genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26603258--26603340	31	2.7	30	89	7	123	30	15	24	30	1.96
26607444--26607488	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
26609198--26609262	29	2.2	29	100	0	130	24	29	29	16	1.97
26609917--26609966	25	2.0	25	100	0	100	12	12	16	60	1.60
26612580--26612649	25	2.8	25	97	0	131	22	24	27	25	2.00
26613136--26613196	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
26620467--26620493	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
26636251--26636495	49	4.9	49	86	2	310	28	26	18	26	1.98
26636251--26636495	99	2.5	98	85	2	319	28	26	18	26	1.98
26640508--26640634	42	3.0	42	84	6	152	29	24	13	32	1.93
26640591--26641467	47	18.7	47	98	0	1661	31	23	14	29	1.95
26641511--26641864	32	11.2	32	95	1	565	23	25	20	29	1.99
26641840--26641968	50	2.5	51	88	5	190	25	21	16	36	1.94
26648995--26649035	22	1.9	21	85	14	57	78	9	0	12	0.98
26650709--26650752	18	2.4	18	76	0	52	27	6	9	56	1.55
26655361--26655400	19	2.2	18	86	4	53	82	2	5	10	0.91
26655947--26656037	9	9.9	9	70	13	60	79	4	5	10	1.05
26655947--26656037	27	3.3	26	79	11	76	79	4	5	10	1.05
26655971--26656018	14	3.1	15	77	22	55	79	8	4	8	1.06
26657098--26657326	114	2.0	114	100	0	458	32	17	20	29	1.95
26657450--26658108	44	14.6	43	66	15	190	30	16	23	30	1.96
26657487--26658166	93	7.4	93	71	12	472	32	15	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26657308--26658166	182	4.7	182	90	0	1335	31	16	22	29	1.95
26657308--26658166	364	2.4	362	93	0	1484	31	16	22	29	1.95
26658159--26658926	352	2.2	351	87	2	1119	30	17	25	26	1.97
26658159--26658917	177	4.3	176	82	3	918	30	17	25	26	1.97
26660516--26660548	16	2.0	17	88	5	50	36	6	0	57	1.23
26660883--26660929	24	2.0	24	100	0	94	27	0	8	63	1.23
26670235--26670416	27	6.8	27	78	1	177	21	16	20	40	1.91
26670252--26670418	53	3.1	52	78	7	165	21	17	19	41	1.90
26673259--26673569	39	8.0	39	89	0	469	23	25	27	23	2.00
26678533--26678715	79	2.3	80	83	7	221	24	27	23	24	2.00
26678512--26678715	40	5.1	40	81	8	220	24	27	23	25	2.00
26680851--26680875	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
26682559--26682969	47	8.6	47	90	2	597	32	8	29	28	1.87
26682559--26682969	96	4.3	94	90	3	615	32	8	29	28	1.87
26682559--26682969	192	2.2	192	92	0	682	32	8	29	28	1.87
26683088--26683166	37	2.1	37	100	0	158	21	18	34	25	1.96
26687167--26687438	39	7.0	39	91	0	427	22	25	28	24	1.99
26694311--26694397	32	2.7	32	78	0	102	33	19	21	25	1.97
26694893--26694956	27	2.4	27	89	0	101	29	9	21	39	1.85
26696151--26696239	27	3.3	27	82	3	99	26	12	20	40	1.88
26705204--26705265	30	2.1	30	100	0	124	35	3	24	37	1.72
26706402--26706449	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26708051--26708274	40	5.7	40	85	6	262	25	26	21	25	2.00
26708051--26708274	79	2.8	81	84	7	273	25	26	21	25	2.00
26715976--26716159	40	4.6	41	81	12	190	25	26	22	26	2.00
26715976--26716159	79	2.3	82	81	11	215	25	26	22	26	2.00
26731281--26731339	23	2.6	23	81	10	75	37	13	8	40	1.75
26736199--26736277	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26736396--26736665	47	5.7	47	91	0	398	28	29	8	33	1.87
26736518--26736593	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
26748646--26748704	30	2.0	30	93	0	100	25	5	11	57	1.54
26751848--26752228	92	4.1	92	97	0	690	44	17	14	23	1.85
26760641--26760670	16	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
26760869--26760935	19	3.0	23	81	16	70	25	0	7	67	1.17
26761378--26761554	87	2.0	87	89	3	268	36	22	7	32	1.83
26761689--26761770	19	4.3	18	71	10	65	59	1	3	35	1.23
26761656--26761770	28	4.0	29	76	6	110	59	0	2	37	1.18
26762970--26763009	13	3.2	13	85	3	55	25	0	0	75	0.81
26775025--26775060	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
26776180--26776242	29	2.1	30	82	8	76	47	0	3	49	1.17
26776607--26776661	20	2.7	20	80	8	58	43	12	3	40	1.60
26779249--26779297	12	4.1	12	74	10	55	51	14	10	24	1.73
26781350--26781413	30	2.1	30	100	0	128	57	14	0	28	1.37
26793005--26793157	77	2.0	77	97	0	288	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26799326--26799368	22	2.0	21	90	0	59	39	25	20	11	1.87
26800307--26800370	31	2.1	31	100	0	128	34	18	9	37	1.83
26806689--26806745	24	2.4	24	82	5	71	75	3	7	14	1.14
26808279--26808591	166	1.9	166	87	0	455	24	15	28	30	1.96
26819685--26820075	151	2.6	151	91	0	629	29	25	19	25	1.99
26819685--26820580	101	8.9	100	76	5	630	30	25	18	25	1.98
26819685--26820322	151	4.2	150	84	4	603	29	25	19	25	1.98
26819787--26820581	252	3.2	252	93	0	1329	29	25	19	25	1.98
26819898--26820574	151	4.5	151	81	4	568	30	25	18	25	1.98
26820929--26820975	19	2.3	20	82	10	60	51	12	0	36	1.40
26826613--26826946	50	6.6	50	76	4	348	30	25	17	26	1.98
26826605--26826788	101	1.8	101	95	0	332	30	24	18	26	1.98
26826764--26826945	101	1.8	100	84	4	249	29	25	18	26	1.98
26826613--26826947	151	2.2	151	89	0	517	30	25	17	26	1.98
26827295--26827341	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
26830757--26830942	40	4.7	40	86	5	207	26	25	21	25	1.99
26841256--26842047	15	52.7	15	97	2	1493	19	13	6	60	1.55
26842423--26842516	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
26844951--26844975	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
26851218--26851313	24	4.0	24	72	9	88	59	7	6	27	1.48
26851171--26851304	48	2.8	48	82	7	139	58	5	8	26	1.50
26851267--26851339	26	2.8	26	83	4	76	63	6	6	23	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26851374--26851438	26	2.4	27	80	7	80	58	3	7	30	1.42
26853012--26853057	20	2.2	21	88	3	67	8	2	21	67	1.29
26854619--26854709	46	2.0	45	91	2	146	46	6	23	24	1.76
26860015--26860116	39	2.6	39	92	0	168	24	29	24	21	1.99
26870942--26871036	39	2.4	39	92	0	163	25	30	22	22	1.99
26877105--26877142	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
26880917--26880993	36	2.2	35	83	6	93	7	16	6	68	1.35
26881018--26881062	23	2.0	21	83	8	54	48	4	0	46	1.22
26882086--26882129	21	2.2	20	83	4	52	65	2	4	27	1.23
26884111--26884259	44	3.4	44	76	8	131	30	23	18	27	1.98
26884193--26884371	94	1.9	94	81	2	216	27	20	20	31	1.97
26884501--26884800	44	6.7	44	70	13	175	28	23	17	31	1.97
26894893--26894917	11	2.3	11	100	0	50	44	0	28	28	1.55
26895514--26895595	42	2.0	42	90	0	128	51	6	19	23	1.69
26896487--26896542	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
26906709--26906749	20	2.1	19	86	4	55	21	24	12	41	1.87
26910853--26911048	55	3.6	54	80	8	229	21	24	18	34	1.96
26911027--26911148	47	2.6	47	93	0	199	25	23	13	36	1.92
26914002--26914053	18	2.9	18	100	0	104	28	21	32	17	1.96
26914038--26914183	73	2.0	73	100	0	292	39	12	26	21	1.89
26914913--26915132	46	4.8	46	86	0	278	33	17	22	26	1.96
26915899--26916019	44	2.7	45	82	3	147	33	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26915899--26916385	44	10.9	44	69	15	140	31	23	18	27	1.97
26916109--26916451	44	7.8	44	77	7	356	31	25	16	26	1.96
26916081--26916477	88	4.5	88	94	0	643	30	24	17	26	1.97
26923594--26923659	13	5.1	13	78	7	80	37	24	9	28	1.86
26923594--26923667	26	2.9	26	74	9	80	37	24	9	28	1.86
26925340--26925370	4	7.5	4	92	7	53	48	0	0	51	1.00
26925337--26925370	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
26927492--26927543	9	5.5	10	82	13	65	55	0	0	44	0.99
26927488--26927543	10	6.1	9	80	15	62	55	0	0	44	0.99
26927488--26927543	19	3.1	18	82	12	69	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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