genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68546166--68546315	81	1.9	81	87	5	223	28	8	22	41	1.83
68546165--68546348	81	2.3	81	82	7	214	28	10	21	39	1.87
68546337--68546468	54	2.4	53	81	12	135	40	9	21	28	1.84
68546371--68546468	27	3.6	27	88	2	135	40	7	23	28	1.81
68546379--68546490	27	4.2	27	87	1	127	40	9	24	25	1.86
68546382--68546486	54	1.9	54	86	0	147	39	10	22	27	1.87
68551326--68551365	20	2.0	20	85	0	53	57	0	7	35	1.27
68551751--68551939	75	2.5	75	78	7	197	60	4	4	30	1.38
68557864--68557948	25	3.3	26	73	11	79	25	23	24	25	2.00
68557977--68558055	20	4.0	20	96	0	131	34	21	11	32	1.89
68557999--68558054	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
68574141--68574172	12	2.7	12	90	0	55	15	25	34	25	1.95
68578574--68578721	40	3.7	40	88	0	235	24	27	22	26	2.00
68584512--68584729	40	5.5	40	83	5	232	25	27	24	23	2.00
68592247--68592332	40	2.2	39	87	10	122	25	29	22	23	1.99
68600903--68601037	68	2.0	68	97	0	252	29	14	22	33	1.93
68601157--68601293	69	2.0	69	98	0	265	23	24	14	37	1.92
68601995--68602172	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	27	1.96
68602016--68602171	82	1.9	81	85	3	215	28	28	15	27	1.96
68601995--68602171	54	3.3	54	81	6	196	29	28	15	27	1.96
68608260--68608443	67	2.8	64	76	11	178	28	17	30	23	1.97
68615116--68615170	11	5.5	10	75	12	51	38	10	16	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68615217--68615282	25	2.6	25	95	0	114	25	27	22	24	2.00
68619191--68619312	60	2.0	60	96	0	226	22	25	18	33	1.97
68626371--68626453	30	2.7	31	85	3	116	31	18	27	22	1.97
68626369--68626448	31	2.6	30	86	2	115	30	20	28	21	1.98
68632796--68632865	25	2.8	25	86	0	95	25	21	22	30	1.99
68632846--68632892	24	2.0	24	83	8	60	29	19	23	27	1.98
68634968--68635028	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
68635688--68635944	68	3.9	62	75	9	194	31	15	27	24	1.96
68637652--68637686	16	2.1	17	89	5	54	31	40	0	28	1.57
68638949--68638996	24	2.0	24	100	0	96	37	29	12	20	1.90
68641420--68641585	43	3.9	42	77	10	158	28	14	24	33	1.94
68642069--68642123	29	1.9	28	89	10	85	25	45	14	14	1.83
68643201--68643418	46	4.6	49	75	11	177	24	31	16	27	1.97
68650611--68650715	49	2.1	49	82	6	124	22	28	19	29	1.98
68652621--68652696	26	3.0	25	77	7	82	42	14	13	30	1.84
68653750--68653828	27	2.9	27	78	0	77	22	25	13	37	1.91
68656152--68656187	17	2.1	17	100	0	72	30	11	5	52	1.59
68660455--68660502	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
68661548--68661581	12	2.8	12	90	0	50	50	8	20	20	1.75
68661677--68661732	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
68665601--68665783	48	3.8	48	87	1	233	33	24	17	25	1.96
68665601--68665783	96	1.9	96	86	0	258	33	24	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68667007--68667058	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
68668971--68669022	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
68672375--68672462	44	2.0	43	86	2	122	31	15	15	35	1.90
68673108--68673149	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
68680468--68680499	11	2.9	11	95	0	55	21	62	0	15	1.32
68680595--68680658	14	4.6	14	74	5	58	6	25	0	68	1.12
68680596--68680658	28	2.2	28	77	5	65	6	25	0	68	1.13
68691189--68691228	17	2.4	17	86	0	53	17	42	22	17	1.89
68692107--68692137	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
68692306--68692391	4	20.8	4	71	15	52	69	2	26	1	1.07
68692297--68692337	17	2.4	17	87	4	55	73	4	21	0	1.02
68692312--68692393	21	3.7	23	77	16	75	68	2	28	1	1.10
68692363--68692396	15	2.1	16	89	10	52	67	0	32	0	0.91
68692362--68692400	16	2.3	18	82	13	55	69	0	30	0	0.89
68693256--68693371	40	2.9	39	85	3	142	40	9	15	34	1.80
68695807--68695851	7	6.3	7	82	14	56	11	0	4	84	0.76
68707039--68707070	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
68707039--68707069	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
68711490--68711530	5	8.6	5	89	10	68	19	0	0	80	0.71
68711490--68711529	9	4.3	9	93	6	71	20	0	0	80	0.72
68711490--68711529	14	2.9	14	85	14	64	20	0	0	80	0.72
68721218--68721270	26	2.0	26	85	7	72	73	3	0	22	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68721217--68721322	9	10.8	9	71	23	63	66	2	0	30	1.05
68721234--68721281	22	2.2	23	81	11	64	70	2	0	27	0.98
68721246--68721310	22	2.9	22	88	2	94	61	3	0	35	1.12
68721856--68721991	9	14.3	9	71	17	62	34	5	3	56	1.39
68721856--68721920	29	2.3	28	81	2	76	36	6	3	53	1.41
68721893--68721939	21	2.3	21	85	7	62	38	4	4	53	1.40
68721949--68722071	8	14.0	8	69	19	52	30	4	2	62	1.27
68722341--68722419	29	2.7	28	77	14	79	30	13	6	49	1.67
68724047--68724083	18	2.1	18	89	0	56	45	10	16	27	1.80
68724659--68724944	143	2.0	143	96	0	527	30	16	22	31	1.96
68727149--68727322	51	3.4	51	90	1	287	32	14	22	29	1.94
68731787--68732146	72	5.0	72	99	0	711	23	19	19	37	1.94
68741813--68741984	34	5.1	34	100	0	344	41	2	8	47	1.49
68742490--68742573	26	3.2	26	94	0	141	33	4	23	38	1.76
68744196--68744309	27	4.2	26	81	7	120	16	21	22	38	1.93
68754116--68754150	9	3.9	9	92	0	52	25	37	0	37	1.57
68754361--68754386	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
68758801--68758883	26	3.2	26	64	16	73	42	10	15	31	1.82
68758789--68758891	51	2.0	51	98	0	197	39	11	19	29	1.87
68758791--68758870	25	3.2	25	63	16	65	37	12	17	32	1.87
68759576--68759653	5	15.0	5	72	17	52	57	2	2	37	1.26
68759538--68759621	26	3.1	27	72	14	77	55	4	2	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68761551--68762431	206	4.3	206	91	0	1361	28	20	17	32	1.96
68773982--68774039	23	2.5	23	70	10	55	62	6	1	29	1.31
68774353--68774430	5	15.0	5	72	17	52	57	2	2	37	1.26
68774315--68774398	26	3.1	27	72	14	77	55	4	2	36	1.34
68778616--68778674	28	2.1	28	93	0	100	32	16	16	33	1.92
68782768--68782828	30	2.0	30	100	0	122	44	22	0	32	1.54
68783681--68783720	20	2.1	19	85	4	53	55	7	0	37	1.29
68784455--68784644	88	2.2	86	84	3	249	34	21	8	35	1.84
68785036--68785157	55	2.2	56	82	4	140	34	3	0	61	1.18
68785165--68785377	87	2.5	85	79	9	234	32	8	19	38	1.82
68787347--68787501	26	6.2	26	65	21	82	39	21	18	20	1.93
68793044--68793169	46	2.6	47	80	11	121	30	34	13	21	1.92
68793088--68793254	52	3.2	52	81	5	192	31	27	14	25	1.95
68795887--68795940	28	1.9	28	81	7	65	37	3	3	55	1.35
68799598--68799636	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
68810845--68810893	22	2.2	22	85	0	71	32	10	28	28	1.90
68812245--68812354	26	4.3	27	71	15	83	23	21	16	38	1.93
68819033--68819129	27	3.6	27	75	0	104	27	8	22	41	1.82
68819161--68819252	27	3.4	27	86	0	130	36	7	26	29	1.84
68821516--68821594	31	2.5	31	100	0	158	26	26	18	27	1.98
68821618--68821709	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
68821857--68821926	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68822734--68822798	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
68822883--68822982	27	3.7	27	75	0	110	27	8	24	41	1.82
68823014--68823105	27	3.4	27	83	0	121	36	8	26	28	1.86
68827485--68827598	43	2.7	41	86	8	149	25	28	19	27	1.99
68831704--68831925	40	5.6	40	87	3	297	23	26	22	27	2.00
68833913--68834142	127	1.8	127	84	5	322	34	14	16	34	1.89
68836387--68836419	4	8.2	4	87	12	50	72	0	3	24	0.98
68836497--68836546	3	16.7	3	95	0	91	68	30	0	2	1.01
68840063--68840212	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
68842358--68842452	44	2.2	42	83	7	111	34	28	15	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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