genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  30  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9959774--9959958	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
9959755--9959958	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
9967771--9967962	40	4.8	40	93	1	262	26	30	21	22	1.99
9972084--9972131	20	2.4	20	92	0	78	37	8	18	35	1.81
9972084--9972131	9	4.7	11	78	19	59	37	8	18	35	1.81
9972178--9972261	26	3.4	25	86	8	109	28	22	21	27	1.99
9976132--9976260	45	2.8	45	90	3	197	19	17	22	41	1.91
9976263--9976379	51	2.2	52	84	3	146	16	22	22	39	1.92
9976715--9976753	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
9977634--9979002	684	2.0	684	100	0	2738	27	11	21	39	1.87
9978595--9979871	639	2.0	639	99	0	2536	27	11	21	39	1.88
9988531--9988677	24	6.0	24	87	5	197	26	20	23	29	1.99
9995652--9995679	13	2.2	13	100	0	56	39	21	0	39	1.54
9996855--9997022	24	7.0	24	87	2	239	29	22	20	27	1.98
9997072--9997123	16	3.3	16	86	10	72	30	19	13	36	1.90
9997068--9997127	20	3.3	18	82	17	88	33	20	11	35	1.88
10019907--10020088	46	4.0	46	90	1	249	21	24	14	39	1.91
10022760--10024140	760	1.8	758	92	1	2347	34	18	11	36	1.87
10027379--10027489	56	2.0	56	96	0	204	26	14	26	33	1.94
10027745--10027769	10	2.5	10	100	0	50	36	0	20	44	1.52
10037036--10037092	32	1.9	31	83	16	77	54	3	17	24	1.59
10037414--10037446	16	2.1	16	100	0	66	45	0	12	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10037632--10037742	56	2.0	56	90	0	177	27	15	24	32	1.95
10040472--10040515	22	2.1	20	83	8	52	40	18	6	34	1.77
10041866--10041960	28	3.4	28	79	5	111	30	30	14	24	1.95
10041949--10042043	40	2.4	40	83	3	111	32	22	18	26	1.97
10045511--10045616	27	3.9	26	81	14	117	35	21	24	17	1.95
10053306--10053416	27	4.2	26	82	5	132	36	23	24	16	1.94
10056364--10056401	16	2.2	18	90	9	62	31	10	2	55	1.48
10057279--10057390	29	3.9	28	76	12	102	28	14	30	26	1.95
10059540--10059595	28	2.0	28	96	0	103	28	16	26	28	1.97
10064641--10064691	24	2.1	24	81	0	57	56	19	19	3	1.57
10064841--10064918	28	2.7	30	80	9	99	33	15	26	24	1.95
10065176--10065229	27	2.0	27	82	3	65	44	24	18	12	1.85
10066251--10066303	26	2.0	26	85	7	72	43	20	11	24	1.85
10066261--10066317	26	2.1	27	87	3	80	38	19	12	29	1.88
10066386--10066473	45	2.0	45	97	0	167	45	27	11	15	1.81
10071147--10071188	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
10075431--10075485	26	2.1	27	93	3	94	36	12	16	34	1.87
10077896--10078006	29	3.9	29	84	1	143	28	28	14	27	1.95
10083222--10083298	41	1.9	40	83	2	100	27	18	25	28	1.98
10086892--10087063	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
10086894--10087116	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
10086892--10087116	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10087048--10087125	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10091242--10091289	19	2.5	18	80	10	51	12	22	41	22	1.88
10092149--10092207	23	2.6	23	94	0	100	18	20	22	38	1.93
10103198--10103339	55	2.6	55	75	0	149	15	26	28	28	1.96
10105156--10105327	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
10105158--10105380	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
10105156--10105380	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
10105312--10105389	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10110582--10110737	42	3.6	42	72	8	127	28	21	19	30	1.97
10112975--10113004	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
10114618--10114666	24	2.0	24	88	0	71	40	2	16	40	1.60
10134134--10134185	26	2.0	26	100	0	104	42	15	0	42	1.47
10136084--10136147	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
10136341--10136482	24	6.0	24	90	5	218	29	21	20	28	1.98
10136362--10136481	23	5.1	23	94	3	204	30	20	20	28	1.97
10136362--10136482	47	2.6	47	97	0	224	30	20	19	28	1.97
10136528--10136578	20	2.7	20	82	17	72	35	19	13	31	1.91
10136615--10136662	25	1.9	25	86	0	69	27	14	25	33	1.94
10147541--10147604	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
10147798--10147939	24	6.0	24	87	5	200	30	22	19	27	1.98
10147819--10147938	23	5.1	23	91	3	186	31	21	19	27	1.97
10147819--10147939	47	2.6	46	92	5	197	31	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10147991--10148055	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
10147991--10148044	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
10153749--10153784	18	1.9	19	88	5	56	72	25	0	2	0.98
10154941--10154972	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
10154941--10154971	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
10159367--10159398	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
10159367--10159397	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
10163269--10163295	12	2.2	12	100	0	54	25	44	22	7	1.79
10165773--10165806	17	2.0	17	88	0	50	52	14	5	26	1.64
10166602--10166657	29	2.0	28	85	3	76	33	25	1	39	1.66
10172100--10172140	12	3.7	12	81	12	52	68	0	4	26	1.10
10172099--10172140	22	1.9	22	95	0	75	66	0	4	28	1.12
10172074--10172193	49	2.4	45	78	15	114	65	0	4	29	1.16
10172098--10172192	50	1.9	50	86	4	138	64	0	4	31	1.13
10172086--10172185	22	4.3	22	67	19	60	65	1	5	29	1.20
10172648--10172749	10	10.4	10	70	15	52	30	5	0	63	1.18
10172647--10172732	41	2.1	41	82	2	102	30	5	0	63	1.17
10172658--10172742	41	2.1	40	82	6	100	30	5	0	63	1.18
10172716--10172749	18	1.9	18	88	5	52	29	8	0	61	1.26
10172739--10172776	17	2.2	17	86	9	51	21	5	0	73	1.02
10172738--10172776	18	2.2	17	86	4	51	20	5	0	74	1.01
10172967--10173008	16	2.4	17	84	11	50	28	2	0	69	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10177158--10177212	25	2.1	26	83	10	67	65	0	1	32	1.03
10177976--10178029	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
10178015--10178063	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
10178019--10178057	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
10178015--10178056	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
10193496--10193522	12	2.2	12	100	0	54	44	14	7	33	1.73
10194794--10194838	23	2.0	23	86	0	63	42	2	2	53	1.25
10199066--10199109	21	2.1	21	100	0	88	18	27	22	31	1.97
10200422--10200468	15	3.1	15	87	0	67	65	4	8	21	1.37
10202789--10202918	44	3.0	45	79	10	135	26	29	18	25	1.98
10203044--10203107	28	2.3	28	88	0	92	31	25	12	31	1.92
10206754--10206783	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
10223432--10223518	42	2.1	42	100	0	174	22	18	8	50	1.73
10242070--10242230	81	2.0	81	98	0	313	18	13	23	44	1.85
10245470--10245657	95	2.0	95	98	1	369	32	11	23	31	1.91
10245479--10245657	94	1.9	94	98	1	306	34	11	23	30	1.91
10246900--10247033	58	2.3	58	84	2	171	44	1	2	51	1.26
10247170--10247235	12	5.7	11	80	18	57	48	0	1	50	1.10
10247419--10247508	44	2.0	46	89	4	139	34	27	6	31	1.83
10247494--10247548	16	3.4	16	87	0	74	29	25	7	38	1.83
10265521--10265563	23	1.9	22	90	4	68	46	13	13	25	1.81
10272831--10273138	47	6.6	47	73	14	189	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10272832--10273139	94	3.3	94	81	5	281	27	20	28	23	1.99
10274485--10274536	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
10281447--10281589	47	3.0	47	88	0	214	27	27	10	34	1.90
10290855--10290929	37	2.0	37	100	0	150	46	5	21	26	1.72
10292490--10292547	27	2.1	27	96	0	107	41	10	13	34	1.79
10293857--10294041	48	3.9	48	93	0	316	24	18	29	26	1.98
10294012--10294073	32	1.9	32	90	0	97	22	14	32	30	1.94
10296836--10296969	37	3.6	37	81	3	110	29	15	28	26	1.96
10296869--10296971	37	2.8	37	84	0	134	28	16	26	29	1.97
10299365--10299424	30	2.0	30	90	0	93	43	1	23	31	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279