genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24161658--24161709	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24161748--24161807	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
24166730--24166841	27	4.1	27	83	7	129	34	22	24	18	1.96
24168313--24168412	50	2.0	50	98	0	191	25	32	12	31	1.92
24169892--24170060	40	4.2	40	89	2	234	24	18	28	27	1.98
24169836--24170060	80	2.8	80	80	6	242	24	20	27	27	1.99
24169837--24170060	40	5.6	40	80	9	219	25	20	27	26	1.99
24169916--24170093	80	2.2	80	83	5	211	25	20	28	25	1.99
24171370--24171427	24	2.4	24	97	0	107	3	29	36	31	1.74
24178120--24178291	86	2.0	86	95	0	308	31	30	19	18	1.96
24181593--24181770	27	6.6	27	82	3	178	30	28	14	26	1.95
24181614--24181769	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
24188165--24188240	22	3.3	22	66	16	64	32	11	28	26	1.92
24188147--24188309	47	3.4	47	94	1	263	34	7	27	29	1.85
24188281--24188338	29	2.0	29	100	0	116	34	3	27	34	1.74
24188312--24188583	47	5.7	47	92	1	418	33	7	29	29	1.85
24188234--24188392	76	2.1	75	91	4	257	35	5	27	32	1.78
24188187--24188572	125	3.0	126	86	7	481	33	7	29	29	1.85
24190129--24190197	27	2.6	27	90	0	102	30	28	14	26	1.95
24190129--24190210	27	3.0	26	77	13	67	31	26	13	28	1.94
24193360--24193764	40	10.1	40	92	0	666	24	21	28	25	1.99
24196625--24196940	47	6.7	47	92	0	434	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24201694--24201768	38	2.0	38	89	2	116	29	18	17	34	1.94
24203598--24203662	24	2.7	24	75	13	62	35	3	32	29	1.73
24205003--24205183	27	6.7	27	79	5	177	39	19	9	30	1.84
24205003--24205185	54	3.4	54	80	1	215	39	19	9	31	1.84
24205003--24205183	81	2.2	81	83	3	213	39	19	9	30	1.84
24205565--24205638	27	2.7	27	76	0	76	28	21	10	39	1.87
24205926--24205993	27	2.6	27	76	2	66	23	19	27	29	1.98
24215455--24215560	53	2.0	53	96	0	194	26	20	20	32	1.98
24226487--24226579	20	4.7	20	72	2	89	9	25	20	44	1.82
24228136--24228185	24	2.0	25	81	11	59	2	18	30	50	1.58
24234359--24234526	46	3.6	45	75	9	158	22	26	20	30	1.98
24234358--24234528	94	1.8	92	85	7	238	22	26	20	30	1.98
24235563--24235597	18	1.9	18	88	0	52	22	14	14	48	1.79
24246057--24246091	18	1.9	18	94	0	61	14	22	45	17	1.84
24251393--24251577	40	4.6	39	79	9	171	23	22	28	25	1.99
24251446--24251610	79	2.1	79	78	6	174	25	20	28	25	1.99
24254912--24254957	23	2.0	23	100	0	92	17	26	8	47	1.76
24255552--24255788	49	4.8	49	81	3	258	31	27	16	25	1.96
24257249--24257376	46	2.8	46	91	0	202	19	20	29	30	1.97
24258993--24259165	47	3.7	46	76	14	176	29	28	19	22	1.98
24258985--24259161	93	1.9	93	90	2	284	30	28	18	22	1.97
24267218--24267309	27	3.4	26	83	7	112	25	18	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24271937--24271962	12	2.2	12	100	0	52	61	7	7	23	1.49
24273424--24273463	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
24273503--24273553	25	2.0	25	96	0	93	25	17	23	33	1.96
24274096--24274282	34	5.1	34	64	18	108	34	30	8	27	1.86
24274060--24274282	74	3.0	74	98	0	428	33	30	8	27	1.86
24274805--24274830	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
24280439--24280614	46	3.8	46	74	10	160	19	19	30	30	1.97
24282414--24282448	6	5.8	6	87	12	54	48	17	17	17	1.81
24282873--24283095	27	8.3	27	82	0	257	26	19	17	35	1.94
24283080--24283211	27	4.9	27	80	7	142	30	6	21	41	1.77
24282902--24283126	81	2.8	82	86	2	294	27	16	17	37	1.92
24282999--24283205	54	3.8	53	80	5	166	28	10	20	40	1.85
24283076--24283246	54	3.2	53	81	4	155	32	6	22	38	1.80
24283079--24283427	81	4.3	81	74	5	231	34	7	20	37	1.80
24283198--24283313	27	4.3	27	83	0	151	38	6	22	32	1.79
24283326--24283474	27	5.5	27	82	0	154	30	6	20	41	1.78
24283333--24283474	54	2.6	54	84	2	178	30	7	21	40	1.80
24286164--24286233	25	2.8	25	93	0	113	25	21	25	27	1.99
24286279--24286318	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
24287495--24287533	11	3.5	11	83	16	53	79	0	20	0	0.73
24287495--24287533	17	2.3	17	91	8	62	79	0	20	0	0.73
24293986--24294069	20	4.2	20	76	8	82	11	23	21	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24297146--24297176	11	2.7	12	95	5	55	38	0	3	58	1.15
24298421--24299201	47	16.6	47	96	2	1435	23	21	27	27	1.99
24299080--24299252	47	3.7	46	77	11	181	22	21	27	28	1.99
24315937--24316007	34	2.1	34	91	0	115	45	11	12	30	1.77
24317013--24317185	46	3.7	46	76	10	181	21	20	27	30	1.98
24317010--24317180	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
24321103--24321150	24	2.0	24	100	0	96	33	16	33	16	1.92
24336340--24336412	17	4.1	17	70	16	67	50	10	10	27	1.71
24344159--24344203	18	2.4	19	82	10	58	0	28	0	71	0.87
24344231--24344255	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
24344499--24344536	19	2.0	20	89	5	60	34	10	7	47	1.67
24346462--24346608	76	1.9	76	92	0	249	25	9	21	43	1.82
24346462--24346635	76	2.3	76	87	5	244	25	9	21	43	1.83
24348464--24348516	12	4.2	12	80	19	56	60	0	0	39	0.97
24348474--24348533	26	2.2	28	77	16	65	58	1	1	38	1.18
24348798--24348823	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
24358639--24358691	21	2.5	21	78	0	61	22	7	37	32	1.82
24364489--24364925	225	2.0	221	92	1	696	36	19	13	29	1.91
24367632--24367659	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
24372917--24372943	14	1.9	14	100	0	54	81	3	0	14	0.82
24376370--24376589	40	5.6	40	82	4	250	24	26	24	25	2.00
24378493--24378717	46	4.8	46	76	9	158	24	31	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24381028--24381199	46	3.7	46	75	13	181	29	27	20	23	1.99
24381033--24381203	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.99
24381627--24381686	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
24388606--24388777	46	3.7	46	77	13	199	28	27	21	22	1.99
24388611--24388781	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
24388603--24388797	46	4.2	47	71	16	156	28	28	20	23	1.99
24390453--24390500	22	2.2	22	84	0	60	35	18	4	41	1.70
24397373--24397412	11	3.6	11	89	0	62	57	0	0	42	0.98
24398733--24398779	19	2.5	19	89	0	67	29	12	12	44	1.80
24398872--24398909	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
24398886--24398910	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
24398969--24399036	9	7.6	9	80	6	66	27	7	19	45	1.76
24400083--24400114	15	2.1	15	100	0	64	12	6	21	59	1.55
24401973--24402004	15	2.0	17	88	11	50	25	21	18	34	1.96
24402830--24402907	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
24402866--24402932	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
24414936--24414981	20	2.2	22	77	14	53	34	19	6	39	1.78
24419545--24419601	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
24419973--24420081	21	5.1	21	85	4	128	15	22	25	36	1.93
24424815--24424846	17	1.9	16	93	6	55	31	15	12	40	1.85
24427889--24428214	40	8.2	40	97	0	591	29	25	22	22	1.99
24429588--24429613	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24436983--24437042	30	2.0	30	100	0	120	30	0	30	40	1.57
24439305--24439482	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24439326--24439481	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24447496--24447673	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24447517--24447672	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24453872--24453900	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24453995--24454068	38	1.9	38	94	0	130	55	5	17	21	1.62
24454697--24454740	20	2.1	21	84	12	56	27	2	18	52	1.57
24455870--24455904	14	2.3	16	90	9	56	45	0	2	51	1.16
24465252--24465306	26	2.1	26	93	0	92	21	18	32	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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