genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29450847--29451320	89	5.3	89	70	12	273	27	21	19	31	1.98
29450866--29451880	134	7.6	134	77	8	919	28	22	19	30	1.98
29450935--29451707	45	17.3	45	69	16	228	28	21	18	30	1.97
29450913--29451880	268	3.6	267	84	4	1041	28	22	18	30	1.97
29451472--29451795	45	7.2	43	68	21	166	29	21	16	32	1.96
29451993--29452117	64	2.0	64	87	6	182	36	17	16	29	1.92
29463051--29463426	129	2.9	127	80	7	388	36	20	15	27	1.93
29464114--29464167	20	2.7	21	80	5	67	75	0	7	16	1.01
29472847--29472891	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
29476990--29477035	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
29476997--29477041	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
29478623--29478718	47	2.0	47	97	0	183	32	14	10	42	1.80
29481900--29481947	3	15.7	3	83	12	62	35	2	0	62	1.07
29482070--29482160	26	3.4	27	74	19	77	31	0	5	62	1.18
29481921--29482468	287	1.9	288	89	4	856	29	3	5	61	1.34
29481921--29482468	143	3.8	145	90	4	817	29	3	5	61	1.34
29482339--29482385	3	15.3	3	87	12	69	34	0	0	65	0.93
29482402--29482540	72	1.9	73	86	2	199	32	5	5	56	1.47
29491385--29491770	76	5.1	76	90	2	560	27	18	20	33	1.96
29493423--29493485	3	20.7	3	77	9	65	36	4	0	58	1.19
29493415--29493485	9	7.7	9	81	9	63	38	4	0	57	1.18
29493421--29493473	18	2.9	18	86	5	72	37	5	0	56	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29493502--29493532	6	5.2	6	100	0	62	32	0	16	51	1.44
29493504--29493549	18	2.5	18	85	3	56	36	0	10	52	1.37
29493750--29493785	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
29493516--29494345	143	5.8	142	88	5	1160	30	3	5	60	1.37
29493908--29493979	26	2.8	27	82	17	84	36	0	5	58	1.22
29493916--29493982	24	2.5	26	84	13	84	35	0	5	58	1.23
29493929--29493992	24	2.9	20	75	20	65	32	0	6	60	1.21
29493911--29493964	12	4.2	13	75	15	51	35	0	5	59	1.21
29493450--29494325	285	3.1	286	89	6	1242	30	3	5	60	1.37
29494035--29494070	3	11.7	3	88	5	54	36	2	0	61	1.11
29494107--29494161	13	4.5	12	80	8	58	32	0	0	67	0.91
29494118--29494167	25	2.0	25	88	3	75	26	2	2	70	1.09
29495784--29495846	3	20.7	3	77	9	65	36	4	0	58	1.19
29495776--29495846	9	7.7	9	81	9	63	38	4	0	57	1.18
29495782--29495834	18	2.9	18	86	5	72	37	5	0	56	1.23
29495863--29495893	6	5.2	6	100	0	62	32	0	16	51	1.44
29495865--29495910	18	2.5	18	85	3	56	36	0	10	52	1.37
29495976--29496005	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
29496257--29496292	3	11.7	3	88	5	54	36	2	0	61	1.11
29495877--29496567	143	4.8	142	87	5	907	30	4	5	60	1.38
29496329--29496383	13	4.5	12	80	8	58	32	0	0	67	0.91
29496340--29496389	25	2.0	25	88	3	75	26	2	2	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29495809--29496567	287	2.6	287	84	8	955	30	4	5	59	1.39
29498015--29498056	22	1.9	22	90	0	66	69	0	0	30	0.89
29504161--29504203	18	2.2	20	84	8	54	44	9	0	46	1.35
29511475--29511611	68	2.0	68	98	0	265	31	32	21	14	1.94
29511510--29511616	32	3.2	32	64	14	81	32	32	23	11	1.90
29518912--29518959	6	7.8	6	97	2	87	33	0	33	33	1.58
29519797--29519977	59	3.1	59	60	15	142	25	27	12	35	1.91
29519787--29520007	114	1.9	114	100	0	442	28	24	13	33	1.93
29526582--29526640	29	2.0	29	90	0	91	49	5	3	42	1.41
29530108--29530157	24	2.1	24	88	0	73	50	10	4	36	1.55
29531200--29531245	20	2.4	19	85	7	65	56	2	8	32	1.42
29532967--29533049	26	3.2	26	65	13	62	36	21	1	40	1.61
29533019--29533082	32	2.0	32	90	6	103	32	21	3	42	1.69
29532958--29533061	53	2.0	53	94	3	183	35	21	0	42	1.59
29543703--29543783	35	2.2	37	81	14	98	53	2	2	41	1.27
29547680--29547719	19	2.0	20	85	4	55	57	0	5	37	1.21
29547807--29547847	17	2.4	17	79	0	55	65	0	2	31	1.05
29557599--29557649	26	2.0	26	92	0	84	35	17	15	31	1.92
29560772--29560855	27	3.2	26	79	5	96	32	15	16	35	1.90
29566377--29566683	44	6.8	44	71	15	162	29	23	18	28	1.98
29566477--29566792	44	7.0	44	69	14	160	28	22	18	30	1.97
29566796--29567441	132	4.9	132	85	3	845	27	24	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29566796--29567442	263	2.5	264	87	4	907	27	24	20	27	1.99
29567229--29567333	45	2.3	45	79	6	106	34	31	11	22	1.90
29575482--29575612	3	44.7	3	68	10	74	30	6	2	61	1.33
29575566--29575609	20	2.2	20	91	0	70	29	4	4	61	1.36
29575486--29575612	11	11.6	11	66	17	59	30	6	2	60	1.34
29575516--29575611	28	3.8	26	74	14	78	29	6	2	62	1.31
29584474--29584546	28	2.5	29	82	6	76	26	0	4	69	1.06
29584496--29584546	15	3.4	15	73	15	52	21	0	5	72	1.05
29584492--29584554	21	2.8	23	86	13	87	23	0	4	71	1.05
29584491--29584551	30	2.1	29	84	9	79	24	0	4	70	1.07
29584492--29584551	28	2.1	28	87	9	86	23	0	5	71	1.05
29585262--29585303	20	2.0	22	90	9	70	69	4	0	26	1.08
29589202--29589227	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
29592670--29592745	38	2.0	38	94	0	134	38	14	10	36	1.81
29594193--29594255	30	2.1	30	100	0	126	55	6	9	28	1.56
29597428--29597499	21	3.3	21	79	14	67	50	2	11	36	1.53
29597674--29597699	10	2.6	10	100	0	52	50	19	0	30	1.48
29599027--29599115	41	2.2	41	82	8	110	11	3	46	39	1.56
29600768--29600842	33	2.3	32	80	6	89	41	10	1	46	1.47
29601510--29601543	17	2.0	17	88	0	50	38	5	8	47	1.59
29608532--29608637	53	2.0	53	100	0	212	41	15	11	32	1.82
29608537--29608619	26	3.2	26	62	21	64	43	15	8	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29609265--29609328	21	3.0	21	70	4	58	42	15	25	17	1.88
29609522--29609614	45	2.1	45	89	4	143	44	16	1	38	1.55
29616112--29616185	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
29616125--29616189	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
29616975--29617044	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
29616974--29617069	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
29617264--29617376	30	3.7	31	90	4	178	29	15	26	28	1.96
29617264--29617376	61	1.9	59	92	3	190	29	15	26	28	1.96
29626126--29626155	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
29626507--29626545	12	3.2	12	85	0	51	35	10	46	7	1.67
29629723--29629832	55	2.0	55	96	0	202	24	15	17	42	1.88
29629773--29630168	125	3.2	125	80	3	456	23	15	15	45	1.84
29630775--29630811	9	4.0	9	89	3	56	56	0	0	43	0.99
29632186--29632381	69	2.8	69	92	0	302	34	10	36	18	1.85
29635087--29635127	18	2.2	18	86	4	55	51	12	7	29	1.66
29640743--29640771	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
29641904--29641956	26	2.0	26	100	0	106	30	0	7	62	1.23
29657909--29657951	16	2.8	16	89	3	70	30	0	2	67	1.03
29657921--29657966	16	2.7	16	86	10	56	28	2	6	63	1.31
29658497--29658569	27	2.7	26	83	12	87	34	6	5	53	1.51
29658699--29658742	21	2.1	21	95	4	81	34	4	4	56	1.40
29658663--29658763	46	2.2	46	82	10	118	32	2	4	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29666401--29666891	242	2.0	243	91	0	795	25	25	11	37	1.90
29670455--29670527	29	2.6	27	72	10	65	27	1	23	47	1.59
29670625--29670677	22	2.4	22	87	0	79	39	3	18	37	1.69
29670578--29670741	86	1.9	86	88	0	247	37	2	17	42	1.62
29670656--29670731	34	2.2	34	88	4	109	42	2	15	39	1.61
29670648--29670768	64	2.0	58	87	9	170	38	1	19	41	1.61
29670647--29670771	28	4.1	29	78	12	135	37	1	19	41	1.61
29670825--29671074	125	2.0	124	88	3	369	38	17	15	28	1.90
29674537--29674579	18	2.4	18	96	0	77	41	6	27	23	1.80
29676110--29676141	16	2.1	16	88	11	50	71	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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