genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85665833--85666040	93	2.1	97	81	8	237	25	16	28	29	1.97
85676097--85676141	18	2.5	18	88	0	63	35	15	28	20	1.93
85676664--85676697	13	2.6	13	95	0	59	35	8	23	32	1.86
85685682--85685718	18	2.1	18	89	0	56	35	0	43	21	1.53
85685917--85685987	37	1.9	37	94	0	124	30	52	0	16	1.45
85686373--85686409	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
85686261--85686400	63	2.2	64	80	12	155	25	4	5	64	1.34
85686373--85686430	11	5.1	12	72	16	52	37	0	1	60	1.07
85686381--85686411	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
85705506--85705530	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
85711617--85711663	23	2.0	23	95	0	85	38	14	12	34	1.85
85714487--85714529	20	2.2	20	86	0	59	48	0	4	46	1.22
85714715--85714791	23	2.9	27	70	21	81	44	5	6	44	1.52
85715988--85716015	13	2.2	13	100	0	56	28	17	14	39	1.89
85727236--85727273	13	2.8	14	88	4	60	44	0	2	52	1.14
85730118--85730351	79	3.0	79	89	6	341	25	26	21	26	2.00
85730141--85730404	119	2.2	121	84	6	335	25	27	22	25	2.00
85730121--85730403	79	3.6	79	86	7	335	24	27	22	25	2.00
85730122--85730404	40	7.1	40	81	7	319	24	27	22	25	2.00
85732007--85732263	101	2.6	101	87	4	366	29	28	13	28	1.94
85734263--85734296	18	1.9	18	88	5	52	11	29	0	58	1.33
85736096--85736120	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85738175--85738217	6	7.2	6	89	0	50	41	0	32	25	1.56
85738361--85738410	26	1.9	26	92	8	84	40	10	18	32	1.83
85742649--85742727	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
85746516--85746653	55	2.6	53	78	6	161	35	18	25	20	1.95
85746474--85746674	108	1.8	110	86	4	291	32	17	27	21	1.96
85751243--85751304	14	4.8	13	77	16	58	77	1	17	3	0.98
85751241--85751304	11	5.3	12	71	14	51	78	1	17	3	0.96
85751241--85751304	6	10.7	6	74	12	51	78	1	17	3	0.96
85753192--85753413	40	5.6	40	91	1	349	23	23	26	26	2.00
85753844--85753882	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
85761571--85761633	32	2.0	31	96	0	108	14	39	25	19	1.89
85762520--85762561	14	3.2	13	87	12	59	19	4	0	76	0.96
85762524--85762566	17	2.6	17	85	3	61	20	6	0	72	1.08
85764267--85764331	6	10.8	6	91	0	94	16	1	9	72	1.18
85764267--85764334	18	3.8	18	94	0	109	16	1	8	73	1.15
85770546--85770654	40	2.7	41	71	2	121	28	27	23	20	1.99
85778772--85778921	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
85787454--85787486	17	1.9	17	88	11	50	42	3	12	42	1.57
85788492--85788516	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
85792082--85792264	50	3.7	49	80	4	195	28	27	18	25	1.98
85795735--85796096	46	7.8	45	76	15	355	21	20	27	30	1.98
85795781--85796042	47	5.6	47	77	15	310	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85795732--85796088	93	3.8	93	98	0	678	21	20	28	29	1.98
85801510--85801578	24	3.0	23	65	12	61	42	13	20	24	1.87
85801498--85801854	45	7.9	45	75	8	217	42	17	20	19	1.89
85801643--85801807	46	3.6	46	83	2	163	44	16	20	17	1.86
85803842--85803866	8	3.1	8	100	0	50	60	16	0	24	1.36
85807008--85807912	40	22.6	40	97	1	1674	27	27	20	24	1.99
85815623--85815801	48	3.7	48	83	1	180	27	18	27	25	1.98
85818377--85818464	45	2.0	45	93	0	149	37	25	12	25	1.91
85818396--85818466	21	3.2	21	63	18	54	39	25	12	22	1.89
85820052--85820130	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
85823364--85823471	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
85827153--85827238	27	3.2	26	80	8	91	37	23	22	17	1.94
85828857--85828966	26	4.2	26	96	0	184	35	24	5	34	1.79
85831229--85831273	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
85832538--85832648	42	2.6	42	87	2	152	29	26	12	31	1.93
85832591--85832779	47	4.0	48	82	9	169	31	24	14	29	1.94
85832795--85832912	31	3.8	31	90	0	191	26	28	19	25	1.99
85832888--85833016	50	2.5	51	91	2	206	25	23	17	34	1.96
85835364--85835400	19	2.0	19	89	5	58	48	2	10	37	1.52
85835557--85835668	51	2.1	53	82	11	133	18	20	19	41	1.91
85835648--85835682	6	5.8	6	89	0	52	17	22	17	42	1.88
85835794--85835857	18	3.6	18	79	8	76	37	15	15	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85837616--85837693	33	2.4	33	79	12	88	25	25	17	30	1.97
85838884--85838916	16	2.1	16	88	5	50	21	15	6	57	1.59
85844030--85844071	21	2.0	21	100	0	84	42	33	9	14	1.78
85849368--85849409	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
85856193--85856270	40	2.0	39	94	0	129	33	23	10	32	1.88
85856976--85857143	20	8.8	19	70	19	77	58	1	4	35	1.28
85856983--85857148	9	17.6	9	65	19	63	58	1	4	36	1.25
85857088--85857148	20	3.1	20	86	6	81	63	0	3	32	1.10
85868099--85868415	47	6.6	47	90	5	481	29	29	8	33	1.86
85868099--85868415	143	2.2	146	91	2	514	29	29	8	33	1.86
85879446--85879718	41	6.8	41	84	6	371	34	21	24	19	1.97
85879731--85879772	16	2.7	16	81	3	59	47	23	2	26	1.64
85880288--85880337	24	2.1	24	92	0	82	54	2	4	40	1.31
85880626--85880676	22	2.4	21	86	3	66	23	0	27	49	1.51
85880621--85880766	7	20.6	7	73	8	62	21	0	33	45	1.52
85882795--85882867	25	2.9	25	77	0	83	9	41	15	34	1.79
85884911--85885344	240	1.8	241	95	1	789	33	17	14	34	1.91
85885343--85885401	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
85885343--85885401	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63
85891406--85891583	43	4.1	42	79	7	108	26	22	22	28	1.99
85891431--85891592	86	1.9	85	85	3	227	27	22	18	30	1.97
85891431--85891602	43	4.0	42	82	8	177	29	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85895589--85895663	21	3.4	23	76	14	86	13	20	26	40	1.89
85903460--85903546	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
85905002--85905204	40	5.1	40	80	2	210	13	14	25	45	1.82
85904999--85905204	80	2.6	80	82	2	252	13	15	25	46	1.82
85910427--85910524	37	2.6	37	90	0	151	23	18	25	32	1.97
85918033--85918090	18	3.6	17	73	17	52	15	37	25	20	1.92
85937650--85937742	47	2.0	46	93	2	159	32	25	11	30	1.92
85937658--85937752	47	2.0	47	91	0	154	31	27	10	30	1.90
85938484--85938605	42	2.9	42	81	4	147	28	23	17	30	1.97
85942823--85942975	43	3.6	43	76	8	150	32	24	15	28	1.95
85948227--85948269	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
85948341--85948519	43	4.2	43	86	1	216	26	27	18	27	1.98
85948341--85948519	85	2.1	86	85	1	234	26	27	18	27	1.98
85948341--85948543	43	4.7	43	82	2	176	25	28	18	28	1.98
85953102--85953142	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
85953340--85953393	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
85953423--85953485	22	2.9	22	85	4	83	38	42	0	19	1.51
85953498--85953538	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
85953501--85953547	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
85953771--85953886	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
85953922--85954000	39	2.0	39	87	2	113	25	20	15	39	1.91
85953922--85954059	40	3.5	40	73	5	127	22	20	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85957090--85957138	24	2.1	24	88	11	75	18	26	20	34	1.95
85961322--85961378	23	2.5	23	100	0	114	38	12	21	28	1.89
85964333--85964378	23	1.9	24	86	8	67	26	26	17	30	1.97
85977504--85977611	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
85981019--85981044	6	4.3	6	100	0	52	69	30	0	0	0.89
85993089--85993273	40	4.6	39	83	5	194	24	22	27	24	2.00
85993089--85993271	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
85993142--85993306	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	1.99
85996276--85996451	67	2.6	65	81	11	180	30	17	30	22	1.96
86002879--86002907	12	2.5	12	94	5	51	37	0	20	41	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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