genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  252  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82058819--82058858	20	2.0	21	85	5	55	12	5	7	75	1.18
82058822--82058869	22	2.1	22	81	11	53	12	6	6	75	1.19
82060100--82060140	9	4.6	9	87	6	57	43	19	2	34	1.64
82064165--82064224	27	2.2	27	85	5	77	45	1	3	50	1.28
82070136--82070280	29	5.0	29	80	3	175	21	26	13	38	1.91
82070127--82070280	58	2.7	58	91	0	245	22	24	14	38	1.92
82075701--82075736	17	2.1	18	89	5	56	11	44	30	13	1.79
82075830--82075894	33	2.0	33	87	0	94	29	33	16	20	1.95
82086189--82086297	55	2.0	55	98	0	209	39	19	17	23	1.92
82086388--82086565	40	4.5	40	88	2	243	24	27	23	24	2.00
82094553--82094760	40	5.2	40	87	1	294	25	26	22	24	2.00
82111412--82111543	47	2.8	47	80	6	151	23	12	28	36	1.90
82115264--82115374	40	2.8	40	86	2	143	32	18	11	37	1.87
82118865--82118980	42	2.7	43	82	6	137	35	23	14	26	1.93
82118865--82119003	44	3.2	42	84	6	136	33	23	15	26	1.95
82120192--82120254	28	2.2	28	88	0	90	30	30	7	31	1.86
82125608--82125670	28	2.2	28	94	0	108	33	30	4	31	1.78
82126885--82127193	92	3.4	92	92	1	491	33	19	18	29	1.96
82127116--82127675	78	7.0	78	69	17	306	31	20	16	31	1.95
82127037--82127528	253	1.9	249	84	8	654	31	20	17	30	1.95
82127116--82127356	83	3.0	78	80	12	260	29	21	17	31	1.96
82127024--82127379	161	2.1	167	83	7	440	33	19	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82127362--82127389	12	2.3	12	100	0	56	64	0	7	28	1.20
82127406--82127675	76	3.5	75	81	6	267	31	21	15	31	1.95
82140187--82140251	3	21.7	3	77	14	64	64	1	0	33	1.03
82140187--82140236	13	3.8	13	89	7	57	66	2	0	32	1.03
82140163--82140236	14	5.1	14	76	12	69	60	2	4	32	1.29
82140204--82140283	14	5.6	14	76	12	56	65	1	1	32	1.09
82152345--82152503	43	3.7	43	77	12	166	24	18	25	31	1.98
82160023--82160072	24	2.1	24	92	0	82	38	8	24	30	1.84
82162588--82162748	48	3.4	48	72	8	150	37	20	16	25	1.93
82162625--82162789	46	3.5	46	77	9	181	35	21	18	24	1.96
82162588--82162789	94	2.1	94	87	1	280	36	20	17	25	1.94
82164666--82164751	43	2.0	43	97	0	163	19	13	23	43	1.87
82166742--82166830	36	2.4	38	74	12	94	41	5	5	47	1.50
82169707--82169736	4	7.5	4	100	0	60	0	53	23	23	1.46
82170626--82171129	252	2.0	252	100	0	1008	27	11	15	45	1.80
82191674--82191932	47	5.6	47	71	12	237	23	16	28	30	1.97
82191629--82191978	46	7.5	46	69	17	233	24	18	27	30	1.97
82191629--82191979	93	3.8	93	91	0	560	23	17	27	30	1.97
82191632--82191974	186	1.8	186	95	1	625	23	17	27	30	1.97
82194515--82194541	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
82195619--82195880	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
82209884--82209994	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82214589--82214620	15	2.1	15	100	0	64	28	6	18	46	1.73
82218505--82218531	14	1.9	14	100	0	54	37	29	7	25	1.83
82221293--82221405	29	4.0	28	77	19	85	31	25	12	30	1.92
82221307--82221405	27	3.6	27	89	5	135	30	28	13	28	1.94
82229590--82229679	27	3.3	27	85	0	117	27	26	16	28	1.97
82233430--82233472	19	2.4	18	82	17	54	20	2	0	76	0.89
82233433--82233490	22	2.7	22	74	12	57	18	6	1	72	1.16
82233592--82233624	15	2.1	16	88	5	50	18	6	6	69	1.30
82235009--82235050	6	7.3	6	86	2	52	19	0	2	78	0.86
82244616--82244676	30	2.1	29	90	3	95	26	14	21	37	1.92
82246133--82246363	81	2.9	81	87	0	336	28	21	8	41	1.82
82246133--82246361	27	8.5	27	89	0	305	28	21	8	41	1.82
82246349--82246412	27	2.4	27	76	10	76	39	25	6	29	1.80
82246349--82246679	54	6.1	54	73	8	224	39	21	8	30	1.83
82246363--82246569	80	2.6	81	84	3	249	41	22	8	27	1.83
82246390--82246571	81	2.3	81	86	4	244	41	22	8	27	1.83
82246363--82246575	27	7.9	27	80	6	209	40	22	8	28	1.83
82246725--82246803	27	2.9	26	78	14	79	31	17	24	26	1.97
82247909--82247999	25	3.6	25	95	0	155	27	27	21	23	1.99
82247909--82248016	25	4.4	25	87	8	91	28	24	23	24	1.99
82247907--82248028	50	2.5	50	78	9	142	27	25	22	24	2.00
82248224--82248333	31	3.6	31	90	1	168	29	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82250318--82250440	27	4.6	27	94	0	210	26	26	9	37	1.87
82250426--82250488	27	2.3	27	80	0	81	38	26	7	26	1.84
82250345--82250474	54	2.4	54	81	0	143	31	25	8	34	1.86
82250318--82250474	81	1.9	81	84	0	206	30	24	8	35	1.86
82250426--82250536	54	2.1	52	81	6	125	39	25	8	27	1.83
82250305--82250489	81	2.3	80	77	3	199	32	24	9	33	1.87
82250467--82250563	26	3.7	25	82	9	86	41	22	9	26	1.84
82250492--82250754	27	9.7	27	78	6	219	39	20	9	30	1.85
82250796--82250874	27	2.9	27	90	3	115	29	21	27	21	1.99
82251665--82251734	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
82251664--82251759	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
82251665--82251759	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
82251955--82252064	31	3.5	31	86	0	148	28	15	25	30	1.96
82257325--82257400	40	1.9	40	83	5	100	17	13	32	36	1.88
82265667--82265736	35	2.0	35	97	0	131	37	21	17	24	1.94
82273135--82273197	26	2.4	26	83	0	81	41	22	12	23	1.88
82273966--82274029	29	2.2	29	83	5	76	42	1	28	28	1.65
82274898--82274949	22	2.5	21	87	9	72	46	9	5	38	1.61
82277790--82277822	15	2.1	16	94	5	59	24	6	24	45	1.75
82278337--82278407	35	2.0	35	94	0	124	46	19	16	16	1.84
82288919--82288993	20	3.8	20	96	0	132	10	33	33	22	1.89
82288926--82289007	40	2.0	40	88	0	119	13	29	34	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82293329--82293421	47	2.0	47	89	4	143	25	23	33	17	1.96
82294224--82294380	43	3.7	42	76	10	165	33	24	14	28	1.94
82295600--82295662	21	3.0	21	80	0	81	12	31	33	22	1.91
82295631--82295671	21	2.0	21	85	9	57	12	21	36	29	1.90
82301745--82301808	29	2.2	29	91	5	103	43	4	23	28	1.73
82301842--82301879	18	2.2	17	95	4	67	28	2	10	57	1.45
82309812--82309852	20	2.0	20	100	0	82	46	4	9	39	1.58
82314700--82314731	16	2.0	16	93	0	55	31	0	28	40	1.57
82317604--82317696	19	4.8	20	67	13	68	16	31	19	33	1.94
82317604--82317730	39	3.3	39	84	3	168	17	29	18	33	1.94
82318717--82318749	12	2.8	12	100	0	66	24	42	24	9	1.83
82320923--82321000	31	2.6	30	83	6	86	32	10	14	43	1.78
82320923--82321011	29	3.0	30	80	11	76	31	10	13	44	1.77
82321648--82321690	23	1.9	23	86	13	63	51	11	9	27	1.69
82321648--82321690	22	1.9	22	86	13	61	51	11	9	27	1.69
82342277--82342311	17	2.1	17	100	0	70	45	11	5	37	1.64
82346041--82346106	32	2.1	32	100	0	132	21	24	21	33	1.97
82349886--82349956	18	3.7	19	73	15	65	35	19	5	39	1.76
82349881--82349968	40	2.2	40	89	2	142	34	20	5	39	1.76
82349893--82349977	40	2.1	40	89	4	127	35	18	7	38	1.78
82350117--82350210	44	2.2	40	85	7	116	34	28	14	22	1.94
82353480--82353552	37	2.0	37	94	0	128	30	8	34	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82356591--82356635	16	2.8	16	76	10	56	73	2	2	22	1.05
82365637--82365799	86	1.9	86	100	0	326	26	20	15	37	1.92
82376152--82376254	47	2.2	47	84	1	136	36	20	18	24	1.94
82377238--82377271	15	2.3	15	94	0	59	26	29	23	20	1.99
82377655--82377745	44	2.1	44	95	0	164	42	24	3	29	1.70
82379256--82379313	29	2.0	29	100	0	116	31	17	13	37	1.89
82387037--82387378	47	7.3	47	93	0	549	33	8	29	28	1.87
82389143--82389217	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
82389271--82389825	40	13.9	40	95	0	943	22	22	30	25	1.99
82390071--82390121	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279