genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27564180--27565127	40	23.7	40	92	0	1581	31	20	27	21	1.98
27564180--27565127	80	11.9	80	99	0	1824	31	20	27	21	1.98
27575843--27575901	27	2.2	27	100	0	118	52	8	10	28	1.64
27576269--27576344	35	2.2	34	79	6	82	27	11	14	46	1.80
27576974--27577007	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38
27579313--27579351	21	1.9	20	89	5	60	25	2	10	61	1.41
27581453--27581716	31	8.5	31	88	1	368	29	17	25	27	1.98
27581754--27581879	47	2.7	48	85	2	157	30	15	25	29	1.95
27582864--27582925	29	2.1	30	93	3	108	58	9	4	27	1.50
27587105--27587158	3	18.3	3	84	3	65	59	0	7	33	1.25
27587502--27587564	17	3.5	17	72	10	54	57	6	6	30	1.49
27587879--27587914	15	2.4	14	86	13	54	55	2	2	38	1.29
27588584--27588636	21	2.8	20	83	13	67	71	0	9	18	1.12
27588591--27588635	21	2.1	22	91	4	74	73	0	8	17	1.08
27589590--27589624	14	2.5	14	85	0	52	40	0	20	40	1.52
27601122--27601160	4	9.8	4	94	0	69	48	23	2	25	1.63
27601226--27601275	4	12.5	4	95	0	91	50	22	0	28	1.49
27601505--27601534	9	3.4	9	95	4	53	16	0	0	83	0.65
27601858--27601889	17	1.9	17	93	6	57	62	0	0	37	0.95
27610551--27610575	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27610800--27610833	18	1.9	18	94	5	61	26	5	0	67	1.13
27623758--27623815	25	2.3	26	85	8	75	12	12	17	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27627122--27627151	14	2.1	14	100	0	60	66	0	26	6	1.16
27642316--27642354	17	2.3	17	95	0	69	35	0	0	64	0.94
27643592--27643640	19	2.6	19	87	6	64	38	2	6	53	1.38
27651609--27651638	15	2.0	15	93	0	51	23	0	63	13	1.29
27652062--27652099	20	1.9	20	94	0	67	57	5	0	36	1.21
27660926--27662762	926	2.0	927	95	0	3334	35	17	25	21	1.95
27668509--27668595	43	2.0	44	88	2	131	36	21	19	21	1.95
27669111--27669226	42	2.8	42	89	2	171	29	19	22	28	1.98
27670791--27670860	3	23.0	3	82	2	50	25	4	7	62	1.39
27670775--27670826	19	2.8	19	79	2	61	30	13	0	55	1.38
27671012--27671039	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
27671448--27671485	16	2.3	17	90	4	60	28	10	0	60	1.30
27675495--27675531	16	2.2	16	90	9	56	72	5	0	21	1.04
27679305--27679364	24	2.4	26	77	8	70	61	6	0	31	1.22
27684558--27684588	15	2.0	16	93	6	55	51	9	0	38	1.35
27692457--27692512	21	2.6	22	75	11	53	28	3	5	62	1.34
27694795--27694852	31	1.9	30	82	10	73	37	0	1	60	1.07
27694884--27694929	22	2.0	22	83	8	56	36	0	2	60	1.09
27695021--27695062	22	1.9	22	90	0	66	52	4	0	42	1.22
27698863--27698901	18	2.2	18	95	0	69	46	7	12	33	1.71
27700007--27700053	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
27700423--27700459	19	1.9	19	89	10	58	56	8	5	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27701765--27701842	34	2.3	34	91	2	122	35	12	7	43	1.72
27707422--27707465	14	3.1	14	81	15	54	54	2	0	43	1.12
27708374--27708416	22	2.0	22	90	0	68	34	2	16	46	1.60
27712149--27712191	22	2.0	22	90	0	68	34	2	16	46	1.60
27712670--27712717	20	2.4	21	82	10	64	70	6	4	18	1.25
27720481--27720559	40	2.0	40	89	0	122	32	31	18	16	1.94
27727592--27727682	40	2.3	38	76	7	92	37	31	16	14	1.89
27729182--27729309	35	3.5	35	88	5	166	31	9	25	33	1.88
27729182--27729352	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
27729185--27729350	35	4.6	35	83	10	158	31	11	23	33	1.90
27730494--27730562	30	2.3	30	82	9	79	15	34	26	23	1.95
27731523--27731598	40	1.9	40	91	0	125	36	32	14	15	1.88
27735710--27735839	47	2.8	47	83	0	161	33	25	14	26	1.94
27736522--27736559	18	2.1	19	90	5	60	52	15	2	28	1.56
27739220--27739288	29	2.4	29	95	0	120	34	11	28	24	1.91
27742315--27742342	11	2.5	11	100	0	56	14	25	0	60	1.34
27743233--27743291	30	2.0	30	82	0	73	77	1	13	6	1.03
27744714--27744752	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
27750934--27750994	31	2.0	31	100	0	122	36	13	19	31	1.90
27752788--27752816	7	4.1	7	100	0	58	13	31	13	41	1.84
27754522--27754560	12	3.2	12	88	0	60	12	15	41	30	1.85
27762166--27762191	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27763948--27764006	30	2.0	30	96	0	109	28	18	23	28	1.98
27764203--27764240	18	2.1	18	90	0	58	39	47	2	10	1.52
27764218--27764242	13	1.9	13	100	0	50	32	48	0	20	1.50
27764269--27764312	6	7.0	6	85	10	61	77	4	0	18	0.94
27764269--27764306	20	1.9	20	88	0	58	76	5	0	18	0.97
27764332--27764390	9	6.6	9	78	7	57	28	8	16	45	1.77
27767953--27767978	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
27768847--27768891	22	2.0	23	82	4	56	24	8	44	22	1.81
27771782--27771880	40	2.5	39	77	6	110	17	11	33	38	1.85
27773750--27773812	20	3.2	20	93	0	108	28	20	17	33	1.95
27773828--27773884	13	4.1	14	74	24	50	54	3	0	42	1.17
27774075--27774137	20	3.2	20	100	0	126	30	19	15	34	1.93
27774153--27774209	13	4.1	14	74	24	50	54	3	0	42	1.17
27773611--27774260	325	2.0	325	98	0	1264	30	14	11	42	1.81
27775838--27775881	20	2.1	20	83	8	52	70	6	4	18	1.27
27778033--27778065	8	4.1	8	92	7	50	87	0	12	0	0.53
27779164--27779198	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
27782002--27782045	23	1.9	23	85	0	61	59	2	11	27	1.44
27783301--27783391	43	2.1	43	97	0	173	21	28	4	45	1.71
27783450--27783495	5	9.0	5	81	13	58	80	2	0	17	0.81
27785742--27785798	30	1.9	29	82	10	71	42	15	5	36	1.70
27786669--27786757	43	2.1	43	100	0	178	34	21	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27794649--27794702	22	2.5	22	75	0	54	20	27	25	25	1.99
27795081--27795124	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
27799487--27799536	20	2.5	19	87	9	73	42	8	0	50	1.32
27799508--27799544	15	2.4	16	86	13	60	37	10	0	51	1.37
27799887--27799950	20	3.2	20	70	18	53	43	4	1	50	1.32
27800285--27800329	15	2.9	15	81	15	56	46	0	11	42	1.39
27800301--27800355	20	2.8	19	84	10	74	49	0	9	41	1.34
27804367--27804512	71	2.1	71	92	0	238	28	15	24	30	1.96
27806687--27806749	21	3.1	20	73	15	58	61	14	14	9	1.55
27807164--27807220	24	2.4	24	93	0	96	42	0	3	54	1.17
27812696--27812748	16	3.3	16	79	10	63	18	28	0	52	1.46
27814396--27814432	17	2.2	17	90	9	58	18	29	32	18	1.96
27816586--27816688	43	2.5	39	81	13	102	35	0	4	58	1.26
27819942--27819980	13	2.9	13	84	3	51	38	0	15	46	1.46
27820214--27820291	39	2.0	39	100	0	156	33	30	7	28	1.85
27825595--27825634	20	2.0	20	85	0	53	22	7	2	67	1.28
27829309--27829351	20	2.0	20	82	8	50	41	16	2	39	1.61
27830405--27830442	18	2.1	18	90	0	58	31	2	0	65	1.06
27835808--27835840	13	2.5	13	90	9	50	51	0	0	48	1.00
27836354--27836387	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
27836509--27836569	30	2.0	30	93	0	104	55	13	6	24	1.61
27837302--27837329	7	4.0	7	100	0	56	0	57	14	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27844209--27844277	36	1.9	36	100	0	138	55	5	5	33	1.48
27844558--27844616	29	2.0	29	100	0	118	32	10	13	44	1.77
27849265--27849306	10	4.3	10	75	6	50	21	9	0	69	1.17
27850101--27850171	38	1.9	36	86	11	99	33	14	4	47	1.63
27855780--27855826	15	3.1	16	79	11	55	59	10	2	27	1.42
27856022--27856049	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
27857149--27857220	11	7.1	11	74	17	57	33	1	5	59	1.29
27857205--27857254	23	2.2	22	82	6	64	38	4	2	56	1.30
27857653--27857677	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
27861554--27861612	9	6.7	9	90	1	93	22	25	11	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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