genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13133112--13133200	36	2.4	36	86	3	115	38	20	11	30	1.87
13133353--13133444	44	2.1	44	83	4	114	31	22	22	22	1.98
13135169--13135426	47	5.4	48	72	12	164	28	18	29	24	1.98
13138484--13138566	3	29.0	3	70	18	61	57	1	0	40	1.06
13138484--13138566	13	6.5	12	75	17	71	57	1	0	40	1.06
13139027--13139073	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71
13141330--13141382	25	2.1	25	89	0	79	35	0	24	39	1.56
13147782--13148064	68	4.2	67	76	8	252	34	12	21	32	1.90
13147885--13148199	134	2.3	136	81	2	366	34	14	21	29	1.93
13147817--13148301	68	7.2	68	74	1	330	34	13	22	30	1.92
13149604--13149661	30	1.9	30	82	6	73	15	29	31	24	1.95
13150738--13150777	21	2.0	21	90	5	64	22	27	37	12	1.90
13152018--13152331	48	6.6	47	74	5	207	24	28	18	27	1.98
13152102--13152320	96	2.3	96	81	3	262	25	29	17	27	1.98
13154335--13154371	18	2.1	18	94	0	65	32	27	5	35	1.79
13161082--13161308	113	2.0	112	96	1	418	35	15	20	28	1.93
13169873--13170095	48	4.6	48	79	3	243	24	28	18	27	1.98
13175008--13175040	15	2.2	15	100	0	66	18	12	42	27	1.85
13195083--13195123	20	2.0	20	95	0	73	41	9	12	36	1.76
13198483--13198584	26	3.9	26	94	0	186	36	26	5	31	1.80
13204800--13204834	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
13205081--13205433	26	13.6	26	89	0	519	30	22	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13205081--13205433	78	4.5	78	99	0	690	30	22	20	27	1.98
13205481--13205537	20	2.8	20	86	0	87	33	19	8	38	1.82
13217012--13217053	12	3.6	12	75	18	52	47	16	9	26	1.77
13217011--13217056	23	2.0	23	100	0	92	43	17	8	30	1.79
13221553--13221754	43	4.7	43	81	5	221	30	25	20	23	1.99
13224741--13224874	50	2.6	50	84	6	173	28	14	24	32	1.95
13224741--13224924	50	3.6	49	76	10	131	26	17	25	30	1.97
13232943--13232999	23	2.5	23	94	0	96	36	3	14	45	1.61
13235405--13235496	45	2.0	45	95	0	166	31	27	13	28	1.93
13235656--13235682	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
13245043--13245104	28	2.2	28	91	0	97	35	3	25	35	1.72
13249926--13250238	116	2.7	116	96	1	574	27	19	23	30	1.98
13250193--13250339	40	3.7	40	81	3	170	31	21	21	24	1.98
13249867--13250275	116	3.6	116	90	3	562	30	19	22	27	1.98
13250515--13250690	7	24.4	7	70	22	64	47	27	0	24	1.56
13250565--13250807	59	4.3	57	76	15	254	46	25	1	25	1.62
13250526--13250848	29	11.4	28	69	17	161	46	26	1	25	1.60
13250497--13250749	109	2.3	109	99	0	497	47	26	1	25	1.60
13250791--13250835	21	2.1	21	87	0	63	51	24	0	24	1.49
13250797--13250844	14	3.4	14	79	2	51	50	29	0	20	1.49
13250708--13250884	29	6.1	30	69	16	138	46	25	2	25	1.65
13251343--13251677	114	2.9	115	78	6	276	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13253728--13253774	24	2.0	24	86	0	67	29	19	6	44	1.75
13254006--13254036	14	2.2	14	100	0	62	38	25	6	29	1.81
13254324--13254371	15	3.3	15	76	5	53	50	2	2	45	1.25
13254315--13254375	29	2.1	29	96	0	113	49	1	1	47	1.21
13254151--13254514	195	1.9	193	92	2	613	34	10	5	48	1.62
13254520--13254677	9	18.0	9	70	12	62	47	17	1	33	1.56
13254540--13254654	34	3.3	34	86	4	176	48	16	1	33	1.56
13259786--13259820	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
13260534--13260869	43	7.8	43	82	1	395	25	19	25	29	1.98
13261389--13261413	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
13264817--13264871	23	2.4	23	93	0	92	23	7	21	47	1.76
13266731--13266793	26	2.5	23	79	20	65	25	20	22	31	1.98
13266789--13266839	23	2.2	24	82	10	70	39	21	19	19	1.93
13266801--13266890	24	3.7	25	85	7	96	34	20	21	24	1.96
13271424--13271485	31	2.0	31	96	0	115	35	4	16	43	1.69
13278711--13278753	21	2.0	22	86	4	61	41	18	6	32	1.77
13280477--13280696	110	2.0	110	97	0	413	42	18	10	27	1.84
13284164--13284217	20	2.8	19	86	5	72	51	3	0	44	1.19
13284245--13284323	40	2.0	40	83	14	101	60	2	2	34	1.23
13285087--13285138	16	3.4	16	75	20	65	36	3	3	55	1.36
13285077--13285148	30	2.4	30	97	2	135	41	2	4	51	1.35
13285096--13285142	14	3.2	14	72	21	51	42	4	2	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13293794--13293965	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
13293787--13293962	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
13295606--13295738	67	2.0	67	95	0	239	34	6	16	42	1.75
13299540--13299595	28	2.0	28	100	0	112	42	10	0	46	1.38
13299655--13299709	29	1.9	28	82	10	67	45	0	7	47	1.30
13300085--13300111	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
13301656--13301703	25	1.9	25	83	8	62	41	2	4	52	1.32
13301680--13301804	57	2.1	58	82	8	146	52	0	0	46	1.12
13301753--13301838	12	7.8	11	72	25	67	52	0	0	47	1.00
13301728--13301811	15	5.8	15	68	19	54	51	0	0	48	1.00
13301767--13301836	22	3.0	24	75	23	69	48	0	0	51	1.00
13310015--13310113	13	7.5	13	72	17	71	47	2	18	32	1.60
13310025--13310113	40	2.2	40	88	4	135	44	2	19	33	1.63
13311036--13311098	30	2.1	30	90	0	99	20	22	25	31	1.98
13311944--13311981	14	2.5	16	91	8	62	47	0	18	34	1.49
13314883--13314908	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
13320973--13321002	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
13320975--13321017	15	2.8	16	86	10	54	34	13	2	48	1.56
13322948--13323144	74	2.7	74	77	3	216	41	15	13	29	1.85
13323103--13323228	63	2.0	63	90	0	198	40	15	13	30	1.85
13326175--13326241	28	2.2	30	80	17	77	50	2	0	46	1.16
13329468--13329668	99	2.0	99	91	0	321	28	26	5	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329725--13329814	38	2.3	39	86	7	119	41	25	0	33	1.56
13332080--13332193	56	2.0	56	96	0	210	31	16	16	35	1.92
13333515--13333609	40	2.4	39	75	11	104	36	34	11	16	1.85
13343960--13344119	78	2.0	81	85	6	220	17	9	16	56	1.65
13348814--13348889	27	2.9	27	90	2	109	30	14	17	38	1.89
13351396--13351573	97	1.9	94	85	5	250	29	18	29	22	1.97
13351544--13351670	47	2.6	48	81	6	150	23	18	31	25	1.98
13353428--13353504	35	2.2	35	83	4	93	35	19	11	33	1.88
13361552--13361581	12	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
13361654--13361690	19	1.9	19	94	0	65	40	18	2	37	1.65
13362162--13362224	33	1.9	33	84	12	85	68	11	9	11	1.40
13367087--13367184	34	2.9	33	86	10	121	26	23	23	26	2.00
13371979--13372121	43	3.3	43	74	15	120	30	28	17	23	1.97
13371973--13372147	86	2.0	85	82	5	210	34	27	14	23	1.94
13373607--13373648	21	2.0	21	100	0	84	33	28	14	23	1.94
13374381--13374416	14	2.5	15	95	4	65	61	33	0	5	1.19
13380263--13380321	30	2.0	30	96	0	109	52	22	1	23	1.56
13383374--13383412	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
13383373--13383412	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
13391077--13391115	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
13391076--13391115	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
13392124--13392183	30	2.0	30	93	6	104	30	21	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13393160--13393190	13	2.4	13	94	0	53	3	25	0	70	1.02
13402178--13402305	65	2.0	65	90	0	202	42	15	15	26	1.87
13405347--13405452	55	1.9	55	82	3	133	20	23	28	27	1.99
13439446--13439483	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
13441294--13441903	27	22.6	27	77	5	267	38	21	8	32	1.83
13441284--13441500	54	4.0	54	84	2	301	38	21	7	32	1.82
13441284--13441949	81	8.2	81	73	9	331	38	20	8	32	1.82
13441671--13441873	80	2.5	80	80	5	212	42	19	8	30	1.80
13441671--13441988	27	11.7	27	76	12	152	41	19	8	31	1.81
13442007--13442084	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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