genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61241889--61241951	23	2.8	23	73	19	62	19	3	0	77	0.90
61241962--61242028	24	2.8	24	74	2	62	46	0	5	47	1.27
61242184--61242219	17	2.1	17	89	0	54	80	0	2	16	0.83
61242442--61242474	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
61242532--61242586	22	2.5	22	85	8	69	60	1	1	36	1.18
61242577--61242633	23	2.4	24	79	5	62	50	5	0	43	1.24
61242630--61242667	17	2.2	18	85	4	51	71	0	2	26	1.00
61242685--61242711	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
61244339--61244406	29	2.3	29	100	0	136	50	2	11	35	1.54
61245550--61245787	54	4.3	54	79	9	264	28	17	19	34	1.94
61245546--61245909	166	2.2	164	82	5	437	27	18	20	34	1.95
61254322--61254346	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
61255082--61255130	6	8.2	6	84	8	64	0	20	0	79	0.73
61258225--61258342	34	3.5	34	82	2	139	13	6	38	41	1.71
61259425--61259472	24	2.0	24	100	0	96	33	4	25	37	1.75
61260833--61260918	42	2.0	42	100	0	172	51	13	9	25	1.71
61260838--61260909	23	3.3	23	77	15	98	52	13	8	25	1.68
61267942--61267976	17	2.1	17	100	0	70	40	25	5	28	1.78
61268601--61268642	21	2.0	21	95	0	75	42	21	4	30	1.73
61273098--61273143	6	7.7	6	90	0	74	56	0	26	17	1.41
61273281--61273358	26	3.0	26	83	9	97	35	12	17	33	1.88
61276933--61276984	25	2.1	25	82	7	61	36	9	5	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61279316--61279340	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
61281013--61281110	48	2.0	48	98	0	187	48	21	6	23	1.72
61282697--61282734	20	1.9	19	89	5	58	57	2	0	39	1.12
61284242--61284289	24	2.0	24	100	0	96	45	20	12	20	1.83
61296366--61296395	11	2.6	12	89	10	53	60	6	0	33	1.23
61296366--61296399	11	3.2	11	91	4	52	64	5	0	29	1.17
61305325--61305382	10	5.8	10	84	8	73	22	10	1	65	1.32
61305325--61305382	30	1.9	30	86	6	82	22	10	1	65	1.32
61305996--61306025	14	2.1	14	100	0	60	30	26	36	6	1.82
61311148--61311449	8	39.6	8	66	30	143	39	0	0	59	1.05
61311199--61311449	5	50.4	5	99	0	495	40	0	0	59	0.97
61315931--61315966	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
61317237--61317293	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
61317665--61317774	23	5.0	23	80	11	113	15	22	24	37	1.93
61317677--61317774	21	4.5	21	87	2	97	14	22	25	37	1.92
61317667--61317774	44	2.5	42	81	6	117	15	22	25	37	1.93
61321862--61321922	10	4.9	12	77	22	56	21	1	0	77	0.86
61321865--61321912	16	3.1	16	82	17	66	20	0	0	79	0.74
61321865--61321922	16	3.9	15	76	23	61	20	1	0	77	0.86
61321876--61321920	8	5.9	8	82	17	51	22	2	0	75	0.91
61321862--61321920	23	2.6	22	84	12	68	22	1	0	76	0.88
61323940--61324031	44	2.1	44	89	0	139	20	19	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61324183--61324286	18	5.4	18	68	13	64	40	9	12	37	1.76
61324178--61324309	39	3.4	39	86	0	201	40	10	12	36	1.78
61324175--61324323	78	1.9	78	87	2	219	40	10	12	36	1.78
61326758--61326815	22	2.5	24	81	10	59	63	5	3	27	1.31
61326880--61327239	26	13.5	26	71	14	175	60	5	4	29	1.38
61327039--61327251	106	2.0	107	79	4	234	60	4	6	29	1.41
61329672--61329838	39	4.3	39	90	0	235	31	19	25	22	1.98
61329672--61329864	78	2.5	78	82	2	183	31	20	25	22	1.98
61330076--61330101	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
61331038--61331096	26	2.2	27	78	3	66	67	5	5	22	1.30
61332452--61332501	13	3.8	13	81	5	64	82	0	18	0	0.68
61332468--61332500	8	4.1	8	85	14	50	84	0	15	0	0.61
61333123--61333202	10	7.8	10	79	10	90	20	8	2	68	1.28
61336311--61336403	44	2.1	46	84	8	120	36	23	4	35	1.75
61354980--61355104	29	4.2	29	68	13	78	43	4	4	48	1.40
61355109--61355176	25	2.8	25	77	2	66	48	1	1	48	1.19
61358550--61358716	24	7.0	24	91	2	214	20	30	30	18	1.96
61358550--61358716	48	3.5	48	90	0	262	20	30	30	18	1.96
61358550--61358716	72	2.3	72	89	2	246	20	30	30	18	1.96
61366751--61366807	17	3.1	18	73	21	55	45	0	0	54	0.99
61366758--61366801	21	2.2	20	83	4	52	43	0	0	56	0.99
61366751--61366809	20	3.1	20	77	13	63	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61366820--61366856	16	2.3	17	86	13	60	56	0	0	43	0.99
61367891--61367928	20	1.9	20	89	10	60	73	5	5	15	1.19
61369085--61369137	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
61375579--61375662	26	3.2	26	94	0	150	36	25	4	33	1.77
61375982--61376020	19	2.1	19	85	0	51	53	12	7	25	1.65
61376063--61376091	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
61380818--61380904	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
61382762--61382786	11	2.3	11	100	0	50	36	28	16	20	1.93
61382964--61383092	42	3.0	42	89	2	204	31	26	13	28	1.94
61384551--61384588	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
61386258--61386295	20	1.9	20	100	0	76	26	28	21	23	1.99
61386454--61386575	46	2.7	46	89	2	174	37	13	25	22	1.92
61389581--61389641	28	2.2	27	83	16	72	55	6	0	37	1.26
61389800--61389857	15	4.1	14	76	14	50	48	3	0	48	1.18
61389801--61389854	27	2.0	27	85	7	74	46	1	0	51	1.11
61389903--61389967	22	3.0	21	78	8	60	60	0	0	40	0.97
61397349--61397465	43	2.7	43	82	6	112	60	1	2	35	1.20
61397364--61397465	43	2.4	43	87	7	140	61	0	2	34	1.17
61397339--61397464	8	15.4	8	70	17	62	61	1	2	34	1.19
61399889--61400035	43	3.4	43	78	13	133	29	14	22	33	1.93
61402476--61402562	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
61403998--61404033	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61410327--61410413	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
61426672--61426702	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
61435633--61435721	26	3.5	26	72	15	89	52	1	2	43	1.20
61439721--61439836	45	2.6	45	85	1	142	38	15	13	31	1.87
61443394--61443422	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
61443702--61443730	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
61444118--61444143	13	2.0	13	100	0	52	7	0	53	38	1.30
61445116--61445172	24	2.4	24	75	0	60	19	19	21	40	1.92
61445135--61445191	24	2.4	25	82	11	66	19	21	19	40	1.92
61445176--61445218	12	3.6	12	83	0	59	27	18	9	44	1.80
61445161--61445255	36	2.6	36	80	6	95	26	17	12	43	1.85
61449410--61449457	25	1.9	25	83	8	62	35	2	16	45	1.59
61463125--61463151	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
61465749--61465833	21	4.3	20	77	15	88	44	1	3	50	1.26
61465757--61465841	17	4.5	19	78	16	81	44	2	2	50	1.27
61467210--61467267	31	1.9	31	96	3	109	41	5	13	39	1.67
61473477--61473540	30	2.1	31	88	5	96	51	4	1	42	1.32
61476017--61476050	17	2.1	16	94	5	59	32	5	11	50	1.63
61490287--61490329	21	2.0	21	100	0	86	30	13	27	27	1.95
61493837--61493897	15	3.9	15	71	14	52	49	3	1	45	1.28
61499515--61499545	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
61502405--61502438	16	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61502449--61502508	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
61502487--61502519	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
61505116--61505213	15	6.5	15	72	19	55	26	8	1	64	1.28
61506102--61506174	19	3.6	19	68	24	51	56	4	6	32	1.45
61506445--61506498	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
61506441--61506508	30	2.3	30	97	0	127	16	5	52	25	1.65
61507144--61507613	87	5.2	87	76	9	261	38	18	15	28	1.90
61507198--61507712	91	5.7	91	77	10	384	37	18	16	28	1.92
61507189--61507733	92	6.0	92	78	8	437	38	17	16	27	1.91
61507535--61507567	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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