genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20805834--20805888	28	1.9	28	85	10	76	47	32	0	20	1.50
20805840--20805956	14	8.2	14	73	7	74	47	29	0	22	1.57
20806261--20806346	40	2.2	40	82	0	100	24	22	17	36	1.95
20806447--20806525	40	2.0	40	87	5	115	29	20	18	31	1.97
20806457--20806541	40	2.1	40	82	0	98	27	20	17	35	1.95
20811849--20811999	43	3.5	41	78	12	135	27	18	21	32	1.97
20816639--20816749	57	1.9	57	100	0	222	39	9	23	27	1.86
20817506--20818063	170	3.2	170	85	5	728	31	16	24	27	1.96
20817574--20818234	170	3.8	177	78	8	416	31	16	24	27	1.96
20818476--20818508	14	2.3	15	90	10	52	78	0	0	21	0.75
20820899--20820945	24	2.0	24	95	0	85	36	8	17	38	1.80
20827888--20827982	25	3.8	25	87	0	136	26	23	24	26	2.00
20827875--20827983	50	2.2	48	85	6	146	26	22	22	28	1.99
20828183--20828425	27	9.0	27	86	0	315	25	19	19	35	1.96
20828429--20828628	54	3.7	52	80	5	202	31	8	19	41	1.80
20828454--20828628	81	2.2	81	85	2	235	30	7	20	42	1.79
20828429--20828623	27	7.2	27	78	4	160	30	8	20	41	1.81
20828498--20828647	81	1.9	81	81	2	185	31	6	21	40	1.79
20828615--20828879	81	3.3	81	88	0	386	40	8	21	29	1.83
20828615--20828879	27	9.8	27	88	0	341	40	8	21	29	1.83
20832063--20832121	27	2.2	27	84	0	73	33	22	10	33	1.87
20832087--20832159	38	1.9	38	88	0	110	31	16	12	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832126--20832189	27	2.4	27	83	0	83	31	18	9	40	1.83
20832168--20832229	27	2.3	27	85	0	97	38	25	6	29	1.81
20833426--20833482	25	2.3	25	87	0	78	33	19	24	22	1.97
20833426--20833495	25	2.8	25	84	0	68	30	21	21	27	1.98
20833643--20833734	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
20833758--20833836	31	2.5	31	89	0	131	32	18	21	26	1.97
20837176--20837337	60	2.6	64	85	8	217	43	19	25	11	1.85
20838407--20839123	170	4.2	171	85	5	865	31	18	23	26	1.97
20838407--20839192	346	2.3	344	83	4	974	31	18	23	26	1.97
20844780--20844840	21	2.9	22	76	11	56	16	24	36	22	1.94
20847570--20847661	39	2.4	39	92	1	150	25	23	30	20	1.99
20847570--20847672	39	2.7	39	87	1	109	25	25	29	20	1.99
20851410--20851495	42	2.0	43	84	6	113	12	26	36	24	1.92
20851418--20851493	21	3.6	21	74	10	66	11	28	35	23	1.90
20854963--20855037	30	2.5	30	88	0	105	29	20	21	29	1.98
20854986--20855151	66	2.5	66	83	3	210	27	16	25	30	1.97
20856132--20856179	21	2.2	22	81	7	62	41	2	0	56	1.11
20856161--20856197	17	2.1	18	85	14	51	40	0	0	59	0.97
20867272--20867379	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
20871048--20871074	12	2.2	12	100	0	54	33	14	11	40	1.82
20873157--20873296	42	3.4	42	79	3	122	18	20	17	43	1.88
20873223--20873291	21	3.3	21	72	0	66	14	24	20	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20877439--20877540	52	2.0	52	92	0	168	28	14	9	47	1.76
20877881--20877948	34	2.0	34	94	0	118	41	11	2	44	1.56
20879293--20879317	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
20883337--20883461	61	2.0	61	92	0	205	40	18	16	24	1.91
20887529--20887567	4	9.8	4	88	0	60	28	2	20	48	1.62
20887563--20887608	23	2.0	23	100	0	92	8	4	4	82	0.93
20890152--20890632	248	1.9	247	91	0	782	34	6	40	18	1.77
20896877--20897021	44	3.3	43	76	13	143	35	21	20	22	1.96
20897591--20897617	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
20900658--20900732	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
20900894--20900934	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
20906871--20906927	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
20908116--20908141	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
20923488--20923595	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
20925955--20926182	116	2.0	116	93	0	393	29	24	19	26	1.98
20929821--20929927	26	4.2	26	89	2	171	37	23	6	32	1.81
20929821--20929927	51	2.1	52	92	1	180	37	23	6	32	1.81
20936051--20936118	30	2.3	30	84	0	91	17	27	29	25	1.97
20947317--20947431	29	4.0	29	79	1	133	25	31	14	28	1.95
20947319--20947431	58	2.0	57	85	5	156	24	30	15	29	1.95
20954152--20954256	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
20954112--20954275	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20954112--20954262	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
20961803--20961987	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
20961804--20961987	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
20961856--20962020	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
20963423--20963491	21	3.3	20	75	18	61	59	2	5	31	1.36
20963432--20963542	10	10.6	10	67	25	61	56	0	6	36	1.31
20965091--20965387	44	6.8	44	81	4	330	28	27	13	29	1.94
20965091--20965880	132	6.1	131	79	6	768	28	26	14	29	1.96
20965359--20965415	28	2.0	28	100	0	114	31	26	14	28	1.94
20965319--20965459	72	2.0	72	89	0	219	27	28	15	28	1.96
20965387--20965894	44	11.5	44	85	1	597	28	26	15	28	1.96
20965272--20965503	116	2.0	116	91	0	374	27	28	15	28	1.97
20965228--20965887	160	3.9	160	76	11	457	28	26	15	29	1.96
20965191--20965813	204	3.0	204	78	9	649	28	26	14	30	1.95
20971973--20972120	76	1.9	76	100	0	296	26	14	18	40	1.89
20977258--20977288	16	1.9	16	100	0	62	38	19	16	25	1.92
20977266--20977349	36	2.3	38	87	4	118	45	22	10	21	1.82
20977294--20977370	36	2.1	36	85	4	102	48	24	9	18	1.77
20977712--20977762	3	17.3	3	81	4	59	1	35	0	62	1.06
20977716--20977755	20	2.0	21	95	5	73	2	40	0	57	1.12
20983778--20983838	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20988974--20989387	217	1.9	216	82	3	519	36	20	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21003048--21003093	17	2.8	17	84	12	53	32	0	2	65	1.05
21003142--21003182	9	4.7	9	96	3	75	21	7	9	60	1.52
21008491--21008576	33	2.6	31	79	17	84	45	3	2	48	1.32
21015670--21015777	26	4.2	26	96	0	198	36	25	8	30	1.85
21016669--21016750	42	2.0	42	90	0	128	23	19	6	51	1.69
21017347--21017371	11	2.3	11	100	0	50	28	28	0	44	1.55
21027464--21027762	44	6.7	44	71	12	180	31	17	23	28	1.97
21027644--21027940	89	3.3	88	69	15	234	31	18	22	27	1.97
21027639--21028169	44	11.8	44	69	9	149	31	18	22	27	1.97
21028005--21028179	88	2.0	88	79	4	192	30	18	22	28	1.97
21030135--21030178	21	2.2	20	83	4	52	27	4	2	65	1.23
21031271--21031347	36	2.2	35	83	6	93	68	6	16	7	1.35
21035122--21035159	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
21040020--21040111	39	2.4	39	94	0	157	22	21	30	25	1.99
21047644--21047673	12	2.5	12	100	0	60	36	16	0	46	1.47
21065511--21065543	13	2.5	13	86	13	50	18	18	15	48	1.81
21070868--21071043	46	3.8	46	78	4	201	21	21	28	28	1.98
21070865--21071035	93	1.8	93	91	0	279	21	22	28	28	1.99
21076636--21076703	31	2.3	30	82	10	77	39	10	11	38	1.76
21081706--21081852	30	4.9	30	71	11	97	27	23	14	34	1.93
21081630--21081833	60	3.4	60	72	5	178	26	22	13	37	1.91
21084216--21084291	29	2.6	29	93	0	125	31	28	19	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21084751--21084787	19	2.1	19	85	10	51	54	18	0	27	1.44
21091220--21091410	94	2.0	93	81	8	219	23	27	19	29	1.98
21102667--21103075	47	8.6	47	90	2	620	28	29	8	33	1.87
21102667--21103075	96	4.3	96	93	1	691	28	29	8	33	1.87
21102667--21103075	143	2.9	141	90	2	638	28	29	8	33	1.87
21106777--21106856	40	2.0	40	97	0	151	35	25	8	31	1.86
21113258--21113295	16	2.4	16	82	4	51	36	5	7	50	1.54
21118692--21118764	24	3.0	24	83	4	92	28	32	15	23	1.95
21122661--21122742	41	2.0	41	95	0	146	34	9	17	39	1.82
21126408--21126501	48	2.0	48	95	0	170	23	28	14	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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