Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  179  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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85
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1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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C
G
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1.99
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3.1
80
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136
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524
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6
57
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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2.1
212
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2.0
17
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1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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0
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10
3.9
10
80
12
53
69
0
7
23
1.14
58977561--58977756
95
2.1
96
88
0
286
30
23
14
30
1.95
58978849--58978909
8
7.8
8
78
10
63
80
0
3
16
0.84
58978849--58978910
24
2.6
24
87
7
92
79
0
3
17
0.87
58982708--58982746
10
3.9
10
80
12
53
69
2
7
20
1.26
58985743--58985773
15
2.1
15
93
0
53
38
0
3
58
1.15
59000233--59000277
18
2.5
20
79
17
53
37
4
8
48
1.55
59001539--59001569
5
6.4
5
92
7
55
41
0
0
58
0.98
59001730--59001755
9
2.9
9
100
0
52
34
0
19
46
1.50
59002895--59002933
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59004788--59004841
22
2.3
23
90
6
83
53
0
3
42
1.18
59004971--59005009
18
2.2
18
86
4
53
46
0
2
51
1.14
59007504--59007569
25
2.8
22
78
13
60
54
6
9
30
1.56
59007928--59008099
3
55.3
3
78
11
150
61
1
6
29
1.32
59009803--59009854
15
3.3
15
86
10
61
65
1
0
32
1.04
59009816--59009854
15
2.4
17
91
8
64
66
0
0
33
0.92
59011900--59011939
9
4.2
9
81
12
53
87
0
10
2
0.63
59011907--59011938
16
1.9
17
93
6
57
87
0
9
3
0.64
59023044--59023096
25
2.1
24
82
6
61
71
3
0
24
1.02
59023972--59024019
17
3.0
15
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11
60
50
0
0
50
1.00
59023997--59024042
24
1.9
24
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8
67
50
2
0
47
1.13
59023979--59024028
16
3.1
15
78
18
55
54
2
0
44
1.11
59023980--59024071
41
2.2
40
81
7
105
50
2
0
47
1.13
59033113--59033151
19
2.1
19
85
9
53
56
2
10
30
1.46
59033160--59033213
21
2.6
21
82
11
67
62
0
3
33
1.12
59033174--59033219
12
3.9
11
86
11
56
65
0
2
32
1.05
59036186--59036267
25
3.2
24
74
22
62
20
3
14
60
1.49
59042866--59043011
37
4.0
37
93
1
242
24
21
16
36
1.94
59042975--59043243
46
5.6
46
84
10
340
28
22
14
34
1.93
59043018--59043237
52
4.3
52
85
8
299
27
22
14
35
1.93
59042975--59043243
98
2.7
98
93
0
457
28
22
14
34
1.93
59046543--59046610
31
2.2
31
83
0
91
30
19
20
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59046493--59046761
91
3.0
89
83
5
337
38
18
18
24
1.93
59047997--59048184
49
3.8
49
82
2
259
26
18
26
28
1.98
59047992--59048179
100
1.9
100
96
0
349
25
19
26
28
1.99
59049362--59049404
18
2.4
18
80
0
50
37
16
9
37
1.81
59049471--59049657
47
4.0
47
87
0
266
42
21
18
17
1.89
59049452--59049650
94
2.1
94
92
0
335
41
22
19
17
1.90
59049685--59049709
12
2.1
12
100
0
50
40
20
24
16
1.91
59049835--59049883
20
2.5
20
75
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34
6
0
59
1.22
59053866--59053916
20
2.6
19
82
11
59
35
0
1
62
1.06
59053860--59053930
22
3.3
20
74
20
56
38
0
4
57
1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279