	28	9	1.79
72187782--72187851	34	2.1	34	97	0	131	55	4	31	8	1.49
72189051--72189306	80	3.2	80	90	3	367	23	22	26	26	2.00
72189051--72189280	40	5.8	40	92	1	356	23	22	27	26	1.99
72195615--72195707	47	2.0	47	97	0	177	34	13	12	38	1.84
72196055--72196177	40	3.1	40	84	4	167	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72196150--72196307	79	2.0	79	93	4	275	28	13	24	34	1.93
72204276--72204440	40	4.2	40	81	6	185	24	20	26	28	1.99
72204702--72204907	103	2.0	103	100	0	412	26	18	12	42	1.86
72206632--72206754	27	4.6	27	78	2	113	24	26	16	33	1.96
72209651--72209820	46	3.7	46	74	13	168	21	20	28	29	1.98
72209641--72209813	93	1.9	93	92	0	292	22	20	28	28	1.99
72219837--72219886	23	2.2	22	86	6	73	24	18	32	26	1.97
72219843--72219889	23	2.0	23	95	0	85	23	17	29	29	1.97
72223690--72223776	43	2.0	45	81	4	106	33	10	26	29	1.90
72223580--72223904	176	1.8	177	90	0	526	29	18	25	27	1.98
72224250--72225497	653	1.9	650	94	0	2122	27	23	16	32	1.96
72228402--72228427	11	2.4	11	100	0	52	53	11	19	15	1.71
72229400--72229577	46	3.8	46	81	5	207	21	22	26	28	1.99
72236054--72236104	26	2.0	26	100	0	102	27	15	7	49	1.72
72240526--72240692	43	3.9	43	87	0	217	28	29	17	23	1.97
72240525--72240712	43	4.4	43	84	0	205	30	28	17	23	1.97
72240736--72240779	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
72240921--72240967	24	2.0	24	91	0	76	51	19	2	27	1.58
72245989--72246057	7	9.7	7	74	13	52	43	40	0	15	1.47
72245992--72246076	22	4.0	21	72	7	55	43	37	1	17	1.57
72246279--72246459	82	2.2	81	75	6	197	25	24	20	29	1.99
72251836--72251885	26	2.0	24	84	7	64	62	6	2	30	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72252704--72252751	17	2.7	18	83	6	62	39	27	8	25	1.84
72252704--72252751	9	5.4	9	90	5	62	39	27	8	25	1.84
72252833--72252893	17	3.4	17	65	12	50	52	14	3	29	1.58
72252750--72252898	37	4.0	37	90	0	226	45	14	6	32	1.71
72253045--72253161	58	2.0	58	96	0	216	35	16	16	32	1.91
72255290--72255360	28	2.5	28	88	0	106	39	9	21	29	1.85
72255433--72255655	39	5.7	39	92	1	340	19	21	28	30	1.98
72267644--72267702	28	2.1	27	90	3	91	27	0	23	49	1.51
72267860--72267893	13	2.6	13	90	0	50	17	0	47	35	1.48
72267943--72267968	6	4.3	6	100	0	52	0	0	46	53	1.00
72268093--72268128	18	2.0	18	94	0	63	30	16	19	33	1.94
72268623--72268782	44	3.8	42	75	15	141	23	17	25	33	1.96
72268623--72268782	42	3.7	44	75	12	145	23	17	25	33	1.96
72270975--72271047	27	2.8	27	80	12	73	38	21	9	30	1.86
72271032--72271082	26	1.9	27	88	4	77	43	9	11	35	1.75
72271069--72271408	27	12.6	27	83	1	430	37	19	16	25	1.93
72271077--72271408	54	6.1	54	90	1	486	37	19	16	25	1.93
72271406--72271463	27	2.1	27	81	6	64	22	22	17	37	1.93
72271761--72271812	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
72271970--72272078	27	4.1	26	85	5	137	18	22	21	37	1.94
72272198--72272262	25	2.6	25	92	0	103	18	16	15	49	1.80
72272217--72272330	31	3.7	31	70	13	99	19	16	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72272195--72272356	6	26.3	6	68	16	91	19	16	14	50	1.78
72272217--72272296	37	2.2	37	86	0	115	20	16	15	48	1.81
72272195--72272335	62	2.3	62	93	0	237	19	16	14	50	1.78
72276382--72276483	48	2.1	47	82	7	116	27	26	19	26	1.99
72278730--72278930	27	7.4	27	89	1	267	36	19	18	24	1.95
72278730--72278930	82	2.5	81	86	4	278	36	19	18	24	1.95
72278731--72278930	109	1.8	109	89	0	310	36	20	18	25	1.95
72280524--72280616	32	2.8	33	81	3	125	27	26	20	24	1.99
72280973--72281277	27	11.3	27	89	2	398	24	20	20	34	1.97
72281402--72281440	17	2.3	17	95	0	69	10	33	30	25	1.89
72284115--72284250	50	2.8	50	86	2	177	27	26	19	27	1.99
72287044--72287266	119	1.9	120	85	6	310	24	27	23	24	2.00
72287023--72287266	40	6.1	40	85	6	300	24	27	22	24	2.00
72298145--72298174	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
72303667--72303776	55	2.0	55	98	0	211	34	17	11	36	1.86
72309367--72309399	16	2.1	16	88	11	50	3	9	0	87	0.63
72310185--72310293	55	2.0	55	96	0	200	35	17	9	37	1.82
72314760--72314920	38	4.3	38	90	1	243	20	21	25	32	1.98
72314760--72314920	75	2.1	76	89	1	243	20	21	25	32	1.98
72319572--72319682	22	4.7	23	82	8	111	23	22	20	33	1.97
72343212--72343262	24	2.1	25	89	10	79	27	37	17	17	1.93
72367866--72368125	25	10.4	25	84	2	326	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72368104--72368170	22	3.1	21	79	14	82	14	25	20	38	1.91
72375089--72375251	40	4.1	40	91	0	247	28	27	19	23	1.98
72378709--72378930	46	4.8	46	84	9	299	22	20	27	29	1.98
72383024--72383107	42	2.0	42	85	0	114	40	23	17	17	1.91
72398958--72399018	30	2.0	30	83	0	77	29	26	8	36	1.85
72403521--72403556	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
72404799--72404934	24	5.7	24	79	1	139	22	13	27	36	1.92
72405946--72405983	18	2.1	18	100	0	76	50	15	5	28	1.66
72411291--72411352	28	2.2	28	79	0	70	33	19	16	30	1.94
72416090--72416186	30	3.2	30	75	2	97	26	28	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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