genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17398027--17398858	47	17.7	47	99	0	1655	27	29	19	23	1.98
17401267--17401344	15	5.2	15	80	6	79	55	14	16	14	1.70
17401256--17401344	30	3.0	30	79	8	101	56	14	16	12	1.68
17404277--17405108	47	17.7	47	100	0	1664	27	29	19	23	1.98
17406629--17406685	5	11.0	5	78	10	53	78	3	15	1	0.96
17406633--17406681	26	1.9	25	84	12	64	79	4	14	2	0.97
17406733--17406764	12	2.7	12	95	0	55	43	12	18	25	1.85
17408104--17408149	22	2.1	22	100	0	92	26	17	8	47	1.76
17418343--17418524	79	2.3	81	83	9	223	25	27	21	25	2.00
17418343--17418524	40	4.6	40	82	9	205	25	27	21	25	2.00
17426214--17426398	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
17426214--17426398	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
17430639--17430777	70	2.0	70	97	0	260	26	26	15	31	1.95
17431211--17431441	115	2.0	115	97	0	435	24	29	16	29	1.96
17432418--17432555	69	2.0	69	98	0	267	28	22	12	36	1.90
17436329--17436411	37	2.3	36	91	2	139	36	40	10	12	1.77
17436412--17436462	26	2.0	26	88	0	75	37	23	19	19	1.94
17449188--17449403	40	5.4	41	86	6	252	25	22	26	26	2.00
17452413--17452531	42	2.8	42	80	11	136	32	25	20	21	1.97
17452422--17452530	43	2.6	42	82	10	132	33	24	20	21	1.97
17464244--17464296	27	2.0	27	96	0	97	30	16	13	39	1.87
17478901--17479185	43	6.6	43	87	0	381	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17482201--17482314	27	4.2	26	82	7	122	35	21	22	21	1.96
17485737--17485770	17	1.9	18	88	5	52	17	23	41	17	1.90
17489310--17489367	27	2.1	27	87	6	82	31	15	17	36	1.91
17489614--17489816	41	5.0	41	97	0	370	20	23	30	25	1.98
17489960--17490015	22	2.5	22	77	11	69	19	25	23	32	1.98
17490186--17490235	22	2.3	22	85	0	64	18	18	18	46	1.85
17492368--17492640	48	5.7	48	76	10	229	27	18	24	29	1.98
17497645--17497821	95	1.9	95	100	0	354	40	23	6	29	1.80
17498803--17499348	47	11.6	47	96	1	950	28	29	8	33	1.87
17500809--17500925	56	2.1	56	98	0	225	23	23	8	44	1.81
17501467--17501541	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
17501595--17501835	40	6.1	40	90	0	358	23	21	29	25	1.99
17503015--17503070	27	2.1	27	93	0	94	48	0	37	14	1.44
17504810--17504879	35	2.0	35	91	0	113	32	15	11	40	1.83
17519596--17519704	52	2.0	54	92	5	186	37	17	16	28	1.91
17522576--17522606	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
17524423--17524595	46	3.7	46	77	11	183	22	19	27	30	1.98
17524420--17524590	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	29	1.98
17526226--17527197	40	24.3	40	97	0	1781	27	27	22	23	1.99
17528900--17528990	46	2.0	46	91	0	146	27	30	7	34	1.85
17529009--17529130	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	35	1.92
17528964--17529206	47	5.1	48	89	4	323	25	27	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17529006--17529206	47	4.2	47	93	2	330	24	27	12	35	1.92
17528964--17529206	96	2.5	96	86	4	305	25	27	11	34	1.91
17533548--17533979	220	2.0	221	89	1	661	32	12	19	34	1.90
17538831--17538983	42	3.6	42	85	4	209	30	16	24	27	1.97
17538983--17539048	34	1.9	34	96	0	123	25	18	18	37	1.93
17542645--17542767	61	2.0	60	93	1	210	36	11	21	29	1.89
17547425--17547537	42	2.7	43	77	2	129	31	26	15	25	1.96
17551611--17551670	30	2.0	30	100	0	120	16	10	20	53	1.71
17552016--17552081	7	9.6	7	85	3	62	46	34	1	16	1.56
17552016--17552081	14	4.8	14	79	3	71	46	34	1	16	1.56
17552252--17552304	14	3.7	14	73	12	54	52	32	0	15	1.42
17552288--17552416	43	3.0	42	72	7	125	49	22	1	26	1.59
17552925--17553012	21	4.2	21	72	5	70	50	29	2	18	1.59
17553286--17553450	40	4.1	41	84	4	203	25	21	21	31	1.98
17553122--17553377	141	1.8	139	85	5	363	26	19	20	33	1.96
17553936--17553988	22	2.4	22	83	3	61	35	13	13	37	1.83
17553948--17554023	37	2.1	37	82	5	91	36	18	11	32	1.87
17556170--17556313	64	2.2	64	95	1	252	45	3	6	44	1.47
17558485--17558570	18	4.9	17	76	21	88	65	0	5	29	1.16
17559023--17559074	22	2.4	23	81	12	65	48	28	3	19	1.66
17569657--17569770	28	4.2	28	82	7	137	20	23	21	35	1.96
17571710--17571749	14	2.9	14	92	7	64	20	15	37	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17575717--17576052	46	7.2	47	88	4	509	31	30	6	31	1.83
17575729--17576052	94	3.4	94	97	0	612	31	29	6	32	1.83
17575723--17576045	48	6.9	48	89	3	496	30	30	6	32	1.84
17586286--17586373	28	3.2	28	79	9	101	17	22	21	38	1.93
17588617--17588682	28	2.4	28	86	0	87	22	22	25	28	1.99
17588789--17588832	23	1.9	23	90	0	70	38	20	18	22	1.93
17591648--17591744	40	2.4	41	83	6	119	28	27	17	25	1.98
17592698--17593402	357	2.0	357	97	0	1320	33	8	21	36	1.84
17593470--17593496	13	2.1	13	100	0	54	7	7	37	48	1.59
17599108--17599174	23	2.7	25	84	9	84	23	14	34	26	1.94
17606667--17606694	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
17606857--17607134	130	2.1	130	100	0	556	25	14	30	28	1.95
17610104--17610429	40	8.1	40	79	5	345	35	21	18	24	1.96
17610103--17610429	81	4.1	80	82	5	367	35	21	18	24	1.95
17610469--17610571	40	2.6	41	89	3	156	26	21	25	27	1.99
17610344--17610617	144	1.9	143	85	5	374	31	20	20	27	1.97
17610621--17610701	40	2.0	40	83	4	101	29	23	18	28	1.98
17610771--17610904	7	18.7	7	68	7	63	20	0	38	40	1.53
17610825--17610907	36	2.3	36	81	2	96	21	0	37	40	1.54
17611717--17611761	21	2.1	22	83	4	56	35	33	0	31	1.58
17617780--17617868	44	2.0	44	86	0	124	30	12	11	46	1.76
17620058--17620099	19	2.3	19	87	4	59	26	0	2	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17620171--17620239	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
17620370--17620602	42	5.5	42	81	5	202	25	16	29	28	1.97
17620366--17620602	84	2.8	85	82	5	282	25	16	29	28	1.97
17620665--17620695	15	2.1	15	94	5	55	6	12	29	51	1.65
17622492--17622588	40	2.4	41	79	6	110	29	27	16	25	1.97
17626011--17626053	20	2.1	21	87	12	63	30	4	11	53	1.57
17626565--17626632	35	1.9	35	93	0	118	29	8	25	36	1.86
17641266--17641309	21	2.1	21	83	8	54	6	27	18	47	1.73
17642543--17642576	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
17644088--17644128	21	2.0	21	100	0	82	14	24	29	31	1.95
17646281--17646341	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17649236--17649302	26	2.6	26	88	4	91	43	14	19	22	1.87
17649362--17649507	65	2.2	65	81	0	166	36	24	15	23	1.94
17653770--17653800	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17653767--17653806	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17653992--17654246	55	4.8	53	81	7	236	21	25	17	36	1.95
17654039--17654239	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.96
17657376--17657471	46	2.0	46	82	4	111	29	30	20	19	1.97
17660896--17661079	67	2.8	64	81	8	203	23	29	17	29	1.97
17661814--17661874	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17666261--17666321	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
17671265--17671295	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17671263--17671301	20	2.0	20	84	0	51	35	23	0	41	1.55
17672083--17672260	90	2.0	90	96	0	329	33	12	26	26	1.93
17672284--17672459	46	3.8	45	78	7	183	21	19	29	29	1.98
17672280--17672451	93	1.8	93	89	0	272	20	20	30	28	1.98
17674650--17675712	47	22.6	47	97	0	1905	29	29	8	32	1.87
17677169--17677288	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
17680162--17680234	15	4.9	15	73	15	62	12	19	12	56	1.67
17680155--17680234	30	2.6	31	81	11	94	12	18	12	56	1.67
17682160--17683067	46	19.7	46	94	2	1536	21	19	28	30	1.98
17684535--17684735	108	1.8	110	87	4	300	22	24	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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