genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38653909--38654009	52	1.9	52	100	0	202	25	7	7	58	1.54
38657659--38657693	17	2.1	18	89	10	56	2	17	8	71	1.23
38662408--38662432	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38673346--38673784	222	2.0	222	98	0	851	35	15	20	28	1.93
38677725--38678163	222	2.0	222	98	0	851	35	15	20	28	1.93
38680183--38680220	14	2.8	13	84	7	58	78	0	21	0	0.74
38702055--38702153	51	1.9	51	95	0	180	36	9	10	44	1.70
38711415--38711443	5	6.0	5	96	4	51	82	0	17	0	0.66
38712522--38712606	44	1.9	44	97	0	161	40	5	14	40	1.70
38717515--38717554	20	1.9	19	85	14	53	47	0	0	52	1.00
38717504--38717554	19	2.6	21	78	15	63	45	0	1	52	1.12
38718102--38718148	16	2.9	16	80	0	58	44	0	0	55	0.99
38718151--38718196	22	2.1	22	83	0	56	50	0	0	50	1.00
38720093--38720130	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
38720183--38720271	37	2.3	39	79	14	96	56	3	3	37	1.33
38723246--38723464	46	4.7	48	80	9	190	22	30	18	28	1.97
38730832--38730887	26	2.1	27	78	15	64	39	25	3	32	1.73
38730977--38731096	46	2.6	46	82	2	134	18	22	14	45	1.85
38731104--38731190	45	1.9	45	85	0	120	21	26	18	33	1.96
38731219--38731282	33	1.9	33	81	6	76	18	29	23	28	1.98
38734039--38734092	23	2.3	23	87	0	81	16	16	29	37	1.91
38734057--38734143	38	2.3	39	85	2	113	16	20	31	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38734547--38734608	28	2.2	28	80	13	74	32	0	19	48	1.49
38737158--38737289	44	2.9	45	80	4	131	36	12	21	28	1.91
38739373--38739409	18	2.1	18	94	0	65	43	8	24	24	1.81
38744559--38744673	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
38744559--38744692	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
38748568--38748795	46	5.0	46	87	1	296	40	14	23	20	1.90
38749076--38749108	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
38750884--38750908	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
38753108--38753141	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
38762975--38763177	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
38762909--38763177	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
38763141--38763286	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
38771194--38771234	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
38776249--38776290	5	8.2	5	85	15	59	78	19	2	0	0.86
38776246--38776287	21	2.0	21	100	0	84	76	19	4	0	0.96
38785031--38785062	14	2.3	14	100	0	64	53	21	18	6	1.67
38787332--38787521	47	3.9	46	80	9	166	30	28	15	25	1.96
38792607--38792683	37	2.1	37	95	0	136	31	16	22	29	1.96
38795640--38795697	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
38795643--38795712	35	2.0	35	97	0	131	35	2	11	50	1.53
38798765--38798795	6	5.2	6	100	0	62	35	0	64	0	0.94
38801361--38801421	26	2.2	28	80	5	72	45	9	4	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38804702--38804746	23	2.0	23	86	0	63	35	6	0	57	1.25
38804749--38804832	42	2.0	42	92	0	141	46	4	17	30	1.69
38807785--38807837	14	3.7	14	90	5	70	45	5	11	37	1.64
38807785--38807831	15	3.2	15	90	3	69	48	6	10	34	1.63
38808248--38808336	22	4.0	22	75	15	92	44	21	5	28	1.74
38809287--38809347	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
38809287--38809360	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
38809546--38809587	18	2.3	18	91	0	66	19	28	9	42	1.82
38811432--38811539	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
38812253--38812303	26	2.0	26	92	0	84	39	11	23	25	1.89
38815007--38815134	64	2.0	64	93	0	220	44	10	28	16	1.80
38818158--38818192	17	2.1	17	94	0	61	17	14	17	51	1.77
38820980--38821054	26	3.1	24	72	18	57	46	5	6	41	1.53
38823543--38823575	15	2.3	15	90	10	52	0	18	0	81	0.68
38830846--38830884	14	2.8	14	88	0	60	46	5	12	35	1.65
38831347--38831412	14	4.3	15	73	19	55	43	1	1	53	1.19
38831435--38831465	15	2.0	16	93	6	55	38	3	0	58	1.15
38831478--38831528	22	2.4	22	83	6	61	54	0	0	45	0.99
38831478--38831519	20	2.0	20	86	9	57	54	0	0	45	0.99
38832321--38832407	29	3.1	28	80	9	99	57	8	5	28	1.51
38833014--38833048	19	1.9	18	88	11	54	51	2	0	45	1.16
38834935--38834960	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38835375--38835426	23	2.3	23	93	3	88	38	0	11	50	1.39
38843177--38843244	21	3.2	21	65	8	57	58	7	22	11	1.57
38843155--38843251	42	2.3	42	91	1	151	56	5	23	14	1.58
38843255--38843304	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
38843248--38843329	24	3.4	24	77	0	101	60	0	26	12	1.31
38843322--38843360	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
38849239--38849341	51	2.0	51	100	0	206	29	3	23	43	1.71
38857183--38857266	9	9.2	9	69	21	50	61	1	2	34	1.16
38857184--38857223	20	1.9	21	90	10	64	62	0	2	35	1.09
38857230--38857379	9	15.7	9	70	15	72	59	3	2	35	1.25
38857689--38857736	19	2.6	18	75	15	53	35	0	16	47	1.47
38857888--38857993	19	5.4	19	68	20	58	36	2	0	59	1.19
38857905--38858003	40	2.5	40	77	18	102	38	3	1	57	1.21
38857905--38858012	19	5.6	19	69	20	64	38	2	0	57	1.20
38868400--38868436	19	1.9	19	89	10	58	59	0	5	35	1.20
38872240--38872297	28	2.1	28	100	0	116	27	13	13	44	1.82
38874866--38874925	31	2.0	30	90	3	93	50	0	10	40	1.36
38876758--38876835	9	8.2	9	70	12	50	12	3	3	79	1.00
38876740--38876814	38	2.0	38	84	5	98	12	6	2	78	1.04
38876740--38876792	20	2.8	18	75	10	52	9	7	3	79	1.05
38876771--38876835	28	2.4	28	82	7	73	13	3	4	78	1.03
38876764--38876841	14	5.6	14	71	17	54	15	2	3	78	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38876892--38876933	21	2.0	21	86	4	59	35	4	2	57	1.33
38876873--38876991	36	3.5	32	78	12	105	39	3	2	54	1.30
38876981--38877029	7	6.6	7	82	13	62	44	2	0	53	1.12
38876977--38877052	33	2.4	32	93	4	127	39	3	0	56	1.18
38877019--38877068	26	2.0	25	84	4	64	38	2	4	56	1.30
38877151--38877201	20	2.5	20	96	0	93	62	0	0	37	0.95
38877192--38877234	13	3.2	13	78	15	52	65	4	2	27	1.25
38877192--38877234	14	3.1	14	78	18	54	65	4	2	27	1.25
38877155--38877262	20	5.6	19	71	13	78	58	1	0	38	1.15
38877282--38877357	14	5.5	14	68	14	59	53	1	1	43	1.17
38877314--38877433	36	3.5	32	76	18	118	56	2	1	39	1.23
38877392--38877433	11	3.9	11	82	11	52	61	0	0	38	0.96
38877393--38877453	23	2.5	24	80	20	65	57	1	0	40	1.08
38877478--38877511	9	3.8	9	85	14	52	79	2	0	17	0.86
38877465--38877507	13	3.2	13	86	3	50	76	4	0	18	0.95
38877463--38877520	23	2.5	24	83	8	66	75	3	1	18	1.03
38877478--38877594	8	13.9	8	70	13	58	76	2	5	15	1.09
38877528--38877586	11	4.8	12	73	17	50	74	1	8	15	1.13
38883434--38883600	82	2.0	82	97	0	316	55	4	19	20	1.61
38883932--38883967	17	2.1	17	100	0	72	22	0	47	30	1.52
38884419--38884593	45	3.9	44	75	15	162	27	21	17	33	1.96
38884253--38884889	134	4.9	133	77	11	541	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38884496--38884700	45	4.6	45	70	16	120	30	20	18	31	1.96
38884705--38885023	45	7.1	45	69	11	190	29	21	18	30	1.97
38884717--38884957	89	2.7	89	85	3	315	29	22	17	30	1.97
38885091--38885218	64	2.0	64	87	0	184	40	15	14	29	1.86
38889517--38889561	19	2.4	19	85	7	56	42	15	22	20	1.89
38891979--38892007	15	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
38892033--38892069	10	3.6	10	96	3	65	70	0	10	18	1.16
38892560--38892595	17	2.1	17	94	0	63	25	0	44	30	1.54
38897647--38897688	16	2.5	17	88	3	59	38	0	0	61	0.96
38898003--38898044	20	2.1	20	86	8	59	69	0	28	2	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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