genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30273366--30273554	63	3.0	62	80	3	209	30	25	16	26	1.97
30274141--30274239	47	2.1	47	83	3	119	21	20	23	35	1.96
30274303--30274369	18	3.6	18	73	11	53	40	5	13	40	1.69
30274293--30274443	39	3.9	39	85	1	205	38	11	13	36	1.81
30274324--30274380	18	2.8	20	69	15	55	42	8	12	36	1.74
30275621--30275679	29	2.0	30	86	3	84	32	6	13	47	1.69
30314949--30315183	48	4.9	48	93	2	371	24	20	27	27	1.99
30318347--30318383	19	1.9	19	94	0	65	5	0	18	75	0.99
30319485--30319545	30	2.0	30	83	0	77	14	26	32	26	1.95
30320351--30320380	12	2.6	11	94	5	51	6	10	0	83	0.81
30321453--30321513	22	2.7	22	80	7	70	73	3	11	11	1.20
30321504--30321533	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
30321515--30321577	33	1.9	32	87	9	92	73	0	1	25	0.93
30321509--30321583	39	1.9	37	82	17	91	72	0	2	25	0.98
30321611--30321662	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
30321789--30321850	30	2.0	31	84	3	81	14	37	29	19	1.91
30325332--30325412	28	2.9	28	86	1	108	22	20	20	35	1.96
30325335--30325423	28	3.1	28	83	1	106	23	22	19	34	1.96
30326893--30326972	26	3.2	26	81	13	112	36	25	8	30	1.86
30327151--30327234	26	3.2	26	91	0	141	36	26	5	30	1.80
30326893--30327412	262	2.0	260	93	1	898	31	21	11	35	1.89
30329346--30329419	27	2.6	28	76	20	73	45	32	4	17	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30335272--30335326	26	2.1	26	93	0	92	36	23	5	34	1.78
30335662--30335857	106	1.8	106	96	0	365	37	10	13	38	1.80
30336949--30337006	24	2.4	24	85	5	73	48	1	0	50	1.11
30340631--30340665	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
30340561--30340894	88	3.8	88	86	3	445	34	21	17	25	1.96
30340919--30341101	72	2.5	73	82	6	219	33	25	15	25	1.95
30340988--30341344	127	2.9	125	81	6	422	36	22	14	26	1.93
30341308--30342538	74	16.6	74	98	0	2297	30	23	16	30	1.96
30347562--30347622	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
30347744--30347985	79	3.1	77	80	3	250	35	18	16	29	1.93
30347973--30347999	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
30347886--30348057	93	1.8	93	86	2	247	32	19	20	27	1.97
30347601--30348151	244	2.2	243	84	5	682	35	18	16	29	1.93
30347983--30348151	76	2.2	76	86	4	243	33	20	18	28	1.96
30348131--30348165	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
30348061--30348570	88	5.8	88	92	1	770	35	21	17	25	1.95
30348506--30348825	127	2.5	127	96	0	579	32	22	17	27	1.96
30348722--30349048	72	4.5	72	85	6	388	34	20	15	29	1.93
30349054--30349081	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
30348975--30349157	89	2.1	87	84	8	244	36	20	18	25	1.95
30348903--30349212	164	1.9	160	89	3	478	33	20	17	28	1.95
30349063--30349450	72	5.3	72	86	4	497	34	21	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30349100--30350478	162	8.8	145	88	6	753	34	22	16	26	1.95
30349431--30349465	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
30349359--30349542	89	2.1	87	85	7	241	37	20	16	25	1.93
30349324--30350260	162	5.8	162	98	0	1743	35	22	16	25	1.95
30349593--30349627	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
30349755--30349789	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
30349138--30350260	486	2.3	479	90	4	1754	34	22	16	26	1.95
30349917--30349951	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
30349138--30350260	324	3.5	324	92	3	1759	34	22	16	26	1.95
30350079--30350113	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
30350324--30350465	72	2.0	73	91	1	232	38	23	15	21	1.92
30350190--30350479	160	1.8	157	86	6	415	34	22	15	27	1.95
30350623--30350834	76	2.9	72	86	5	307	33	20	16	30	1.94
30350725--30350946	112	2.0	113	95	0	401	37	16	13	31	1.88
30350841--30352278	72	19.2	73	77	9	1215	31	20	16	30	1.95
30350839--30351648	146	5.5	146	88	2	1099	32	20	16	30	1.95
30350839--30352264	367	4.0	367	75	12	1221	31	20	16	31	1.95
30351813--30352264	76	6.1	75	85	5	603	31	19	16	32	1.94
30351805--30352264	148	3.1	148	83	5	595	31	18	16	33	1.94
30352282--30352457	71	2.5	70	85	3	212	34	22	14	28	1.94
30359415--30359517	50	2.1	50	100	0	206	29	1	38	30	1.68
30363001--30363064	25	2.5	26	92	5	105	4	4	21	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30364961--30365125	61	2.7	61	98	0	312	43	10	1	44	1.49
30365074--30365162	37	2.4	37	98	0	169	44	12	2	40	1.54
30375477--30375517	20	2.0	21	90	4	66	0	26	0	73	0.84
30375913--30375959	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
30376129--30376384	128	2.0	127	84	6	329	37	15	7	38	1.77
30377624--30377766	30	4.9	29	77	7	128	32	20	4	42	1.72
30377617--30377752	60	2.3	60	82	5	159	32	22	4	41	1.73
30378783--30378811	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
30378846--30378906	26	2.3	27	73	21	67	34	8	4	52	1.53
30378950--30379017	22	3.1	22	75	12	68	33	5	4	55	1.44
30384961--30384989	4	7.2	4	100	0	58	24	24	0	51	1.48
30392391--30392508	44	2.7	44	90	2	175	46	15	22	15	1.83
30394488--30394661	48	3.6	48	91	0	294	36	7	24	31	1.83
30394486--30394661	96	1.8	96	98	0	343	36	7	23	31	1.83
30396471--30396734	76	3.5	75	79	9	295	31	16	20	31	1.95
30396471--30396769	74	4.0	74	79	12	274	30	16	20	32	1.95
30396802--30397079	80	3.5	77	80	6	285	29	16	20	33	1.95
30397296--30397433	30	4.6	29	74	13	93	30	21	4	44	1.71
30398635--30398705	26	2.9	25	72	15	67	33	5	4	56	1.42
30413977--30414087	3	37.7	3	73	3	82	61	1	6	30	1.31
30418128--30418198	25	2.8	25	82	4	90	35	7	2	54	1.42
30418216--30418278	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30418142--30418316	79	2.2	78	79	8	185	32	6	4	57	1.44
30418340--30418395	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
30419489--30419528	17	2.6	15	82	17	55	52	0	5	42	1.23
30429404--30429457	18	2.8	18	75	8	54	46	5	0	48	1.25
30431746--30431824	9	9.0	9	73	8	65	21	1	5	72	1.11
30431782--30431835	9	5.9	9	82	4	54	12	3	1	81	0.91
30432606--30432676	22	3.3	22	76	4	72	15	40	18	25	1.89
30437561--30437587	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
30437618--30437694	37	2.1	37	97	0	145	41	10	5	42	1.61
30442195--30442233	20	2.0	20	84	0	51	33	15	17	33	1.92
30443199--30443237	21	2.0	20	85	10	53	48	0	20	30	1.50
30444781--30444835	25	2.2	25	84	12	78	56	5	0	38	1.23
30446649--30446705	25	2.3	25	90	6	89	49	5	19	26	1.69
30451776--30452003	48	4.9	46	81	5	239	28	17	31	23	1.97
30454131--30454174	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
30454989--30455028	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
30459634--30459694	32	1.9	32	86	6	88	37	11	16	34	1.85
30459788--30459825	19	2.1	19	90	5	60	55	7	0	36	1.29
30465171--30465222	20	2.5	21	87	3	70	55	5	3	34	1.42
30466254--30466289	18	2.1	17	89	5	54	61	0	0	38	0.96
30466777--30466814	11	3.3	11	86	13	58	31	18	0	50	1.47
30466987--30467047	20	3.2	19	76	19	65	52	4	9	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30466995--30467053	19	3.2	19	69	26	54	54	3	10	32	1.51
30474596--30475101	253	2.0	253	100	0	1012	33	13	16	35	1.88
30484862--30484895	16	2.1	16	100	0	68	32	11	11	44	1.77
30489378--30489707	3	110.0	3	69	13	153	62	3	6	27	1.36
30489449--30489590	10	14.2	10	71	17	82	64	3	4	26	1.30
30489454--30489589	23	5.8	23	73	6	94	63	3	5	27	1.32
30490382--30490422	16	2.6	16	88	7	57	73	7	17	2	1.17
30496064--30496161	3	32.7	3	97	0	187	0	32	0	67	0.91
30506941--30507016	25	3.0	25	80	14	77	47	1	1	50	1.18
30507848--30507894	20	2.3	21	85	3	60	68	2	29	0	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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