genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60374349--60374379	14	2.2	14	94	0	53	54	6	16	22	1.64
60376716--60376917	88	2.3	88	91	0	323	29	21	21	27	1.98
60376716--60376954	88	2.7	88	84	1	273	28	23	21	27	1.99
60376796--60377094	133	2.2	133	85	1	411	29	24	18	27	1.98
60378270--60378471	88	2.3	88	92	0	332	29	21	21	27	1.99
60378270--60378508	88	2.7	88	86	1	282	27	23	22	26	1.99
60378350--60378648	133	2.2	133	86	1	429	29	24	19	26	1.99
60389973--60390227	131	1.9	131	88	0	384	36	18	16	28	1.93
60405498--60405548	25	2.0	26	88	3	77	17	19	23	39	1.92
60407479--60407565	37	2.2	40	88	6	126	26	14	20	37	1.92
60412408--60412474	9	7.2	9	80	6	71	8	7	0	83	0.81
60412396--60412487	47	1.9	47	85	10	125	7	10	1	80	0.95
60417190--60417301	53	2.1	53	96	1	206	65	3	8	23	1.36
60417195--60417304	17	6.1	18	67	25	54	65	4	8	21	1.38
60420632--60420672	17	2.3	19	83	8	50	17	2	4	75	1.08
60425820--60425992	72	2.3	72	80	7	170	33	20	16	29	1.95
60425684--60426191	261	1.9	262	89	1	786	35	20	16	28	1.94
60426803--60426908	7	15.0	7	69	9	63	20	3	34	40	1.71
60426839--60426912	21	3.5	21	80	14	89	21	2	33	41	1.67
60430230--60430278	25	2.0	25	88	8	73	69	8	4	18	1.30
60430306--60430369	32	2.0	31	87	3	92	57	9	7	25	1.56
60430883--60430907	10	2.5	10	100	0	50	88	12	0	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60431102--60431132	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
60432425--60432532	40	2.7	40	79	0	135	27	20	21	30	1.98
60438709--60438771	20	3.5	17	80	18	65	33	1	1	63	1.13
60438715--60438753	20	1.9	21	94	5	71	33	0	2	64	1.08
60441891--60441932	20	2.1	20	91	8	68	76	2	0	21	0.90
60441910--60441945	18	1.9	18	88	5	54	72	0	5	22	1.05
60447310--60447386	40	1.9	40	86	0	109	15	14	32	37	1.88
60456855--60456895	21	1.9	22	90	5	66	12	2	12	73	1.20
60456854--60456906	11	4.9	11	83	2	63	11	3	9	75	1.16
60458979--60459011	14	2.3	15	89	5	50	42	0	3	54	1.15
60459975--60460214	128	1.9	129	90	2	385	36	12	6	44	1.68
60462549--60462589	19	2.1	20	90	4	66	70	0	0	29	0.87
60463688--60463761	37	2.0	37	91	0	121	44	18	14	21	1.86
60467422--60467542	7	17.1	7	68	17	54	58	0	4	36	1.20
60467503--60467558	21	2.7	21	83	8	62	60	0	3	35	1.14
60468899--60469007	30	3.6	30	93	0	182	14	11	33	40	1.83
60468885--60469017	60	2.2	60	87	4	196	12	10	35	41	1.78
60469531--60469783	118	2.1	118	97	0	470	27	21	20	30	1.98
60469531--60469827	118	2.5	118	89	3	357	28	20	20	29	1.98
60469650--60470118	205	2.3	205	86	2	692	28	21	19	30	1.97
60469331--60469988	323	2.0	324	89	1	998	27	21	19	31	1.98
60478099--60478148	15	3.5	15	79	15	52	42	12	24	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60478112--60478148	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
60478982--60479127	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
60479091--60479359	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
60479134--60479353	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
60479091--60479359	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
60485073--60485222	7	21.4	7	68	20	57	58	0	5	36	1.21
60485156--60485216	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
60486535--60486613	30	2.6	30	87	0	113	18	11	29	40	1.86
60488165--60488229	31	2.1	31	88	5	96	49	7	15	27	1.72
60490066--60490121	29	1.9	29	82	7	69	33	3	8	53	1.49
60491422--60491826	207	2.0	204	79	7	444	34	13	21	30	1.91
60494518--60494629	54	2.1	54	93	0	188	31	2	3	62	1.26
60494582--60494620	20	1.9	21	84	5	53	28	2	2	66	1.18
60495573--60495597	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
60496156--60496195	18	2.2	18	90	0	62	20	30	7	42	1.79
60499738--60499979	126	1.9	124	80	6	283	29	17	16	36	1.92
60500062--60500107	7	6.6	7	97	0	83	43	32	0	23	1.54
60500096--60500165	34	2.1	34	89	5	106	45	17	0	37	1.48
60502382--60502437	24	2.3	24	87	0	76	17	41	7	33	1.77
60502404--60502459	24	2.3	24	84	6	69	17	37	5	39	1.73
60502778--60502808	12	2.6	12	94	0	53	16	9	41	32	1.80
60504515--60504558	22	2.0	22	82	8	54	22	13	22	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60506287--60506327	21	2.0	21	90	0	64	34	9	14	41	1.79
60511633--60511675	22	2.0	22	81	9	52	46	2	4	46	1.36
60516334--60516409	37	2.1	37	97	0	143	42	10	6	40	1.65
60520075--60520107	5	6.6	5	92	0	57	78	0	0	21	0.75
60520064--60520107	15	2.9	15	89	0	61	72	0	2	25	0.96
60520229--60520255	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
60520233--60520275	10	3.7	12	84	15	63	34	2	0	62	1.08
60520233--60520289	22	2.8	21	82	17	75	31	1	0	66	1.02
60527922--60527969	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
60531307--60531892	293	2.0	293	100	0	1172	37	15	21	25	1.93
60532073--60532120	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
60532144--60532226	42	2.0	42	90	0	130	32	8	12	46	1.71
60537110--60537137	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
60557893--60557976	42	2.0	42	100	0	168	40	0	21	38	1.53
60568673--60568708	4	8.8	4	93	6	63	75	22	2	0	0.94
60584001--60584065	23	3.0	21	80	6	69	43	0	3	53	1.16
60584620--60584662	18	2.3	19	84	4	52	65	2	4	27	1.25
60584632--60584679	19	2.5	20	87	9	66	66	0	2	31	1.03
60584632--60584674	18	2.4	18	85	11	61	67	0	2	30	1.03
60584777--60584822	21	2.2	21	88	0	65	19	4	6	69	1.28
60587448--60587499	24	2.2	24	85	0	68	53	5	5	34	1.49
60594486--60594516	13	2.3	14	94	5	55	58	16	0	25	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60594715--60594757	21	2.0	21	81	0	50	46	9	9	34	1.68
60595064--60595135	25	2.8	25	81	8	83	55	4	4	36	1.38
60595090--60595143	26	2.1	25	82	3	63	57	1	7	33	1.37
60595810--60595993	88	2.1	89	95	3	345	14	1	41	43	1.52
60595942--60595980	21	1.9	20	94	5	69	5	0	48	46	1.24
60596769--60597129	129	2.7	131	90	5	564	30	19	17	33	1.94
60596869--60597221	129	2.6	129	88	5	472	31	19	17	31	1.95
60597050--60597155	54	1.9	55	84	5	144	36	18	16	28	1.92
60597224--60597259	14	2.6	14	95	0	63	52	0	25	22	1.47
60597255--60597554	73	4.2	70	81	5	289	33	24	16	26	1.96
60597250--60597554	142	2.1	141	85	6	398	33	23	16	26	1.96
60620531--60620569	21	1.9	20	94	5	69	5	0	48	46	1.24
60621399--60621791	129	2.9	132	90	4	612	31	18	16	33	1.94
60621531--60621883	129	2.6	130	88	5	483	31	19	17	31	1.95
60621712--60621817	54	1.9	55	84	5	144	36	18	16	28	1.92
60621886--60621921	14	2.6	14	95	0	63	52	0	25	22	1.47
60621917--60622216	73	4.2	70	81	5	289	33	24	16	26	1.96
60621912--60622216	142	2.1	141	85	6	398	33	23	16	26	1.96
60631818--60631983	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
60634392--60634454	23	2.6	25	74	23	64	50	30	0	19	1.47
60634521--60634562	22	1.9	22	85	0	57	42	28	0	28	1.56
60635969--60636027	31	1.9	31	96	0	109	38	6	5	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60641684--60641730	24	2.0	24	95	0	85	40	8	27	23	1.83
60658237--60658680	222	2.0	223	97	0	836	38	9	10	41	1.71
60661781--60661832	21	2.5	21	96	0	95	48	7	0	44	1.31
60662395--60662455	31	2.0	31	84	9	81	67	4	4	22	1.30
60662843--60662875	16	2.1	16	100	0	66	57	6	0	36	1.23
60667005--60667069	34	1.9	34	84	9	89	50	4	3	41	1.38
60669947--60669991	22	2.0	22	100	0	90	55	4	26	13	1.57
60673718--60673770	20	2.7	20	82	8	72	41	3	0	54	1.18
60673715--60673781	20	3.3	20	74	12	66	40	2	0	56	1.14
60674977--60675044	32	2.1	32	81	5	75	29	1	4	64	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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