genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25107575--25107940	186	2.0	186	100	0	732	16	29	15	37	1.90
25113042--25113354	12	25.9	12	63	28	64	63	1	4	30	1.23
25113049--25113355	39	7.8	39	69	19	128	63	1	4	30	1.24
25113042--25113354	15	21.8	14	67	21	118	63	1	4	30	1.23
25113154--25113189	17	2.1	17	89	0	54	61	2	2	33	1.25
25113237--25113307	10	7.4	9	73	20	56	69	2	1	26	1.11
25113047--25113347	19	16.2	18	68	20	124	63	1	4	30	1.23
25113208--25113348	58	2.4	61	83	10	184	65	2	2	28	1.20
25113634--25113676	23	1.9	23	86	13	63	69	0	4	25	1.07
25118158--25118207	25	2.0	25	96	0	91	54	2	16	28	1.53
25125417--25125717	14	24.0	12	65	27	87	63	1	4	30	1.25
25125393--25125493	14	7.4	14	75	16	72	60	1	0	36	1.15
25125409--25125644	5	46.8	5	65	20	66	62	0	5	31	1.22
25125393--25125493	28	3.7	27	78	13	109	60	1	0	36	1.15
25125517--25125552	17	2.1	17	89	0	54	61	2	2	33	1.25
25125531--25125565	12	2.8	12	91	4	52	57	0	8	34	1.29
25125559--25125711	30	5.3	26	68	25	87	66	1	3	28	1.18
25125600--25125670	10	7.4	9	76	20	65	70	1	1	26	1.04
25125588--25125711	30	4.3	27	75	15	106	67	2	1	28	1.12
25125576--25125667	39	2.3	39	85	7	123	68	1	3	27	1.12
25125576--25125670	20	4.8	20	83	8	122	68	1	3	27	1.11
25125571--25125711	58	2.4	61	82	10	175	66	2	2	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25125406--25125716	16	20.1	16	67	22	109	63	1	4	30	1.24
25134051--25134118	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
25133940--25134267	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
25134220--25134298	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
25140393--25140679	56	5.2	56	89	1	400	33	22	14	28	1.94
25140640--25140822	43	4.3	43	86	4	192	30	25	15	28	1.96
25145843--25145911	34	2.0	34	97	0	129	36	2	26	34	1.71
25152356--25152541	39	4.8	39	93	0	327	28	29	22	19	1.98
25157827--25157946	39	3.1	39	88	0	177	27	20	23	28	1.99
25157827--25157962	39	3.5	37	81	9	137	27	20	23	28	1.99
25165038--25165273	39	6.1	39	94	0	400	27	21	23	27	1.99
25170268--25170299	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
25173616--25173779	42	3.9	42	80	4	179	29	16	25	28	1.97
25177614--25177737	46	2.7	45	89	3	176	17	20	33	29	1.95
25187136--25187238	52	2.0	51	96	0	179	35	11	25	26	1.90
25197341--25197385	20	2.2	20	80	7	56	20	17	4	57	1.56
25202333--25202415	28	3.0	27	91	3	121	45	26	4	22	1.72
25202319--25202389	28	2.9	23	75	18	70	45	29	5	19	1.73
25202456--25202485	13	2.2	14	94	5	53	43	33	0	23	1.54
25202940--25203019	36	2.2	36	95	0	142	37	20	0	42	1.52
25203675--25203796	47	2.5	50	75	9	126	28	11	23	36	1.90
25212992--25213079	43	2.0	43	93	0	149	43	20	10	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25219366--25219411	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
25222014--25222075	33	2.0	31	81	15	74	25	17	27	29	1.98
25235893--25235937	22	2.0	24	86	8	67	42	8	0	48	1.34
25236056--25236092	18	2.1	18	89	0	56	54	8	5	32	1.53
25236896--25237214	158	2.0	158	96	0	593	38	15	19	26	1.92
25242678--25242725	20	2.3	20	79	10	53	39	6	10	43	1.64
25242818--25242861	22	1.9	24	86	9	65	43	9	0	47	1.35
25245686--25245822	59	2.3	58	82	6	152	51	12	10	25	1.70
25245840--25246016	77	2.3	78	86	4	234	49	8	6	35	1.60
25245992--25246040	24	2.0	24	100	0	98	40	14	4	40	1.64
25247423--25247706	138	2.1	138	95	0	514	41	7	4	46	1.53
25252024--25252062	18	2.2	18	95	0	69	7	25	30	35	1.84
25255868--25255932	28	2.4	28	82	7	71	26	20	24	29	1.99
25256083--25256139	27	2.1	27	86	0	78	36	24	21	17	1.94
25256090--25256174	27	3.2	26	79	12	75	36	18	21	23	1.95
25256310--25256452	27	5.3	27	88	0	187	25	18	20	34	1.96
25259247--25259289	18	2.4	18	92	0	68	32	32	4	30	1.78
25262646--25262941	98	3.0	98	98	0	574	34	25	10	29	1.90
25269798--25270094	20	15.1	20	76	2	224	44	18	22	13	1.86
25269798--25269999	40	5.1	40	86	0	253	45	19	23	12	1.84
25271766--25272112	174	2.0	174	98	0	676	35	16	12	35	1.86
25279212--25279389	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25279233--25279388	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25284203--25284241	19	2.1	19	90	0	60	12	10	41	35	1.77
25294310--25294351	12	3.5	12	80	0	57	64	0	16	19	1.30
25294303--25294351	24	2.0	24	100	0	98	67	0	16	16	1.24
25297966--25298004	17	2.2	19	86	9	55	30	28	10	30	1.90
25333517--25333564	22	2.2	23	78	14	57	29	2	18	50	1.59
25335656--25335734	25	3.2	24	75	13	72	31	15	26	26	1.95
25335657--25335724	24	2.8	25	76	13	77	30	17	25	26	1.97
25337380--25337484	30	3.5	30	82	2	131	39	15	26	19	1.91
25337437--25337602	30	5.5	30	83	0	179	36	12	24	27	1.91
25337440--25337633	60	3.2	59	78	2	199	36	11	24	27	1.90
25337435--25337633	90	2.2	90	78	5	222	36	12	24	27	1.91
25337437--25337632	30	6.6	29	82	8	162	36	11	23	27	1.90
25338741--25338819	31	2.5	31	91	0	131	27	24	18	29	1.98
25338793--25338989	101	2.0	101	100	0	394	29	23	18	28	1.97
25339126--25339233	25	4.4	23	82	12	126	25	22	24	28	1.99
25339139--25339234	25	3.9	25	91	1	149	26	21	27	25	2.00
25340135--25340494	27	13.3	27	78	4	242	31	8	20	39	1.83
25340445--25340575	27	4.9	27	87	3	183	41	10	19	27	1.85
25361837--25361987	81	1.9	81	100	0	302	30	25	22	21	1.99
25362387--25362453	27	2.5	27	95	0	116	40	20	17	20	1.92
25362630--25362723	27	3.5	26	80	7	98	21	23	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25362866--25362956	28	3.1	28	75	14	74	23	23	27	26	2.00
25362886--25362956	33	2.1	34	89	2	108	25	23	26	23	2.00
25366118--25366601	125	3.9	125	98	0	846	30	13	24	32	1.93
25367761--25367790	13	2.3	13	94	0	51	23	30	33	13	1.93
25368769--25368815	24	2.0	24	91	0	76	31	6	31	29	1.83
25374958--25375080	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
25374958--25375080	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
25374983--25375093	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
25383212--25383245	16	2.1	16	100	0	68	38	17	17	26	1.92
25383438--25383474	7	5.1	7	87	6	56	16	0	37	45	1.47
25384926--25384993	33	2.1	33	94	0	118	39	11	26	22	1.88
25388241--25388310	35	2.0	35	88	0	104	41	18	12	27	1.87
25389968--25390071	43	2.4	42	81	10	104	30	15	22	31	1.95
25394722--25394886	54	3.2	54	73	19	206	12	27	3	55	1.54
25394718--25394918	100	2.0	100	100	0	402	13	26	3	55	1.56
25394722--25394907	54	3.6	54	73	19	198	13	27	3	54	1.57
25394891--25394949	27	2.1	28	84	3	75	11	23	1	62	1.38
25396322--25396583	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
25407448--25407487	21	2.0	21	85	5	55	32	7	7	52	1.58
25409689--25409757	30	2.2	31	89	5	104	56	5	17	20	1.61
25412198--25412230	13	2.3	15	90	10	52	9	9	3	78	1.05
25414379--25414454	38	2.0	38	97	0	143	43	13	19	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25419606--25419682	39	2.0	39	97	0	145	49	12	7	29	1.69
25430274--25430342	35	2.0	34	94	0	111	15	36	8	37	1.79
25434215--25434247	14	2.5	13	90	9	50	51	9	0	39	1.34
25437534--25437820	137	2.1	137	94	0	502	33	24	18	24	1.97
25438068--25438121	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
25438100--25438160	28	2.3	27	82	5	70	31	11	18	39	1.86
25439606--25439689	26	3.2	26	96	0	150	36	23	4	34	1.76
25441962--25441989	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
25444386--25444456	31	2.4	29	83	9	90	23	11	5	59	1.53
25448140--25448508	138	2.6	138	88	1	513	21	23	13	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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