genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62698938--62698989	23	2.3	23	93	0	86	0	38	0	61	0.96
62698941--62698989	20	2.5	20	93	0	80	0	38	0	61	0.96
62699187--62699277	45	2.0	45	85	12	125	50	3	3	42	1.35
62699187--62699300	45	2.5	47	82	13	123	48	2	2	46	1.30
62699199--62699298	47	2.1	47	80	8	116	51	1	2	46	1.19
62700188--62700243	29	1.9	29	88	0	85	21	21	7	50	1.72
62708017--62708056	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
62720978--62721020	17	2.6	16	85	3	50	62	0	0	37	0.95
62721254--62721290	14	2.5	14	91	8	56	59	0	40	0	0.97
62721251--62721300	20	2.8	17	77	16	55	64	0	36	0	0.94
62721460--62721697	22	11.1	21	74	15	195	31	0	12	55	1.41
62721484--62721540	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
62721460--62721700	41	5.7	40	72	20	186	31	0	12	55	1.41
62721626--62721716	27	3.6	27	81	14	111	29	1	14	54	1.47
62721594--62721716	22	4.9	25	77	18	123	32	0	13	53	1.45
62721594--62721726	49	2.7	49	87	1	205	31	0	12	55	1.42
62722401--62722445	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
62722403--62722454	22	2.8	18	75	25	54	0	36	1	61	1.07
62722511--62722610	27	3.7	27	89	5	141	23	36	20	21	1.96
62731629--62731699	30	2.3	31	85	2	90	45	14	9	30	1.77
62733239--62733305	31	2.2	31	89	5	100	44	11	20	22	1.84
62740911--62740959	21	2.3	22	89	10	75	38	26	4	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62745434--62745475	14	3.0	14	89	0	66	71	16	9	2	1.23
62745611--62745660	7	7.0	7	80	13	57	40	28	4	28	1.74
62745612--62745660	21	2.3	22	89	10	75	38	28	4	28	1.75
62751551--62751596	22	2.1	22	84	8	58	65	13	19	2	1.37
62752520--62752563	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
62752663--62752690	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
62752672--62752870	59	3.4	59	99	0	389	46	9	4	39	1.56
62752881--62752922	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
62752896--62752945	22	2.3	22	85	0	64	44	2	2	52	1.24
62752919--62752950	17	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
62769168--62769211	20	2.2	20	87	0	61	25	2	4	68	1.20
62772840--62772890	7	7.4	7	86	4	59	47	0	21	31	1.51
62776095--62776357	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
62784045--62784307	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
62784239--62784316	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
62787008--62787042	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
62787081--62787188	55	2.0	55	90	0	171	28	7	12	51	1.65
62787165--62787261	36	2.7	35	82	7	106	28	9	10	51	1.67
62789137--62789166	15	1.9	16	93	6	53	36	20	26	16	1.93
62794589--62794617	12	2.4	12	100	0	58	55	13	6	24	1.63
62803926--62803999	32	2.3	32	88	2	103	43	17	17	21	1.88
62803926--62804017	16	5.9	16	64	12	57	43	17	19	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62812646--62812674	11	2.6	11	100	0	58	27	0	20	51	1.47
62815429--62815486	24	2.4	25	80	11	75	50	0	1	48	1.11
62815440--62815505	24	2.9	23	78	15	66	53	0	0	46	1.00
62822540--62822580	21	1.9	22	85	14	59	53	0	4	41	1.22
62824662--62824739	31	2.6	31	76	11	74	51	1	0	47	1.09
62830341--62830786	223	2.0	223	99	0	883	29	19	27	23	1.98
62831942--62831989	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
62835888--62835956	11	6.6	10	73	12	50	59	1	1	37	1.15
62835974--62836021	21	2.2	21	82	14	53	39	0	6	54	1.26
62841253--62841290	19	2.0	19	94	0	67	36	7	10	44	1.68
62841283--62841320	4	9.2	4	88	5	58	73	0	2	23	0.95
62841285--62841320	17	2.1	17	94	0	63	75	0	2	22	0.94
62841987--62842042	25	2.3	23	76	11	58	64	0	33	1	1.04
62843702--62843839	28	4.9	28	76	5	127	28	18	31	21	1.97
62843702--62843863	56	2.9	56	84	3	202	28	17	29	24	1.97
62843906--62843979	32	2.3	32	85	0	94	36	9	25	28	1.87
62843921--62844004	32	2.6	32	86	0	114	38	9	21	30	1.85
62845391--62845424	17	2.0	17	100	0	68	17	29	5	47	1.71
62846666--62846705	15	2.7	15	92	0	71	35	10	7	47	1.65
62855019--62855047	14	2.1	14	100	0	58	48	20	0	31	1.50
62857207--62857489	27	10.4	27	80	3	138	31	22	9	36	1.86
62857302--62857402	28	3.6	28	86	4	125	40	21	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62857302--62857726	27	15.7	27	73	9	143	37	19	10	32	1.86
62857541--62857725	54	3.4	54	77	1	199	40	17	9	32	1.83
62857747--62857819	27	2.7	27	79	8	85	36	20	21	20	1.95
62858531--62858597	20	3.3	20	85	4	91	41	10	16	31	1.82
62858647--62858777	26	5.2	26	87	2	180	29	20	22	27	1.98
62858915--62859006	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
62859030--62859108	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
62867717--62867772	25	2.4	23	80	14	62	35	1	7	55	1.38
62868629--62868671	22	2.0	22	95	0	77	37	0	2	60	1.10
62868639--62868678	17	2.3	18	83	16	57	35	0	2	62	1.09
62871259--62871299	21	2.0	21	90	0	64	34	17	7	41	1.77
62872156--62872213	29	2.0	29	86	6	82	46	1	0	51	1.11
62872171--62872235	29	2.3	29	78	7	71	52	0	1	46	1.10
62872789--62872856	30	2.1	32	84	10	86	51	0	0	48	1.00
62879658--62879708	21	2.5	21	83	3	59	37	0	3	58	1.16
62889885--62889926	20	2.1	20	86	0	57	57	2	2	38	1.25
62894120--62894371	122	2.0	124	87	3	364	42	9	11	37	1.72
62903647--62903697	23	2.2	24	85	3	68	68	5	1	23	1.22
62911449--62911543	47	2.0	46	97	2	181	33	16	10	38	1.83
62911678--62911708	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
62914324--62914360	18	2.1	18	89	0	56	48	8	32	10	1.67
62921179--62921217	20	2.0	20	84	0	51	43	2	17	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62932290--62932321	11	2.6	13	80	19	50	59	9	0	31	1.29
62932296--62932323	11	2.5	11	100	0	56	57	7	0	35	1.26
62934618--62934781	40	4.1	40	80	6	190	30	23	14	32	1.94
62934618--62934787	79	2.1	79	86	5	236	31	22	14	31	1.94
62936652--62936774	27	4.6	27	90	4	167	40	18	14	26	1.89
62942222--62942249	13	2.2	13	100	0	56	39	7	25	28	1.82
62942583--62942647	19	3.5	19	79	12	80	41	3	4	50	1.38
62942718--62942742	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
62945257--62945353	10	10.0	9	69	17	52	29	2	6	61	1.31
62945266--62945353	39	2.3	38	79	15	99	30	2	5	61	1.31
62945592--62945666	28	2.7	26	78	13	87	45	6	2	45	1.43
62946090--62946159	24	2.9	24	79	14	74	30	0	7	62	1.21
62946090--62946160	36	2.0	36	88	0	106	30	0	7	61	1.22
62963110--62963146	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
62983638--62984028	206	1.9	206	88	3	590	51	13	7	27	1.67
62984823--62984957	67	2.0	67	91	2	218	51	10	10	27	1.68
62985116--62985894	280	2.8	281	85	2	1066	46	12	16	23	1.81
62993037--62993126	43	2.1	43	82	0	108	51	20	11	17	1.75
62993245--62993408	87	1.9	86	86	2	231	47	18	12	21	1.81
62993261--62993413	42	3.6	42	78	11	157	47	18	13	20	1.82
62994936--62994985	25	2.0	25	88	4	73	2	20	0	78	0.86
62995534--62995559	7	3.7	7	100	0	52	73	15	0	11	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62996044--62996076	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
62996116--62996275	83	1.9	83	100	0	320	31	15	11	40	1.84
62996338--62996829	89	5.5	89	100	0	984	36	14	12	36	1.84
63002348--63002396	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36
63003653--63003737	21	3.9	21	76	11	89	45	25	1	27	1.61
63003637--63003726	46	2.0	46	97	0	171	42	26	2	28	1.67
63003902--63004078	81	2.2	81	90	4	277	15	22	24	37	1.93
63003902--63004078	41	4.4	40	91	4	275	15	22	24	37	1.93
63005621--63005659	21	1.9	20	89	5	60	71	12	2	12	1.24
63005776--63005864	35	2.4	37	87	9	128	39	11	13	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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