genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86004162--86004258	29	3.4	28	91	1	140	30	26	14	27	1.95
86013618--86013680	19	3.4	18	72	14	58	14	15	1	68	1.29
86013710--86013745	17	2.1	17	89	5	54	11	16	0	72	1.12
86013672--86013745	33	2.2	34	79	13	82	9	24	1	64	1.31
86017107--86017180	38	1.9	38	100	0	148	54	13	10	21	1.69
86019186--86019272	42	2.1	42	89	4	131	57	3	10	28	1.48
86024780--86024817	17	2.2	17	95	0	67	28	31	13	26	1.93
86041081--86041230	41	3.7	41	84	1	221	28	26	23	21	1.99
86048879--86049028	41	3.7	41	79	3	178	30	27	21	20	1.98
86053197--86053223	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
86060234--86060435	53	3.8	54	74	5	185	19	24	18	37	1.94
86067680--86067884	53	3.8	54	75	7	184	21	24	18	35	1.95
86079209--86079245	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
86084208--86084237	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
86086477--86086560	28	3.0	29	87	3	109	29	29	13	27	1.94
86086776--86086821	16	2.9	16	83	0	56	8	15	17	58	1.61
86091020--86091125	28	3.8	29	81	5	119	25	29	16	28	1.97
86092646--86092750	53	2.0	53	82	0	129	19	23	17	40	1.91
86095476--86095559	31	2.7	31	90	1	134	29	26	17	26	1.98
86095584--86095673	42	2.1	42	89	4	137	33	20	14	32	1.92
86096578--86096642	27	2.4	26	80	10	69	23	23	16	36	1.94
86096700--86096829	27	4.7	27	75	11	93	31	5	20	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86096701--86096829	56	2.3	55	80	5	145	31	4	20	43	1.72
86096693--86096874	54	3.3	54	76	3	186	32	8	18	40	1.81
86096759--86096882	27	4.6	26	76	9	99	29	6	21	42	1.78
86096914--86097111	27	7.3	27	87	2	263	38	7	25	28	1.83
86096914--86097111	81	2.4	81	91	1	308	38	7	25	28	1.83
86105010--86105234	40	5.6	40	86	8	314	23	22	28	26	1.99
86105010--86105234	83	2.8	81	88	7	334	23	22	28	26	1.99
86112644--86112828	40	4.6	40	84	8	241	23	23	27	24	2.00
86112648--86112828	83	2.2	80	90	3	283	23	24	28	24	2.00
86114101--86114218	62	1.9	62	100	0	236	32	16	19	31	1.94
86119910--86120011	40	2.6	40	84	10	138	25	23	26	24	2.00
86130095--86130184	39	2.3	39	94	1	153	35	10	24	30	1.88
86133986--86134061	38	2.0	38	92	0	125	36	3	18	40	1.69
86134685--86134900	46	4.6	46	80	8	170	25	17	31	26	1.97
86147864--86147909	23	2.0	23	100	0	92	26	8	26	39	1.85
86149771--86149813	22	2.0	22	85	0	59	9	20	27	41	1.83
86151361--86151508	44	3.5	42	80	8	156	26	18	22	31	1.97
86151361--86151508	43	3.5	42	80	10	149	26	18	22	31	1.97
86155293--86155372	37	2.2	37	93	2	135	35	5	26	33	1.78
86159023--86159151	42	3.0	43	82	10	158	24	19	24	31	1.98
86162840--86162886	24	1.9	25	86	4	69	76	2	0	21	0.89
86167447--86167473	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86172926--86173033	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
86174475--86174549	28	2.8	26	84	6	69	34	21	10	33	1.88
86174486--86174549	26	2.4	28	86	5	87	31	23	12	32	1.92
86174654--86175550	54	16.6	54	99	0	1726	16	23	24	35	1.95
86188147--86188238	27	3.4	27	82	11	116	17	23	21	36	1.94
86188147--86188257	27	4.2	26	82	5	114	17	23	20	38	1.93
86196059--86196169	27	4.2	26	86	5	132	17	25	21	36	1.95
86196059--86196169	54	2.1	53	86	1	150	17	25	21	36	1.95
86201448--86201623	46	3.8	45	76	12	162	21	19	29	30	1.97
86201444--86201615	93	1.8	93	87	4	258	20	19	30	29	1.97
86208489--86208666	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86208510--86208665	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86216552--86216729	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86216573--86216728	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86238445--86238585	42	3.3	43	77	3	122	24	16	26	32	1.96
86239552--86239660	25	4.4	25	80	6	116	29	21	22	26	1.99
86239706--86239752	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
86242670--86242915	47	5.2	46	76	5	172	31	28	15	24	1.96
86249591--86250390	397	2.0	398	91	0	1289	32	16	23	28	1.95
86255289--86255324	16	2.2	16	100	0	72	38	33	0	27	1.57
86257451--86257568	60	2.0	59	93	1	200	41	11	22	23	1.86
86258220--86258407	50	3.8	49	82	2	207	27	18	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86258220--86258411	101	1.9	101	82	4	237	27	18	23	30	1.98
86258675--86258732	30	2.0	30	86	10	84	55	3	5	36	1.39
86261135--86261168	15	2.2	16	94	5	61	11	8	17	61	1.54
86267494--86267590	30	3.2	30	81	10	99	57	14	17	10	1.64
86267502--86267581	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
86267513--86267590	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
86270472--86270626	47	3.3	47	82	5	188	30	27	14	27	1.95
86272117--86272200	28	3.2	28	65	25	74	23	15	30	29	1.95
86272115--86272244	50	2.6	49	90	1	188	24	16	29	29	1.97
86280058--86280168	55	2.0	55	98	0	213	29	11	14	44	1.81
86283302--86283334	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
86288741--86288823	14	5.8	13	72	24	60	19	4	0	75	0.97
86288742--86288823	5	16.8	5	70	25	52	19	4	0	75	0.98
86288755--86288814	20	2.9	21	82	12	70	21	5	0	73	1.02
86288741--86288785	6	7.8	6	80	14	51	15	2	0	82	0.77
86290672--86290719	24	2.0	24	83	0	60	56	20	20	2	1.53
86291732--86291764	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
86306369--86306421	27	2.0	27	96	0	97	41	3	28	26	1.73
86310943--86311054	27	4.2	26	84	7	134	16	24	22	37	1.93
86310943--86311054	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
86313952--86314022	21	3.2	21	63	18	54	36	25	16	21	1.94
86317829--86318188	199	1.8	199	94	2	643	30	17	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86320036--86320083	24	2.0	25	87	4	71	35	18	22	22	1.96
86327857--86327902	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
86327869--86327912	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
86327936--86327977	22	1.9	22	85	0	57	16	50	7	26	1.71
86331275--86331311	5	7.2	5	96	3	65	0	18	0	81	0.70
86332931--86332994	33	2.0	32	84	9	85	25	20	25	29	1.99
86332931--86332994	32	2.0	33	84	9	87	25	20	25	29	1.99
86335287--86335403	57	2.1	57	96	0	216	25	8	15	50	1.72
86341811--86341926	50	2.4	48	82	5	137	26	23	14	35	1.93
86343448--86343527	40	2.0	40	92	0	133	28	23	25	22	1.99
86348509--86348665	46	3.4	46	75	15	178	21	20	29	29	1.98
86350013--86350091	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
86350210--86350908	47	14.4	47	88	5	930	30	28	8	33	1.86
86350763--86350850	31	3.2	31	61	37	74	30	30	7	30	1.86
86354883--86355296	207	2.0	207	93	0	711	26	13	29	30	1.94
86361980--86362019	17	2.4	17	95	0	71	30	32	22	15	1.94
86363695--86363926	40	5.8	40	94	1	385	25	29	21	24	1.99
86369772--86369809	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
86374024--86374059	17	2.1	17	100	0	72	33	5	33	27	1.80
86380010--86380041	2	16.0	2	93	0	55	0	3	46	50	1.17
86383517--86383588	33	2.1	34	85	7	94	25	26	25	23	2.00
86392621--86392647	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86396802--86396861	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
86396802--86396866	29	2.3	28	83	2	76	43	3	24	29	1.69
86400710--86400790	39	2.1	39	100	0	162	38	12	22	27	1.90
86404362--86404451	25	3.6	25	80	7	96	35	17	21	25	1.95
86416493--86416669	40	4.4	40	83	4	225	23	23	27	25	2.00
86416897--86416938	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
86418555--86418681	41	3.2	40	92	5	204	22	23	27	25	2.00
86427064--86427102	20	2.0	20	94	0	69	33	0	30	35	1.58
86427304--86427339	18	2.0	18	94	0	63	50	13	2	33	1.57
86427775--86428007	94	2.4	94	80	11	251	28	18	27	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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