genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21397263--21397376	43	2.7	43	92	0	192	31	30	25	12	1.92
21409572--21409766	55	3.6	55	75	4	157	20	23	18	37	1.94
21414259--21414312	21	2.6	21	96	0	99	38	11	27	22	1.88
21416497--21416614	58	2.0	58	95	0	209	41	16	16	26	1.88
21418543--21418648	54	2.0	54	98	0	203	36	11	16	34	1.85
21419926--21419995	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
21421700--21421751	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
21426123--21426266	47	3.1	46	85	2	189	35	7	29	27	1.84
21426240--21426404	46	3.6	46	94	0	276	35	9	30	24	1.87
21433101--21433165	27	2.4	27	97	0	121	23	21	16	38	1.93
21433865--21434093	27	8.5	27	87	0	332	24	22	18	33	1.97
21434112--21434196	27	3.1	27	81	0	89	34	7	18	40	1.78
21434146--21434231	27	3.2	27	81	0	82	32	5	24	37	1.79
21434183--21434744	27	20.8	27	84	0	647	42	6	20	30	1.78
21434192--21434740	81	6.8	81	96	0	945	42	6	20	30	1.78
21437304--21437457	43	3.6	43	92	0	254	31	33	23	11	1.90
21437455--21437573	38	3.1	38	85	2	121	31	25	20	23	1.98
21440264--21440293	14	2.2	13	94	5	51	90	0	10	0	0.47
21440263--21440293	10	3.0	10	95	4	53	87	0	12	0	0.55
21441230--21441299	25	2.8	25	91	0	104	24	22	24	28	1.99
21441510--21441772	27	9.7	27	88	0	391	23	22	20	33	1.97
21441765--21441832	27	2.6	27	85	2	84	32	10	16	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441813--21441865	27	2.0	27	96	0	97	32	5	20	41	1.76
21441853--21442087	54	4.4	54	89	0	319	37	7	23	31	1.82
21441853--21442062	27	7.8	27	91	1	305	39	7	23	30	1.81
21441853--21442087	27	8.7	27	88	0	283	37	7	23	31	1.82
21441853--21442062	81	2.6	81	90	0	341	39	7	23	30	1.81
21441825--21442062	81	3.0	81	86	1	309	38	7	23	31	1.82
21446259--21446297	14	2.6	16	76	16	55	48	25	0	25	1.51
21446893--21447022	23	5.5	22	76	12	109	34	20	19	25	1.96
21450847--21450953	53	2.2	51	83	11	134	29	27	15	27	1.96
21450873--21451026	53	3.0	51	80	5	168	30	29	16	24	1.96
21454716--21454948	117	2.0	116	97	0	439	43	11	15	29	1.82
21454929--21455429	251	2.0	251	94	0	876	39	19	15	25	1.91
21455525--21455681	6	25.3	6	65	22	58	47	13	19	19	1.82
21455571--21455681	25	4.7	25	73	15	101	46	14	19	18	1.83
21455576--21455650	19	3.6	19	75	19	69	46	13	20	20	1.83
21455534--21455615	31	2.6	31	82	0	92	48	10	20	19	1.79
21455576--21455675	44	2.3	44	92	0	164	46	15	20	19	1.85
21455831--21456027	6	32.0	6	68	16	109	49	13	17	19	1.79
21455867--21455965	25	3.7	25	78	15	108	49	15	17	18	1.80
21455864--21455999	31	4.4	31	77	10	152	48	13	18	19	1.81
21455960--21456027	25	2.7	25	88	0	100	45	10	20	23	1.81
21455847--21456018	37	4.6	37	77	12	124	48	13	18	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21455892--21456027	62	2.2	62	90	0	209	47	12	18	21	1.81
21455830--21456027	31	6.6	31	72	11	144	49	13	17	19	1.79
21456250--21456347	27	3.7	26	81	9	99	38	18	22	20	1.93
21456301--21456357	27	2.1	27	83	6	71	40	24	19	15	1.90
21456516--21456580	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
21457013--21457098	27	3.2	27	91	0	145	24	20	17	37	1.94
21457090--21457154	27	2.4	27	73	0	67	29	4	27	38	1.77
21457143--21457322	27	6.7	26	79	7	137	29	10	20	40	1.85
21458467--21458554	44	2.0	44	91	4	142	25	30	11	32	1.91
21464856--21464908	26	2.0	26	100	0	106	30	7	26	35	1.84
21474172--21474207	8	4.5	8	92	0	54	50	22	22	5	1.70
21481643--21481709	34	2.0	34	90	0	107	26	23	23	25	2.00
21495942--21496024	43	1.9	43	85	4	114	33	3	0	62	1.12
21496053--21496150	51	1.9	50	85	8	135	59	4	6	30	1.41
21498515--21498597	43	1.9	43	85	4	114	33	3	0	62	1.12
21498626--21498723	51	1.9	50	85	8	135	59	4	6	30	1.41
21499377--21499475	33	3.1	31	69	22	87	34	14	4	47	1.63
21499341--21499475	64	2.1	65	87	4	193	34	14	5	45	1.70
21499527--21499580	19	2.8	19	82	0	63	7	33	18	40	1.78
21504079--21504211	64	2.1	64	81	6	155	46	6	13	33	1.69
21504278--21504319	16	2.6	16	88	3	57	4	16	0	78	0.91
21504914--21504954	11	3.7	11	86	0	64	19	17	9	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21504992--21505055	31	2.1	31	88	2	94	25	4	10	59	1.50
21506496--21506520	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21506485--21506524	21	2.0	21	85	9	57	27	2	2	67	1.16
21506665--21506892	88	2.5	89	80	6	246	35	10	17	35	1.85
21506884--21506934	20	2.5	20	93	3	84	50	3	5	39	1.45
21510259--21510332	23	3.2	24	66	14	73	35	25	13	25	1.93
21510241--21510333	46	2.0	46	97	0	177	33	25	12	27	1.93
21510242--21510312	23	3.2	21	64	14	52	29	29	12	28	1.93
21511360--21511459	50	2.0	49	96	1	182	27	15	16	41	1.87
21514246--21514380	40	3.3	39	84	6	171	23	14	27	34	1.93
21518161--21518185	12	2.1	12	100	0	50	24	0	32	44	1.54
21522318--21522412	28	3.4	28	72	13	95	29	25	13	31	1.94
21522286--21522412	57	2.2	56	86	4	175	26	25	15	31	1.96
21527105--21527408	47	6.5	47	96	0	536	32	8	30	28	1.87
21527410--21527635	117	1.9	117	100	0	452	26	23	19	30	1.98
21527636--21527708	37	2.0	37	94	0	128	21	19	31	27	1.97
21528986--21529144	40	4.0	40	88	0	237	23	21	28	25	1.99
21530628--21530853	112	2.0	112	95	1	409	33	12	28	25	1.93
21531913--21532061	77	1.9	77	100	0	298	28	26	14	29	1.95
21542219--21542281	31	2.0	31	93	0	108	22	33	7	36	1.83
21544030--21544067	19	2.0	19	94	0	67	39	26	13	21	1.89
21548130--21548370	48	5.0	48	95	1	430	35	5	27	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21548130--21548405	143	1.9	142	88	2	410	34	6	27	30	1.82
21559767--21559976	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
21559714--21559976	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
21559715--21560011	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
21568018--21568166	43	3.5	43	73	12	119	26	19	25	28	1.99
21568017--21568175	85	1.9	85	80	5	187	25	19	25	28	1.99
21584244--21584275	16	2.0	16	93	0	55	56	21	0	21	1.43
21584633--21584689	25	2.3	25	87	0	87	22	21	26	29	1.99
21591189--21591230	20	2.1	20	82	8	50	71	2	0	26	0.98
21603481--21603703	39	5.7	39	86	2	290	29	28	21	21	1.98
21604170--21604196	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
21607374--21607557	79	2.3	82	81	11	215	25	26	22	26	2.00
21607374--21607559	40	4.7	41	79	14	203	25	26	22	26	2.00
21617088--21617112	6	4.2	6	100	0	50	32	48	20	0	1.50
21617501--21617549	22	2.2	22	100	0	98	24	4	8	63	1.40
21617978--21618041	31	2.1	31	84	0	83	28	20	6	45	1.75
21619670--21619732	29	2.2	29	85	0	81	17	25	31	25	1.97
21621075--21621245	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
21621070--21621242	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
21623630--21623692	15	4.3	15	80	9	76	60	14	15	9	1.59
21626464--21626688	46	4.7	46	86	11	337	27	28	22	21	1.99
21631314--21631494	39	4.6	39	93	0	299	29	29	20	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21631548--21631582	18	2.0	17	94	5	61	51	14	0	34	1.42
21635630--21636032	220	1.8	220	97	0	770	42	27	9	20	1.83
21640000--21640177	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21640021--21640176	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21641031--21641423	196	2.0	196	95	1	707	39	24	10	25	1.87
21645042--21645192	76	2.0	76	94	0	266	26	27	13	33	1.93
21647758--21647798	20	2.0	20	100	0	82	43	9	24	21	1.83
21648497--21648569	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
21652755--21652817	31	2.0	31	93	0	108	25	22	14	38	1.92
21653011--21653202	24	8.0	24	96	1	341	28	21	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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