Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  54  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18160004--18160059
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56
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2.3
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78
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223
20
23
18
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1.94
18162172--18162373
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2.3
87
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20
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20
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18161849--18162333
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20
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18165913--18166135
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0
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2.5
19
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12
55
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2
0
52
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18187639--18187681
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19
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2
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46
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18187619--18187761
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3.5
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18187617--18187794
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2.1
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46
1.32
18187668--18187781
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1.06
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2.2
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18
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18222136--18222182
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18227033--18227217
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4.6
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229
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22
28
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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18236116--18236474
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29
28
1.87
18236128--18236474
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2.4
141
91
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561
32
8
29
28
1.87
18239493--18239675
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208
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2.00
18245679--18245902
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27
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24
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26
3.5
26
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7
100
63
2
3
31
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18280428--18280477
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0
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0
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0
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16
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53
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1.34
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1
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2
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2.2
21
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28
2
26
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1.66
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0
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0
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0
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0
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6
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21
15
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0
0
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13
18
11
1.68
18310073--18310351
72
3.8
72
83
10
368
29
17
23
29
1.97
18310069--18310372
73
4.1
73
83
7
391
28
16
21
32
1.95
18312364--18312393
3
9.7
3
92
7
51
30
3
0
66
1.07
18312721--18312762
12
3.5
12
90
6
59
30
7
0
61
1.22
18312903--18312964
9
7.5
8
84
15
58
32
1
1
64
1.13
18312906--18312949
3
15.0
3
86
13
65
31
0
2
65
1.05
18316616--18316647
16
2.1
15
94
5
55
81
0
18
0
0.70
18316613--18316650
12
3.1
12
92
3
58
78
0
21
0
0.74
18317757--18317841
21
3.9
22
81
6
84
40
23
21
15
1.91
18318212--18318269
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18323923--18324000
26
3.0
25
76
12
68
75
3
19
1
1.02
18323918--18324002
22
3.9
22
76
14
79
76
3
17
2
1.04
18323922--18324001
5
15.8
5
71
23
53
76
3
18
1
1.01
18324946--18325036
40
2.4
37
81
5
110
16
23
29
30
1.96
18326502--18326554
26
2.0
26
82
13
65
26
15
22
35
1.93
18328042--18328097
26
2.2
26
100
0
112
35
26
7
30
1.83
18330618--18330659
19
2.2
20
86
4
59
28
0
4
66
1.12
18331003--18331065
30
2.1
30
85
2
83
34
1
9
53
1.43
18333751--18333819
26
2.7
26
84
4
95
23
28
24
23
1.99
18334082--18334122
20
2.0
20
100
0
82
39
14
14
31
1.87
18337030--18337091
31
2.0
31
96
0
115
45
8
25
20
1.79
18337428--18337521
36
2.6
36
80
8
93
26
19
25
28
1.98
18337902--18337957
26
2.2
26
96
0
103
30
7
25
37
1.82
18342084--18342130
22
2.1
22
84
7
60
23
2
4
70
1.16
18342231--18342334
31
3.3
31
82
12
122
35
6
0
56
1.32
18345075--18345153
37
2.1
37
90
0
122
25
31
18
24
1.98
18345271--18345428
49
3.2
48
94
2
264
31
31
6
31
1.84
18345699--18345756
24
2.5
23
81
16
66
32
5
0
62
1.18
18348926--18349254
40
8.2
40
84
2
333
25
26
22
25
2.00
18349562--18349640
29
2.7
29
84
5
97
27
31
15
25
1.95
18349622--18349724
43
2.4
43
98
0
197
26
34
15
23
1.94
18351567--18351668
37
2.8
37
90
0
168
25
31
18
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18352116--18352173
24
2.5
23
81
16
66
32
5
0
62
1.18
18355691--18355827
69
2.0
69
85
2
186
22
14
24
38
1.92
18359694--18360271
46
12.6
46
90
1
838
40
14
23
21
1.90
18360567--18360599
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
18364606--18364722
40
3.0
38
80
8
121
29
17
24
28
1.98
18365384--18365437
22
2.5
22
88
8
76
50
24
0
25
1.50
18365910--18366022
14
8.1
14
73
11
79
17
1
35
45
1.59
18365888--18366014
42
3.0
42
82
4
166
20
1
33
44
1.61
18365873--18366014
35
3.7
35
71
23
113
21
1
33
44
1.61
18366242--18366395
83
1.8
83
80
4
184
28
15
26
29
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279