genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25448188--25448509	46	7.0	46	92	0	482	21	22	14	40	1.90
25449401--25449477	38	2.0	38	100	0	154	33	18	5	42	1.72
25457326--25457383	30	1.9	30	96	0	107	32	0	25	41	1.56
25458770--25458800	15	2.1	15	93	0	53	41	6	9	41	1.63
25463491--25463851	47	7.7	46	75	13	249	21	29	20	27	1.98
25463491--25463848	94	3.8	94	77	9	340	22	29	20	28	1.98
25463491--25463848	141	2.6	136	80	10	368	22	29	20	28	1.98
25470585--25470942	94	3.8	94	80	10	358	22	28	20	28	1.99
25470686--25470945	141	1.9	140	82	8	332	21	29	20	28	1.98
25470585--25470942	47	7.6	46	73	10	253	22	28	20	28	1.99
25472846--25472881	15	2.4	15	95	0	63	36	11	8	44	1.70
25473997--25474028	12	2.7	12	95	0	55	34	15	15	34	1.90
25475449--25475487	18	2.2	18	100	0	78	28	12	15	43	1.83
25476600--25476668	36	1.9	36	100	0	138	33	27	7	31	1.84
25492288--25492313	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
25496692--25496745	20	2.7	19	81	16	56	29	0	20	50	1.49
25498182--25498245	30	2.2	30	82	2	76	26	29	25	18	1.98
25499163--25499193	10	3.1	10	90	0	53	32	29	6	32	1.83
25501738--25501958	49	4.7	48	76	11	199	23	31	19	25	1.98
25503623--25503680	30	1.9	30	89	0	89	34	13	22	29	1.93
25504119--25504240	49	2.5	49	81	9	126	31	22	26	19	1.98
25505020--25505138	55	2.2	55	83	3	141	20	20	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25511418--25511538	46	2.6	47	89	3	174	29	23	25	21	1.99
25512467--25512558	45	2.0	45	89	0	139	18	23	34	22	1.96
25520178--25520295	31	3.8	31	89	0	173	25	19	27	27	1.99
25520178--25520295	62	1.9	62	92	0	200	25	19	27	27	1.99
25520317--25520584	49	5.7	48	87	6	297	28	14	26	30	1.95
25520407--25520619	49	4.7	43	87	6	191	29	14	27	29	1.95
25523184--25523446	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
25531136--25531398	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
25534917--25535075	68	2.3	69	85	5	203	12	33	3	50	1.56
25535988--25536016	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
25539222--25539306	43	2.0	43	95	0	152	30	11	27	30	1.92
25539700--25539732	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
25539966--25540004	16	2.4	16	91	0	60	30	28	7	33	1.85
25542120--25542389	48	5.7	48	76	10	207	26	18	31	23	1.98
25542027--25542388	47	7.7	47	74	11	215	27	19	29	23	1.98
25544521--25544549	13	2.1	14	93	6	51	34	20	0	44	1.52
25549201--25549239	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
25553652--25553690	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
25557971--25558142	40	4.3	40	86	3	231	25	20	27	26	1.99
25562529--25562793	46	5.5	50	74	14	170	23	30	18	27	1.98
25562529--25562798	48	5.7	47	74	14	184	22	31	18	27	1.97
25562628--25562840	46	4.6	46	72	16	195	23	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25568585--25568611	12	2.2	12	100	0	54	25	11	14	48	1.77
25573333--25573486	23	6.4	23	71	14	82	25	22	18	33	1.97
25573326--25573462	68	1.9	72	81	10	167	24	21	17	36	1.94
25573427--25573491	26	2.6	24	80	7	69	27	24	20	27	1.99
25573634--25573709	20	3.8	19	77	14	82	32	7	19	39	1.81
25585787--25585848	23	2.8	23	85	9	76	35	1	4	58	1.29
25585808--25585855	23	2.2	21	85	7	60	33	4	4	58	1.36
25587683--25587709	6	4.5	6	100	0	54	0	48	18	33	1.49
25588191--25588217	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
25588644--25588685	17	2.6	17	85	10	54	59	0	0	40	0.97
25590384--25590598	26	8.3	26	96	0	376	32	5	25	36	1.79
25593554--25593619	21	3.2	21	60	4	53	46	4	19	28	1.69
25593541--25593639	41	2.4	41	100	0	198	44	4	19	32	1.69
25593623--25593655	16	2.1	16	100	0	66	45	0	18	36	1.49
25594438--25594470	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
25594431--25594508	28	2.8	28	78	3	77	29	1	2	66	1.13
25605395--25605453	31	2.0	30	83	6	75	33	8	13	44	1.74
25606499--25606523	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25606625--25606683	29	2.0	29	83	0	73	35	27	10	27	1.89
25623189--25623952	47	16.2	47	93	1	1133	26	29	10	33	1.90
25623711--25623833	22	5.3	22	63	18	70	26	30	9	33	1.89
25640881--25640914	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25640969--25641014	17	2.7	17	83	16	60	56	0	0	43	0.99
25649480--25649657	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25649481--25649636	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25649477--25649657	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25667644--25667911	47	5.7	47	93	0	455	29	11	30	28	1.92
25667644--25668218	94	5.8	94	81	10	675	30	11	29	28	1.91
25667888--25667981	23	4.0	23	73	13	102	30	11	31	25	1.91
25667794--25668028	117	2.0	117	94	0	407	30	11	30	27	1.91
25667841--25667981	70	2.0	70	97	0	264	31	10	31	26	1.90
25667911--25668210	47	6.3	47	94	0	501	30	11	29	29	1.91
25667747--25668072	164	2.0	164	95	0	589	30	11	30	27	1.92
25667700--25668122	211	2.0	211	95	0	756	30	11	29	28	1.92
25667653--25668169	258	2.0	258	93	0	881	30	11	29	28	1.92
25668336--25668414	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
25672006--25672103	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
25672034--25672116	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
25672006--25672117	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
25703929--25704198	46	5.8	46	78	12	300	20	21	30	28	1.98
25703925--25704190	93	2.8	93	97	0	487	19	21	30	27	1.98
25712435--25712491	29	2.0	29	92	0	96	36	19	3	40	1.69
25715851--25715965	57	2.0	58	81	5	135	27	19	6	46	1.75
25718904--25719045	71	2.0	71	98	0	275	39	9	9	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25719063--25719409	174	2.0	173	97	0	658	27	21	11	39	1.88
25722722--25722776	25	2.2	25	80	6	67	27	30	10	30	1.91
25722940--25723135	40	4.9	40	89	0	302	26	30	22	20	1.99
25725200--25725304	47	2.2	47	94	0	183	26	30	8	34	1.86
25729037--25729148	29	3.9	30	78	8	117	28	32	14	25	1.94
25729044--25729156	58	2.0	57	84	8	149	28	30	13	27	1.94
25730635--25730665	16	1.9	16	100	0	62	12	6	29	51	1.65
25733500--25733604	27	3.9	27	83	3	140	40	22	7	29	1.82
25733560--25733658	27	3.6	27	73	17	78	43	22	6	28	1.77
25733734--25733811	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
25737692--25737820	52	2.5	51	91	3	208	28	22	20	27	1.99
25737692--25737814	26	4.8	26	89	1	169	26	23	21	27	1.99
25738078--25738150	31	2.4	31	95	0	128	30	19	21	28	1.98
25749261--25749360	10	9.2	11	72	14	64	35	1	22	42	1.60
25749256--25749364	54	2.0	54	98	0	209	33	0	22	43	1.60
25753081--25753230	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
25753105--25753288	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
25759128--25759247	43	2.8	41	75	10	109	25	20	27	27	1.99
25759128--25759286	85	1.9	85	81	5	196	27	20	25	26	1.99
25762688--25762905	40	5.5	40	90	2	298	22	22	28	25	1.99
25770632--25770816	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
25770633--25770816	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770685--25770849	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
25782385--25783026	321	2.0	321	100	0	1284	39	8	19	33	1.81
25783140--25783248	43	2.5	43	83	5	132	26	20	22	31	1.98
25784139--25784176	19	2.0	19	94	0	67	36	7	28	26	1.84
25787850--25787884	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
25788490--25788624	26	5.4	25	91	6	195	28	21	20	29	1.98
25788674--25788730	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
25793006--25793351	173	2.0	173	100	0	692	26	25	18	30	1.98
25796662--25796744	24	3.4	24	85	6	105	30	21	19	28	1.98
25796794--25796850	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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