genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  195  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63958939--63959083	43	3.4	43	79	11	156	33	24	13	28	1.93
63965986--63966208	40	5.6	40	91	1	340	22	24	27	25	2.00
63970474--63970588	57	2.0	57	87	0	167	16	26	9	47	1.77
63971458--63971553	27	3.6	26	81	4	102	18	22	22	35	1.96
63972759--63972878	60	2.0	60	93	0	204	35	20	21	21	1.96
63973949--63973982	18	1.9	17	94	5	59	23	5	5	64	1.38
63973949--63973986	18	2.3	17	86	13	53	26	5	5	63	1.37
63975973--63975998	9	2.9	9	100	0	52	11	19	23	46	1.82
63977910--63977980	34	2.1	34	100	0	142	35	11	18	35	1.86
63981859--63982070	40	5.3	40	86	3	259	24	20	27	28	1.99
63990271--63990462	40	4.8	40	92	1	296	23	20	29	26	1.99
64014041--64014088	23	2.1	23	84	7	62	39	16	8	35	1.79
64016527--64016573	20	2.3	20	100	0	94	14	44	23	17	1.85
64021868--64021902	18	1.9	18	100	0	70	42	17	0	40	1.49
64026557--64026593	17	2.2	17	90	0	56	16	0	5	78	0.93
64048458--64048497	2	20.0	2	94	0	71	0	0	47	52	1.00
64050094--64050178	44	1.9	44	92	0	143	32	27	17	22	1.96
64050103--64050265	45	3.7	44	79	6	157	33	26	16	23	1.96
64055663--64057184	506	3.0	506	93	0	2594	29	17	22	30	1.97
64066863--64067072	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
64066810--64067072	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
64066811--64067107	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64072635--64072698	26	2.5	26	94	0	110	23	23	23	29	1.99
64078277--64078304	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
64090591--64090620	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
64091326--64091429	26	4.0	26	93	0	163	32	7	24	35	1.84
64093028--64093168	27	5.2	26	82	6	165	18	24	22	34	1.96
64093028--64093168	54	2.6	53	90	2	210	18	24	22	34	1.96
64099274--64099404	70	1.9	69	91	1	217	35	11	22	30	1.90
64103179--64103288	42	2.6	42	91	0	148	18	26	30	25	1.98
64114272--64114306	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
64116010--64116043	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
64117900--64118167	47	5.7	48	80	8	270	24	29	17	28	1.98
64117898--64118165	140	1.9	141	85	5	373	24	29	17	28	1.98
64124971--64125194	46	4.8	46	82	9	249	22	31	19	26	1.98
64124971--64125194	94	2.4	92	85	7	274	22	31	19	26	1.98
64125320--64125379	27	2.2	27	100	0	120	48	21	0	30	1.51
64138517--64138649	41	3.2	41	88	4	180	21	21	23	34	1.97
64143165--64143228	27	2.4	27	97	0	119	34	20	6	39	1.78
64143180--64143293	27	4.2	27	79	2	113	37	24	6	31	1.80
64143277--64143499	27	8.3	27	86	0	241	35	18	19	26	1.95
64143250--64143429	81	2.2	81	82	5	211	38	22	14	25	1.92
64143277--64143480	81	2.5	81	82	3	266	36	19	18	25	1.95
64143928--64143989	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64144155--64144220	27	2.5	27	82	7	82	21	25	18	34	1.96
64144381--64144446	6	10.8	6	76	15	64	19	19	16	43	1.88
64144371--64144437	31	2.2	31	91	0	107	19	20	14	44	1.86
64144779--64144810	7	4.6	7	100	0	64	40	0	12	46	1.42
64146988--64147065	32	2.5	32	82	2	95	24	29	33	12	1.92
64154751--64154859	43	2.6	43	94	1	184	22	23	29	23	1.99
64160347--64160620	46	6.0	46	93	0	415	39	14	23	21	1.91
64160836--64160868	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
64176477--64176523	18	2.6	18	83	10	60	42	0	2	55	1.12
64176485--64176523	18	2.2	18	90	4	62	43	0	0	56	0.99
64176514--64176550	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
64179409--64179474	6	11.0	6	98	0	123	31	0	0	68	0.90
64179526--64179575	23	2.1	24	81	3	57	44	2	2	52	1.24
64183595--64183639	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
64183542--64183624	28	3.0	27	78	16	91	62	2	4	30	1.28
64183902--64183996	25	3.8	25	85	12	90	43	1	0	55	1.06
64183966--64184030	19	3.6	17	82	13	76	33	3	0	63	1.10
64183928--64184000	25	2.9	25	95	0	128	39	0	0	60	0.97
64185106--64185145	20	2.0	21	90	5	64	50	2	0	47	1.14
64192833--64193090	119	2.2	120	85	6	337	25	26	22	25	2.00
64192814--64193097	40	7.1	40	86	5	353	24	27	22	25	2.00
64197921--64198030	58	1.9	58	86	0	157	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64197921--64198072	58	2.5	57	80	7	151	31	27	16	24	1.96
64198797--64198870	36	2.1	36	100	0	148	48	18	0	32	1.49
64199053--64199113	8	7.8	8	87	9	90	59	0	1	39	1.08
64202833--64202983	42	3.6	41	81	3	158	17	21	14	46	1.84
64202833--64202987	84	1.8	84	83	2	204	16	21	14	47	1.83
64202863--64203008	42	3.5	42	80	8	136	16	21	15	46	1.84
64202833--64203010	84	2.1	84	81	4	198	17	21	14	46	1.83
64209013--64209051	17	2.4	16	86	4	51	43	0	0	56	0.99
64213925--64213962	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
64214895--64214940	17	2.5	19	74	19	53	45	0	6	47	1.28
64215264--64215308	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
64217049--64217168	20	6.0	20	77	5	118	11	26	20	41	1.86
64217047--64217166	40	3.0	40	85	2	161	11	26	20	40	1.87
64218953--64219012	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
64219659--64219904	49	4.9	50	84	2	325	25	18	27	28	1.98
64219764--64219847	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
64224546--64224709	49	3.3	49	80	3	211	26	16	25	31	1.97
64224541--64224728	100	1.9	100	92	0	313	26	19	25	29	1.98
64224546--64224733	49	3.8	49	79	2	205	27	18	25	29	1.98
64229939--64230062	62	2.0	62	93	0	212	21	34	19	24	1.96
64233672--64233755	35	2.4	34	79	11	98	33	27	11	27	1.92
64236841--64236890	26	1.9	26	83	0	64	30	16	12	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64238329--64238377	25	2.0	24	92	4	80	44	0	0	55	0.99
64238351--64238400	18	2.9	18	76	5	50	46	0	0	54	1.00
64238713--64238754	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
64241426--64241482	24	2.4	24	96	0	105	36	8	15	38	1.79
64254115--64254148	17	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
64254224--64254273	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
64257520--64257773	67	3.8	68	79	2	208	33	20	24	22	1.97
64274243--64274286	22	2.0	23	95	4	81	13	11	11	63	1.52
64281122--64281182	9	6.4	9	76	14	52	31	3	1	63	1.20
64281121--64281163	10	4.3	10	82	11	52	32	0	0	67	0.91
64282396--64282437	22	1.9	22	85	0	57	38	2	4	54	1.34
64282396--64282453	15	3.9	15	78	17	50	37	1	5	55	1.33
64282553--64282585	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
64283344--64283382	18	2.2	18	85	0	51	35	15	7	41	1.76
64284092--64284127	6	5.7	6	87	12	54	77	2	0	19	0.88
64284095--64284121	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
64284069--64284126	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
64284136--64284212	9	8.6	9	82	5	93	27	9	18	45	1.79
64285296--64285329	16	2.1	16	94	0	59	64	0	0	35	0.94
64287268--64287645	115	3.3	115	90	1	580	22	9	19	48	1.78
64287268--64287696	229	1.9	229	84	2	576	22	9	19	48	1.77
64291413--64291483	34	2.1	34	89	0	106	29	8	22	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64291818--64291867	22	2.3	22	82	6	66	36	12	24	28	1.91
64294048--64294130	38	2.2	38	91	4	134	27	13	24	34	1.92
64296273--64296325	29	1.9	26	85	11	70	67	3	1	26	1.17
64298364--64298419	23	2.4	23	79	5	60	39	0	0	60	0.97
64299982--64300042	13	5.2	12	75	15	56	49	8	3	39	1.49
64299989--64300042	23	2.5	20	80	13	63	50	7	3	38	1.48
64316729--64316768	21	1.9	21	90	10	64	47	12	10	30	1.74
64318174--64318253	25	3.2	24	75	16	74	23	17	28	30	1.97
64318184--64318267	25	3.4	24	80	6	87	22	19	27	30	1.98
64320042--64320077	13	2.6	14	91	8	56	75	0	8	16	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279