genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84783156--84783188	16	2.0	17	94	5	59	0	12	0	87	0.53
84786595--84787040	46	10.3	46	95	2	622	37	15	19	27	1.92
84786529--84787073	138	4.2	137	89	8	663	37	15	20	27	1.92
84786893--84787112	37	6.0	37	96	1	390	38	16	20	24	1.93
84789161--84789358	46	4.6	45	82	13	247	34	14	22	28	1.93
84789197--84789269	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
84789161--84789315	82	1.9	82	94	0	274	35	13	21	29	1.92
84791049--84791124	28	2.6	28	80	10	91	35	1	27	35	1.66
84793330--84793368	20	1.9	21	94	5	71	25	5	0	69	1.09
84794125--84794213	44	2.0	44	95	0	160	40	15	10	33	1.81
84810426--84810501	9	8.4	9	88	0	116	39	23	13	23	1.90
84810427--84810497	36	2.0	36	97	0	133	38	25	14	22	1.92
84810608--84810647	18	2.2	18	86	0	53	12	2	45	40	1.56
84811682--84811708	11	2.5	11	100	0	54	59	14	0	25	1.36
84811756--84811781	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
84815786--84815967	15	12.3	15	75	3	118	22	23	26	27	2.00
84815814--84815863	14	3.5	14	78	5	64	18	20	32	30	1.96
84815792--84815978	58	3.2	59	75	2	178	23	21	27	27	1.99
84815769--84815954	29	6.3	30	81	3	128	23	23	25	27	2.00
84815799--84815967	29	5.8	29	83	0	149	21	22	27	27	1.99
84815810--84815987	15	12.1	15	75	4	76	23	19	27	29	1.98
84815971--84816013	22	2.0	22	85	0	59	39	6	20	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84818164--84818252	31	2.9	31	96	0	160	34	30	2	32	1.70
84821037--84821092	23	2.3	23	78	6	58	32	5	7	55	1.50
84832818--84832862	3	15.0	3	95	0	81	31	0	35	33	1.58
84833204--84833679	216	2.2	216	90	0	747	34	15	16	33	1.90
84833851--84833902	19	2.8	18	76	5	50	40	1	1	55	1.22
84842305--84842795	182	2.6	190	79	10	518	38	23	14	23	1.92
84842296--84842877	184	3.1	186	79	8	604	38	24	14	23	1.92
84845876--84846563	366	1.9	358	80	9	801	32	8	22	35	1.85
84846845--84846884	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
84848661--84848753	31	3.1	30	74	14	93	20	12	19	47	1.82
84852793--84852855	30	2.1	30	85	2	83	38	6	4	50	1.49
84861466--84861510	16	2.7	17	86	6	65	57	0	0	42	0.98
84863223--84863257	18	1.9	18	88	0	52	71	5	8	14	1.29
84864301--84864360	27	2.2	28	90	3	95	40	5	5	50	1.46
84870738--84870789	23	2.3	23	100	0	104	23	11	17	48	1.79
84872339--84872363	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
84872622--84872653	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
84874344--84874404	31	2.0	31	86	0	86	50	9	3	36	1.52
84875732--84875773	15	2.7	16	77	3	50	14	2	28	54	1.52
84876222--84876270	18	2.7	17	75	12	53	26	0	8	65	1.20
84877539--84877577	14	2.8	14	84	7	53	38	5	35	20	1.75
84879836--84879861	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84880790--84880859	31	2.3	30	80	11	79	24	11	18	45	1.82
84889519--84889560	21	2.0	21	95	4	77	47	4	4	42	1.45
84890881--84891239	179	2.0	178	97	0	673	40	17	14	27	1.88
84894632--84894676	16	2.8	16	79	0	54	40	6	17	35	1.76
84898524--84898549	6	4.3	6	100	0	52	19	34	0	46	1.50
84912161--84912302	51	2.8	52	87	2	196	39	15	6	38	1.73
84919015--84919068	21	2.6	21	93	0	90	35	16	18	29	1.93
84920527--84920569	20	2.2	20	100	0	86	13	0	30	55	1.39
84940283--84940318	13	2.7	13	91	4	54	33	2	0	63	1.08
84952618--84952658	3	14.0	3	84	5	57	34	0	63	2	1.08
84954967--84955260	149	2.0	146	86	3	410	23	7	18	50	1.72
84959287--84959349	31	2.1	30	87	3	90	57	7	7	26	1.55
84959442--84959495	26	2.1	26	100	0	108	50	7	16	25	1.71
84959450--84959505	26	2.2	26	87	3	78	51	7	14	26	1.67
84969523--84969575	26	2.0	26	92	0	88	39	7	11	41	1.69
84970763--84970809	19	2.5	19	89	0	67	40	2	0	57	1.11
84977336--84977371	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
84978633--84978688	26	2.2	25	81	12	62	32	12	17	37	1.88
84983420--84983888	156	3.0	156	95	0	848	31	16	22	28	1.96
84988096--84988564	156	3.0	156	96	0	857	31	16	22	28	1.96
84990865--84990974	54	2.0	54	82	0	130	25	18	18	38	1.93
84992127--84992164	18	2.1	18	85	9	51	31	2	10	55	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84993338--84993383	22	2.1	22	84	4	58	32	13	6	47	1.68
84993347--84993395	22	2.2	22	85	7	64	40	14	4	40	1.64
84996730--84996772	21	2.1	20	82	4	50	41	6	9	41	1.64
85007203--85007242	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
85010348--85010383	14	2.6	14	100	0	72	13	5	44	36	1.68
85012450--85012549	51	2.0	51	88	4	148	48	2	24	26	1.62
85012511--85012564	22	2.5	22	82	14	76	48	1	27	22	1.61
85012702--85012779	39	2.0	40	87	2	113	23	29	26	20	1.99
85014196--85014241	23	2.0	23	83	8	58	41	0	4	54	1.20
85014313--85014353	18	2.2	20	87	12	61	26	0	2	70	0.99
85014313--85014362	19	2.7	19	81	6	59	30	0	2	68	1.01
85015422--85015465	21	2.1	21	83	8	54	59	29	11	0	1.32
85020963--85021001	10	3.8	10	80	6	51	28	0	0	71	0.86
85020960--85021005	21	2.2	21	100	0	92	39	0	0	60	0.97
85021782--85021864	44	1.9	44	82	7	107	55	13	4	26	1.58
85022488--85022704	110	1.9	110	83	8	278	30	8	17	43	1.79
85023934--85024003	31	2.3	31	79	0	86	35	10	10	44	1.72
85026521--85026551	12	2.6	12	94	0	53	38	0	19	41	1.51
85027046--85027102	27	2.1	28	90	3	89	70	0	1	28	0.98
85027522--85027600	31	2.5	32	82	8	83	58	6	10	25	1.54
85028841--85028959	57	2.0	57	80	7	132	21	21	15	41	1.90
85030560--85030595	16	2.2	16	100	0	72	52	11	19	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85033011--85033057	18	2.5	20	86	13	80	46	25	19	8	1.77
85041113--85041143	15	2.1	15	100	0	62	41	0	12	45	1.42
85043212--85043258	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
85058444--85058549	52	2.0	52	98	0	203	38	5	29	26	1.79
85063517--85063692	94	1.9	93	87	8	259	41	19	12	26	1.87
85073509--85073561	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
85073648--85073676	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
85076768--85076827	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
85076937--85076998	30	2.1	30	87	0	88	41	0	38	19	1.51
85077040--85077076	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
85077130--85077160	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
85077529--85077567	21	1.9	20	89	5	60	33	5	5	56	1.43
85081768--85081795	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
85081861--85081902	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
85082104--85082211	54	2.0	54	100	0	216	33	18	16	31	1.93
85087022--85087058	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
85090603--85090636	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
85095612--85095662	21	2.3	23	83	12	72	60	3	0	35	1.15
85096928--85096971	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
85109559--85109591	16	2.1	16	100	0	66	60	6	0	33	1.21
85114916--85114953	20	1.9	20	89	10	60	18	10	15	55	1.68
85118397--85118471	37	2.0	36	85	10	98	57	6	0	36	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85125472--85125689	51	4.3	51	88	0	321	27	21	15	35	1.93
85134046--85134123	4	20.0	4	77	15	67	70	0	29	0	0.87
85134058--85134185	34	3.6	34	75	12	114	67	0	32	0	0.90
85134048--85134158	44	2.6	44	85	7	149	69	0	30	0	0.89
85134558--85135502	285	3.3	283	91	2	1510	50	6	11	31	1.63
85136560--85137199	114	5.6	114	79	4	625	31	19	22	26	1.98
85137010--85137374	198	1.8	199	84	5	497	33	19	19	27	1.96
85137847--85137911	22	3.0	22	88	2	87	15	0	38	46	1.46
85138354--85138384	7	4.3	7	92	8	53	12	0	38	48	1.42
85138354--85138384	15	2.1	14	94	5	53	12	0	38	48	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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