genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65149800--65149984	65	2.9	65	92	2	293	31	25	18	23	1.97
65149800--65150063	75	3.9	66	84	9	233	32	23	18	25	1.97
65149929--65150078	75	2.0	76	90	5	241	34	21	17	26	1.95
65159522--65159588	7	9.7	7	75	14	59	68	2	0	28	1.04
65159522--65159595	12	6.2	12	77	12	73	68	2	0	28	1.03
65159513--65159595	26	3.2	28	77	13	88	67	3	0	28	1.07
65159513--65159577	19	3.7	19	69	26	61	64	4	0	30	1.14
65159511--65159588	33	2.3	33	86	6	104	66	3	0	29	1.09
65159624--65159678	25	2.2	25	83	6	67	65	1	0	32	1.03
65161141--65161407	45	6.0	44	84	2	311	26	27	14	31	1.95
65161141--65161408	88	3.0	89	85	4	353	26	27	14	31	1.95
65161141--65161404	133	2.0	133	87	1	377	26	27	14	31	1.95
65168719--65168744	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
65169848--65169880	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
65169848--65169882	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
65174078--65174173	48	2.0	49	88	10	144	54	14	3	28	1.56
65174010--65174223	119	1.8	112	82	8	268	53	12	3	29	1.56
65174097--65174236	71	2.0	70	81	6	167	57	12	2	28	1.47
65174257--65174299	18	2.4	18	84	3	61	69	6	0	23	1.12
65174688--65174756	7	9.7	7	73	19	54	68	2	0	28	1.04
65174683--65174763	21	4.0	21	79	12	87	66	3	0	29	1.09
65174690--65174752	16	3.8	18	70	23	57	68	3	0	28	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65174688--65174763	12	6.2	13	80	19	69	68	2	0	28	1.03
65174677--65174763	33	2.8	31	84	11	108	66	3	0	29	1.08
65174693--65174755	19	3.2	20	70	18	51	68	3	0	28	1.05
65174677--65174764	28	2.8	32	85	11	112	65	3	0	30	1.09
65174773--65174837	30	2.2	28	78	10	67	61	1	4	32	1.26
65176194--65176289	37	2.5	37	80	8	95	64	2	3	30	1.20
65176285--65176347	20	3.2	19	72	24	51	60	6	0	33	1.22
65176194--65176499	141	2.1	141	91	3	504	61	4	2	31	1.32
65176465--65176632	3	54.7	3	66	20	55	61	3	4	30	1.31
65176412--65176479	20	3.4	19	70	23	50	58	7	0	33	1.26
65176459--65176517	23	2.5	23	80	2	55	57	6	3	32	1.41
65176600--65176655	22	2.6	21	85	5	67	53	0	5	41	1.24
65177433--65177560	66	1.9	66	96	0	238	25	17	10	46	1.80
65179153--65179186	18	2.0	17	88	11	52	58	5	0	35	1.22
65191294--65191710	138	3.0	138	95	1	744	59	3	23	13	1.50
65208365--65208425	30	2.0	30	87	0	86	13	26	34	26	1.93
65209226--65209257	13	2.6	12	90	9	55	9	12	0	78	0.97
65210072--65210105	3	11.3	3	87	12	52	67	0	2	29	1.05
65210153--65210193	22	1.9	22	95	5	75	80	2	12	4	0.97
65210210--65210264	25	2.2	25	83	6	67	70	0	1	27	0.97
65210301--65210329	14	2.0	15	93	6	51	79	0	0	20	0.74
65222055--65222086	15	2.1	15	94	0	55	31	3	6	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65222221--65222321	41	2.5	41	86	0	139	33	27	16	21	1.95
65222362--65222485	41	3.0	40	84	3	149	25	23	17	33	1.97
65224294--65224356	24	2.5	26	80	10	78	28	3	1	66	1.16
65229457--65229618	81	2.0	81	88	0	243	50	12	9	28	1.71
65229980--65230019	11	3.6	11	82	0	53	60	10	10	20	1.57
65230383--65230480	48	2.0	48	98	0	187	22	29	17	30	1.96
65231091--65231205	25	4.6	25	77	4	124	36	25	13	24	1.92
65231067--65231182	50	2.3	49	80	11	135	36	25	12	25	1.92
65236891--65236945	20	2.8	21	81	10	53	30	1	29	38	1.68
65237229--65237279	26	2.0	25	84	3	66	39	17	7	35	1.79
65238968--65239090	61	2.0	62	93	1	212	30	12	16	41	1.84
65248206--65248246	21	2.0	21	95	0	73	29	19	26	24	1.98
65248316--65248363	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
65249211--65249269	3	19.3	3	96	3	109	0	33	0	66	0.92
65250737--65250805	32	2.2	31	84	10	86	60	7	4	27	1.42
65255515--65255626	57	2.0	57	87	3	163	26	20	16	36	1.93
65256660--65256686	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
65265135--65265204	34	2.1	34	83	5	88	74	7	2	15	1.16
65266668--65266695	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
65266852--65266888	16	2.4	15	90	4	56	64	0	8	27	1.21
65272220--65273495	426	3.0	426	99	0	2507	28	19	15	35	1.93
65276890--65276917	8	3.5	8	100	0	56	10	14	21	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65281712--65281747	18	2.0	18	100	0	72	50	33	5	11	1.61
65293629--65293705	37	2.1	37	92	0	127	41	6	24	27	1.79
65301649--65301682	7	4.9	7	100	0	68	14	41	0	44	1.45
65306103--65306167	33	2.0	33	96	0	121	24	12	26	36	1.91
65329380--65329463	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
65330907--65330982	26	2.8	26	82	4	89	38	21	11	28	1.89
65333251--65333304	3	18.0	3	88	0	81	64	3	1	29	1.21
65340448--65340489	17	2.5	17	81	14	52	28	11	21	38	1.89
65342835--65342886	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
65342859--65342903	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
65342836--65342903	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
65342953--65343003	18	2.9	17	80	16	59	52	3	1	41	1.31
65343207--65343263	30	1.9	30	85	0	78	57	8	14	19	1.62
65344444--65345805	90	15.3	90	94	1	2306	25	26	16	31	1.96
65349652--65349717	33	2.0	35	85	8	93	16	9	25	48	1.76
65349921--65350339	45	9.4	44	75	6	288	30	19	14	34	1.92
65349950--65350357	89	4.6	87	79	6	338	30	18	16	34	1.93
65349922--65350319	134	3.0	134	80	3	399	30	19	15	34	1.93
65353431--65353487	24	2.4	23	77	13	62	42	0	3	54	1.17
65353578--65353644	3	23.3	3	74	19	63	40	0	1	58	1.07
65353578--65353644	10	7.1	10	79	20	58	40	0	1	58	1.07
65353578--65353617	5	8.0	5	89	10	64	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65353582--65353644	13	4.5	13	80	11	72	39	0	1	58	1.07
65359742--65359773	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
65359973--65360361	50	7.7	50	78	3	359	29	25	17	26	1.98
65359976--65360361	151	2.6	151	88	0	565	29	25	18	26	1.98
65365655--65365788	67	2.0	67	98	0	259	22	18	17	41	1.91
65375241--65376048	3	269.3	3	99	0	1607	66	33	0	0	0.93
65377086--65377110	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
65381393--65381561	73	2.3	72	82	2	203	26	23	24	26	2.00
65381606--65381643	20	1.9	20	88	0	58	71	2	0	26	1.00
65381557--65382075	145	3.6	145	95	1	948	44	14	16	24	1.85
65381898--65381935	20	1.9	20	88	0	58	71	2	0	26	1.00
65382608--65382657	7	7.4	7	77	8	50	22	0	42	36	1.54
65382608--65382674	14	4.9	14	78	7	66	23	0	41	34	1.55
65382620--65382673	26	2.1	26	85	0	72	24	0	44	31	1.54
65382619--65382657	19	2.0	20	90	10	62	20	0	48	30	1.50
65382945--65382999	21	2.7	20	82	5	65	20	0	47	32	1.50
65382952--65383013	7	8.7	7	82	3	79	19	0	48	32	1.49
65382965--65383020	29	2.0	28	85	3	76	23	1	44	30	1.63
65382980--65383024	22	2.0	22	86	0	63	26	2	37	33	1.69
65383331--65383384	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
65383369--65383467	47	2.1	48	96	1	182	46	7	0	46	1.30
65383787--65383826	16	2.7	15	88	7	55	20	35	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65385148--65385413	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
65387727--65387774	24	2.0	25	84	12	64	25	10	10	54	1.66
65389559--65389748	95	2.0	97	90	2	303	36	13	17	31	1.89
65394147--65394447	150	2.0	150	100	0	602	28	9	25	36	1.87
65398330--65399255	43	21.5	43	98	0	1753	21	18	29	30	1.97
65399230--65399370	43	3.3	43	91	1	219	29	29	19	21	1.98
65402144--65402194	22	2.3	23	80	13	61	56	3	0	39	1.18
65402145--65402188	21	2.0	23	86	8	65	59	0	0	40	0.98
65426563--65426719	49	3.2	49	78	5	131	30	15	28	25	1.96
65429835--65429880	21	2.2	21	84	7	58	23	15	2	58	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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